利用微卫星标记评估乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响

乌江彭水水电站建成后形成阻隔,可能对生境连通性及坝上坝下鱼类的交流产生不利,影响到物种遗传多样性和群体遗传结构.本研究通过磁珠富集法构建了泉水鱼(Pseudogyrincheilus procheilus)微卫星文库,建立了泉水鱼微卫星DNA分子标记体系,并利用这些微卫星分子标记初步评估了乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响.用6对具多态性的引物对乌江中35尾野生泉水鱼样本进行遗传多样性分析,结果显示,6个位点共检测到28个等位基因;每个位点平均杂合度为0.6536,平均多态信息含量为0.6085,平均Shannon多样性指数为1.2752;卡方检验得出2个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且其中1个位点中出现了无效等位基因.实验初步表明乌江流域泉水鱼的遗传多样性较为丰富,但可能受到了水电站阻隔的干扰.     

长江宜宾江段圆口铜鱼遗传多样性的微卫星分析

选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。     

金沙江观音岩段圆口铜鱼的微卫星遗传多样性分析

选用10对微卫星引物,对金沙江观音岩江段圆口铜鱼(Coreius guichenoti)群体的遗传多样性进行研究。统计分析了有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等遗传学指标,结果显示所选用的10对微卫星引物均表现为高度多态性,共检测到等位基因数84个,平均有效等位基因数5.429 6;观测杂合度0.800 0~0.933 3、期望杂合度0.774 7~0.841 4;多态信息含量为0.649~0.753;Shannon’s指数为1.523 7~2.260 2;Hardy-Weinberg平衡偏离指数为0.032 6~0.127 7。结果表明该江段圆口铜鱼群体遗传多样性较丰富。     

白梭吻鲈3个群体的遗传结构比较

为了加强良种选育工作,切实做好亲本遗传管理,防止近交衰退的发生,利用20个微卫星分子标记对白梭吻鲈(Sander lucioperca)新疆野生群体及山东和苏州2个养殖群体的遗传结构进行检测。结果表明,20个微卫星标记中18个有扩增产物,14个呈现多态性;每个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数为3.6个,3个群体的平均等位基因数为2.57~3.36,平均观测杂合度为0.5085~0.5621,平均多态性信息含量为0.3931~0.4764,表明3个白梭吻鲈群体的遗传多样性处于中等偏低水平,遗传多样性大小为:新疆群体苏州群体山东群体。群体的Fst为0.1798,表明群体间有一定的遗传分化。在白梭吻鲈人工繁殖与养殖过程中,必须加强亲本遗传结构监测并维持一定数量的亲本规模,以利于其产业的持续发展。     

黄颡鱼(♀)、长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术和从20对微卫星引物中筛选出的12对多态性较高的引物,分析1龄、体质量(14.20±1.20)g黄颡鱼(♀)和长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代[黄颡鱼(♀)×野生长吻[鱼危](♂)]的遗传多样性。试验结果显示,这3个群体之间的平均等位基因数分别为4.583、3.667、5.000;平均有效等位基因数分别为2.382、2.221和2.535;平均观测杂合度分别为0.419、0.367和0.604;平均期望杂合度分别为0.477、0.383和0.597;多态信息含量分别为0.420、0.365和0.509。杂交F1代与父本长吻[鱼危]的遗传距离为0.8551,小于与母本黄颡鱼的遗传距离(1.7271),在亲缘关系树状图上先与父本聚为一支。杂交F1代从父本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。该试验结果将为研究黄颡鱼和长吻[鱼危]杂交后代的遗传多样性,探索鲿科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。     

基于2b-RAD简化基因组测序的三门湾海域3种优势鱼类群体遗传多样性分析

为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析。结果表明,白姑鱼、中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼获得单核苷酸多态性(SNP)位点分别为125 225个、51 283个、55 128个,变异位点比例分别为1.74%、0.79%、0.54%,多态信息含量(PIC)分别为0.208、0.177、0.221,核苷酸多样性(P_i)分别为0.259、0.219、0.281。其中白姑鱼观测杂合度小于期望杂合度,显示出群体内纯合子较多,杂合子缺失;而中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼观测杂合度大于期望杂合度,显示出杂合过度。3种鱼类群体以龙头鱼观测杂合度最高。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,三门湾海域3种鱼类群体变异位点比例均较低,相同群体的个体间遗传分化较小,遗传结构较稳定,总体上遗传多样性处于较低水平,应进一步加强资源保护和恢复。     

西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析

西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。     

用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性

为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1～5之间,其平均等位基因数为2．67个,平均有效等位基因数为1．47个,平均观察杂合度为0．2289,平均期望杂合度为0．2730,平均多态信息含量（PIC）为0．2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。     

利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性

利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833~6.750,平均有效等位基因数为2.284~3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481~0.635和0.533~0.681,平均多态信息含量为0.463~0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(Fst)为0.055~0.150,遗传距离(D)为0.240~0.635,其中,BH和NZ的Fst最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei´s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。     

不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

扁吻鱼保护生物学研究---栖息地饵料、鱼类群落

2003年以来作者对现今扁吻鱼唯一栖息地生物饵料及鱼类群落环境进行了初步研究。结果显示：克孜尔水库有浮游植物7门34种（属）,平均密度145.7×104ind•L-1,平均生物量1.225mg•L-1,硅藻密度及生物量均占优势;浮游动物35种（属）,平均密度958.6ind•L-1,原生动物占优势;平均生物量1.449mg•L-1,枝角类和桡足类占优势;底栖动物1种（属）,平均密度9.1ind•m-2,平均生物量0.08g•m-2;水生植物2种（属）。栖息地分布鱼类19种,土著种10种,外来种9种,隶属2目3科13属,其中鲤科15种,占78.9%,鳅科3种,占15.8%,鱼叚虎鱼科1种,占5.3%。初步探讨了扁吻鱼所面临的生态环境问题。     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

温度和水流对扁吻鱼胚胎发育的影响

探讨了温度及水流对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)胚胎发育的影响。结果表明:在水温15~25℃条件下,扁吻鱼胚胎发育均可以完成,并且温度x与发育时间y呈负相关关系,y=667.72 e-0.0996x,R2=0.9829;与积温的关系为y=-91.017x+3662.3,R2=0.7996。胚胎发育的适宜水温为15~23℃,最适水温为15~21℃。孵化期间辅助于一定的充气条件可缩短出苗时间、提高出苗率,降低畸形率。     

扁吻鱼胚胎发育及仔稚鱼形态与生长观察研究

文章采用干法受精获取受精卵的方法,对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)胚胎发育和仔稚鱼的形态变化进行观察.研究结果表明,扁吻鱼卵为沉性卵,卵细胞呈青灰色、微黏性.该次孵化共获取成熟卵21.45×104粒,受精率88.95％,孵化率93.27％.扁吻鱼成熟卵卵径(2.46±0.13)mm,受精卵吸水后...     

基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析

为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMLK)、木扎提河(MZT)、塔什库尔干河(TSKEG)、喀拉喀什河(KLKS)、玉龙喀什河(YLKS)、克孜勒苏河(KZLS)、车尔臣河(CEC)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,CEC群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除CEC群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(Nm)为0.0464~18.2786,CEC与其余群体间的基因流均小于1。贝叶斯法(BI)构建BI树和单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。2个分支的最近共同祖先约在2.7 Ma前。单倍型间的歧点分布具有明确的双峰,表明2.7 Ma前罗布泊的干枯或盐化事件使2个分支间产生了地理隔离,后因塔里木盆地冷湿气候的影响罗布泊水面恢复,现今的分布是先前分化居群的二次联系。种群结构分析结果均支持塔里木裂腹鱼已分化出2个明显分化的地理种群的观点,即塔里木河(TLM)种群和CEC种群。TLM种群具有较高的单倍型多态性(0.939±0.008)和核苷酸多态性(0.0125±0.0017),而CEC种群的单倍型多态性高(H)(0.903±0.025),核苷酸多态性低(Pi)(0.0051±0.0012)。建议对以上2个种群分开管理,TLM种群为优先保护单元。     

新疆塔里木河水系土著鱼类区系组成与分布

2003年－2007年对新疆塔里木河水系土著鱼类的种类和分布进行了一次全面调查,根据不同的海拔和生境,在整个调查范围内设置鱼类采集点200个,共采集鱼类标本3000余号,经鉴定有1目2科5属12种,均为中亚高山复合体的裂腹鱼和高原鳅种类。其中国家Ⅰ类保护动物扁吻鱼仅分布在海拔1 500 m以下,裂腹鱼属鱼类主要聚居于海拔1 300～2 700 m一带,裸重唇鱼属鱼类主要聚居于海拔1 500～2 900 m一带,重唇鱼属鱼类主要聚居于海拔2 700～3 700 m一带。高原鳅分布在裂腹鱼分布范围之内,最高可至3 700 m,土著鱼类的水平及垂直分布差异明显,水平分布表现出明显的多样性和地域性,垂直分布具有明显的地带性。塔里木河水系土著鱼类在大尺度、大空间的分布格局有缩小的趋势,扁吻鱼栖息地岛屿化程度高。     

塔里木裂腹鱼消化系统形态学与组织学研究

利用传统石蜡切片、HE染色等方法对塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)消化系统形态学和组织学特征进行研究。结果显示,塔里木裂腹鱼消化系统由消化管和消化腺组成,消化管包括口咽腔、食道和肠(前肠、中肠、后肠和直肠)。口咽腔内具有发达的咽齿。无胃,肠与食道紧接,前肠膨大。消化道由腔面向外依次为黏膜层、黏膜下层、肌层和浆膜层,但口咽腔只有黏膜层、黏膜下层和肌层,未发现有浆膜层。消化道4层中,黏膜层差异最大：口咽腔黏膜层为复层扁平上皮,其间分布有味蕾和大量黏液细胞;食道粗而短,黏膜层为复层扁平上皮,黏膜褶两侧分布大量黏液细胞,且固有膜血管丰富;肠道上皮细胞为单层柱状上皮,上皮间分布有杯状细胞,其数量由前向后逐渐增加,而黏膜褶高度逐渐降低。消化腺由肝脏和胰脏组成,肝脏的肝小叶不明显,但明显可见肝血窦及中央静脉分布,肝门管区不典型。胰脏仅在肠系膜中出现,而未在其他组织中发现,胰小叶间中央静脉明显,中央静脉中可见大量椭圆形有核的红细胞。本研究对塔里木裂腹鱼消化系统形态学和组织学特征与其食性的关系进行了探讨,旨在丰富塔里木裂腹鱼的生物学研究内容,可为其食性分析及饵料开发提供理论依据。     

塔里木裂腹鱼资源与分布的调查研究

于2003~2006年在新疆塔里木河水系调查了塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)的分布和资源现状。结果表明:塔里木裂腹鱼在流域内各主要河流均有分布;分布范围较广,但分布区域缩小;栖息环境条件恶劣,水温低,饵料少;主要种群分布在海拔1000~3300 m区域;个体低龄化,种群数量占土著鱼类的比例小。水利工程、过度捕捞、引入外来物种和生态环境恶化等因素已对该鱼资源造成严重破坏。