草鱼醛缩酶B基因部分序列的SNP多态性及其与生长性状的关联分析

通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分别为14.2%、21.3%、21.6%。利用一般线性模型分析3个SNPs位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系,关联分析结果显示,C+687G位点不同基因型只在体长/尾柄长比值上存在显著差异(P0.05),和体质量等重要生长性状不相关。A117C和C+1042A两个位点都在体质量等4个生长性状上存在显著差异(P0.05)。将3个SNPs位点不同基因型两两位点组成3个组合的双倍型(都去掉了频率小于3%的组合),结果显示,C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2个组合分别组成的7种双倍型在体质量等5个生长性状上都存在显著差异(P0.05);A117C和C+1042A组成的3种双倍型在体质量、眼间距等2个生长性状上都存在显著差异(P0.05)。研究认为,可以考虑将草鱼醛缩酶B基因作为生长相关的候选基因,用于草鱼的分子辅助育种。     

大口黑鲈肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性位点的筛选及其与生长性状关联性分析

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8 box和Octamer(＋)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均高于其它双倍型,而双倍型D5在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均低于其它双倍型,双倍型D2与D5之间在5个主要生长性状均存在差异显著(P＜0.05),推测双倍型D2对生长性状起正相关,而双倍型D5与大口黑鲈的生长性状呈负相关,因此推断MSTN基因突变位点双倍型D2与D5可作为大口黑鲈生长性状的两个标记位点,用其分子标记位点来辅助大口黑鲈育种工作以期加快育种进程。     

大口黑鲈ghrelin基因SNPs的筛选及与生长性状关联性分析

ghrelin是脊椎动物的一种脑肠肽,有促进摄食的功能,并能促进生长激素(GH)释放,参与能量平衡调控和糖类代谢。为探索ghrelin基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性,针对大口黑鲈ghrelin基因的启动子序列,实验采用直接测序法获得了2个SNPs位点:S1(A-642C)和S2(A-639C)。随机选取同批繁殖、同塘养殖的大口黑鲈采用Sna Pshot方法进行SNPs位点检测和分型。结果显示,实验群体在ghrelin基因2个SNPs位点上基本处于哈温平衡,S1和S2共组成5种双倍型(D1、D2、D3、D4和D5)。基因型与生长性状的相关性分析结果表明,S1位点AC型个体在体高与全长上显著高于CC型个体,S2位点AA型个体在头长上显著高于AC型个体。双倍型D1在体质量、全长和体高方面显著高于双倍型D3,在体质量、体宽和体高方面显著高于双倍型D4。本研究在大口黑鲈ghrelin基因启动子区域获得的与生长性状相关的SNPs标记,可为大口黑鲈分子标记辅助育种提供帮助。     

吉富罗非鱼 MSTN 基因结构及其多态性与生长性状的相关性

通过PCR和基因组步移法,从吉富罗非鱼DNA中扩增出肌细胞生长抑制素(MSTN)基因及其5′调控区。该序列全长2413bp,含有3个外显子,2个内含子。5′调控区462bp,外显子Ⅰ379bp,外显子Ⅱ371bp,部分外显子Ⅲ145bp,内含子Ⅰ305bp,内含子Ⅱ751bp,编码区共编码298个氨基酸。5′调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E-box以及其他一些转录调控元件,如TATAbox,OCT1,AP1,AP4。通过随机测序法寻找SNPs(Signal nucleotide poly morphisms),获得了3个SNPs,但在群体筛选中,只有内含子Ⅱ内的1个SNPs表现多态性。同时测量了96尾(45♂,51♀)吉富罗非鱼的体质量、体长、体高、体厚,并将这些数据与MSTN基因的SNPs多态性进行相关性分析,研究发现MSTN基因内含子Ⅱ的728nt处G/T多态与吉富罗非鱼体型(体厚/体长、体高/体长)存在显著相关(P0.05)。这些研究结果表明,MSTN基因的SNPs可作为吉富罗非鱼育种的候选分子标记。     

牙鲆GH基因的SNPs与生长性状关系的初步研究

以雌核发育牙鲆(Paralichthys olivaceus)为对象,根据Gen Bank收录的牙鲆生长激素基因序列(Gen Bank登录号:D29737)设计9对引物,采用直接测序的方法对50尾雌核发育牙鲆生长激素基因编码区和启动子进行了单核苷酸多态位点(SNPs)筛选,共获得有效序列1 838 bp,启动子区117 bp,内含子区1 050 bp,外显子区671 bp,覆盖牙鲆生长激素基因78.3%的序列。共检测到7个SNPs,平均发生频率为0.38/100个碱基,其中颠换型3个,插入型2个,缺失型2个;内含子区4个(Intron I:C477T、1 091~1 092/insert T、1 129~1 130/insert A;Intron IV:1 906A/-del),外显子区3个(Exon V:2067T/-del、A2006C、A1974G);SNPs与生长性状相关分析结果显示:C477T和2 067T/-del两个位点对牙鲆的体重、体长、体高等生长性状均有显著影响(P0.05),其他5个SNPs对牙鲆生长性状均无显著影响(P0.05)。研究结果可为牙鲆生长性状的SNPs标记辅助选育提供基础数据。     

吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选

为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析。利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562,GA)、SNP2(g.217,GT)、SNP3(g.–53,CT)、SNP4(g.–220,TC)和SNP5(g.–579,TC)。利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应SNPs的基因分型,分析两个群体遗传多样性参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5′调控区中所有SNPs的多态性均较低。Ikaros基因5′调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明,SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显著差异(P0.05)。连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5′调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型,其中GGCTT单倍型与抗病性显著相关(P0.05),GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显著相关(P0.05)。此外,还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r~2=1,LOD=57.25,D′=1),可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP。综上所述,在Ikaros基因5?调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记。     

长牡蛎糖原磷酸化酶基因SNPs与生长性状和糖原含量的相关性分析

为研究糖原磷酸化酶基因多态性与长牡蛎(Crassostrea gigas)生长和糖原含量的相关性,本研究对长牡蛎糖原磷酸化酶基因(Cg-GPH)编码区单核苷酸多态性(SNPs)与来自5个家系322个长牡蛎个体的生长性状(包括壳高、壳长、壳宽、总体质量以及软体部质量)和糖原含量进行了关联分析.结果表明,在1940 bp的长牡蛎糖原磷酸化酶基因中共检测到82个SNPs位点,其中63个SNPs位点位于外显子区域,1个SNPs位点位于5′-UTR区,18个SNPs位点位于3′-UTR区,编码区SNPs平均密度为1/25 bp;5个SNPs位点与生长性状存在显著相关(P<0.05),未检测到与糖原含量相关SNPs.根据以上5个SNPs位点共构建得到6个SNP单倍型,其中,Cg-GPH基因的H6(CTGAT)单倍型在总体质量性状方面均显著高于其他5种单倍型(P<0.05),表明H6单倍型可能是对长牡蛎体质量增加最有利的单倍型.研究结果为今后长牡蛎生长性状的遗传改良提供了基础资料.     

尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因的克隆、表达及多态性分析

为进一步了解鱼类MHC ⅡA基因的特点及其在免疫反应中的功能,采用同源克隆、RACE-PCR、巢式PCR等技术,从健康的尼罗罗非鱼体获得1 205 bp的MHC ⅡA基因cDNA全序列(Orni-DBA-0101,Genebank登录号:JF719813)及1 388 bp的基因组序列。序列分析发现,尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因含4个外显子和3个内含子,开放阅读框长720 bp,编码239个氨基酸。从4尾尼罗罗非鱼中共得到8条不同的cDNA序列,分别编码不同的氨基酸序列。氨基酸序列比对后发现,序列间存在丰富的多态性,且主要集中在α-1区,多态性位点数远远高于半滑舌鳎MHC ⅡA基因。生物信息学分析表明,尼罗罗非鱼MHC ⅡA编码的蛋白质分子包含1个信号肽、2个胞外结构域、1个跨膜区和1个胞质区,存在4个保守的半胱氨酸残基以及丰富的磷酸化位点,与其他物种的相似性为23%～65%。RT-PCR结果表明,MHC ⅡA基因在脾、肾、肠、鳃、性腺、肝、心脏表达量很高,在鳔和肌肉中表达量最低。人工感染嗜水气单胞菌后,肝、脾、肾、鳃、肠5个组织中MHC ⅡA基因的mRNA水平均发生了不同程度的变化,提示MHC ⅡA分子作为一种重要的免疫因子,在清除病原的免疫反应中起着重要作用。     

草鱼α-淀粉酶基因5＇侧翼序列克隆与分析

应用PCR和Genome Walking技术克隆获得长度为168 bp的草鱼（ Ctenopharyngodon idellus）α-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列和2063 bp的5＇侧翼序列。将草鱼α-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列与已知几种鱼类α-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列比对,相似度为68%~86%。将草鱼α-淀粉酶基因5＇侧翼序列进行生物信息学分析,确定了其转录起始区域及转录起始位点（ TSS）;在TSS上游30 bp处有1个TATA-box,-58 bp处有CCAAT-box;在5＇侧翼序列中还发现有GATA-1、OCT-1、GR、HNF-3、AP1和SP1等转录因子结合位点。草鱼α-淀粉酶基因5＇侧翼序列的克隆,为进一步研究不同食性鱼类α-淀粉酶基因侧翼序列的差异、鱼类α-淀粉酶基因的表达、功能及调控机理奠定基础。     

乌苏里拟鲿igf基因克隆及其与生长性状关联分析

为探究胰岛素样生长因子基因igf与生长性状间的关系,以近缘物种igf基因为参考,克隆乌苏里拟鲿igf1和igf2基因序列,并利用关联分析法分析其多态位点与生长性状的关系。研究结果显示：获得igf1基因全长cDNA 1241 bp,其中开放阅读框(ORF)长477 bp,编码158个氨基酸,igf1基因部分DNA序列10 922 bp, igf1基因由5个外显子和4个内含子组成;获得igf2基因全长cDNA 2008 bp, ORF长741 bp,编码246个氨基酸,igf2基因DNA部分序列3700 bp, igf2基因由4个外显子和3个内含子组成。两基因编码的IGF1和IGF2氨基酸序列均与黄颡鱼相应序列的一致性最高(96.9%和96.7%)。在igf1基因中共检测到5个单核苷酸多态性(SNP)位点,其中1个位于外显子,4个位于内含子,并检测出7个微卫星位点;在igf2基因中共检测到5个SNP位点,其中1个位于外显子、4个位于内含子,并检测出5个微卫星位点。挑选igf1和igf2基因中位于外显子的SNP位点与5个生长性状进行了关联分析,但未检测到显著关联性。本研究结果可为乌苏里拟鲿i...     

Extending electronic length frequency analysis in R

Electronic length frequency analysis (ELEFAN) is a system of stock assessment methods using length‐frequency (LFQ) data. One step is the estimation of growth from the progression of LFQ modes through time using the von Bertalanffy growth function (VBGF). The option to fit a seasonally oscillating VBGF (soVBGF) requires a more intensive search due to two additional parameters. This work describes the implementation of two optimisation approaches (“simulated annealing” and “genetic algorithm”) for growth function fitting using the open‐source software “R.” Using a generated LFQ data set with known values, the accuracy of the soVBGF parameter estimation was evaluated. The results indicate that both optimisation approaches are capable of finding high scoring solutions, yet settings regarding the initial restructuring process for LFQ bin scoring (i.e. “moving average,”) and the fixing of the asymptotic length parameter (L_∞) are found to have significant effects on parameter estimation error. An outlook provides context as to the significance of the R‐based implementation for further testing and development, as well as the general relevance of the method for data‐limited stock assessment.     

硫酸铜和高锰酸钾对似刺鳊鮈幼鱼的急性毒性试验

室温条件下,用静水生物测试法,分别用硫酸铜和高锰酸钾对似刺鳊鮈幼鱼的进行急性毒性试验。结果显示,硫酸铜和高锰酸钾对似刺鳊鮈幼鱼24h的LC50值分别为0.6148mg/L和1.5987mg/L;48h的LC50值分别为0.5517mg/L和1.1637mg/L;72h的LC50值分别为0.4950mg/L和0.9906mg/L;96h的LC50值分别为0.4698mg/L和0.9828mg/L。硫酸铜和高锰酸钾对似刺鳊鮈幼鱼的安全浓度分别为0.04698mg/L和0.09828mg/L。似刺鳊鮈幼鱼对硫酸铜和高锰酸钾的耐受力:高锰酸钾>硫酸铜。似刺鳊鮈人工养殖疾病防治过程中,硫酸铜和高锰酸钾消毒药液须慎用。     

中国虎纹蛙与泰国虎纹蛙的遗传多样性比较

本文应用RAPD技术,研究了中国虎纹蛙(Rana tigrina rugulosa)和泰国虎纹蛙(R.tigrina cantor)的种内种间遗传多样性及种质特异性分子标记,结果表明:中国虎纹蛙和泰国虎纹蛙多态位点比例(P)分别为53.77%和70.79%;遗传多样性指数(H)分别为0.1345和0.1780;种间的遗传相似系数(S)为0.4238,遗传距离(D)为0.6613。两种虎纹蛙遗传多样性都较丰富,但中国虎纹蛙的遗传变异程度较泰国虎纹蛙低。在OPA、OPF、OPP、OPZ几个系列随机引物的扩增中得到了可用于鉴别两种蛙的12条特异性谱带。