岔路黑猪酸肉基因的多态性分析

运用PCR-RFLP方法对岔路黑猪的RN基因又称酸肉基因进行多态性分析。结果表明，RN基因的酶切产物有2种基因型，即RN^-/rn^＋和rn^＋／rn^＋，其基因型频率分别为0．7313和0．2687：等位基因RN^-和rn^＋的频率分别为0．3657和0．6343。     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

猪MyoG基因的多态性及其对岔路黑猪胴体和肉质的影响研究

应用PCR-RFLP技术分析了岔路黑猪（56头）、嘉兴黑猪（50头）和Ⅰ系金华猪（109头）群体中MyoG基因的基因频率和基因型频率分布,测定了21头纯种岔路黑猪的胴体和肉质性状,并采用一般线性模型分析了MyoG基因型与以上性状的相关性。结果表明：岔路猪群体中AA型纯合子占绝大多数（84％）,BB型纯合子最少（4％）,A基因频率占90％;嘉兴黑猪群体中只有一种基因型（AA）;而金华猪（Ⅰ系）群体中BB与AB基因型频率相当（分别为45％、46％）,B基因频率大约为A基因频率的2倍。MyoG基因对岔路猪胴体重、后腿重、胴体长等胴体性状有显著影响,但对岔路猪肉质性状无显著影响。     

猪MyoG基因的多态性及其对岔路黑猪胴体和肉质的影响研究

应用PCR--RFLP技术分析了岔路黑猪(56头)、嘉兴黑猪(50头)和I系金华猪(109头)群体中MyoG基因的基因频率和基因型频率分布,测定了21头纯种岔路黑猪的胴体和肉质性状,并采用一般线性模型分析了MyoG基因型与以上性状的相关性.结果表明:岔路猪群体中AA型纯合子占绝大多数(84%),BB型纯合子最少(4%),A基因频率占90%,嘉兴黑猪群体中只有一种基因型(AA);而金华猪(I系)群体中BB与AB基因型频率相当(分别为45%、46%),B基因频率大约为A基因频率的2倍.MyoG基因对岔路猪胴体重、后腿重、胴体长等胴体性状有显著影响,但对岔路猪肉质性状无显著影响.     

4个黄牛群体黑素皮质素受体1(MC1R)基因变异研究

为了评价E(extension)座位对牛毛色性状的影响,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区4个黄牛群体(3个本地群体和1个引进品种)的黑素皮质素受体1(MC1R)基因的编码区进行了基因特征分析和群体变异检测。结果,在文山黄牛、昭通黄牛和短角牛中发现E+和e2种等位基因,检测到E+/E+、E+/e和e/e3种基因型。在文山黄牛中E+和e等位基因的频率分别为0.54和0.46,在昭通黄牛中分别为0.70和0.30;而在迪庆黄牛中共检测到E+、ED和e3种等位基因,它们的频率分别为0.76、0.14和0.10,该群体存在E+/E+、ED/ED、E+/ED、E+/e和ED/e5种基因型,未发现e/e型个体。与所研究个体的毛色性状相联系,发现E座位对牛的毛色有重要影响,E+和ED等位基因与黑色表型有关,而e等位基因与红色表型有关,但黄色、棕色和红色表型还与其它座位基因相关联。     

氟烷基因PCR-RFLP检测技术在杜洛克猪和长白猪中的应用

采用PCR-RFLP技术检测了51头杜洛克猪和30头长白猪氟烷基因基因型的分布情况。结果表明，在检测的杜洛克和长白猪群体中氟炕基因显性纯合子频率分别为0．843和0．933．杂合子频率为0．157和0．067，没有发现氟炕基因隐性纯合子。     

四川省一个新引进外种猪群体氟烷基因及酸肉基因的检测和分析

为了加强对四川省某核心种猪场新引进种猪的选育,试验采用PCR-RFLPs方法对新引进的457头外种猪的氟烷(HAL)基因和酸肉(RN)基因的多态性进行研究。结果表明:新引进种猪中存在3头HALn基因携带者,HALn基因频率为0.33%。RN-rn+、RN-RN-基因型种猪数分别为1头、38头,在整个群体中RN-的基因频率为8.42%。在今后的育种工作中,应加强对氟烷基因和酸肉基因的检测和标记辅助选择(MAS),以选育出抗应激的优质猪群体。     

影响猪肉质的主效基因RN的研究进展

RN基因是近年来研究较热的影响猪肉品质的一个主效基因 ,它由LeRoy等人于 1 990年正式提出。该基因位于猪 1 5号染色体上 ,包括突变的显性基因RN和正常的隐性基因rn 2个等位基因。目前主要根据猪肉中肌糖原含量来划分RN基因型 ,肌糖原含量较低的为非携带者 ,基因型定为rn/rn,肌糖原含量较高的为携带者 ,基因型定为RN/—。RN基因在汉普夏猪中有较高的频率 ,在其他品种猪中频率极低 ,甚至为 0。RN基因在物理图谱上被定位到猪 1 5q2 1 2 2。RN基因是一个多效应的数量性状座位 ,尽管它的表达产物还不清楚 ,但目前普遍认为它影响猪肉的肌糖原含量、肉质、肉加工后的产出率 ,它对猪的瘦肉量、日增重也有一些影响。获得RN基因的DNA探针和研制RN基因的诊断试剂盒将是RN基因未来研究的一个趋势     

5个猪种CAST基因第二内含子微卫星标记的遗传多态性分析

猪CAST基因第2内含子中存在以GT为核心序列的微卫星座位。分析了长白猪、大白猪、杜洛克猪、马身猪和山西黑猪等5个猪种227个个体在该座位的遗传变异,检测到4个等位基因,分别是A(171bp)、B(179bp)、C(185bp)和D(191bp)。在山西黑猪和杜洛克猪中,等位基因D的频率较高,分别为0.6389和0.5143;在马身猪群体中,等位基因B的频率较高,为0.6310;在大白猪和长白猪群体中,4种等位基因的频率相近,分别介于0.1389～0.3889之间和0.1417～0.3500之间。在所检测的群体中,共有10种基因型,在长白猪和大白猪群体中,纯合子所占比例较高,其遗传纯合度分别为0.6667和0.7037,而在山西黑猪和马身猪中,杂合子比例较高,其遗传杂合度分别为0.6111和0.5476。由于CAST基因是影响猪肉质品质的候选基因之一,推测该微卫星座位可能对肉质品质有一定影响。     

不同品种猪SLA-DQA、FUT1和MUC4基因遗传变异初析

为了解析地方猪种淮南猪抗逆性强的分子机制,试验采用PCR-RFLP方法对4个猪种(淮南猪、杜洛克猪、大白猪和长白猪共计395头)的猪耳组织白细胞抗原(SLA)-DQA基因、α-1岩藻糖转移酶基因1(FUT1基因)和4型黏蛋白(MUC4)基因进行多态性分析。结果表明:4个猪种在SLA-DQA基因座位存在多态性,AA型在4个猪种中基因型频率最高,淮南猪为中等多态,其他3个猪种为低度多态,淮南猪与长白猪、大白猪品种间基因型分布差异极显著(P0.01),淮南猪与杜洛克猪品种间基因型分布差异不显著(P0.05);FUT1基因座位也存在多态性,GG基因型在4个猪种中基因型频率最高,淮南猪、大白猪和杜洛克猪都是中等多态,长白猪是低度多态,淮南猪与长白猪品种间基因型分布差异极显著(P0.01),淮南猪与大白猪、杜洛克猪品种间基因型分布差异不显著(P0.05);MUC4基因座位同样也存在多态性,AA基因型在淮南猪、长白猪和大白猪中基因型频率最高,AG基因型在杜洛克猪中基因型频率最高,淮南猪和杜洛克猪都是中等多态,大白猪是低度多态,淮南猪与长白猪、杜洛克猪品种间基因型分布差异极显著(P0.01),淮南猪与大白猪品种间基因型分布差异显著(P0.05)。说明淮南猪在这3个基因上都有着较高的遗传多样性,更适合用于抗病育种研究的实践中。     

6个猪种胰岛素样生长因子-1(IGF-1)基因座位遗传多态性检测

本文采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析方法对我国地方猪种民猪、香猪、桃源猪、内江猪、姜曲海猪以及用作对照的国外猪种杜洛克猪的ＩＧＦ－１基因座位进行研究。结果发现：ＩＧＦ－１基因ＰＣＲ扩增片段存在２个限制性内切酶ＨｈａＩ酶切位点,其中１个酶切位点产生遗传多态。此片段上共产生２个等位基因。在ＩＧＦ－１基因位点上,香猪除与桃源猪基因频率差异不显著之外,与其它猪种之间基因频率差异极显著（Ｐ＜０．０１）,而其它各猪种之间差异均不显著     

IGF—I基因第3外显子多态性对山西白猪生长性状的影响

胰岛素样生长因子I（IGF—I）是动物生长发育和代谢的主要调节因子，是生长激素启动生长活性的主要介导者。采用PCR—SSCP技术检测了山西白猪群体IGF-I基因第3外显子的多态性，共检测到3个等位基因A、B、C，形成了AA、AB、AC、BB、BC和CC6种基因型。A等位基因的频率较高，为0．549，等位基因B和C的频率较低，分别为0．173和0．278．就基因型频率的分布来看，纯合子AA型、杂合子AB和AC型频率较高，分别为0．230、0．204和0．434，其他类型频率较低，均低于10％。利用最小二乘法分析了突变位点对山西白猪初生重、断奶重、6月龄体重和体高、体长、胸围、背膘厚等性状的影响。结果表明，该突变位点对6月龄猪的体高有显著影响（P〈0．05），BC型个体的6月龄体高显著低于其他类型个体（P〈0．05），而对其他性状的影响不显著（P〉0．05）。     

Allelic frequencies of PRKAG3 in several pig breeds and its technological consequences on a Duroc × Landrace‐Large White cross

The allelic frequencies of PRKAG3 gene (the RN gene) have been investigated in several pig breeds. R200Q mutation appear only in Hampshire pigs, whereas V199I mutation is most abundant in Iberian, Porco Celta or Bizaro, and less in breeds selected for muscularity as Duroc, Landrace and Pietrain. A thorough study of phenotypic effects of V1991 has been performed in a Duroc × Landrace‐Large White cross. 199I homozygous pigs show increased pH₂₄ values in ham homogenates and loin (0.14 and 0.16 pH units, respectively) compared to 199V homozygous ones. Meat of 199I homozygous pigs exudates 42.6% less fluid and is darker (2.46 ‘L’‐value units). 199I homozygous pigs are fatter (4.2 mm more backfat thickness) and contain less muscle mass in ham (1.0 percentage points) and shoulder (2.7 percentage points), than 199V homozygous ones. 199I homozygous pigs contain 7.3% less protein in the belly and 8.5% more fat in shoulder muscle mass than 199V homozygous pigs. 199I homozygous pigs have also superior functional properties: better gelling (22.8% larger G′ value) and emulsion capacities (14 percentage points less of total exuded fluid), and higher curing yield in the belly (6 percentage points more). These data support the adipogenic character of the V199I mutation. The advantages and disadvantages of selecting any of the two PRKAG3 alleles for position 199 are discussed.     

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。     

胰岛素样生长因子Ⅰ基因第1内含子微卫星多态性对山西白猪体重和体尺性状的影响

试验检测了山西白猪174个个体胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因第1内含子以CA为核心重复序列的微卫星座位的多态性,并利用单变量动物模型分析了多态位点对山西白猪不同阶段体重和体尺性状的影响。结果表明,在该座位上,共检测到6个等位基因,分别为198、202、204、206、208和210 bp,表现出CA重复数较低的等位基因198和202 bp频率较高,分别为0.2759和0.2385;CA重复数较高的等位基因208 bp频率较低,为0.0747;共检测到12种基因型,纯合子频率较高,均大于0.010(208/208 bp类型除外);而杂合子个体频率都较低,为0.017。统计分析结果表明,IGF-Ⅰ基因型对山西白猪群体的初生重、断奶重、6月龄体重和体高、体长、胸围、背膘厚等性状有显著影响(P＜0.05)。204/204 bp基因型个体不同生长阶段体重高于其他类型个体,而6月龄活体背膘厚又显著低于其他类型个体,符合中国当前猪育种方向,在选育中应优先选留。     

皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析

为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2（hyaluronan synthase 2,HAS2）基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点：位于外显子1的T221A错义突变（导致亮氨酸替换为赖氨酸）和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型（27.5%）,且在皱皮香猪群体中紧密连锁（r²=0.253）,而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol^-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol^-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol^-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol^-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪（P<0.05）,A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪（P<0.01）。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异（P>0.05）。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。     

4个猪繁殖性状候选基因对大白猪产活仔数的影响

为研究猪繁殖性状候选主效基因的遗传效应并应用于猪的繁殖性状改良,实验选择472头大白能繁母猪作为基础群,检测4个控制猪繁殖性状的候选主效基因ESR、FSHβ、PRLR和RBP4在该群体的多态性分布及其对产活仔数的影响.结果表明:除RBP4基因为AA纯合子外,ESR、PSHIS、PRLR 3个基因均存在不同程度的多态,并...     

气候生态因子对淮南猪繁殖性能的影响

淮南猪是河南省优良地方品种。通过对淮南猪原种场母猪繁殖性能五年(1998～2002)统计资料与当地主要气候生态因子的相关性分析。发现高温、高湿气候因子对淮南母猪繁殖性能影响最大,极端最低气温、最高气温对母猪繁殖性能有不良影响。