利用改良CTAB法提取木薯基因组DNA

摘要：采用改良CTAB法提取木薯基因组DNA,该方法提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳条带清晰,无拖尾现象。结果表明,DNA浓度在710.0 ng/μl～967.5 ng/μl 之间,OD260/OD280在1.73～1.92之间,该方法具有简便、快速、高效等特点,所提取的基因组DNA质量和纯度较高,适用于进一步的SSR、ISSR等分子标记分析。     

普洱茶发酵样品细菌和真菌DNA同时提取方法研究

本研究的目的是建立提取普洱茶发酵样品中微生物DNA的方法。首先比较了3种发酵样品中菌体收集方法,其次改进了omega小量植物DNA提取试剂盒的提取方法,以DNA的纯度、提取率和细菌16S rDNA、真菌?-微管蛋白基因PCR扩增为指标,评价提取DNA质量。实验发现茶样（5 g）加Tween-NaCl缓冲液（50 mL）,静置30 min,超声波振荡10 min,离心（10 min,12000 r/min）的菌体收集方法和在omega小量植物DNA提取试剂盒中引入液氮研磨、溶菌酶和破壁酶联合裂解细胞的方法提取的DNA纯度好,可以分别扩增出细菌16SrDNA和真菌?-微管蛋白基因。建立了普洱茶发酵样品细菌和真菌DNA同时提取方法,为开展普洱茶固态发酵过程微生物多样性的分子生物学研究奠定了基础。     

瘤胃微生物总DNA提取方法的比较

目前如何获得完整的瘤胃微生物总DNA是对瘤胃微生物在分子水平研究中关键的一步。瘤胃微生物总DNA分子片段很大,大概在15kb~20kb,因此需要选择一种合适的提取方法来获得完整的总DNA片段。笔者研究采用物理方法如玻璃珠研磨震荡法、反复冻融法、超声波破碎法、液氮研磨法等,化学方法如表面活性剂十二烷基磺酸钠（sodium dodecyl sulfate,SDS）、溴化十六烷三甲基铵（Cetyltrimethyl Ammonium Bromide,CTAB等）,酶解法（溶菌酶、蛋白酶K等）相结合,并对其进行比较,选择最佳的提取方法,使其符合以后PCR扩增要求以及其它后续研究工作。试验结果表明用玻璃珠研磨震荡加CTAB提取液的方法、反复冻融加SDS提取液的方法提取的瘤胃微生物总DNA的效果高于其它方法,并且通过电泳以及PCR检测,所提取的DNA的量适于进一步的分子生物学研究。     

海南龙血树基因组DNA提取方法比较

摘 要：为选择一种简单、快速、有效的海南龙血树总DNA的提取方法,分别采用CTAB法、SDS法、SDS-CTAB法和改良CTAB法提取海南龙血树嫩叶片的总DNA,用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计和ISSR对所提取的总DNA进行检测。结果表明,改良CTAB法提取的DNA A260/A280在1.7-1.9之间,纯度高、杂质少、DNA完整性好。以该方法提取的总DNA为模板进行ISSR扩增,谱带清晰,多态性、稳定性、重复性好。该法提取的总DNA适用于PCR扩增和其他分子生物学研究是有效提取海南龙血树基因组的方法。     

太行花DNA提取的优化和适用分子标记检测

比较了常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法对太行花叶片总DNA的提取效果,并对改良CTAB法提取的DNA在多种分子标记中的适用性进行了测试。结果表明：常规CTAB法提取的DNA难以完全溶解,且有褐化现象;SDS法提取的DNA产率及纯度都很低;改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少,OD260/OD280比值在1.8左右。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用叶绿体和线粒体通用引物扩增出了特异性的高效产物,ISSR和RAPD引物对总DNA的扩增也获得理想结果。因此,改良CTAB法适用于太行花总DNA提取,其产物能满足核、叶绿体和线粒体基因组分子实验的要求。     

几种内生真菌DNA提取方法的比较

通过三种内生真菌DNA提取方法的比较,即CTAB法、SDS法、改良的CTAB法,结果表明三种方法都能得到目的DNA,而且得率都不错,但改良的CTAB法效果最好,DNA纯度高且质量也好。用改良的CTAB法所提取的DNA作为模板,进行PCR扩增,得到了清晰的单一的扩增普带,完全可用于酶切、测序等后续实验。     

两种同时提取小麦根腐离蠕孢菌DNA和RNA的方法比较

获得足够数量和高质量的RNA和DNA是进行分子生物学研究工作的基础。以小麦根腐离蠕孢菌为原料,分别采用溶菌酶法和液氮研磨法破碎真菌细胞壁提取DNA,用琼脂糖凝胶电泳、紫外吸收及聚合酶链式反应（PCR）技术进行核酸完整性和纯度检测。结果表明：两种方法在提取DNA时都同时得到了高质量的RNA;PCR检测结果表明DNA完整性比较高,两种方法得到的DNA质量相当;溶菌酶法中得到的RNA质量优于液氮法。利用溶菌酶破壁法提取小麦根腐离蠕孢菌DNA的提取体系可用于RNA的提取,为小麦根腐离蠕孢菌核酸的DNA和RNA的同时提取提供了一种简便、安全、可行的方法。     

石油污染土壤总DNA的提取

寻找一种可获得高浓度、大片段的石油污染土壤微生物总DNA的提取方法。分别采用SDS的细胞裂解法、溶菌酶和SDS裂解法、实验室改进法、试剂盒法提取石油污染土壤总DNA。研究结果表明4种方法都可获得石油污染土壤微生物总DNA,但每种方法在提取量和纯度上有一定差异;实验室改进法提取的DNA产率是最高的,试剂盒法提取DNA纯度最高。实验室改进法获得的微生物总DNA,稀释20倍可直接用于PCR扩增。土壤样品经过一定的预处理后提取的DNA片段大小在23100 bp,实验室改进法提取土壤微生物总DNA产率、纯度较好,不经过纯化可直接用于PCR扩增及其他分子生物学实验的操作。     

枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明：改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH₂O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩...     

可口革囊星虫体壁总RNA提取的有效方法

为了从可口革囊星虫体壁中提取高质量的RNA,以便深入开展分子生物学研究。采用改良Trizol法、Trizol法和十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法3种方法提取可口革囊星虫体壁中总RNA,并通过琼脂糖凝胶电泳比较不同方法提取总RNA的效果。结果表明：改良Trizol法提取的总RNA经电泳后能看到清晰完整的28S rRNA、18S rRNA和5S rRNA条带,无拖尾现象;而Trizol法和CTAB法提取的总RNA电泳条带完整性较差,缺少28S rRNA。传统的Trizol法和CTAB法不适用于可口革囊星虫体壁总RNA的提取;改良Trizol法提取的总RNA电泳条带清晰、完整性好,质量符合cDNA合成、RT-PCR扩增等后续实验要求,适用于提取可口革囊星虫体壁总RNA。     

改进的TPS法:一种棉花叶片DNA快速提取方法

分子标记辅助选择需要大批量的DNA样品,快速提取DNA的方法是提高选择效率的关键。研究比较多种植物DNA的提取方法,通过优化改进,建立了适于棉花叶片基因组微量快速提取的新方法。该方法增加缓冲液预处理及在TPS缓冲液中添加PVP40,采用PCR板批量取样、微型手电钻磨样,省去了蛋白抽提、DNA沉淀、洗涤、风干、溶解等步骤,免去氯仿和异戊醇的使用。本方法具有低成本、快速、高通量、操作简单等特点,而且能确保提取的棉花DNA的浓度和纯度达到要求,满足大批量样本SSR分子标记辅助育种工作的需要。     

纳米磁珠联合PCR检测甘蔗杆状病毒方法的建立和初步应用

本研究通过对DNA提取裂解液的成分和用量以及裂解时间等因素进行系统优化,建立了一种高通量的磁珠法提取甘蔗总DNA,再进行PCR检测甘蔗杆状病毒(SCBV)的方法。采用核酸自动提取仪,应用纳米磁珠提取甘蔗总DNA,经PCR检测甘蔗杆状病毒,并与以试剂盒提取DNA为模板的PCR检测结果进行比较。结果显示,经优化的裂解液成分为EDTA·Na20.08 mol/L、NaCl 0.8 mol/L、SDS 2%和Tris-HCl0.10 mol/L,裂解时间为20 min,可用于纳米磁珠提取甘蔗总DNA进行SCBV检测。所建立的方法通量高、成本低、耗时短,可用于SCBV的批量检测。     

银杏内生真菌研究进展

植物内生真菌拥有特殊的生态环境、代谢途径和生物活性,是结构新颖、活性多样的天然产物的重要来源。为了了解银杏内生真菌的潜在应用价值,本研究归纳了银杏内生真菌的生物多样性、次生代谢产物多样性和生物活性,并提出了对其进行进一步研究时的策略和建议。以期为进一步开发利用银杏内生真菌提供参考。     

超声波提取玫瑰茄浸提液工艺条件的研究

采用超声波技术提取玫瑰茄干花萼浸提液,以浸提液吸光度为评价指标,通过单因素试验和正交试验确定了最佳提取条件为:超声波功率60 W,提取温度70℃,提取时间30 min,料液比1∶30。与传统水溶剂提取相比较,超声波提取玫瑰茄浸提液是一种省时高效的新方法。     

鹿茸基因组DNA提取方法的比较研究

本研究旨在建立一种稳定、高效的鹿茸药材DNA提取方法,以满足后续的鹿茸DNA条形码鉴定方法需求。采用2种试剂盒、改良的CTAB法以及SDS法对市场上5个厂家共8批次的鹿茸药材进行基因组DNA的提取,参考2015版《中华人民共和国药典》四部通则9107考察了样品量、水浴温度、水浴时间3个因素。实验结果表明4种方法均可以从鹿茸药材中提取出基因组DNA,其中天根试剂盒提取效果最佳,改良的CTAB法提取效果较差;通过方法学考察得出使用天根试剂盒,提取条件为样品量70 mg、水浴温度56℃,水浴时间6 h时提取效果最佳。本研究优化得到的天根试剂盒提取鹿茸DNA方法操作简便,提取DNA浓度、质量优良,能够用于后续的DNA条形码鉴定中。     

新疆几种野生禾草和草坪禾草的内生真菌带菌率检测

本研究采用苯胺蓝染色法对新疆部分野生禾本科牧草及草坪牧草的内生菌带菌率进行了检测。结果表明,同一地理位置不同种属牧草以及不同地理位置同一种属牧草的带菌率存在显著差异。披碱草叶鞘和种子的带菌率均高达58%。绝大部分禾草的叶鞘内未检测到内生菌,而在其种子的糊粉层中却普遍发现了菌丝,表明部分禾本科植物的内生菌并非系统感染。     

5种方法提取真菌基因组DNA作为PCR模板效果的比较

本研究旨在比较CTAB法、改良CTAB法、SDS法、氯化苄法和Chelex-100法提取真菌DNA作为PCR模板的效果,以生长速率、菌落形态差异较大的11个煤污病菌属真菌为研究对象,以核糖体RNA(r RNA)基因中的内转录间隔区(ITS)序列和28S r RNA基因部分序列的扩增率为指标,采用SPSS软件对结果进行方差分析。结果表明,CTAB法和改良CTAB法适用真菌范围最广,分别有7个和9个属真菌的扩增率都大于70%且无显著性差异;氯化苄法和Chelex-100法适用范围居中,分别有6个和8个属真菌的扩增率较高且无显著性差异,扩增率分别大于70%和50%;SDS法适用范围最窄,有6个属真菌的扩增率高于50%且无显著性差异。大多数煤污病菌至少有2种及以上的DNA提取方法能够取得较好的效果,但链丝孢属真菌只有用氯化苄法提取DNA效果最好。采用改良CTAB法结合氯化苄法,能够满足所有供试煤污病菌类群真菌提取基因组DNA用作PCR反应模板的需要。     

罗汉松和珙桐内生真菌的分离及其多样性研究

为了深刻认识罗汉松和珙桐内生真菌的多样性,分离了183株罗汉松和珙桐内生真菌,结合形态学和分子分类方法对分离内生真菌进行种属鉴定;采用限制性片段长度多态性(RFLP)方法研究分离菌株的遗传多样性。结果表明96株罗汉松内生真菌鉴定为曲霉属Aspergillus、刺盘孢属Colletotrichum、拟茎点霉属Phomopsis、丝枝霉属Aphanocladium、脉孢菌属Neurospora和无孢菌群,Shannon多样性指数为1.73;87株珙桐内生真菌分属于曲霉属Aspergillus、刺盘孢属Colletotrichum、拟茎点霉属Phomopsis、青霉属Penicillium、炭角菌属Xylaria sp.和无孢菌群,Shannon多样性指数为1.53。采用RFLP方法,对全部内生真菌rRNA基因间隔区(ITS)的核苷酸多样性进行了分析,罗汉松和珙桐内生真菌分别聚为22个分枝,同属的菌株聚在一起,同属菌株的RFLP分类相似性在93%以上。罗汉松和珙桐内生真菌中都有无孢菌群,部分菌株与鉴定菌株同处一个分枝中,其他相距较远的无孢菌可能为新的种属。本研究结果提示,罗汉松和珙桐内生真菌的多样性丰富。     

一种适用于PCR扩增的甜菜干种子DNA快速提取方法的研究

为了寻求一种快速提取甜菜DNA的方法,利用改良CTAB法对甜菜干种子DNA进行了提取,经琼脂糖电泳及SRAP和SSR两种随机引物扩增检测,结果表明该法提取的DNA完整性好,SSR及SRAP扩增条带清晰,符合甜菜SSR-PCR及SRAP-PCR对DNA质量的要求。本研究建立了快速提取甜菜DNA的体系,为分子标记在将来甜菜品种指纹图谱构建及辅助育种等方面的应用奠定了坚实的基础。     

Detection of Quercitrin and Quercetin Contents in HERBA TAXILLI by RP-HPLC

[Objective] To establish a rapid,fast and accurate high performance liquid chromatographic analysis for HERBA TAXILLI.[Methods]Quercitrin and quercetin were extracted from HERBA TAXILLI by acid hydrolysis and ultrasonic extraction. Quercitrin and quercetin contents were detected by RP-HPLC. [Results] Quercetin was the main component extracted by acid hydrolysis. There were few free quercetins by ultrasonic extraction; and they were mainly existed in the form of quercitrin. [Conclusions] Quercitrin extracted by ultrasonic extraction was used as the index for quantitative determination; detection was carried out by RP-HPLC. This method could rapidly and accurately reflect the quality of HERBA TAXILLI.