民猪保种群近交程度分析与亚群优化选配方案设计

通过全面整理兰西保种场自建场以来民猪种群的留种与产仔资料，在理清系谱关系的基础上，对民猪保种群的近交程度作了系统分析，依此采取分亚群轮换进行纯繁与杂交的方法保护该种群。根据各亚群平均近交程度的变化，以后代平均近交系数最小或经济价值最大为目标，采用0-1线性规划法，有针对性地制订优化选配方案，从而有计划地对民猪保种群实施保种与选育相结合的保种战略。     

坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价

为了评估坝上长尾鸡种质资源遗传多样性和保种群的保种效果,本研究采用微卫星标记和毛细管电泳相结合的方法,对坝上长尾鸡保种群进行了遗传多样性分析。结果表明:20个微卫星座位在3个世代保种群共检测到215个等位基因,其中3个世代共有等位基因数81个,随着世代的繁育,共有等位基因数呈上升趋势,0世代和1世代等位基因总数为205个,共有等位基因数为98个;1、2世代的等位基因总数是161个,共有等位基因数是110个;20个位点3个世代平均期望杂合度分别为0.7343、0.6832、0.6652,平均多态信息含量分别为0.6973、0.6380和0.6136;近交系数分别为0.3324、0.1512和0.0722。坝上长尾鸡保种群经过3个世代的保种仍然具有丰富的遗传多样性,近交系数下降,有效地避免了近交衰退,说明所采用的保种方法是可行的。     

大额牛的群体生存现状与保种措施

本文阐述了大额牛的品种特性、种群现状和保种措施.大额牛保种可采用原产地活体保种,迁地活体保种和现代生物技术保种.大额牛体型较大,产肉性能好、行动敏捷、结构紧凑、肌肉发达、肉质优良、耐粗饲、适应性、繁殖力和抗病力均较强等特点.种群体数量极小.大额牛是云南省一个地方品种,保种工作刻不容缓.     

地方畜禽品种保种方法的可行性浅析

1 前言 保种就是要保存一切与特定生态条件相联系的基因及基因组合体系.现有地方家畜品种的保种方法都是以群体遗传学理论为基础,尽量控制群体近交增量为原则,通过增大群体有效含量,确定合适的公母畜比例和留种方式,避免近亲交配及延长世代间隔来实现的.根据群体遗传学理论虽然可以指导地方畜禽品种的保种,对基因是否丢失及丢失的可能性作出估计,但无法知道其真实情况,加上保种资金投入有限,群体有效含量低,这样就不可避免地会出现优良基因的丢失.所以,现有的地方畜禽品种保种方法并不能有效地保存好已有的遗传资源.     

畜禽保种“优化”方案分析(上)

这里所提出的“优化”保种方案,不涉及哪些品种该保不该保的问题,而是对已经确定要保持的品种(或群体),通过从遗传上和经济上的分析,提出一个合理的方案。如保种群体中最少个体数;公母畜的最适宜比例;世代间隔的长短;近交程度;保种群体中选择与否以及保种与利用的关系等一系列的理论与方法问题,可供国内外有关部门参考。     

东北半细毛羊种群近交程度分析及对保种的启示

对于东北半细毛羊种群的近交程度，近年来鲜有分析和研究。本文通过全面整理黑龙江省勃利地区东北半细毛种羊场自建场以来的留种与产仔资料，在理清系谱关系的基础上，对该场东北半细毛种羊场的近交程度作了系统分析，并探讨了引起近交程度变化的原因及其与保种措施的关系。     

秦川牛保种情况的分析 Ⅰ群体规模、年龄结构与迁移

采用群体遗传学理论与方法研究了陕西省秦川牛场秦川牛保种群30多年来的保种情况,详细地分析了保种群的规模、年龄结构及迁移情况。研究发现,该保种群规模变化剧烈,总的来说规模偏小,尤其是公牛群远小于保种遗传学基本法则规定的最小值;畜群结构不稳定,迁入不规则,该研究结果将为今后采取适当的措施提高保种效果提供科学的参考依据。     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）、构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4，通过质检SNPs数为34 156；平均最小等位基因频率为0.228±0.137，平均多态信息含量为0.255±0.098；平均观察杂合度为0.359±0.181，平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6，公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5；G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs，83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62） Mb，个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082，其中公猪平均近交系数为0.219±0.082，说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。     

岔口驿马保种选育技术体系与保种模式的建立初探

为了改变岔口驿马种群数量急剧减少和粗放管理的现状,我们开展了岔口驿马保种选育技术体系与保种模式建立的探讨与研究工作,提出了"县、乡、村"三级保种技术服务体系和"保种场+保种示范户+推广户"的开放式动态保种模式建立的方案。     

基于全基因组SNPs对太行鸡保种群保种效果的评价

本研究利用全基因组低深度重测序技术及相关分析方法对2个太行鸡保种群的保种效果进行评价。结果显示：天凯和宁晋保种群的多态性标记比例分别为83.26%和84.45%;平均期望杂合度■和平均观察杂合度■分别为0.256、0.260和0.259、0.263,表明2个群体遗传多样性较为丰富;基于连续性纯合片段值计算近交系数,2个群体分别为0.053 1和0.048 7,天凯群体显著高于宁晋群体;亲缘关系分析显示,天凯群体中存在亲缘关系为全同胞的个体。2个群体遗传相似系数为0.795,此值偏低,遗传距离为0.230,此值偏大,说明2个保种群遗传结构存在显著差异,推测可能与天凯保种场在进行禽白血病净化过程中采用了不完善的方案而导致全同胞个体进入保种群有关。遗传结构、PCA和种系发生分析等的结果与上述结果一致,表明利用低深度重测序技术可更全面地评价保种效果。根据结果,建议天凯保种场重新组建保种群,制定科学的保种方案。     

互助猪保种群遗传多样性的RAPD分析

利用随扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术分析了互助猪两个保护核心群１８头个体的遗传变异,用Ｓｈａｎｎｏｎ指数计算了遗传变异在两个保种核心群群体内和群体间的分布。结果表明：互助猪两个保护核心群遗传变异有一定差异,分别为４９．００％和３４．５８％。这是由于两个保种群规模不同,导致世代近交增量也不同,同时长期的自群繁育阻碍了基因的相互交流。     

地方猪种保种时要重视生活环境的影响

此文阐述在地方猪种小群活体保种时,既要控制保种群体中的近交,降低随机遗传漂移使基因丢失的影响,又要防止外界环境刺激的多世代持续作用,由此引起的遗传基础改变,发生群体适应性变化。     

江口萝卜猪的发展对策

为改变江口萝卜猪的保种与选育工作不受重视的现状,笔者对江口萝卜猪主产区的发展现状进行了调查,提出因地制宜,科学合理地规划江口萝卜猪保种区域;加大保种力度,以保种带开发,用开发促保种;优化种群结构,提高良种化水平;强化饲养管理,提高生产水平;加大资金投入力度,完善产业链,促进市场流通,树立品牌效应等发展对策。     

畜禽群体近交程度分析与选配决策系统研制

分析群体近交程度是群体遗传学研究的基本内容,对指导动物育种和保种工作具有重要的意义.     

建立保护区进行湖羊保种

湖羊是世界著名的稀有绵羊品种,是珍贵的遗传资源.湖羊具有其它绵羊所不及的遗传价值,表现为繁殖力强,可四季发情和配种,早熟、生长快、终年舍饲、耐湿耐热、产白色羔皮、肥羔效果好等生物学特性.苏州市吴中区东山镇是太湖边上的一个半岛,当地农民栽种果树,为获得果树肥料而饲养湖羊,已有悠久的历史,但一般采用自繁自养的形式,其结果是湖羊近交退化、品种差、体型小.1983年在农业部畜牧局和江苏省畜牧局的关心支持下,在东山镇建立了“江苏省东山湖羊资源保护区”.保护区建立后,采用行政与技术相结合的保种措施,实行国家指导下群体活体保种方法,按数量遗传理论设计保种路线开展湖羊保种工作,取得了显著的保种效果.     

福建国家级畜禽全部建专业保种场

近日，记者从福建省农业厅获悉，福建省被列入国家级畜禽遗传资源保护名录的10个地方畜禽品种已经全部建起专业保种场。保种场在保证保种群数量和性能稳定的前提下，将鼓励进行市场开发。     

畜群规模与保存有利的非频发突变的可能性——“中国家畜遗传资源的保存”一文的增补

副题拙文中涉及保种所需要的畜群规模的论述,仅限于一般地说明畜群规模是决定保种效率的重要因素之一,而没有论及究竟需要多少头(只)家畜(禽)才能保存住一个品种(或类群)。因为作为保存对象的各种畜群,既有的纯合化水平、所需要保存的有利基因的种类数、由各位点隐性基因的相对不利程度所决定的群体对近交的反应,以及保种的经济消耗,都是千差万别的,不可能一概而论。诚然,拙文中关于畜群规模的例子,多为一百余头(只);因为一般地说,这样的规模已足以保种。有的同行认     

蜜蜂群体有效含量的计算

保种是当前蜜蜂育种工作中的一项重要任务。一般认为,保种就是妥善地保存现有蜜蜂品种资源的基因库,使它们免遭混杂,不致丢失每一种基因。为此,必须避免群体混杂,控制选择,实行随机交配,减少遗传漂变,防止近交等,这对于自然交配的“开放劳蜜蜂群体是很难做到的。直到人工授精技术应用于蜜蜂育种,才使得建立闭锁群和确定育种群的大小成为可能,使蜜蜂育种工作发生革命性变化。大家知道,在任何生物群体中,由于突变、选择、漂变和迁移等因     

基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异。结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6;在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类,没有个体分离出来,表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化(P0.05)。两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5,相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小(抢救性保护)所导致的。进一步的选择信号分析发现,两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域(位点)上存在一定分化,通过F_(st)和θ_π检验鉴定出58个受选择区域,筛选到96个受选择候选基因。GO和KEGG分析表明,这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路。利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状,研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据。     

黄腹角雉笼养种群与野外种群的遗传多样性——为再引入项目进行的种群内近交水平评估

利用笼养种群在适宜栖息地开展再引入工作是保护和恢复濒危动物野外种群数最的有效方法.近交衰退是影响笼养种群健康程度的主要风险,因此需要在开展再引入项目前对笼养种群的近交程度进行评估.本研究以微卫星为遗传标记,对我国特有濒危雉类——黄腹角雉(Tragopan caboti)的一个笼养种群和一个野外种群的近交水平进行了评估和...