外源皮质酮对雏鸡法氏囊microRNA表达的影响

MicroRNA(miRNA)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码小RNA,在鸡的许多生物学功能中发挥重要作用,但在鸡的应激性免疫抑制的分子调控机制中尚不完全清楚。本试验通过在日粮中添加外源皮质酮激素,构建雏鸡应激性免疫抑制模型,高通量Solexa测序技术建立雏鸡法氏囊差异miRNA表达谱,共鉴定出77个差异表达的miRNAs,34个上调,43个下调,生物学分析预测差异表达miRNA的靶基因有282个,对这些预测的靶基因进行GO和KEGG通路富集分析,结果显示这些通路主要富集到心肌收缩、精氨酸和脯氨酸代谢、RNA聚合酶、肾素-血管紧张素系统。试验结果为揭示家禽应激性免疫抑制转录后分子调控机制提供了依据。     

转录组测序技术在绒毛用羊中的应用研究进展

高通量转录组测序技术在绒毛用羊参考转录组信息的研究过程中发挥着越来越重要的作用。作者主要介绍采用二代高通量测序技术(以RNA-Seq为主),挖掘绒毛用羊产毛、产绒等重要功能性状的分子标记,重点分析新发现的山羊新基因及与绒毛用性能相关的候选标记,为调控绒毛生长的分子机制、相关基因表达调控网络及绒毛分子育种等工作的深入研究提供参考。     

热应激下齐兴肉兔睾丸组织的转录组分析

为研究公兔在急性热应激过程中相关基因的表达及响应的分子机制,本研究以齐兴肉兔公兔为实验对象,构建热应激公兔睾丸精子发生模型,提取热应激组和对照组睾丸组织总RNA,反转录建立cDNA文库,利用llumina Hiseq^TM测序平台进行转录组测序,对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析及RT-PCR验证。结果表明:与对照组相比,热应激组已注释的有765个基因表达上调,37个基因表达下调。对差异显著基因进行KEGG通路富集分析,主要富集于胞吞作用、PI3K-Akt信号通路、核糖体、细胞黏附分子(CAMs)、MAPK信号通路等通路,最终筛选出3个与热应激反应、精子生成有关的基因进行RT-PCR检验,为精子发生的分子调控机制提供线索,并为耐热性家兔的育种提供理论基础。     

基于转录组测序技术研究饲粮赖氨酸水平调控贵州黄鸡采食量的差异表达基因和信号通路

本试验旨在利用转录组测序(RNA?Seq)技术研究饲粮赖氨酸(Lys)水平调控贵州黄鸡采食量的分子机制,挖掘与采食量相关的候选基因和信号通路,进一步提高家禽采食量以及促进养殖效益.选取健康的1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4组,每组5个重复,每个重复20羽.各组饲粮Lys水平分别为0.7％、0.9％、1.1％和1....     

转录组数据分析与功能基因挖掘

高通量测序技术的不断发展和应用,为挖掘重要功能基因提供了转录组分析方法,但如何利用海量测序数据准确、高效地挖掘功能基因,仍是转录组学分析方法研究的重要瓶颈。本文综述了RNA-seq数据质量控制与读段定位、基因组注释、转录本拼接、表达水平评估、差异表达分析等环节分析方法,比较了数据分析常用软件、算法和数据库等的性能和适用范围;同时,又综述了蛋白调控互作网络和加权基因共表达网络等差异表达基因的功能分析方法。转录组分析正在从只利用物种内信息挖掘差异基因,向引入其他物种参考系进行目标物种功能基因挖掘分析方向发展。结合同源基因预测候选基因法、选择信号法、极端数据法、GO注释和KEGG富集分析法及BSR-Seq(bulked segregant RNA-Seq)法等鉴定方法,使分析结果更加科学可靠。随着测序技术和数据分析方法不断进步、数据库资源不断完善,测序数据中隐含的基因表达调控和生命规律将会逐渐得到准确、深入揭示。     

热休克蛋白70生物学功能及在家禽组织中的表达

热休克蛋白(Heat Shock Protein,HSP)是生物细胞在受到热应激等应激源刺激后所产生一类多肽类蛋白质,其中HSP70是HSP家族中最重要、最保守且表达最广泛的蛋白之一,其普遍存在于各种生物体之中。现对HSP70调节细胞凋亡、增强细胞耐热、细胞抗氧化、机体免疫和分子伴侣等生物学功能进行综述,并对其分子调控机制及在家禽组织中的表达水平作了阐述,为进一步探讨HSP70调控家禽的热应激反应及分子机制奠定理论基础。     

σ~B因子在单核细胞增生李斯特菌环境应激反应中的调控作用

为了解σB因子在单核细胞增生李斯特菌(LM)环境应激反应中的调控作用,笔者用基因重叠延伸PCR(SOE-PCR)和同源重组的方法构建了SigmaB基因缺失株,分析该缺失株在不同温度、pH和高盐压力条件下的应激反应能力及应激相关基因的转录水平。结果表明:与野毒株相比,SigmaB基因缺失株在压力条件下的应激能力减弱,rsbV、rsbW、hpt、clpP、ctsR等环境应激相关基因转录水平均降低。本研究提示σB因子在LM温度、pH和高盐环境应激反应中具有重要的调控作用,这为揭示LM环境应激反应的分子机制及药物作用新靶点的筛选提供了重要的理论依据。     

动物血液转录组测序的应用研究进展

近年来,随着转录组测序(RNA-Seq)技术的普及与成本的降低,越来越多地被应用于动物科学研究。一些血液中的基因与疾病紧密相关,参与免疫、应激、代谢与疾病相关的功能,如突触融合蛋白1A(STX1A)基因可能成为预测酮病的分子靶标;血液RNA-Seq可以预测早产、复发性受精失败与流产等早期妊娠诊断相关的血液标记物溶血磷脂酸受体3(LPAR3)基因等;使用血液RNA-Seq鉴定饲料效率的可靠预测因子是减少表型数据收集的一种策略,有助于家畜营养调控基因组学领域的发展;血液中存在家畜生长性状与生产性能的相关标记物,如CD48基因是调节肉牛生长的关键基因;血液是免疫系统的重要防线,能够运输各种免疫活性物质与免疫细胞,血液RNA-Seq的分析提供了全身免疫的概览;血液RNA-Seq在生态环境与应激反应等多方面的应用取得进展,白细胞介素1受体Ⅱ(IL1R2)基因是野生状态下免疫调控的主要基因。多年来哺乳动物尤其是家畜的血液RNA-Seq的相关应用研究表明,血液富含有关健康状况的信息,有望替代病理组织取样来研究不同生理状况的分子特征并预测疾病;不同饲料营养水平的动物血液中基因的表达量不同,有助于家畜营...     

常见家禽免疫抑制性疾病及其防控

<正>在生产实践中,我国养禽业免疫抑制性疾病的发生日趋严重。免疫抑制性疾病常导致家禽免疫系统受损、疫苗免疫失败、多种疾病并发或继发感染,使得家禽大批死亡,给养殖业造成巨大损失。现就家禽常见的免疫抑制性疾病的病因及其防控作一介绍,希望能给广大养禽业者提供参考。1导致家禽免疫抑制的主要因素引起家禽发生免疫抑制性疾病的因素包括非传染性因素和传染性因素。非传染性因素主要有营养缺乏、药物使用不当、霉菌毒素、管理和应激等;     

热应激蛋白对畜禽抗应激机理的研究进展

热应激蛋白(heat shock proteins, HSPs)是机体在应激条件下所产生的一组特异性蛋白质,能使机体迅速适应环境变化。作者简要介绍了HSPs的来源及分类,阐述了HSP70 的基因结构和调控机制,综述了HSPs抗应激功能及在畜禽应激反应中的表达,以期为从分子水平探索HSPs 抗应激机理提供参考。     

基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展

转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作为标记开发的重要来源,为牧草开展种质资源遗传多样性评价、遗传变异分析、居群结构研究和育种提供有效工具。本文综述了基于转录组测序的牧草分子标记如EST-SSR和SNP的开发及应用现状,以期为牧草分子标记开发提供重要参考。     

家禽运输应激及其缓解措施研究进展

运输是贯穿家禽生产到屠宰期间的重要环节。随着消费者对禽产品需求量的增长,家禽养殖业得到快速发展,家禽运输越来越频繁,由此产生的家禽运输应激也备受关注。运输应激是指运输过程中家禽受到各种应激原的刺激,如饥饿、口渴、气候、拥挤、噪音、振动、混群、体力消耗、运输持续时间和病原菌入侵等综合作用的结果,引起运输应激综合征。运输应激会导致家禽生产性能下降甚至死亡,引起家禽神经内分泌、免疫和能量供应系统功能异常,造成机体组织发生损伤,肉品质变差,还会诱发肠道氧化应激,导致肠道菌群紊乱,破坏肠道健康,进而影响家禽的生长发育及健康状况,不仅损害家禽福利,也给家禽业带来严重经济损失和资源浪费。可通过缩短运输时间、给予宰前休息、控制密度、防寒降温、以及补充中草药与植物提取物、微量元素和其他功能性添加剂等措施缓解家禽运输应激。笔者综述了运输应激对家禽生产性能、内分泌与免疫性能、肉品质与肠道健康等方面的影响,以及缓解家禽运输应激的相关措施,以期为家禽运输应激研究及其缓解调控提供重要的参考依据。     

关于控制养猪业生产环节应激反应的思考

目前,在养猪业生产环节中,经常出现应激反应现象,影响着养猪业生产健康、科学、高效发展。因此,在当前养猪业生产快速发展中,必须进一步加强提高生猪抗应激能力的调控,从而减少生猪应激反应的发生,促进生猪生产科学、健康、高效发展,减少经济损失提高经济效益。1应激反应的概念应激是指动物在生存和生产的环境和过程中,受到体内外各种非特异因子刺激时,所表现出的防御反应和机能障碍的现象。当动物受到应激刺激     

转录组学在牧草上的应用进展

牧草是发展草地畜牧业的重要基础。随着高通量测序技术的发展,转录组测序在牧草种质资源评价、重要性状形成机制以及优异基因资源挖掘、分子标记开发等方面已有较广泛的应用。本文从生长发育、生物胁迫适应机制、非生物(盐碱、极端温度、干旱、营养亏缺、重金属等)胁迫适应机理、逆境转录因子挖掘和分子标记筛选等方面对当前有关牧草转录组学研究进展进行综述并展望,以期为相关研究工作的开展提供参考。     

单细胞转录组测序技术在动物肠道中的应用研究进展

高通量测序技术的发展是实现单细胞转录组测序的基石。高通量测序技术基于单细胞分辨率完成组织细胞分型、分析基因表达模式、揭示基因调控关系。文章介绍了3种单细胞转录组测序技术（10×Gnomics、Smart-seq2、Drop-Seq）的原理，阐明了微生物屏障、化学屏障、物理屏障和免疫屏障的组成和功能。通过单细胞转录组测序技术揭示动物肠道免疫的细胞异质性研究，以期为肠道健康的深入研究提供参考。     

不同产羔数绵羊性腺轴比较转录组研究

试验通过对巴美肉羊性腺轴进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取双羔组巴美肉羊5只、单羔组4只,利用转录组测序（RNA-Seq）技术对下丘脑、垂体、卵巢转录组文库进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,27个样品共得到112 Gb的有效数据。差异基因分析表明,与单羔组相比,双羔组下丘脑中,上调表达基因111个,下调表达基因106个;垂体组织中,上调表达基因97个,下调表达基因142个;卵巢组织中,上调表达基因182个,下调表达基因67个。功能富集性分析表明,神经活性的配体－受体相互作用信号通路在下丘脑－垂体－卵巢性腺轴调控排卵及卵泡发育方面发挥着重要的调控作用。通过不同产羔数巴美肉羊性腺轴比较转录组研究,提供了全部的转录本信息,筛选了影响产羔数的相关功能基因,丰富和补充了绵羊基因组信息,为进一步阐明绵羊繁殖力差异的分子机制奠定基础。     

单多羔湖羊下丘脑转录组比较分析

通过对湖羊下丘脑组织进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取三羔组湖羊(n=3)和单羔组湖羊(n=3),利用转录组测序(RNA-Seq)技术对下丘脑cDNA文库进行测序和生物信息学分析,然后采用实时定量PCR验证差异基因在下丘脑组织中的表达情况。通过比较分析转录组数据,共筛选出56个差异基因,其中三羔组中有24个基因上调,32个基因下调。GO分类注释显示,差异基因与器官发育、信号传导、转录调控等生物学过程存在密切关联,同时与DNA结合、蛋白结合、ATP结合等分子事件表现活跃。KEGG通路分析显示,神经信号传递通路、γ-氨基丁酸信号通路可能在湖羊下丘脑调控排卵及卵泡发育方面发挥着重要的调控作用。随机选择5个差异表达的基因进行q-PCR验证,定量结果与测序结果一致。本研究结果为进一步阐述湖羊下丘脑的基本分子机理奠定基础,同时也为全面理解湖羊多羔特性提供新的思路。     

MD引起家禽免疫抑制的作用机理及其防制

免疫抑制(immunosuppression)是指由于免疫系统受到损害而导致家禽暂时性或永久性免疫应答功能不全以及对疾病的高度易感。在过去的时间里,对各种免疫抑制性疾病的研究已经有了很快的发展,显然,人类的免疫缺陷病毒(HIV)感染促进了该研究的快速发展。在现代集约化的家禽生产中,免疫抑制因子已经对经济产生了重大的影响。影响家禽健康的免疫抑     

RNA-seq在家禽中的应用研究进展

RNA测序(RNA-seq)作为新一代的测序技术,为全转录组的分析研究提供了强大的技术支持。最近几年,转录组学技术已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等方面,RNA-Seq作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。同样,在对家禽的研究中,RNA-seq的应用也达到了前所未有的热度。文章综述了近年来家禽在生长发育、繁殖性状、家禽遗传多样性及适应性研究及家禽疾病相关基因筛选方面的转录组学研究进展,在综述已有成果的基础上,分析了转录组学技术自身存在的局限性和现阶段转录组学在家禽研究中面临的问题与挑战,并对未来家禽转录组学研究趋势进行了展望。