茎瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因的克隆与序列分析

以茎瘤芥幼苗叶片总RNA为模板,通过SMART RACE技术进行反转录和PCR扩增,克隆到瘤芥酸性核糖体蛋白P1 基因(命名为BjARPP1,GenBank登录号:JX282179),并利用ProtParam、DNAMAN等生物信息学工具对其核酸序列和蛋白序列进行分析.结果表明,茎瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因开放阅读框为342 bp,编码113个氨基酸,等电点为4.27,相对分子质量为11.25 ku:二级结构预测显示α-螺旋占53.98％、不规则卷曲占33.68％、延伸链占12.39％,还含有5个磷酸化位点;同源进化树预测分析其与拟南芥的同源性为96％,与其他物种同源性低.茎瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因为首次克隆,为进一步研究该基因的结构、功能、遗传变异规律以及其与生产性能的关系提供科学依据.     

巴西橡胶树核糖体蛋白S6基因的克隆及生物信息学分析

核糖体蛋白S6是核糖体蛋白家族的重要成员,在核糖体中发挥重要作用。利用农业部橡胶生物学重点开放实验室获得的部分序列设计引物,采用3-′RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得一个核糖体蛋白S6基因的完整阅读框,该基因编码249个氨基酸的多肽,含有一个典型的真核生物核糖体蛋白S6结构域。在HbRPS6氨基酸序列中没有预测到跨膜区和信号肽,二级结构分析表明：HbRPS6属于混合型蛋白。对10个RPS6系统进化分析表明：巴西橡胶树的RPS6基因在进化上具有保守性,与植物类玉米的RPS5基因亲缘关系最近,而与动物和酵母的亲缘关系相对较远。该基因的克隆和生物信息学分析为深入研究其功能奠定了基础。     

巴西橡胶树核糖体蛋白S5基因的克隆及生物信息学分析

核糖体蛋白S5是核糖体蛋白家族的重要成员,在核糖体中发挥重要作用.利用本实验室获得的部分序列设计引物,采用3'-RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得一个核糖体蛋白S5基因的完整阅读框,该基因编码209个氨基酸的多肽,含有一个典型的真核生物核糖体蛋白S5结构域.在HbRPS5氨基酸序列中没有预测到跨膜区和信号肽,二级结构分析表明HbRPS5属于混合型蛋白.对14个RPS5系统进化分析表明,巴西橡胶树的RPS5基因在进化上具有保守性,与植物类拟南芥的RPS5基因亲缘关系最近,而与人和酵母等亲缘关系相对较远.该基因的克隆和生物信息学分析为深入研究其功能奠定了基础.     

枣60S核糖体蛋白L8-3基因的克隆及生物信息学分析

核糖体是细胞进行蛋白质合成的重要场所。为了解枣60S核糖体蛋白L8-3基因的结构,以‘月光’枣为材料,根据GenBank中登录的苹果、桃和柑橘等植物60S核糖体蛋白保守序列设计引物,采用RT-PCR法,从枣叶片中克隆出该基因,并对其编码蛋白进行了生物信息学分析。生物信息学分析表明:该基因包含完整的开放阅读框为783bp,编码260个氨基酸残基,预测分子量为28.025kDa,理论等电点为10.83,命名为ZjRPL8-3(登录号:KM106202);保守结构域分析表明,该序列属于L2超家族蛋白;分子进化树显示,枣ZjRPL8-3与蔷薇科植物中该基因的蛋白序列亲缘关系最近,此结果一定程度上反应了物种间的亲缘关系。     

人核糖体40S亚基RPS11蛋白的原核表达和纯化

RPS11是核糖体小亚基40S的组成部分,属于核糖体蛋白S17p家族,由RPS11基因所编码,主要存在于真核生物中。本研究通过PCR扩增RPS11基因,构建pET43a-RPS11和pGEX-4T-1-RPS11原核表达载体。将重组质粒转入E.coli DH5α,序列测定正确后,将其转入E.coli BL21(DE3),加入IPTG诱导表达。表达蛋白经SDS-PAGE分析后,利用亲和层析法纯化蛋白。结果成功克隆RPS11基因,构建了原核表达载体pET43a-RPS11和pGEX-4T-1-RPS11,转化宿主菌E.coli BL21(DE3)中进行了表达。SDS-PAGE分析证实表达目的蛋白正确。通过Ni-TNA和GSH-Sepharose层析柱获得纯化蛋白,为进一步研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。     

巴西橡胶树线粒体50S核糖体蛋白L21 cDNA的克隆与分析(英文)

[目的]在橡胶生产中,一种叫做"死皮"的生理综合症严重制约了橡胶树(Hevea brasiliensis)单产的提高。为揭示橡胶树"死皮"发生的分子机理,研究对一差异表达的HbmRPL21进行了克隆,并在此基础上对其进行深入的生物信息学分析。[方法]在早期构建的差减文库中,筛选到一条在死皮植株中下调表达的基因片段,该片段编码的蛋白与线粒体50S核糖体蛋白L21(mRPL21)同源。通过ESTs序列拼接和RT-PCR,获得一条853bp的cDNA序列(命名为HbmRPL21,GenBank登录号为HM800425),该序列包含一个完整的开放读码框。[结果]信息分析表明,HbmRPL21编码271个氨基酸,理论分子量为30.52kD,等电点为8.40,HbmRPL21是一个包含Ribosomal_L21p保守结构域的线粒体定位蛋白。进化分析表明,植物和动物界间mRPL21序列差异很大,而植物界内则相对比较保守。[结论]研究为下一步阐明HbmRPL21在橡胶树"死皮"中的生物学功能奠定了理论基础。     

鸡传染性支气管炎病毒S2蛋白基因的克隆与序列分析

参考genebank已发表的IBV纤突蛋白S2基因序列,设计了两对特异性引物,对鸡传染性支气管炎病毒黑龙江肾型分离株Mg/Mk和K进行RT-PCR扩增,将扩增后得到的PCR产物克隆入pMD18-T载体,并进行测序和分析。结果显示:S2基因的核苷酸全长为1884bp,编码一条由628个氨基酸组成的多肽,与网上报道的相一致。地方分离株Mg株、Mk株、K株分别和标准株T株比较,其同源性分别为92.3%、94.7%和94.2%。而Mg和Mk株的同源性为97.2%,Mg和K株的同源性为96.7%,Mk和K株的同源性为99.5%。说明地方分离株的亲缘关系较近,而和T株的亲缘关系较远。     

桑树2个钙调蛋白亚型基因cDNA克隆和序列分析

    为了揭示钙调蛋白在桑树抗逆性方面的作用,利用SMART技术(switching mechanism at 5'end of RNA transeript) 建丰驰桑幼苗cDNA文库,从中获得2个钙调蛋白cDNA序列,2条序列的读码框均为450 bp,均包括完整的3'端非翻译区;序列比对分析发现,2条序列ORF(open reading frame)同源性为86%,但氨基酸同源性却为98%,说明是2个钙调蛋白基因.命名为MCaM-1,MCaM-2.其中MCaM-1与拟南芥CaM7、胡萝卜CaM4的氨基酸同源性达100%.这表明钙调蛋白序列在植物中相当保守.     

改良RACE技术克隆板栗短雄花序26S核糖体基因片段

RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术是以RT-PCR为基础,根据部分已知基因序列(如EST),通过cDNA的3′端和5′端快速扩增获取全长cDNA的一种有效方法。本文作者以板栗芽变品种短雄花序为材料,利用改良SMART RACE的技术克隆了板栗(Castanea mollissimaBlume)26S基因5′端未知序列,所得到的cDNA的5′末端共有1 204 bp。序列比对分析显示,该检测的核糖体基因与已知其他物种中的核糖体基因高度同源,它与已克隆到的同源基因橡树和八角枫之间的同源性分别为98%和97%。     

青海湖裸鲤核糖体蛋白S3a基因的克隆和表达特性研究

青海湖裸鲤是青海湖及其周边流域唯一的经济鱼类,在鱼-鸟-草地生态系统中处于核心地位。核糖体蛋白S3a（RPS3a）是真核细胞中核糖体40S小亚基的组成成分,为一种多功能性蛋白。开展青海湖裸鲤高盐适应机理的研究,有助于揭示青海湖裸鲤的基本生命活动规律,为该鱼种的资源保护和人工增殖放流提供理论依据。我们通过RT-PCR和RACE技术,得到了青海湖裸鲤RPS3a的完整编码序列［KC818610.1］。通过实时荧光定量检测胚胎发育不同阶段和不同盐度胁迫条件下RPS3a表达水平的变化,显示其在盐度胁迫条件下和胚胎发育过程中表达水平逐步上升,初步表明RPS3a对于青海湖裸鲤胚胎发育和盐度适应性生理机制的变化有着重要作用。     

松油烯-4-醇对粘虫体内保护酶活力的影响

以松油烯-4-醇处理粘虫5龄幼虫后,测定了兴奋期、痉挛期、麻痹期及复苏期4个中毒阶段试虫的保护酶活性。结果表明,超氧化物歧化酶(SOD)被明显激活,各中毒阶段的酶活力均极显著高于对照,其中兴奋期的酶活力最大,为对照的3.04倍;处理试虫的过氧化氢酶(CAT)在兴奋期和痉挛期与对照的差异不大,而在麻痹期和复苏期被明显抑制,酶活力分别为对照的78%和92%;过氧化物酶(POD)也被明显抑制,各中毒阶段的酶比活力依次为对照的81%,86.0%,65.0%和90.0%。分析认为,中毒试虫的复苏可能与POD和CAT活力的变化有关。     

粘虫蛾的翅振频率及其若干影响因素

粘虫ＭｙｔｈｉｍｎａｓｅｐａｒａｔａＷａｌｋｅｒ蛾翅硬化后能飞翔，随蛾龄增长翅振频率逐渐增加，４、５日龄达到最高值，雌、雄个体分别平均为（４７．９１±１．５０）Ｈｚ和（４７．５８±１．９２）Ｈｚ；粘虫飞翔的适宜温度为１１～３０℃，最适温度在１７℃左右，２３～２６℃时翅振频率较高，但持续时间较１７℃短；翅振频率与补充营养关系密切，碳水化合物是粘虫蛾维持较高翅振频率和较长持续时间所必需的补充营养；气流的大小、方向显著影响粘虫娥的翅振频率和飞翔状态，在逆风状态时翅振频率最高，在逆风速为２ｍ／ｓ时飞行状态最稳定。     

吉林省二代粘虫预测模式研究

以我国东部粘虫 (MythimnaseparataWalker)年发生第二代成虫公主岭地面诱蛾量和同期降雨量的数据为预测因素 ,该世代成虫繁殖的危害种群在吉林省的发生面积为预测目标 ,应用回归相关法研究发生预测的数学模型 ,用Basic语言计算机程序计算并进行分析与拟合 ,提出了吉林省二代粘虫预测模式。     

松油烯-4-醇对粘虫酯酶活性及同工酶的影响

以粘虫为试虫,测定了松油烯-4-醇对其酯酶活力和酯酶同工酶的影响。结果表明,松油烯-4-醇对粘虫血淋巴酯酶有一定的激活作用,在兴奋期、痉挛期、麻痹期和复苏期,酯酶活性分别为对照的1．03、1．07、1．43和1．16倍;试虫同工酶的变化与酯酶活力变化基本吻合,即酶活力增强时,同工酶的主酶带增强或新增一些酶带;酶活力变弱时,同工酶的主酶带减弱或一些弱带完全消失。     

东方粘虫U6启动子的克隆及功能验证

为了持续获得大量短片段干扰RNA(short interference RNA,siRNA),通过染色体步移技术克隆得到东方粘虫U6snRNA基因5′-端侧翼启动子序列1 426bp。经生物信息学分析,该序列含SPH元件、八聚体序列(OCT)、远端序列元件(DSE)、近端序列元件(PSE)及TATA box等RNA聚合酶Ⅲ(RNA polymeraseⅢ,RNA PolⅢ)U6启动子的特征元件。通过构建RNA干扰(RNA interference,RNAi)载体的方式,对增强型绿色荧光蛋白EGFP基因进行RNAi,证明克隆得到的东方粘虫U6启动子可成功驱动shEGFP表达,具有U6启动子功能。为后续构建以东方粘虫V-ATP酶H亚基为靶基因的沉默载体奠定基础。     

黔西南州薏苡粘虫的危害习性及其气象影响因素

[目的]了解黔西南州薏苡粘虫的危害习性。[方法]于2015年在黔西南州安龙县对薏苡粘虫进行蛾量、田间卵量、幼虫密度和气象因子影响等的调查。[结果]粘虫对薏苡的危害以第2代为主,6月中下旬为危害盛期,暴雨对粘虫有抑制作用。[结论]调查结果为下一步制定薏苡粘虫的防治措施提供了理论依据。     

雷公藤甲素对粘虫中肠消化酶及其组织结构的影响

测试雷公藤甲素对粘虫中肠消化酶活性的影响 ,并对中毒试虫的中肠组织结构进行显微观察。结果表明 ,处理试虫脂肪酶活性在痉挛期和麻痹期分别下降 2 6 .0 %和 39.1% ,达极显著水平 ;淀粉酶、蛋白酶活性在各个时期的变化均不显著 ;中肠细胞变厚且混乱变形 ,组织许多部位呈消融状 ,肠壁细胞层排列不规则 ,柱状细胞与杯状细胞排列不整齐 ,并有纵肌、微绒毛脱落现象。     

5种杀虫剂对粘虫不同发育阶段的室内毒力

采用胃毒法、卵和蛹采用浸渍法,测定甲氨基阿维菌素苯甲酸盐、氯虫苯甲酰胺、辛硫磷、联苯菊酯、高效氯氟氰菊酯5种杀虫剂对粘虫卵、1龄幼虫、3龄幼虫、5龄幼虫和蛹的室内毒杀作用。结果表明:供试5种杀虫剂对卵的触杀作用依次为甲氨基阿维菌素苯甲酸盐高效氯氟氰菊酯联苯菊酯辛硫磷氯虫苯甲酰胺;对幼虫的毒杀作用依次为甲氨基阿维菌素苯甲酸盐联苯菊酯、高效氯氟氰菊酯氯虫苯甲酰胺辛硫磷;对蛹的触杀作用依次为高效氯氟氰菊酯联苯菊酯辛硫磷甲氨基阿维菌素苯甲酸盐氯虫苯甲酰胺。甲氨基阿维菌素苯甲酸盐对粘虫卵和幼虫的毒杀效果最好,对卵、1龄幼虫、3龄幼虫、5龄幼虫的LC50分别为0.276、1.555、0.109和1.483 mg/L;高效氯氟氰菊酯对粘虫蛹的触杀效果最好,LC50为5.539mg/L。建议根据粘虫发生的实际情况,在生产中将甲维盐和高效氯氟氰菊酯作为防治粘虫的首选药剂。与其他供试的4种杀虫剂相比,氯虫苯甲酰胺对粘虫卵和蛹的毒杀作用最弱,对1龄、3龄、5龄幼虫的毒杀作用略高于辛硫磷或与其相当,显著低于联苯菊酯、高效氯氟氰菊酯和甲氨基阿维菌素苯甲酸盐,建议在粘虫大发生时慎用。     

粘虫中肠胰蛋白酶基因启动子的克隆及其功能分析

【目的】通过克隆粘虫Mythimna separata(Walker)(Lepidoptera:Noctuidae)中肠胰蛋白酶基因5′端侧翼启动子序列,并分析启动子功能,为进一步探索昆虫胰蛋白酶活性调控机制奠定基础。【方法】利用Genome Walking方法克隆粘虫中肠胰蛋白酶基因5′端侧翼启动子序列,运用在线分析软件NNPP v.2.2和数据库JASPAR进行序列分析,构建由胰蛋白酶基因启动子驱动的萤火虫荧光素酶报告基因载体,通过转染草地贪夜蛾sf21细胞系,瞬时表达后用双荧光素酶报告基因检测系统分析该启动子活性。【结果】克隆得到粘虫中肠胰蛋白酶基因5′端侧翼启动子序列1 863bp,其中含TATA框、CAAT框等启动子核心序列及GATA、STAT、C/EBP等转录调控元件。双荧光素酶报告基因检测系统分析表明,相对于空载体pGL3-Basic,所构建的重组载体p(-1 673/+25)具有明显的启动子活性。【结论】克隆得到的启动子片段明显具有启动报告基因表达的能力,可用于在胰蛋白酶基因启动子水平和转录因子水平研究杠柳新苷活性化合物的激活机理。     

牦牛SPAG11基因克隆与生物信息学分析

【目的】克隆牦牛(Bos grunniens)精子相关抗原11(Sperm-Associated Antigen 11,SPAG11)基因,并了解其分子结构特征,为进一步研究牦牛SPAG11生物学功能奠定基础。【方法】从牦牛睾丸中提取总RNA,RTPCR扩增并克隆SPAG11C、SPAG11 D和SPAG11E基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出牦牛SPAG11基因3个亚型:SPAG11C、SPAG11 D和SPAG11E,序列大小分别是351,408和261bp,分别编码117,129和80个氨基酸,其中SPAG11 D和SPAG11E序列包含1个完整开放阅读框(ORF),SPAG11C序列包含部分ORF。牦牛SPAG11C、SPAG11 D和SPAG11E核苷酸序列与黄牛(Bos taurus)相应序列相似性最高,而与黄牛β-防御素1相似性较低(50%)。3个蛋白亚型均具有β-防御素家族基本特性,生物信息学分析显示其均含有磷酸化位点。【结论】成功克隆牦牛SPAG11C、SPAG11 D和SPAG11E基因,明确了其编码蛋白的分子结构特征。