新疆野兔DNA条形码筛选

旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象,以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因,经PCR扩增和测序后,综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明,ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA,CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平,遗传频率分布图有着更宽的gap,系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看,ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4,候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。     

鉴定气单胞菌DNA条形码的筛选与评价

为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属(Aeromonas)进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序列扩增测序成功率、DNA条形码间隙(DNA barcoding gap)和系统发育树作为评价条形码片段的指标,筛选出该属的DNA条形码。分析表明,cpn60基因的扩增及测序的成功率最高,种内遗传平均距离(0.017)和种间遗传平均距离(0.133)差异显著,且存在较明显的DNA barcoding gap,表明cpn60可作为气单胞菌鉴定的DNA条形码。     

凌云牛心李DNA条形码筛选及其亲缘关系分析

本研究通过对9份凌云牛心李进行ITS、matK及rbcL序列PCR扩增和序列比对分析,旨在筛选适合于凌云牛心李开展遗传多样性研究的DNA条形码。通过序列比对分析,9份李种质ITS序列长度在713 bp~717 bp之间,G+C含量59.33%~60.95%之间,存在27个变异位点;matK序列长度为935 bp~937 bp之间,G+C含量33.33%~33.55%之间,存在5个变异位点;rbcL序列长度为743 bp,G+C含量42.20%~43.07%,存在3个变异位点。相对于matK及rbcL序列,ITS序列进化速率较快,存在更为丰富的遗传变异位点,更适宜用来开展凌云牛心李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列构建了9份凌云牛心李、22份其他地区李种质以及5份杏、5份梅种质的NJ系统进化树,凌云牛心李与其他李种质亲缘关系较近,其中N2、N3、N8和N9中国宁波的茄皮李和日本的大石早生李聚为一个类群,而N1、N4、N5、N6和N7与中国嘉兴的槜李、中国山东的玉皇李、中国贵州的九阡李聚为一个分支,表明凌云牛心李作为地方优质李品种,在长期种植过程中种内产生了较丰富的遗传变异。     

禾本科8种牧草DNA条形码通用序列筛选

DNA条形码技术是利用DNA保守片段对物种进行快速准确鉴定的新兴技术。本研究根据GenBank中禾本科牧草matK和rbcL基因的核苷酸序列,设计4对通用引物,建立并优化了针对禾本科7个主要牧草属8种牧草11个样品[高丹草(Sorghum bicolor×S.sudanense)、玉米(Zea mays)、针茅(Stipa capillata)、"贝克"多年生黑麦草(Lolium perenne‘Plxie)、"凯帝莎"多年生黑麦草(L.perenne‘Caddieshack’)、甘肃羊茅(Festuca kansuensis)、"百琪"紫羊茅(F.rubra‘Bargena’)、"梦神"紫羊茅(F.rubra‘Maxima’)、"百胜"草地早熟禾(Poa pratensis‘Barvictor’)、"钻石"草地早熟禾(P.pratensis‘Diamond’)和芨芨草(Achnatherum splendens)]的目的片段的扩增条件。对扩增产物进行测序和分析,经分别比对,筛选出8种牧草的4个标记位点5’端和3’端保守序列。对各标记位点保守区内的核苷酸进行单核苷酸多态性(SNPs)的单倍型分析。结果表明,matK1、matK2、matK3分别有6个单倍型(H1~A、H1~B、H1~C、H1~D、H1~E和H1~F)、7个单倍型(H2~A、H2~B、H2~C、H2~D、H2~E、H2~F和H2~G)和3个单倍型(H3~A、H3~B和H3~C),rbcL基因有5个单倍型(H4~A、H4~B、H4~C、H4~D和H4~E)。根据matK(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因筛选的4个标记位点为8种牧草建立了相对应的特异DNA识别码。本研究可为混合禾本科牧草饲料中的高粱属、玉蜀黍属、芨芨草属、针茅属、黑麦草属、羊茅属和早熟禾属的8种牧草准确识别提供分子水平上的科学依据。     

矩镰荚苜蓿与近缘种花苜蓿的DNA条形码筛选

为了筛选适于鉴定易混淆种矩镰荚苜蓿(Medicago archiducis-nicolai)和花苜蓿(M.ruthenica)的DNA条形码,本研究采集了两近缘种的113个样本,对6个候选条形码序列(通用序列rbcL,psbA-trnH,trnL-trnF,trnK-matK,ITS₂和新序列GA3ox1)进行PCR扩增、测序和序列比对,经过barcoding gap分析、wilcoxn检验以及构建NJ系统发育树评价各序列的鉴定能力。结果显示：6条候选序列的扩增和测序成功率在85%以上;rbcL序列在两近缘种间不存在变异位点,其余5条候选序列各有不同的种内变异和种间变异;5条候选序列的种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离,GA3ox1,ITS2和psbA-trnH序列在种内种间存在明显的“Barcoding Gap”区域;在候选序列构建的NJ系统进化树中,利用GA3ox1和psbA-trnH,矩镰荚苜蓿和花苜蓿均能各自形成单系,但trnL-trnF,trnK-matK和ITS2不能将两个近缘种区分开。通过分析,我们推荐使用核编码基因GA3ox1作为鉴定矩镰荚苜蓿...     

基于SRY基因鉴定新疆野兔性别

为得到形态上性别鉴定特征十分缺乏的新疆野兔样本的性别数据,本研究采用双重PCR法同时扩增SRY基因和APP基因,通过分析PCR产物,对采自新疆9个地区共121例未知性别的野兔样本进行性别鉴定。在验证PCR结果的可靠性后,鉴定出雌性样本69例,雄性样本52例,性别比例经统计学分析后接近1∶1,符合实际。这为后续研究新疆野兔的物种分类、群体遗传学和分子进化等方面提供了基础数据,也在兔类资源的管理保护和开发利用方面有着一定的实际意义。     

DNA条形码与生物分类学研究

DNA条形码是一段特殊的、可用于物种鉴定的DNA序列.是近几年来国际上生物分类学研究的热点.该技术在动物分类学研究中已得到广泛的应用,所采用的DNA序列是线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ号基因(CO Ⅰ)的部分序列.在植物分类学研究中,DNA条形码的进展相对缓慢.目前尚处于对所提议的叶绿体DNA片段rpoB、rpoCl、matk、rbcL等进行比较和评价阶段.阐述了DNA条形码在生物分类学研究方面的应用现状、存在的问题及可能的发展趋势.     

西番莲DNA条形码遗传多样性分析

DNA条形码;西番莲;遗传多样性;聚类分析     

国际生命条形码计划—DNA Barcoding

中国拥有数目庞大、种类繁多的动植物,也有很多珍贵、濒危生物,这些更是异常宝贵的科学资源。DNA条形码技术的出现可以更好的帮助鉴别这些物种,了解其分支来源,甚至可以预知其进化方向。笔者简述了DNA条形码的技术原理与操作步骤及这项技术的产生与发展情况;简要列出了DNA条形码发展过程中的重要进步与研究相对集中的物种;概述了DNA条形码的应用途径及目前DNA条形码研究中存在的主要问题、矛盾、研究思路与发展方向,并对其发展前景做出展望。     

动物 DNA 条形码研究进展及应用前景

DNA条形码技术(DNA barcoding)是通过对标准目的基因DNA序列的分析来进行物种鉴定的技术.2003年,加拿大动物学家Paul Hebert首次将DNA条形码引入生物界.2003年3月份和9月份在美国冷泉港召开的两次国际会议拟定了国际生物条形编码计划的发展蓝图[1-2].2004年6月份成立生物条形码联盟...     

养野兔须防野兔热

在肉兔养殖中,目前有不少人养起了野兔,或用野兔改良现有肉免,并取得了较好效果。但接触野兔     

DNA条形码技术在食品溯源中的应用

现在食品安全越来越关注食品的可追溯性.近年来,DNA条形码作为食品溯源中一个潜在有效的工具得到迅速发展.本综述介绍了DNA条形码在食品安全尤其是在食品溯源中的应用,回顾了DNA条形码从概念的提出,到食品检测、食品溯源及防止食品商业欺诈中的应用.DNA条形码能够保障食品安全、防止商业欺诈,但距离真正的大规模应用,还有较长的路要走.     

DNA条形码技术在中药领域的应用

DNA条形码技术可对物种进行快速自动鉴定,具有鉴定准确、结果稳定、操作简便、适用广泛等特点,目前在中药领域应用较多。从DNA条形码技术在中药材鉴定、种植、流通、市场监管、中成药鉴定和药用植物种质资源调查等中药领域的多个方面进行综述,并探讨DNA条形码技术在中药领域的优势和不足,以期为DNA条形码技术在中药领域的研究提供新的思路。     

野兔热

国际上比较公认的可能作为生物战剂的有6类23种病原微生物及其毒素,其中野兔热也在其中。2005年8月26日莫斯科新闻网报道说,俄罗斯中部地区8月初暴发了野兔热,约近100人感染。有美国媒体猜测疫情可能是细菌武器泄露所致。这些人中主要是沙图尔斯基区的居民,其中66人系距离销毁生物武器的企业不远的捷尔任斯克市居民。因此有传闻说,此次感染是由于从旧贮藏库中泄露出生物武器而导致。     

野兔家养

根据饲养规模的大小,利用空闲地或果树园内用砖或钢丝把四周围起来,围墙高度一般在2米左右,1亩地(666.7平方米)可养成年野兔60～80只,公母比例为1:4.在园内可种些兔子喜爱吃的牧草,如紫花苜蓿、黑麦草等.     

DNA条形码及其在动物遗传多样性中的应用

DNA条形码技术是现今生物分类学中重要的分子技术之一,其利用线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)等基因可以快速准确地鉴定新种和隐存种。COⅠ基因存在于所有动物中,呈母系遗传、比较保守、无内含子、进化速率比较快(是核基因进化速率的2～10倍)、具有明显的碱基偏好性,而且其DNA序列很少存在插入和缺失。DNA条形码技术不仅是生物形态学研究的一个重要补充,而且为研究生物分类与进化开辟了新的途径。本文就DNA条形码技术的技术原理、操作步骤及其在动物分类学及遗传多样性中的应用作一概述,旨在通过对其技术原理了解的同时,掌握其在当代生物分类学中的独特作用、现实意义及局限性,为进一步开展生物分类及进化研究提供思路。     

一野兔饲养场野兔死亡的诊治报告

2005年7月29日下午．接到本市某野兔养殖场电话，该场饲养的野兔几天内连续死亡．现存野兔也陆续发病，死亡原因不明．请求现场诊治。     

六种常见牧草Matk基因DNA条形码研究

采用DNA条码(DNA Barcoding)技术对紫草科(聚合草)、豆科(紫花苜蓿、箭筈豌豆)和禾本科(羊茅、芨芨草和针茅)等6种牧草Matk基因的3个核苷酸片段(Matk1、Matk2、Matk3)进行测定和分析。结果表明,由于碱基插入(缺失),Matk1和Matk2各存在3种长度类型(L1~(259)、L1~(260)、L1~(262)及L2~(245)、L2~(246)、L2~(247)),Matk3存在2种长度类型(L3~(149)和L3~(150));因碱基变异,Matk1、Matk2和Matk3分别有4个(H1~A、H1~B、H1~C和H1~D)、3个(H2~A、H2~B和H2~C)和2个(H3~A和H3~B)单倍类型。据此建立了由碱基变异和插入(缺失)片段组合而成的6种牧草Matk基因识别码。根据碱基变异和插入(缺失)位点颜色差异及其所占据的相对位置,制作了DNA彩色条形码,通过比较纵向位置上的颜色差异实现6种牧草的鉴别。     

DNA条形码技术在肉类鉴别中的应用研究进展

肉类掺假一直备受关注,关乎公共卫生、宗教因素、食品安全、消费者身心健康及不良的肉类市场竞争。应该通过快速、准确的肉类物种鉴别来保护消费者免受这些非法行为侵害。近年来,由于DNA条码技术较高的特异性和敏感性,以及简便性和热稳定性而被提议作为鉴别肉和肉制品物种来源的有利工具。文章简述了DNA条码技术在肉类鉴别中的应用研究进展,并对这种方法的优点进行了讨论。