不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。用NCBI网站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准。利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果发现在第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,共占据了BF2基因有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性。第5、6、7外显子属于保守区域。25个鸡种大致可被分为3大类,鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类,表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点。     

不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析

鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP。这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸。外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46%以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域。核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上。25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类。说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础。     

中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。     

不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异。以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准。利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果表明:在BF2第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,占BF2基因全部有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性。第5、6、7外显子属于保守区域。25个鸡种大致可被分为3大类:鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类。表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基因在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点。     

不同鸡种DMA基因序列比较分析

DMA(major histocompatibility complex,classⅡ,DM alpha)基因是鸡MHCⅡ类典型基因座,与免疫反应和抗病性密切相关。试验对25个不同鸡种的DMA基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallus gallus的DMA基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMA基因序列上的SNPs和Indels(insertion-deletion)位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种间的同源性。结果表明,DMA基因呈现出丰富的多态性,突变和缺失位点集中于外显子上,且多个鸡种在第2外显子发生多位碱基缺失,导致其氨基酸序列发生极大改变,可能是不同鸡种产生抗性差异的主要因素;同时进化树也显示,斗鸡、藏鸡等抗性较好的鸡种间有相近的亲缘关系,同源性较高。以上结果表明,DMA基因有丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天免疫与抗病特性差异相关,第2外显子中94 496~94552的Indels可以作为鸡免疫特性的候选标记。     

不同鸡品种BNK基因序列比较分析

BNK(C-type lectin-like receptor 2)基因为C型凝结素受体基因中的抑制性基因,与禽类先天免疫性能关系密切。本研究以NCBI中Gallus gallus BNK基因序列为参考,利用MEGA6软件对24个鸡品种的BNK基因进行序列比较分析,筛选出外显子和内含子上的SNPs位点、Indels以及氨基酸变化,并对24个鸡品种进行系统聚类。研究发现,SNPs位点大多发生在Exon3、Exon5和Exon6上,且多为错义突变。内含子上的SNPs位点大多发生在Intron1、Intron2和Intron4上。插入缺失发生在Intron2、Intron4和Exon5上,并且大多数品种Indels序列基本一致,国内外鸡品种之间并无显著差异。系统聚类分析将这些鸡品种分为3类,狼山鸡、罗斯鸡、隐性白羽肉鸡、茶花鸡和如皋黄鸡为一类;其次,雪山鸡、安卡鸡、斗鸡和萧山鸡聚为一类;固始鸡单独为一类,表明固始鸡的BNK基因为单独起源。综上表明,BNK基因在我国地方鸡品种中具有丰富的遗传多样性,与不同鸡品种的先天免疫性能存在关联,这为家禽的免疫遗传学和抗病育种提供了参考依据。     

鸡MC4R基因新突变位点的发现

[目的]为深入研究鸡MC4R基因和分子育种提供参考。[方法]采用饱和酚/氯仿法从鸡血中提取DNA,利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡MC4R基因的单核苷酸多态性进行分析。[结果]对PCR产物进行SSCP分析,2对引物均表现出多态性。引物A得到2种基因型(AA型和AB型)。引物Z也得到2种基因型(CC型和CD型)。将测序结果与发表的鸡MC4R基因序列的比较结果进行比较,发现2个单核苷酸多态位点,其中A引物扩增序列中的多态位点为662 bp处G→C的点突变造成的,而Z引物扩增序列中的多态位点是由于在733～734 bp插入了一个C碱基引起的。[结论]该研究中未检测到BB和DD纯合基因型,这可能与在京海黄鸡培育过程中采用分子标记方法进行选择有关。     

不同鸡品种BTN2基因SNP和INDEL分析

【目的】研究BTN2基因多态性,为鸡的免疫和抗病育种研究提供候选基因。【方法】选取26个不同鸡品种,对BTN2基因进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的BTN2基因序列号(NC_006103.4)为参照,使用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,筛选出BTN2基因外显子和内含子中的SNP、INDEL以及氨基酸的变化,最后制成系统发育进化树。【结果】26个不同鸡种中,BTN2基因的外显子筛选出28个SNP位点,且SNP位点大多发生在Exon8上,氨基酸突变大多为错义突变;内含子筛选出48个SNP位点,多数发生在Intron7上;插入缺失多发生在外显子上。聚类分析图结果表明:26个鸡种分为3大类,文昌鸡、SPF-来航鸡、太湖鸡、萧山鸡等聚为一类,他们都具有耐粗饲、适应性强等特点;溧阳鸡、北京油鸡、如皋鸡等聚为一类,他们都具有肉质鲜美等优点;茶花鸡、仙居鸡、固始鸡、大骨鸡等聚为一类。【结论】不同鸡种中BTN2基因的具有遗传多样性,第8外显子中138 264~138 986位点的SNP可以作为鸡免疫特性的候选标记。     

不同品种鸡TAPBP基因序列分析

TAPBP是抗原呈递相关转运体(TAP)相关蛋白,在先天性和适应性免疫反应中均发挥着重要作用,与多种疾病的抗性或易感性相关。对25个不同品种鸡TAPBP基因序列进行目标捕获测序,利用MEGA软件对不同品种鸡序列进行比对分析,筛选不同品种鸡TAPBP基因上的SNPs及Indel位点,并根据基因序列进行系统进化树的构建。结果表明:TAPBP基因存在较多的SNPs和Indels位点,有着丰富的遗传多样性。不同地方鸡品种相对外来鸡品种呈现出高度多态性,可能与抗病性存在密切联系。青脚麻鸡、太湖鸡、如皋草鸡等抗性较好的鸡品种在系统进化树中拥有较高的亲缘系数。此外,固始鸡、如皋草鸡、安卡鸡等品种在第8外显子上存在特异性的插入缺失,且引起氨基酸变化,可作为鸡抗性研究的候选分子标记。     

不同品种鸡BTN1基因序列差异分析

【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.【结果】在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、Intron13、Intron18、Intron22和Intron23上.‘雪山草鸡’和‘安卡红鸡’等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的‘安卡红鸡’相比,‘来航鸡’在Exon5上存在一个错义突变.【结论】BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据.     

火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析

[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.     

不同鸡品种NFKB1基因SNPs筛选与进化分析

以27个鸡品种为试验材料,通过目标捕获测序技术检测NFKB1基因SNPs位点多态性,分析鸡NFKB1基因的遗传效应;通过最大简约法进行系统进化树构建,探讨NFKB1基因的多态性与不同鸡品种的关系。结果表明:27个鸡品种的NFKB1基因上共存在233个突变位点,其中外显子存在6个突变位点,显示出丰富的基因多态性;外显子14上的SNPs位点特异性存在于隐性白羽鸡和AA鸡,并引起了相应的氨基酸变化,该位点可作为这一基因的特异性候选位点。同时,NFKB1基因在外来鸡品种与地方鸡品种、蛋用型与肉用型鸡品种间存在差异,为进一步研究不同鸡品种间的差异提供参考资料。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

京海黄鸡MHC B-LR Ⅱ基因序列多态性研究

采用PCR-SSCP方法研究京海黄鸡MHC B-LBⅡ基因的序列多态性,在基因组中扩增包括MHC B-LBⅡ基因外显子2在内长度为305 bp的片段,通过SSCP分型得到16种基因型后,测序发现60个突变位点,并导致32个氨基酸残基发生改变.结果表明:外显子2的多态性更多的表现在氨基酸水平上,作为抗原结合区,其丰富的多态性与抗原多样性相一致.     

琅琊鸡Mx基因3'端部分序列PCR-RFLP与序列分析

[目的]为琅琊鸡分子标记辅助选择、抗病育种提供依据。[方法]利用PCR-RFLP技术对琅琊鸡Mx基因3’端片段的HaeIII的酶切多态性进行分析。[结果]琅琊鸡群体中存在Mx基因Haem酶切位点的多态性,且均有A、B2个等住基因,基因频率分别为0．562和0．438。Mx基因Hoe III酶切位点的基因型分布在琅琊鸡群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．01）。对多态片段进行克隆测序分析,结果表明,该扩增片段长度大小为357bp,多态片段存在长度为31bp的碱基缺失。[结论]在山东省地方鸡种琅琊鸡眠基因3’端序列中发现存在Hoe III-RFLP。     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

我国部分地方鸡种COⅠ基因多态性及其分子系统进化研究

以我国7个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cyto-chrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,分析地方鸡种COⅠ多态性及其分子系统进化关系。研究结果表明,选择的这段COⅠ基因序列有24个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有,可以作为各品种鉴定的依据;各鸡种在不同位点突变频率不同,7个鸡种均有其特异位点,根据这些特异位点,可以对其进行品种鉴定。7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.001 81～0.008 48。7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以用于探讨地方鸡种分类问题。     

猪PILRB基因的克隆及多态性分析

Ⅱ型配对免疫球蛋白样受体(Paired immunoglobulin-like type 2 receptors,PILRs)是近年发现的免疫球蛋白超家族成员之一,含有两个亚型,PILRα和PILRβ。在机体天然免疫反应中发挥重要作用,目前猪PILRB基因基因组序列尚未得到克隆、测序。研究利用PCR方法克隆猪PILRB基因部分基因组序列并分析该区域多态性。结果表明,获得猪PILRB基因序列长1 127 bp,包含完整外显子1、内含子1、外显子2、内含子2、外显子3和部分内含子3。猪PILRB基因内含子1和内含子2为研究首次克隆,全长分别为9和314 bp。在该区域共检测到15个SNPs,其中6个为中度多态位点,共形成5种单倍体型,ACACCG为优势单倍体型。研究结果为进一步揭示这些SNPs对PILRβ功能的影响及其在猪抗病育种中的作用提供基础。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

甜玉米LCYE等位基因多态性及功能分析

【目的】鉴定甜玉米材料中LCYE基因的多态性和β-胡萝卜素和类胡萝卜素含量的变异,为了解甜玉米LCYE基因的等位基因功能及维生素A源强化育种提供参考和依据.【方法】以47份甜玉米自交系为材料,用高效液相色谱法检测β-胡萝卜素和总类胡萝卜素的含量,扩增LCYE基因并测序,结合LCYE基因的测序结果和β-胡萝卜素、总类胡萝卜素含量的表型值作关联分析.【结果和结论】在47份甜玉米自交系的LCYE基因的测序结果中共发现75个多态性位点,其中49个多态性位点分布在非编码区,26个多态性位点分布于LCYE基因的外显子区,且均为SNP,第5外显子区多态性位点最丰富,第4和第9外显子区未检测到多态性位点,其保守程度较高.关联分析检测到与β-胡萝卜素相关联的位点3个,与总类胡萝卜素含量关联的位点6个,位点exon1-2和exon5-6与2种表型极显著相关.本研究证明在甜玉米中LCYE基因与β-胡萝卜素和类胡萝卜素的合成显著相关,为甜玉米的维生素A源强化育种提供了理论基础.