9种鸭病毒病GeXP多重PCR检测方法的建立及其应用

旨在建立一种能够同时鉴别H5、H7和H9亚型禽流感病毒、基因A型鸭甲肝病毒、鸭坦布苏病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、新城疫病毒、鸭圆环病毒、番鸭呼肠孤病毒和番鸭细小病毒9种常见鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法。根据这些病原体在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了12对特异性GeXP引物。用单一病毒或混合病毒样品的cDNA/DNA模板优化反应条件,同时以其他常见鸭病病原体及鸭组织器官核酸为对照,验证所建立的GeXP方法的特异性和准确性。以106至101拷贝·μL-1梯度稀释的克隆质粒或体外转录RNA来检测GeXP方法的敏感性。随机选取不同浓度的模板(103和107拷贝·μL-1)进行干扰性试验,并与单一病原体为模板的GeXP多重PCR的检测结果比较。最后用该方法检测150份临床样品,与普通PCR方法的结果作比较,所有阳性结果样品均进行测序,进一步验证所建立的GeXP检测方法的可靠性。结果显示,单重或多重模板的GeXP检测均能特异性扩增出相应片段,不能扩增其他常见鸭病病原体,并且可在103拷贝·μL-1水平上同时特异地检测出9种鸭病原体。GeXP干扰性试验结果显示,当3种不同浓度的模板组合时,本试验所建立的方法依然可同时检测出所有病原体,与单重检测比较,未影响其检出。比较GeXP多重PCR方法和普通PCR方法对150份临床样品的检测结果,结果显示GeXP方法更为敏感与准确。笔者建立的同时鉴别9种鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为混合感染的鸭病毒病临床样品提供了快速分子诊断新方法。     

7种猪场常见高致死病原GeXP检测方法的建立

本研究旨在建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、坏死梭杆菌(Fn)和副猪嗜血杆菌(Hps)7种猪场常见高致死性流行病原的多重PCR检测方法。利用7种病原体的保守序列设计7对特异性引物,同时合成了Cy-5标记的通用引物。将通用引物分别连接到特异性引物的5′端形成7对特异性嵌合引物。优化反应条件,分别使用7组嵌合引物和通用引物混合,扩增7种病原的混合cDNA/DNA,验证其单重PCR的特异性。利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,混合7种嵌合引物和通用引物,扩增单一病原的cDNA/DNA,验证其多重PCR特异性;将其他常见猪病病原的基因组作为干扰的阳性标本,利用7对混合嵌合引物和通用引物进行多重PCR分析,扩增加入了阳性标本的混合模板,验证其多重PCR的抗干扰能力。利用重组质粒和体外转录的RNA进行梯度稀释,确定GeXP多重检测体系的灵敏度。结果表明,7种不同引物分别进行GeXP单重及多重检测,均能检测出特异性目的片段的信号,无明显的干扰片段信号出现;GeXP多重检测抗干扰试验结果显示,在混入3种干扰病原模板后,依然可同时特异性检测出7种病原;GeXP多重检测灵敏度分析显示,在10~3拷贝/μL浓度条件下能检测到7种不同基因的特异性结果。本研究建立的同时检测7种猪场常见高致死性流行病原的GeXP检测方法具有高通量、高特异性和高灵敏度的特点,为快速诊断猪流行性疾病的交叉感染和混合感染提供了新型的检测方法。     

7种猪场常见高致死病原GeXP检测方法的建立

本研究旨在建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、坏死梭杆菌(Fn)和副猪嗜血杆菌(Hps)7种猪场常见高致死性流行病原的多重PCR检测方法。利用7种病原体的保守序列设计7对特异性引物,同时合成了Cy-5标记的通用引物。将通用引物分别连接到特异性引物的5′端形成7对特异性嵌合引物。优化反应条件,分别使用7组嵌合引物和通用引物混合,扩增7种病原的混合cDNA/DNA,验证其单重PCR的特异性。利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,混合7种嵌合引物和通用引物,扩增单一病原的cDNA/DNA,验证其多重PCR特异性;将其他常见猪病病原的基因组作为干扰的阳性标本,利用7对混合嵌合引物和通用引物进行多重PCR分析,扩增加入了阳性标本的混合模板,验证其多重PCR的抗干扰能力。利用重组质粒和体外转录的RNA进行梯度稀释,确定GeXP多重检测体系的灵敏度。结果表明,7种不同引物分别进行GeXP单重及多重检测,均能检测出特异性目的片段的信号,无明显的干扰片段信号出现;GeXP多重检测抗干扰试验结果显示,在混入3种干扰病原模板后,依然可同时特异性检测出7种病原;GeXP多重检测灵敏度分析显示,在10~3拷贝/μL浓度条件下能检测到7种不同基因的特异性结果。本研究建立的同时检测7种猪场常见高致死性流行病原的GeXP检测方法具有高通量、高特异性和高灵敏度的特点,为快速诊断猪流行性疾病的交叉感染和混合感染提供了新型的检测方法。     

同时监测8种牛常见病原体的GeXP高通量快速检测技术

本研究旨在建立一种可同时检测8种常见牛传染病病原体(口蹄疫病毒、蓝舌病病毒、水疱性口炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛轮状病毒、产肠毒大肠杆菌、牛传染性鼻气管炎病毒和小反刍兽疫病毒)的GeXP高通量快速检测方法。将多重PCR技术和毛细管电泳技术有效地结合,根据上述8种病原体的基因保守序列,设计并合成了8对特异性引物,在每对特异性引物的5′端加上一段通用引物,形成特异性嵌合引物。优化反应体系和反应条件,用单一病毒和混合病毒样品来验证所建立的GeXP方法的特异性,用克隆质粒稀释液来测试GeXP方法的灵敏度,检测305份临床样品,进一步验证该方法的可靠性。结果:优化后的GeXP检测体系,可扩增出各病原体对应的特异片段,能在100拷贝·μL~(-1)水平同时并特异地检测出8种牛病病原体核酸。305份临床样品的检测结果与荧光PCR检测结果一致,阳性样品测序结果表明无非特异性扩增的假阳性。结果显示,所建立的GeXP方法具有高通量、特异性好、灵敏度高、方便快速等优点,可用于临床鉴别诊断和流行病学调查,具有较高的临床应用价值。     

弯曲菌荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

根据弯曲菌16S rRNA基因的靶序列设计特异性引物和探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了快速检测鸡肉中弯曲菌的荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行评价。该方法除了对弯曲菌有扩增曲线外,对其他常见食源性病原菌均未有扩增曲线,具有较好的特异性;弯曲菌的最低检测限为10 CFU/mL;重复性实验获得标准曲线相关系数为R2=0.999,批内可重复性变异系数在0.12%-2.1%之间,批间可重复性变异系数为1.7%。应用该方法对68份鸡肉样品检测弯曲菌阳性率为95.6%（65/68）,传统分离方法阳性率为89.5%（60/68）,两种方法的阳性符合率为89.7%。本研究建立的荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性好、操作简单,大大缩短检测周期,可作为检测鸡肉样品中弯曲菌的手段,为鸡肉样品弯曲菌的流行病学调查研究提供新的工具。     

四重荧光定量PCR技术用于食品中4种肠道致病菌的检测

用已建立的四重荧光PCR方法、传统国标或行标方法、MALDI Biotyper高通量微生物鉴定法(基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法)对随机抽取的14份食品样品进行检测,比较3种检测方法的匹配性。并用四重荧光PCR对农贸市场、大型超市采集的10类食品共205份样品进行检测。旨在研究四重荧光PCR法在食品中检测沙门氏菌、弗氏枸橼酸杆菌、奇异变形杆菌和迟缓爱德华菌的应用及食品中这4种菌的污染情况。在205份食品样品中,受污染的食品有110份,污染率53.66%(110/205),同时检出两种及两种以上致病菌的样品有62份,占污染样品的56.36%(62/110)。迟缓爱德华菌大肠菌、弗氏枸橼酸杆菌、奇异变形杆菌、沙门氏菌的检出率分别为7.80%(16/205)、53.66%(110/205)、26.34%(54/205)、5.85%(12/205)。在这3种检测方法中,四重荧光PCR的特异性好、准确性高,操作简便省时,更适用于食品中4种致病菌的快速检测。抽检的食品样品中存在这4种菌的污染,尤以生禽畜肉和水产品污染严重,需加强对食品加工、流通环节的卫生监管和监测。     

沙门菌和志贺菌二重PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank提供的沙门菌invA基因序列和志贺菌ipaH基因序列设计引物,建立了二重PCR方法,在同一反应体系同时检测两种致病菌核酸,经二重PCR方法扩增后,在同一泳道同时检出沙门菌284 bp和志贺菌611 bp特异性扩增条带,而普通大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌、阪畸大肠埃希菌、绿脓杆菌、蜡样芽胞杆菌、马链球菌、产单核细胞李斯特菌、鹅大肠埃希菌、猪水肿病大肠埃希菌均未出现这两种条带.对PCR产物进行测序,测序结果与已发表的基因核苷酸序列比较,沙门菌同源性为93%～100%,志贺菌同源性为98%～100%.应用建立的沙门菌和志贺菌二重PCR方法对广西6个试验猴养殖场1 665份猴粪便样品进行检测,检出沙门菌阳性25份,志贺菌阳性90份,阳性检出率分别为1.5%和5.4%.表明建立的沙门菌和志贺菌二重PCR检测方法特异性强、敏感性高,适用于临床粪便样品的快速检测.     

犊牛腹泻主要病原菌多重PCR方法的建立

产毒性大肠埃希菌、A/E大肠埃希菌和沙门菌是造成犊牛腹泻的主要病原菌。选取产毒性大肠埃希菌的st和lt基因、A/E大肠埃希菌的eae基因和沙门菌的invA基因作为扩增靶基因序列,通过优化反应条件建立了四重PCR检测体系。对PCR产物回收、测序,验证PCR。通过特异性试验和敏感性试验证明该PCR体系特异性强、敏感性高,可有效地检测犊牛腹泻病原菌。使用该四重PCR检测22份临床样品,发现其中9份携带相关基因,并分离得到了相关致病菌。     

基于nuc基因的环介导等温核酸扩增可视化技术检测食源性金黄色葡萄球菌

金黄色葡萄球菌食物中毒主要是由食用被金黄色葡萄球菌及其所产生的肠毒素污染的奶、肉、蛋、糕点、剩饭等蛋白或淀粉含量丰富的食品引起,快速精准的金黄色葡萄球菌检测技术对于保障人们的健康和食品安全具有重要意义。本研究以nuc基因作为检测靶基因,建立了一种检测金黄色葡萄球菌的环介导等温核酸扩增(LAMP)技术。该方法检测金黄色葡萄球菌基因组DNA样品为阳性,而对单细胞增生李斯特菌、鼠伤寒沙门菌、肠出血性大肠杆菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌和产气荚膜梭菌等食源性致病菌和猪链球菌、胸膜肺炎放线杆菌和多杀性巴氏杆菌等猪源细菌基因组DNA检测结果均为阴性,表明建立的LAMP方法具有较好的特异性。灵敏度的检测结果表明,LAMP的检测限可达5.6×10¹ CFU/mL,而常规PCR的检测限为5.6×10⁵ CFU/mL,即LAMP的检测灵敏度比常规PCR高出10 000倍。临床样品的检测结果表明,50份猪肉样品中有4份检出金黄色葡萄球菌。本研究为食源性金黄色葡萄球菌提供了一种快速、可视化、特异性好、灵敏度高、成本低的LAMP检测方法。     

基于hipO基因的环介导等温核酸扩增技术检测食源性空肠弯曲菌

空肠弯曲杆菌是人细菌性胃肠炎的常见食源性致病菌之一,严重危害人类的健康,建立快速精准检测食源性空肠弯曲杆菌的方法,对于保障人们的健康和食品安全具有重要意义。本研究建立了一种可视化、低成本基于hipO基因的环介导等温扩增(LAMP)技术快速检测空肠弯曲菌的方法。该LAMP方法检测空肠弯曲菌CJFX01基因组DNA为阳性,而对肠出血性大肠杆菌O157:H7、鼠伤寒沙门菌、单增李斯特菌、小肠结肠炎耶尔森菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌等食源性致病菌和胸膜肺炎放线杆菌Aha01、副猪嗜血杆菌Ahh01、多杀性巴氏杆菌Ahm03、猪链球菌Ahs02、猪丹毒丝菌Ahe01、支气管败血波氏杆菌Ahb01等猪源致病菌基因组DNA检测结果均为阴性,表明其具有良好的特异性。灵敏度的检测结果表明,LAMP检测空肠弯曲杆菌的检测限为5.4×10¹ CFU/mL,而基于F3/B3引物对常规PCR的检测限为5.4×10⁶ CFU/mL,即LAMP检测空肠弯曲杆菌的灵敏度比常规PCR高100 000倍。本研究建立的LAMP检测方法具有快速、可视化、低成本、特异性好和灵敏度...     

Development and Application of a GeXP-multiplex PCR Assay for Detection of Seven Foodborne Pathogenic Bacterias

This experiment was developed to simultaneously detect the seven common foodborne pathogenic bacterias include E. coli O157:H7, Salmonella, V. cholera, L. monocytogenes, C. jejuni, V. Parahemolyticus and S. aureus. Seven pairs of specific primers were designed according to the conserved sequences of the genes from each pathogen available in the GenBank database. Single and mixed pathogen DNA templates were used to evaluate the specificity of the GeXP-multiplex assay. Control group was set up, recombinant plasmids were constructed, and samples of different DNA concentrations were randomly combined to verify the sensitivity, specificity, accuracy and anti-interference of the established GeXP method. To certify the accuracy and reliability of the GeXP assay, it was evaluated using 120 clinical specimens that were compared with the single PCR. The obtained results showed that the corresponding specific fragments of genes were amplified by the single and the multiplex GeXP PCR assay. The detection limit of GeXP was 10³ copies·μL^-1 when all of seven bacterial pathogens were detected. The results of the interference assay showed the presence of specific amplification peaks when different templates. The detection rate of the GeXP multiplex PCR method was 2.50% (3/120)-15.83% (19/120) while the conventional PCR was 2.50% (3/120)-15.00% (18/120), and GeXP multiple PCR detected 8 more positive cases, which means that, the GeXP was more sensitive and accurate in the detection of the clinical samples. In conclusion, this GeXP-based multiplex PCR is a high-throughput, specific and sensitive test to detect seven common foodborne pathogenic bacterias. This assay provides a method in rapid molecular diagnosis for mix clinical seven common foodborne pathogenic bacterias.     

常见耐药基因多重PCR方法的建立及用于禽致病性大肠杆菌耐药性监测

本研究旨在建立β-内酰胺类、四环素类、氨基苷类、酰胺醇类、磺胺类抗菌药物耐药基因的多重PCR检测方法,用于耐药基因的快速检测。根据GenBank公布的上述5类抗菌药物的耐药基因序列,设计17对特异性引物。通过优化PCR体系和反应程序,建立4组耐药基因（cat+floR+tetB+tetC;dfrA12+sul2+sul1+bla_CTX-M+bal_TEM-1;aac3+aph3+aadA1+strB;tetA+cmlA+strA+sul3）的多重PCR反应体系。然后,检测多重PCR方法的特异性和敏感性。利用建立的多重PCR方法检测42株禽致病性大肠杆菌的耐药基因,同时,检测其耐药性,比较分析耐药基因和耐药表型之间的相关性。结果显示,建立的4组多重PCR体系可有效扩增出17个耐药基因片段,测序结果表明特异性较好。敏感性结果表明,4组多重PCR体系的菌液敏感性分别为10³、10⁴、10⁴和10⁵CFU。禽致病性大肠杆菌分离株的耐药基因多重PCR和单重PCR检测结果一致,其携带的耐药基因和耐药表型的符合率为92.86%。本研究建立的耐药基因多重PCR方法能简便、快速地检测常见的耐药基因,可用于耐药基因的传播、流行调查。     

Development and Application of Multiplex PCR Method for the Drug Resistance Genes Detection in Avian Pathogenic Escherichia coli

To detect the drug resistance genes, the multiplex PCR method for drug resistance genes of β-lactams, tetracyclines, aminoglycosides, amphenicols, and sulfonamides were developed. Based on the sequences of drug resistance genes from GenBank, 17 pairs of specific primers were designed. Then, 4 multiple PCR assays were established through the optimization of PCR reaction conditions and primers concentrations (cat+floR+tetB+tetC; dfrA12+sul2+sul1+bla_CTX-M+bal_TEM-1; aac3+aph3+aadA1+strB; tetA+cmlA+strA+sul3). The sensitivity and specificity of these assays were determined. The multiplex PCR assays were used to detect the drug resistance genes of 42 avian pathogenic Escherichia coli (APEC). The drug sensitivity of these APEC strains were also determined, which were compared to the distributions of drug resistance genes in these strains. The results showed that the 17 drug resistance genes were effectively and specifically amplified in these 4 optimized multiplex PCR assays. The detection limits of the 4 multiplex PCR were 10³, 10⁴, 10⁴ and 10⁵CFU of bacteria, respectively. The established multiplex PCR assays are specific and rapid for the detection of drug resistance genes in APEC strains, which showed 92.86% coincident with the drug resistance for these strains. The developed 4 multiplex PCR are simple and rapid assays for drug resistance genes detection, which can be used for the epidemiologic study for drug resistance genes.     

3种食源性致病菌TaqMan多重荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157 ∶ H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌的TaqMan多重荧光定量PCR(qPCR)方法.针对大肠杆菌O157 ∶ H7 rfbE基因、沙门菌invA基因和产单核细胞李氏杆菌hlyA基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行...     

Establishment and Preliminary Application of the Multiplex PCR Method for Detection of 4 Kinds of Swine Diseases

The aim of this study was to establish a multiplex PCR method for simultaneously detecting porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV),porcine circovirus type 2 (PCV2),porcine pseudorabies virus (PRV) and Mycoplasma hyopneumoniae (Mh).Four pairs of primers were synthesized according to the reference.The multiplex PCR method was developed by optimizing the reaction condition,specificity and sensitivity detection.Four different amplicons with size of 424,490,298 and 360 bp for PRRSV,PCV2,PRV and Mh,respectively,were yielded.The sensitivity of multiplex PCR indicated that the detection limit was 3 copies by using Multiplex PCR Master Mix,and other common pathogens were not amplified.A total of 60 specimens from piglets were tested by multiplex PCR method.The positive accordance rate between simple and multiplex PCR was 100%.This study indicated that multiplex PCR might be a useful tool for rapid and sensitive etiological diagnosis and provided an effective technical support for pathogenic molecular epidemiology investigation.     

新疆地区4种猪病多重PCR检测方法的建立与初步应用

本试验旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mh)的多重PCR检测方法。参考相关文献合成PRRSV、PCV2、PRV、Mh的特异性引物,通过对反应条件优化、特异性、敏感性测定,建立了可同时检测以上4种猪多发传染病的PCR诊断方法。扩增的片段长度分别为424 bp (PRRSV)、490 bp (PCV2)、298 bp (PRV)和360 bp (Mh),对其他常见猪病病原无特异性扩增,采用Multiplex PCR Master Mix对PRRSV、PCV2、PRV、Mh的核酸最低检出量为3个拷贝。采用多重PCR方法对60份临床样本反复检测,与单重PCR相比,4种病原符合率均为100%。结果表明,建立的多重PCR诊断方法可用于猪群中上述4种病原的单一或混合感染的快速鉴别诊断和流行病学调查。     

Simultaneous detection of three porcine viruses by multiplex PCR

Specific oligonucleotide primers were selected and combined in a multiplex arrangement, in order to detect simultaneously three economically important porcine viruses by polymerase chain reaction (PCR). The pathogen panel was comprised of viruses that cause reproductive failure in infected herds: Aujeszky's disease virus (ADV), porcine parvovirus (PPV) and porcine respiratory and reproductive syndrome virus (PRRSV). In order to reduce the time required for the detection of the pathogens, the assay was optimised to a RapidCycler PCR instrument. The multiplex PCR assay was shown to be specific, sensitive and rapid, because the results were read in less than 60 min after sample preparation. Due to its speed, efficiency and sensitivity, the described rapid multiplex PCR assay serves as a useful novel tool in the veterinary diagnostic laboratories for the quick and complex detection of these important porcine pathogens.     

Development of multiplex PCR assay for simultaneous detection of five bacterial fish pathogens

A multiplex polymerase chain reaction (PCR) method was designed for the simultaneous detection of the five major fish pathogens, Aeromonas hydrophila, Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, Flavobacterium columnare, Renibacterium salmoninarum, and Yersinia ruckeri. Each of the five pairs of oligonucleotide primers exclusively amplified the targeted gene of the specific microorganism. The detection limits of the multiplex PCR was in the range of 2, 1, 1, 3, and 1CFU for A. hydrophila, A. salmonicida, F. columnare, R. salmoninarum, and Y. ruckeri, respectively. Multiplex PCR did not produce any nonspecific amplification products when tested against 23 related species of bacteria. The multiplex PCR assay was useful for the detection of the bacteria in naturally infected fish. This assay is a sensitive and specific and reproducible diagnostic tool for the simultaneous detection of five pathogenic bacteria that cause disease in fish. Therefore, it could be a useful alternative to the conventional culture based method.     

牛产肠毒素大肠杆菌毒力因子多重PCR检测方法的建立

通过多重PCR扩增产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigentic E.coli，ETEC）的毒力因子F41菌毛、K99菌毛和STa肠毒素的编码基因来检测和鉴定ETEC。试验中对影响PCR扩增的dNTP、Mg^2＋、引物浓度以及退火温度等因素进行优化，在优化条件的基础上，确定多重PCR的特异性和灵敏性，以此建立同时检测ETEC多个毒力因子的多重PCR方法。用该方法对分离于犊牛腹泻和犊牛肠毒血症的7株大肠杆菌进行检测，结果2株为F41、K99和STa阳性，4株为F41、STa阳性，1株为K99STa阳性。这与玻片凝集试验检测菌毛的结果一致。试验表明，该方法特异性强、敏感性高、简便、快速，适用于临床鉴定和检测牛ETEC菌株。