不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）（J₁（亚成年大熊猫个体）、J₂（成年大熊猫个体）、J₃（老年大熊猫个体））的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析（redundant analysis,RDA）分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明：在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J₂肠道最高,淀粉酶活力在J₃肠道最低,纤维素酶活力在J₁肠道最低,蛋白酶活力在J₁肠道最高,在J₃肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

圈养老年大熊猫肠道菌群16SrDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.     

圈养老年大熊猫肠道菌群16S rDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。     

鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响

本试验旨在研究鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响。随机选取20只成年雄性咖啡貂,分为2组,分别饲喂鲜饲料和混合饲粮,每组10只。屠宰后取后肠内容物,提取肠道细菌基因组。利用16S rDNA高通量测序技术,分析和比较不同序列的分类学水平,研究肠道微生物多样性。结果表明:在2组水貂后肠中,细菌主要归类于6个门,其中厚壁菌门为水貂肠内相对丰度最高的细菌,混合饲粮组和鲜饲料组相对丰度分别为84.08%和83.50%(P=0.36),其次分别为变形菌门(9.37%和7.22%)(P=0.36)、放线菌门(3.85%和5.72%)(P=0.28)、未分类细菌门(1.69%和2.18%)(P=0.47)、蓝细菌门(0.66%和0.85%)(P=0.07)以及拟杆菌门(0.11%和0.32%)(P=0.36),这6个门占所有细菌的99%以上。混合饲粮组乳酸杆菌属细菌相对丰度最高(29.9%),魏斯氏菌属相对丰度次之(21.7%),而鲜饲料组魏斯氏菌属相对丰度最高(32.2%),乳酸杆菌属相对丰度次之(22.2%),其他细菌相对丰度相似。混合饲粮组和鲜饲料组水貂肠道菌群在聚类分析上差异不显著(P0.05),但混合饲粮组差异大的个体数量多于鲜饲料组。综上所述,饲喂营养水平相似,但饲粮组成不同的咖啡貂肠道内细菌组成相似,但不同细菌相对丰度不同,混合饲粮组后肠菌群个体差异较大,分析表明在本研究中饲粮组成是影响咖啡貂肠道菌群差异的主要因素。     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

基于16S rRNA测序技术对不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系的比较分析

试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16S rRNA测序技术对不同年龄牦牛肠道细菌区系进行测序分析。使用Qiime软件进行Alpha多样性和Beta多样性分析,用R软件绘制PCoA图,使用Anosim函数进行组间差异显著性检验,利用Mothur方法与SILVA132的SSUrRNA数据库进行物种注释分析,并利用Tax4Fun对肠道细菌进行功能预测。结果表明,年龄对肠道细菌区系操作分类单元(OTUs)数目和Simpson指数有显著影响(P0.05),Simpson指数在Cc组最低;Beta多样性分析结果显示,Cc分别与Ac、Dc组之间、Ac与Dc组之间有显著差异(P0.05)。在门水平上,各组厚壁菌门所占丰度最高,拟杆菌门居于第二。Bc和Cc组厚壁菌门相对丰度显著高于Ac和Dc组(P0.05),疣微菌门相对丰度在各年龄组之间有显著差异(P0.05),且Cc组最高;在属水平上,随着年龄的增加,拟普雷沃菌属丰度逐渐增加(P0.05),一些非优势菌属罗姆布茨菌属、颤杆菌属、艾克曼菌属和Mailhella在组间存在显著差异(P0.05);功能预测结果表明,牦牛肠道细菌区系的代谢功能显示出最高的相对丰度,在各组中相对丰度均超过44%。Cc组氨基酸代谢、信号转导和细胞运动功能基因表达丰度显著高于Ac和Dc组(P0.05),Ac、Bc和Dc组之间功能基因表达丰度无显著差异(P0.05)。综上,随着年龄增长,放牧公牦牛肠道细菌区系多样性发生变化;2.5岁牦牛肠道细菌区系的变化提示此阶段牦牛的蛋白质消化代谢和免疫能力较高,为育肥饲养提供了良好的基础。     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响北大核心

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响。利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化。结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大。各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10%提高至14.21%,有害菌群弧菌属数量由10.11%降低至4.68%。研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定。     

肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示：与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降（P<0.05）,肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低（P<0.05）;杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,变形菌门相对丰度显著上升（P<0.05）;主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

四种救护陆龟粪便菌群组成分析

为了解不同陆龟的肠道微生物菌群的区系特点,采用高通量测序技术,分析比较人工养殖的缅甸陆龟（Indotestudo elongata）、苏卡达陆龟（Centrochelys sulcata）、辐射陆龟（Astrochelys radiata）和豹龟（Stigmochelys pardalis）粪便微生物多样性。结果表明：厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、互养菌门（Synergistetes）和变形菌门（Proteobacteria）均为4种陆龟的优势菌门,与其他已报告的爬行动物优势菌门相似。虽然陆龟属于后肠发酵动物,但4种陆龟粪便样本中相对丰度排名前10的菌属（普雷沃氏菌属Prevotella、瘤胃球菌属Ruminococcus、梭菌属Clostridium等）与反刍动物瘤胃菌群有着极为明显的相似性。NMDS分析结果显示来自相似环境的龟粪便微生物差异更小,LEfSe分析显示每种龟都有着各自的标志物菌,因此导致肠道菌群差异的根本因素很大程度上取决于自身的遗传特质。氨基酸球菌属（Acidaminococcus）和费氏刺骨鱼菌属（Epulopiscium...     

热应激条件下荷斯坦奶牛后段肠道差异微生物分析

本试验旨在分析热应激条件下,热应激耐受奶牛和热应激易感奶牛后段肠道菌群组成的差异,寻找与热应激相关的后段肠道微生物,为利用饲养管理和遗传选择等手段提高奶牛耐热能力提供理论依据。选择体况相近且健康的1胎中国荷斯坦泌奶牛19头,利用奶牛夏季上午直肠温度(MRT)和下午直肠温度(ART)差值(RTD)将其分为热应激易感组(H组,10头)和热应激耐受组(L组,9头)。采用Illumina PE250测序平台测定两组个体粪便中细菌16S rDNA V3～V4区序列,利用生物信息学方法筛选两组个体的差异微生物。结果表明:①L组的Shannon指数和Chao1指数高于H组,但组间差异不显著(P0.05)。②在门水平,两组个体的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度之和均占总菌的95%以上;在属水平,L组中YRC22和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度显著高于H组(P0.05),且YRC22、Prevotella的相对丰度与ART、RTD、呼吸评分(RS)、直肠温度极值(RTR)及流涎评分(DS)等5项热应激相关指标均呈负相关关系。③与热应激相关的6项指标(MRT、ART、RTD、RS、DS、RTR)中,RS、DS和MRT在冗余分析(RDA)结果中R2较大,表明这3项指标与奶牛后段肠道微生物菌群相关程度较大。综上所述,热应激影响奶牛后段肠道菌群结构,Prevotella是热应激相关的后段肠道微生物。     

圈养与散放、野生鸟类肠道菌群差异的Meta分析

圈养是濒危野生动物重引入的重要措施之一,为了阐明圈养与野生、散放与圈养条件下鸟类肠道菌群的差异,在Web of Science和CNKI数据库中检索已发表的中英文文献,提取肠道微生物群落数据并使用R(Meta)进行分析。结果表明:圈养与野生相比,鸟类肠道厚壁菌门(Firmicutes)的丰度显著增加,拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度显著下降,梭菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度显著下降,而粪球菌属(Coprococcus)和布劳特氏菌属(Blautia)的丰度显著增加;散放与圈养相比,鸟类肠道拟杆菌门和放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著增加,Olsenella的丰度显著下降。圈养对鸟类肠道菌群组成产生影响,散放会减轻一部分圈养的影响使其更接近野生鸟类。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性研究北大核心CSCD

本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。