企鹅源禽1型副黏病毒基因组序列分析

为了从分子水平上探讨企鹅源禽1型副黏病毒BP01的演化,根据GenBank登录的鹅源禽1型副黏病毒基因序列设计引物,运用RT-PCR方法于国内外首次测定了企鹅源禽1型副黏病毒全基因组序列,其全长为15 192nt.经分析表明BP01病毒基因组与SF02株和ZJ1株等鹅源禽1型副黏病毒同源性最高,分别为99.1%和99.0%;与IT-227/82和dove/Italy/2736/00等鸽源禽1型副黏病毒同源性分别为90.2%和88.1%;而与Hert/33和LaSota等鸡源禽1型副黏病毒的同源性最低,仅分别为87.9%/和83.2%.对F基因第47～435nt进行系统进化树分析和F基因第334～1 682 nt进行HinfⅠ、BstO Ⅰ、Rsa Ⅰ酶切位点分析,确定BP01株病毒为基因Ⅶ型.F蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合禽1型副黏病毒强毒株的特性,经预测发现BP01株病毒F蛋白的七肽重复序列分剐在第143～189位氨基酸残基和第461～503位氨基酸.通过对主要毒力基因推导的氨基酸序列进行比较发现,水禽源与其它源F蛋白有14个氨基酸不同,HN蛋白上有2个氨基酸的不同,而P蛋白有20个氨基酸的不同,且在第151～166位氨基酸存在一个明显的突变域.     

一株新的鸽源基因Ⅵ型新城疫病毒的分离鉴定

从进口鸽中分离到1株鸽Ⅰ型副黏病毒，经测定，其鸡胚平均死亡时间（MDT）为59．2h，鸡脑内接种致病指数（ICPI）为1．92，属于速发型新城疫病毒。通过RT—PCR，扩增出了该分离毒株F基因的重要功能区片段，经测序分析，其裂解位点的氨基酸序列为112RRQKR^117，符合新城疫强毒裂解位点特征。用blastn和blastx分别搜索GenBank的核酸和蛋白数据库，发现它与2株鸽Ⅰ型副黏病毒具有99％的同源性，系统发育进化树分析为基因Ⅵ型。表明，该病毒为1株新的强毒力鸽源基因Ⅵ型新城疫病毒。     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。     

雏番鸭基因IX型禽1型副黏病毒分离鉴定及F基因序列分析

自发病死亡雏番鸭中分离到一株(XBT14株)基因Ⅸ型禽1型副黏病毒,该病毒可引起雏鸭明显神经症状及急性死亡,致死率达44.4%;病毒融合(F)蛋白裂解位点处具有强毒株特有的多碱性氨基酸序列(112RRQRR↓F117),与Gen Bank数据库中已发布的基因IX型毒株核苷酸序列同源性高达99.7%~99.9%,与基因VII型毒株核苷酸序列同源性为85.5%~86.6%。该分离株与近来报道的GD09-2等基因IX型毒株处于同一进化分支。以上结果表明对水禽致死性的禽1型副黏病毒呈现基因型多样性,水禽禽1型副黏病毒病的防控日益严峻。     

几株野生鸟类来源的Ⅰ型禽副粘病毒分子生物学特征的研究

参考GenBank中Ⅰ型禽副粘病毒（Avian paramyxovirus,APMV-1）序列,在F基因的3’端相对保守区设计1对引物,利用RT-PCR方法对华南农业大学兽医学院禽病学教研室近两年来从广州和深圳两个地区分离的4种动物来源共10株Ⅰ型禽副粘病毒毒株的F基因进行扩增,其扩增长度约为450bp。测序结果表明：广州株与NDV的基因Ⅵ型有高度的同源性,1个深圳株与Ⅶ型有较高的同源性,其氨基酸序列均符合F蛋白裂解位点区（112-117）强毒株的氨基酸序列特征;其他4个深圳株均与基因Ⅰ型有很高的同源性,其氨基酸序列均符合F蛋白裂解位点区（112-117）弱毒株的氨基酸序列特征。     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。     

禽Ⅰ型副黏病毒不同禽源株P基因编码蛋白的分子特征分析

采用RT-PCR技术对禽Ⅰ型副黏病毒鸡源分离株(WF00C)、鹅源分离株(WF00G)和鸽源分离株(WF00P)P基因进行了克隆和序列分析。结果表明:这些毒株的P基因最大ORF的长度均为为1188bp,编码395个氨基酸。P蛋白同源性和系统发育分析显示,WF00C株和WF00G株与NA-1、ZJ1、FP1/02、PX2/03、Duck/1/05、SP02和SRZ03的同源性较高,WF00P株与意大利鸽源分离株IT-227/82、2736/00和法国鸽源分离株99106、99299的亲缘关系较近,而且WF00C株、WF00G株和WF00P株均与传统疫苗株或弱毒株HB92、LaSota、Clone30和B1以及国内标准强毒株F48E9的遗传距离较大,这预示目前流行的APMV-1已经发生了较大程度的变异。V蛋白羧基端氨基酸比对分析发现,APMV-1V蛋白的特有序列有较高的一致性,即氨基酸序列(132KKG134)和V蛋白羧基端的5个Cys残基位点在所有的毒株中是高度保守的,但在138～170位和201～240位存在较大的变异,APMV-1毒株V蛋白羧基端氨基酸的突变呈现"基因型一致性"。     

鸽源Ⅰ型禽副黏病毒HN基因序列测定和分析

以分离自云南省的一株鸽源禽I型副黏病毒YN-P1株的基因组RNA为模板,通过RT-PCR的方法扩增出HN基因片段,然后将其克隆至T载体中。经PCR鉴定后,对阳性克隆进行核苷酸序列测定。测序后拼接得出HN基因的全序列。测序结果显示,YNP1毒株HN基因为1 716 nt。通过与参考毒株比较HN基因序列,发现所研究毒株YN-P1与TW95核苷酸序列同源性最高为88.3％;与ZJ1／Go氨基酸序列同源性最高为91.6％。     

不同禽源的禽Ⅰ型副黏病毒株毒力、免疫原性及抗原相关性研究

从病死的鸡、鹅、鸽中分离到3株禽I型副黏病毒(CPMV、GPMV、PPMV)。毒力测定结果显示,CPMV、GPMV的毒力与鸡新城疫病毒(NDV)F48E9株的毒力相似,为强毒型;PPMV的毒力与鸡NDVLaSota株的毒力相似,为自然弱毒株。对该分离株F基因裂解位点的序列分析结果表明,CPMV、GPMVF裂解位点氨基酸序列为112K-R-Q-K-R-F117,符合强毒株的序列特征;PPMV F裂解位点氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,属于弱毒株的特征性序列。将该3株病毒制成灭活疫苗,分别免疫鸡,结果都能诱导鸡体产生较高水平的HI抗体;再分别以CPMV、GPMV攻击免疫鸡群,结果显示免疫鸡群可得到保护,而非免疫鸡群被攻击后全部致死。用HI方法检测3株病毒与Lasota株之间的交叉血凝抑制试验,结果表明LaSota与GPMV两毒株间的抗原性无明显差异,LaSota与CPMV、PPMV两毒株间的抗原性有较小的差异。本研究将有助于进一步开展禽Ⅰ型副黏病毒的致病机制和新型疫苗等方面的研究。     

两株鸽源新城疫病毒的分离鉴定及F基因序列分析

从四川省两个不同肉鸽养殖场的送检病鸽中分别分离出2株鸽源新城疫病毒(NDV),分别命名为Mianyang12505和sms12。致病性试验表明2株鸽源NDV均为弱毒,但融合蛋白(F)基因序列分析表明2个毒株均含有典型的强毒株F蛋白裂解位点112RRQKRF117;以F基因序列为基础构建遗传发育树,发现2株鸽源NDV属于基因Ⅵ型;F基因突变分析表明,鸽源NDVF基因突变率较大,且基因Ⅵ型和Ⅶ型存在规律突变;核酸和氨基酸序列同源性分析表明,国内鸽源NDV毒株核酸序列同源性为83.5%～99.7%,氨基酸同源性为85.6%～100%,且本研究分离的毒株与JS0722Pi同源性最高。     

一株鸡新城疫强毒株的分离及生物学特性鉴定

本试验应用一步法RT-PCR和荧光RT-PCR方法分离到一株新城疫病毒,并对此毒株F基因进行了克隆、测序和分析,发现F蛋白裂解位点氨基酸序列为112Arg-Arg-Gln-Lys-Arg-Phe117,与新城疫病毒强毒株特征相符,从分子水平上证明了本试验所分离毒株为新城疫强毒株。结合GenBank中其他新城疫参考株F基因序列进行比较发现,本试验所分离毒株与目前流行的强毒株Taiwan/95、SKY/03、SGM/01的F基因裂解位点氨基酸序列完全一致,而与传统疫苗毒La Sota株的裂解位点则不同。     

6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

一株鸽源新城疫病毒主要毒力基因分析

对2008年从广州市白云区某发病信鸽养殖场分离鉴定的一株鸽源新城疫病毒(简称CP-GD-2008),运用RT-PCR方法扩增出该病毒的F和HN基因的ORF序列,并进行序列测定。经序列对比、进化分析发现,CP-GD-2008属于基因Ⅵb亚型毒株,F蛋白具有强毒株裂解位点序列112R-R-Q-K-R-F117。该毒株与欧洲流行的鸽源基因Ⅵb亚型毒株进化关系密切,表明该毒株与欧洲分离株可能存在共同来源。对F和HN蛋白功能研究发现,除HN蛋白第347位抗原位点由E突变为G外,F和HN蛋白的中和位点、糖基化位点及半胱氨酸残基高度保守。     

猪源副黏病毒HX01株分离鉴定、全基因测序与遗传变异分析

从陕西省户县某猪场患流感样症状病死仔猪肺脏分离得到1株副黏病毒,命名为猪源副黏病毒（PPMV）HX01株,对分离毒株鉴定后进行部分生物学特性研究和全基因测序分析。参考PPMV JL-1株基因组序列设计10对引物,对PPMV HX01株分段扩增并测序,将测序成功的各序列依次拼接得到全基因序列并进行序列比对。该病毒MDT为91.2h,ICPI和IVPI为0,EID50为10-10.25/mL,表明该毒株属于新城疫弱毒株。序列分析结果表明,PPMV HX01株（全基因序列GenBank登录号：JF795531）与NDV参考毒株全基因核苷酸同源性83.3%～99.8%,该病毒与基因Ⅱ型我国传统弱毒疫苗株La Sota全基因水平和各个基因编码开放阅读框的同源性均在99.5%以上,而与基因Ⅸ型国家标准强毒株F48E9和目前流行的基因Ⅶ型毒株亲缘关系较远。     

半番鸭源禽1型副粘病毒FM01株的分离鉴定与F蛋白基因分析

从表现类似新城疫症状的病死半番鸭中分离到1株病毒FM01株，经血凝及血凝抑制试验证实为禽1型副粘病毒、以SPF鸡胚测定其平均致死时间为113，4h，对1d雏鸡脑内接种致病指数为0．23，表明为温和型毒株。利用RT-PCR技术一次性扩增其F蛋白全基因，克隆到pMD 18-T质粒载体，测序后获得F基因全序列，并推导出其相应的氨基酸序列。FM01株的F蛋白基因完整的编码区全长1662bp，编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，具有温和型毒株特有的氨基酸序列结构．与常见新城疫毒株的核苷酸同源性在88．4％～99.6％之间，氨基酸同源性在89．2％～99.1％之间。     

3株禽副黏病毒4型国内分离株的基因组序列及生物学特性分析

为了解我国近年来新出现的禽副黏病毒4型（APMV-4）的生物学特性,对2020年分离鉴定的3株鸭源APMV-4进行致病性分析和基因组测定。结果显示：3株APMV-4分离株F蛋白裂解位点均为116DIPQR↓F121,1日龄雏鸡脑内接种致病指数（ICPI）为0~0.23,对鸡表现为低致病力。3株分离毒株基因组长度均为15 054 nt,基因组结构顺序均为3''-N-P-M-F-HN-L-5'',符合典型的副黏病毒基因组“六碱基原则”;病毒3''端具有55 nt的前导序列,5''端存在17 nt的尾随序列,各基因间有9~42 nt的基因间隔序列;3株分离毒株与APMV-4代表株同源性最高（97.2%~97.5%）,与其余禽副黏病毒同源性为37.1%~47.3%,与中国香港、韩国分离株高度同源。结果表明,我国新出现的鸭源APMV-4为弱毒株,基因组序列同源性较高,关键氨基酸位点未发生变异。本研究为进一步了解APMV-4 和科学防控APMV-4感染提供了参考。     

禽副粘病毒2型Yucaipa标准株F基因的克隆和序列分析

根据从GenBank上查到的PMV-2型Yucaipa株F基因序列——D13977序列，设计特异性引物，从禽副粘病毒2型Yueaipa标准株成功地克隆了F基因全编码序列。所测的核苷酸序列大小为1654bp，编码一个含536个氨基酸残基的多肽(未加工前)，分子量约为55．75kDa。裂解位点在F基因的第98和第99个氨基酸残基之间，F2蛋白羧基端裂解位点区的氨基酸残基序列为Lys-Pro-Ala-Ser-Arg。F基因序列同源性比较结果表明本研究所测的序列是PMV-2型F基因序列，并进一步证实了副粘病毒2型与分离自猴的Murayama病毒在系统进化上有非常紧密的关系。     

一株野鸭源基因Ⅲ型新城疫病毒主要生物学特性及基因组序列测定分析

为研究分离自黑龙江三江自然保护区的野生绿头鸭粪拭子中的一株新城疫病毒(命名为Mallard/CH/HLJ383/06)主要生物学特性及基因组序列,本实验对病毒F基因序列进行测定,结果表明该病毒分离株属于NDV基因Ⅲ型,病毒的1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)为1.81,高于NDV中等毒力病毒株ICPI值,预示该病毒分离株毒力有增强趋势.15日龄SPF鸡致病性试验表明,该病毒分离株可导致雏鸡发病但不死亡,致病性仍低于与其ICPI值相近的基因Ⅶ型毒株.对该病毒分离株进行全基因组序列分析表明:该病毒分离株与Ⅰ系疫苗病毒Mukteswar、江苏2株基因Ⅲ型分离株(JS/7/05/Ch,JS/9/05/Go)结构蛋白氨基酸同源性高达99.0%～99.7%;与疫苗株Mukteswar相比,3株基因Ⅲ型病毒分离株在F蛋白中只有1个共同的氨基酸位点变异(A203T);HN蛋白中存在15个变异氨基酸,但位置各不相同;L蛋白中变异位点最多,为28个,其中有4个变异位点为3个分离株所共有.以上结果初步表明,Mallard/CH/HLJ383/06株可能是由疫苗株Mukteswar在野禽、家禽生态系统中传播进化而来,并由于宿主或免疫压力而发生毒力变异;分离株L蛋白氨基酸位点的变异,可能是导致病毒株毒力返强主要因素之一.     

鹅副黏病毒毒力特性的研究

传统的禽Ⅰ型副黏病毒(Avian Paramyxovirus-1,APMV-1)毒力测定方法是ICPI、IVPI、MDT和空斑形态法。研究发现F蛋白是决定APMV-1毒力的主要蛋白。研究根据APMV-1毒力测定方法,选取鹅副黏病毒LN-7-02株进行一系列致病性试验,并克隆了其包括裂解位点区在内的部分F基因,为进一步研     

广东鸽禽Ⅰ型副黏病毒基因Ⅶ型的分离鉴定

2007年在广东某发病鸽群中分离到一株鸽禽Ⅰ型副黏病毒（GM01）．经测定,其鸡胚平均死亡时间（MDT）为76h,鸡脑内接种致病指数（ICPI）为1．3,在鸡和鸡胚上为中等毒力病毒。应用RT—PCR对F基因片段进行扩增并测序,结果表明该F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112R—R—Q—K—R—F 117,是典型的强毒株序列。用DNASTAR软件对GM01株F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明GM01株与Chicken／Gx／14／2005株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98．6％和98．4％;与Pigeon-Gxp40毒株核苷酸和氨基酸相似性分别为98．5％和98．7％,在遗传进化树中位于同一个分支,同属于基因Ⅶ型;与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸相似性分别为84．1％和86．5％及86．3％和88．0％。