金鱼源维氏气单胞菌JY01全基因组测序及生物信息分析

维氏气单胞菌(Aeromonasveronii JY01)是从福州某养殖场内金鱼烂尾、腐皮和溃疡等病灶处分离出的1株革兰氏阴性优势菌。为了解其基因组结构及功能特征,基于IlluminaPE150和Pacbio测序平台对维氏气单肥菌菌株JY01进行全基因组测序,并对测序数据进行组装和组分分析,利用生物信息学手段进行基因预测与功能注释、同时预测致病因子和耐药基因。结果表明:维氏气单肥菌菌株JY01基因组序列长度为4.97Mb,GC含量为58.17%;共预测到4 601个编码基因、31个rRNA、16个基因岛及124个tRNA;其中,3 461个基因在COG中获得注释,3 082个基因聚集到GO聚类分析中,4 345个基因在KEGG代谢通路中富集,预测维氏气单胞菌菌株JY01携带13种毒力因子包含240个相关毒力基因及9大类抗生素耐药性包含175个抗生素耐药基因。     

牦牛DRA基因克隆测序及生物信息学分析

为全面解析牦牛MHCⅡ类基因结构与功能，采用分子克隆测序技术对大通牦牛DRA基因编码区进行等位基因频率估算并进行生物信息学分析。结果显示：大通牦牛DRA基因编码区含有762 bp的开放阅读框，共编码253个氨基酸；共有3个SNPs(g.2376C>T、g.2851C>G、g.3016C>A),其中第2、3外显子分别存在1个C→T的同义突变和C→A的错义突变(L→M),这两个突变均降低了大通牦牛DRA基因mRNA二级结构的稳定性；g.3016C>A突变前后编码蛋白质的分子量、原子总数、脂肪系数、不稳定系数、总平均亲水性方面存在差异；生物信息学的方法分析显示，BoLA-DRA基因是MHC基因家族中高度保守的基因。该研究结果可以为大通牦牛DRA基因结构与功能的研究奠定基础。     

维氏气单胞菌flrB基因敲除株构建及其生物特性鉴定

维氏气单胞菌是一种常见的人鱼共患致病菌,为研究维氏气单胞菌中的flrB基因的功能,笔者通过扩增flrB基因上下游同源臂连接至pRE112质粒中,电击转化重组质粒至大肠杆菌WM3064,接合转入野生型维氏气单胞菌,在蔗糖压力下筛选、PCR和测序验证敲除菌株.结果表明,敲除flrB基因后降低生物膜的形成,但不影响维氏气单胞...     

桃拉病毒基因组的生物信息学分析

[目的]对桃拉病毒(Taura syndrome virus,TSV)的完整基因组进行生物信息学分析。[方法]通过生物信息学方法对基因序列组成、开放阅读框、蛋白质理化性质、二级结构预测分析、蛋白跨膜结构的存在与否、蛋白信号肽存在与否以及蛋白质三级结构进行了预测分析。[结果]登录NCBI网站下载TSV(JX094350.1)10 128 bp的基因片段,经生物信息学分析,编码氨基酸3 286个,理论等电点(pI)为5.14,相对分子质量为366 443.00 Da,不稳定系数(Ⅱ)为37.76,属于稳定蛋白质;完整基因序列中包含2个开放阅读框(open reading frame,ORF);蛋白中存在跨膜结构;没有蛋白信号肽。[结论]对TSV的生物信息学分析有助于在分子水平上了解桃拉病毒的基因结构以及预测其感染机制,可为预防和治疗虾类的桃拉综合征提供有用的信息。     

气单胞菌低温淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析

[目的]获得低温菌LA77的低温淀粉酶基因及其生物学信息.[方法]用16S rDNA序列分析对其进行了分子鉴定,并根据分类地位进行了特异引物设计和PCR扩增,通过生物学网站和软件对获得的基因及编码蛋白进行分析.[结果]低温菌LA77归属于气单胞菌属,PCR扩增获得一条编码703个氨基酸的完整开放阅读框的基因.通过生物信息学分析显示该蛋白质理论分子量约为77.9 kD,等电点为6.16,为亲水、且具有信号肽的跨膜蛋白.可能存在10个磷酸化位点,1个糖基化位点,二级结构主要由α螺旋和随机卷曲构成.基于氨基酸序列的结构域和系统进化树分析表明,该蛋白属于α-淀粉酶家族,极可能为低温淀粉酶.[结论]LA77低温淀粉酶基因的获得,将为低温淀粉酶基因的进一步改造、表达以及其酶低温催化机理的阐释奠定重要的基础.     

玉米抗冷相关基因ZmSAMDC克隆及生物信息学分析

在水稻中同源比对得到玉米的SAMDC基因,并利用生物信息学在线软件,对该基因编码的蛋白质结构及理化性质等进行分析.结果 表明:ZmSAMDC为疏水性非跨膜类蛋白,无信号肽结构.ZmSAMDC蛋白分子量大小为43283.12 D,等电点为4.78,氨基酸数共398个,蛋白质不稳定系数为38.32,预测该蛋白为稳定蛋白.Z...     

版纳微型猪近交系FABP4基因编码区序列扩增及生物信息学分析

以GenBank中登载的普通猪FABP4基因为参考序列,设计特异性引物,采用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系卵巢组织中扩增FABP4基因的编码区序列,经直接测序后采用生物信息学软件对编码区序列和蛋白质结构进行生物信息学分析和结构预测.结果表明:版纳微型猪近交系(BMI)FABP4基因编码区序列长399bp,编码132个氨基酸;BMI FABP4基因同普通猪比对同源性为100%,未发现碱基突变;生物信息学分析表明不同物种FABP4基因编码区核苷酸序列与氨基酸序列具有较高的保守性;蛋白结构预测显示,FABP4蛋白空间结构为由2个α螺旋和10个反向平行的β折叠围成的桶状结构.     

牛Tollip基因编码区克隆及功能分析

采用RT - PCR和测序相结合的方法克隆了牛Tollip基因,并采用生物信息学方法分析了该基因及其所编码的蛋白质的结构和功能.结果表明:获得了2 619 bp的cDNA序列,其中第52～873 bp为编码区,编码273个氨基酸,其蛋白质的分子量为30.08 kD,等电点为5.30,含有C2结构域(51～151aa)和...     

扩展莫尼茨绦虫蛋白激酶C相互作用蛋白(PICK1)基因的克隆及序列分析

[目的]分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Monieziaexpansa)新基因,为进一步研究该基因的功能奠定基础.[方法]构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取其全长cDNA序列;采用生物信息学等分析技术对该cDNA序列进行开放阅读框(ORF)的寻找、编码氨基酸的推导、核苷酸和氨基酸同源性比较及蛋白质二级结构的初步预测.[结果]获得了1个扩展莫尼茨绦虫新基因蛋白激酶C相互作用蛋白,全长1 527 bp,编码447个氨基酸,CDS预测存在明显的BAR,PDZ结构域.编码蛋白的理论分子质量为50.173 3 ku,等电点为5.22.[结论]获得了扩展莫尼茨绦虫蛋白激酶C相互作用蛋白的全长cDNA序列,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定基础.     

羊源杀鲑气单胞菌16S rRNA基因的克隆测序及分析

从重庆市丰都县无菌采集山羊血液,提取全血基因组,用16SrRNA基因的引物进行PCR扩增,得到2条长约1 500bp的扩增片段,将其克隆到pMD19-T载体后进行测序,并与3条豚鼠气单胞菌,3条嗜水气单胞菌,3条中间气单胞菌,4条杀鲑气单胞菌,2条温和气单胞菌,3条维氏气单胞菌和5条舒氏气单胞菌16SrRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明:所克隆的基因片段长度均为1 507bp,GenBank登录号为JF823571和JF823572.系统发育分析发现2条序列均被聚类到杀鲑气单胞菌群,并与温和气单胞菌聚类到一个大的分支.同源性比对结果显示所获得的序列与杀鲑气单胞菌法国株(ATCC33658T)X74681和阿根廷株AF134065的同源性最高,均为99.6%,表明重庆地区存在受杀鲑气单胞菌感染的山羊.     

杀鲑气单胞菌杀藻作用的初步研究

为了研究几丁质酶对硅藻杀灭作用,以杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)和其几丁质酶敲除菌为研究对象对牟氏角毛藻(Chaetoceros muelleri)进行共培养并探究其作用差异。结果表明:杀鲑气单胞菌野生株和缺失株分别与牟氏角毛藻共培养48 h后,野生株对牟氏角毛藻的杀藻率达到9.18%,而缺失株无明显杀藻活性;通过扫描电镜进一步发现野生株细菌能够裂解牟氏角毛藻的细胞壁,而缺失株不能。结果证实杀鲑气单胞菌因具有几丁质酶而对藻类具有杀灭作用。     

鳄鱼源气单胞菌的毒力基因与耐药特性分析

对海南地区患病暹罗鳄(Crocodylus siamensis)体内分离出的10株气单胞菌(5株嗜水气单胞菌、3株达卡气单胞菌、1株简达气单胞菌和1株维氏气单胞菌)进行了毒力基因、耐药基因的检测以及抗生素药物敏感性试验.结果 表明:气溶素、肠毒素、蛋白酶等基因检出率较高,其中,lip和ela2种毒力基因检出率高达100...     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

药敏试验与比较基因组揭示嗜水气单胞菌耐药潜力

为了揭示嗜水气单胞菌的耐药潜力,运用微量肉汤稀释法和比较基因组学方法对其进行了分析。结果显示：恩诺沙星、硫酸新霉素、氟苯尼考、盐酸多西环素对3株菌株有抑制作用,而磺胺间甲氧嘧啶对3株菌株均无抑制作用。菌株的耐药表型未与耐药基因一一对应,某些菌株虽然未注释到耐药基因,也可以表现出相关耐药表型;自测的3株菌株基因组大小差异较大,亲缘关系非近缘,但耐药基因数量基本一致;经ANI（平均核苷酸一致性）计算后,基因组比较分析发现嗜水气单胞菌基因组具有较强的可变性,即使是近缘菌株,其基因组间仍有较大差异;系统发育分析显示,不同宿主来源的菌株在进化树上呈现分散分布,近缘菌株分布在不同国家和地区;所有菌株在CARD（综合抗生素耐药性数据库）中共注释到21种耐药基因,其中7种耐药基因为所有菌株共享。造成这一现象的原因,很可能是由于嗜水气单胞菌基因组较强的可变性以及其宿主分布的广泛性,菌株间进行频繁的基因交流,促进了耐药基因在整个物种的快速扩散,所以即使菌株间基因组变化较大,但耐药基因在菌株间的变化较小。     

空肠弯曲菌flaA基因序列及功能预测分析

[目的]对空肠弯曲菌空肠弯曲菌flaA基因的序列及功能进行预测分析。[方法]分析了多个空肠弯曲菌flaA核酸及氨基酸序列组成和序列差异性;预测分析了flaA基因密码子使用偏好性、蛋白结构和功能域、Fla A与相关功能蛋白的互作情况。[结果]不同菌株的flaA基因序列存在差异性,且差异主要存在于序列的中间区域。不同空肠弯曲菌菌株的同一基因在密码子选择上存在差异。Fla A与多个蛋白存在不同形式的相互作用。[结论]该研究可为空肠弯曲菌flaA基因序列分析和功能研究应用提供基础和依据。     

3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析

对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低.     

益生菌发酵乳无菌提取物对空肠弯曲杆菌flaAσ28启动子的抑制作用

为了研究益生菌发酵乳无菌提取物对食源性有害微生物(空肠弯曲杆菌)有毒基因表达的抑制作用,以利用空肠弯曲杆菌的有毒基因flaA σ28启动子和无启动子的质粒pRYluxCDABE联结构建的生物冷光转基因模型为试验材料,通过检测生物发光特性的方法,研究了空肠弯曲杆菌有毒基因flaA表达与益生菌(5种双岐杆菌,6种乳酸杆菌)发酵乳无菌提取物之间的关系。结果表明,益生菌发酵乳无菌提取物对空肠弯曲杆菌flaA σ28启动子的活性有显著的抑制作用(P<0.05),并可显著抑制空肠弯曲杆菌有害基因flaA的表达。     

鸡神经肽Y（NPY）基因在毕赤酵母中的表达

为通过毕赤酵母的表达获得鸡NPY蛋白,根据GenBank上的鸡NPY基因序列,结合毕赤酵母密码子的偏好性合成编码鸡NPY蛋白的基因,将其插入真核表达载体pPICZαA,构建重组表达质粒pPICZαA-NPY,并将重组质粒电转入毕赤酵母GS115,获得重组毕赤酵母菌GS115/pPICZαA-NPY,用终浓度为1%的甲醇诱导表达阳性转化菌,用Tricine-SDS-PAGE和Western Blot检测表达蛋白。结果成功构建表达载体pPICZαA-NPY,转化后的重组酵母菌成功分泌鸡NPY蛋白,获得分子量约为35 kDa的鸡NPY蛋白。     

枸杞叶黄酮与不同蛋白质的相互作用及体外抗氧化活性比较

采用自由基诱导法制备蛋白质—枸杞叶黄酮复合物，通过紫外光谱、荧光光谱、傅里叶变换红外光谱、电镜等方法表征5种蛋白质（醇溶蛋白、大豆蛋白、酪蛋白、牛血清蛋白和乳清蛋白）与枸杞叶黄酮共价结合前后蛋白质结构的变化并进行了抗氧化性的分析。结果表明，5种蛋白质都与枸杞叶黄酮发生了不同程度地相互作用，并使蛋白质的结构发生改变。枸杞叶黄酮与蛋白质共价结合，导致蛋白质荧光淬灭，改变了酪氨酸或色氨酸数量。傅里叶变换红外光谱中酰胺A带、Ⅰ带、Ⅱ带的特征峰发生偏移，表明蛋白质在共价复合枸杞叶黄酮后二级结构发生了改变。扫描电镜直观显示了共价复合物微观结构的变化，可形成球状、片状、棒状或不规则颗粒状。综合比较发现，醇溶蛋白、乳清蛋白与枸杞叶黄酮结合能力较强，对蛋白质的二级结构影响较大，且体外抗氧化活性较强。研究结果为进一步分析枸杞叶黄酮与蛋白质共价复合物的性质以及枸杞叶黄酮类化合物作为天然抗氧化剂的应用提供理论基础。