基于线粒体COI基因序列探讨广西钦州湾牡蛎的遗传分化

【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C+G 39.5%,A+T含量高于G+C含量。运用DNAStar软件对66个钦州湾牡蛎序列进行比对,白肉牡蛎中共检测到4个多态位点,包括3个转换位点和1个颠换位点,有4种单倍型;红肉牡蛎中共检测到26个多态位点,转换位点和颠换位点各13个,有3种单倍型。GenBank中香港牡蛎COI序列与白肉牡蛎的遗传距离为0.000,有明巨牡蛎COI序列与红肉牡蛎的遗传距离为0.011,白肉牡蛎与红肉牡蛎的遗传距离为0.146;NJ和UPGMA系统进化树表明,白肉牡蛎与红肉牡蛎亲缘关系较远,白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。【结论】序列特征、遗传距离和系统进化树分析结果表明,COI基因可用于牡蛎的种类鉴定和系统发育分析。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

日照海蝉DNA条形码及其分子系统进化分析

[目的]研究COI基因区段作为DNA条形码在识别日照海蝉地理群体的可行性和有效性。[方法]以日照海蝉为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体COI基因片段序列,产物双向测序,用Clustal W进行DNA序列比对,用MEGA 6.0软件采用邻接法(Neighbor-Joing,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建分子系统发育树。[结果]获得大小为658 bp的COI基因,A、T、C、G的平均含量分别为30.24%、36.63%、16.41%、16.72%,其中A+T平均含量(66.87%)明显高于G+C平均含量(33.13%),NJ和MP系统发育树均表明日照海蝉属于蝉蟹总科(Hippoidea)眉足蟹科(Blepharipoda),与形态学的分属结果一致。[结论]采用COI基因序列作为DNA条形码进行海蝉分类鉴定具有一定的可行性。     

基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对小叶蝉亚科昆虫种类的分子鉴定

【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。     

8个地理种群红条毛肤石鳖COI基因的遗传多样性分析

[目的]分析我国8个沿海潮间带红条毛肤石鳖地理种群的COI基因的遗传多样性。[方法]利用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增8个地区80个红条毛肤石鳖样品的COI基因。使用DNASP5.10.01、MEGA7.0等软件对所得序列进行分析,得到片段碱基含量、遗传距离以及遗传多样性参数等数据,并通过构建系统发育树的方式,结合遗传多样性数据分析结果。[结果]获得的COI基因片段长度为659 bp,COI基因位于线粒体编码区中,平均A、T、C、G的碱基含量分别20.4%、41.7%、14.9%和23.0%,存在明显的AT偏向,结合Acanthochitona crinita为外群系统发育树的结果来看,中国沿海地区红条毛肤石鳖种群分成2个明显的聚群,将它们定义为北方群体和南方群体,遗传距离为0.000 66～0.087 85。单倍型遗传多样性数据显示,多样性数值较高,但核苷酸多样性较低。[结论]红条毛肤石鳖北方群体的遗传多样性与南方群体存在差异,2个群体应该分别采取相应措施来保护遗传多样性。     

卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析

根据近源物种线粒体序列的同源比对,在C0I基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR.以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp.对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型.将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的COI核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,(师)亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)的分类系统.通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001 ～0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2％,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的.     

基于DNA条形编码技术的九香虫与黑腹兜蝽的分子鉴定

为了对九香虫(Coridius chinensis)和黑腹兜蝽(Coridius nigriventris)的分类提供依据,采用DNA条形编码技术,从分子层面研究了九香虫与黑腹兜蝽的线粒体COI部分基因。结果表明:平均碱基组成为A,31.8%;T,33.8%;G,15.9%;C,18.6%。A+T的含量明显高于G+C的含量,共有24个位点的碱基存在变异;2个种间存在遗传差异,种间遗传距离为0.043。结论:试验结果支持了传统形态分类学中九香虫和黑腹兜蝽为独立2个种的观点。     

广西三黄鸡脂蛋白脂酶基因的克隆及蛋白构象分析

【目的】对广西三黄鸡和爱拔益加（AA）鸡的脂蛋白脂酶基因（LPL）进行克隆与蛋白质结构分析,为后期开展LPL基因表达与鸡肌内脂肪含量相关性研究及筛选出与优质肉质相关的分子遗传标记奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡“也基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因cDNA序列,经双酶切鉴定和序列测定比对分析后,应用生物软件进行蛋白质二级结构预测分析。【结果】成功获得广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因编码区序列（CDs）,大小均为1473bp,两者的同源性为99．4％;将广西三黄鸡LPL基因序列提交至GenBank获得序列号JX090309。相对于AA鸡,广西三黄鸡LPL基因CDs存在9个位点的碱基突变,其中碱基^503T→C导致氨基酸^168Val→Ala,^606T→G导致^202Asp→Glu,^1066A→G导致^366Thr→Ala,^1277C→T导致^426Ser→Phe,^1420A→G导致^474Arp→Gly,^1432G→A导致^202Glu→Lys,这6个位点为错义突变;第166、372和1305位点的碱基突变为同义突变。蛋白质二级结构预测结果表明,广西三黄鸡与AA鸡LPL的C端结构域存在空间构象差异。【结论】LPL基因突变引起的氨基酸组成变化及蛋白质二级构象改变,可能影响鸡肌内脂肪沉积,进而决定肉质的优劣,即LPL基因可作为研究广西三黄鸡肌内脂肪代谢的主要候选基因。     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

21种大眼蟹线粒体COI基因比较及系统进化分析

【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法（ML）和最大简约法（MP）分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%～35.9%T、18.9%～27.2%C、25.3%～29.7%A及16.6%～19.0%G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现...     

济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的山羊品种济宁青山羊和季节性发情的山羊品种辽宁绒山羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析.结果表明,济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的山羊序列(GenBank登录号AF419334)完全相同.济宁青山羊与辽宁绒山羊MTNR1A基因外显子2的差异由11个核苷酸变化(A52G、T232C、T253C、A256G、T358G、T410A、A414T、C424T、A554G、T559C和C589A)组成,核苷酸同源性为98.7%.济宁青山羊与绵羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠、鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.5%～98.4%,氨基酸序列同源性为79.2%～98.5%.     

20种溪蟹线粒体COI基因比较分析及系统发育研究

【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属（Longpotamon）代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树（BI）和最大似然树（ML）,探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%（T）、16.4%~20.2%（C）、26.8%~28.9%（A）和14.7%~17.2%（G）,呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹（Longpotamon changanense）与龙溪蟹未定种（Longpotamon sp.）的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属（Longpotamon）的小龙溪蟹（L.parvum）并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属（Sinolapotamon）、近溪蟹属（Potamiscus）和小石蟹属（Tenuilapotamon）物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。     

6种蟹类DNA条形码鉴定技术研究

[目的]研究蟹类DNA条形码技术。[方法]利用PCR技术对浙江沿海6种常见蟹类(n=34)mt DNA COI基因进行扩增,最终获得688 bp基因片段。[结果]7个红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)样品中检测出5个单倍型,5个锐齿蟳(Charybdis acuta)样品中检测出5个单倍型,锈斑蟳(C.feriatus)、日本蟳(C.japonica)、绵蟹(Dromia dehaani)、三疣梭子蟹(P.trituberculatus)样品中检测出单倍型数分别为3、2、2、1;6种蟹类COI基因T、C、A、G的平均含量分别为25.3%、18.2%、36.2%和20.3%,A+T含量为58.5%64.1%;种内变异较小,遗传距离处于0.0000.004,种间遗传距离为0.1430.235;使用最大似然法构建的分子进化树揭示相同物种个体首先聚类,不存在不同物种个体交叉聚类。[结论]COI-L1490/H2198通用引物在蟹类条形码研究中具有普遍适用性,mt DNA COI基因能够作为6种蟹类有效鉴别的DNA条形码,且区分度高、支持形态学分类结果。     

Molecular Phylogenetic Analysis of the Main Lineages of Nymphalinae (Nymphalidae: Lepidoptera) Based on the Partial Mitochondrial COI Gene

The phylogenetic relationships of the subfamily Nymphalinae (sensu Chou 1994) were analyzed based on 1488bp of mtDNA cytochrome oxidase subunit I (COI) gene sequence data obtained from 24 individuals, along with those of eight species obtained from GenBank. The base compositions of this COI fragment varied among the individuals as follows: T 39.9%, C 14.6%, A 32.2%, and G 13.4%, with a strong AT bias (72.1%), as usually found in insect mitochondrial genomes. The A T contents of the third, second, and first codon positions of the COI fragments in this study was 92.4, 62.2, and 61.4%, respectively. The phylogenetic trees were reconstructed by neighbor-joining (NJ), maximum likelihood (ML), and Bayesian methods by using Byblia anvatara as outgroup. Phylogenetic analyses based on the COI gene sequence data created very similar topologies, which were producing trees with two main clades A and B, and five subclades. The data indicated that the tribes Nymphalini and Hypolimni (sensu Chou 1994) are not monophyletic groups, and the genus Junonia should be removed from Nymphalini to Hypolimni (=Junoniini). On the basis of the data, the Symbrenthia and Araschnia had a relative distant relationship with the rest of Nymphalini. The relationships of species in the Nymphalini were confirmed via the NJ, ML, and Bayesian methods, namely ((((Nymphalis Kaniska) Polygonia) Aglais) Vanessa) (Symbrenthia Araschnia). This investigation provides a little novel information for Chinese researches of butterflies.     

广西牡蛎产业现状分析及发展策略

【目的】明确广西牡蛎产业发展现状及其面临竞争局面与存在风险,有针对性地提出发展策略,为广西牡蛎产业提质增效及可持续健康发展提供参考借鉴。【方法】深入分析广西牡蛎产业的发展现状、产业优势和潜力、面临竞争局面及其风险,并围绕国家提出的“提质增效、减量增收”等方针政策及“一带一路”发展新机遇,有针对性地提出相应的发展策略。【结果】广西牡蛎产业经过多年发展已初具规模,其主产区集中在钦州、防城港和北海,主要养殖海域包括北仑河口、珍珠湾、钦州湾、茅尾海、大风江口、廉州湾及铁山港海域等。广西钦州茅尾海是我国最大的香港牡蛎半人工采苗和苗种供应基地,占全国蚝苗繁育的70%,年产蚝苗超过1.5亿支（串）,蚝苗产值约5.00亿元;苗种供应辐射范围居全国第一,部分苗种远销广东、福建及海南等地,甚至出口文莱和越南等东盟国家。广西作为我国牡蛎的四大主产区之一,其牡蛎产量占全国牡蛎产量的40%,但产值仅占牡蛎市场的20%。此外,广西牡蛎产业面临着产业集约化程度不高、产品同质化严重、种质遗传改良滞后及极端性气候事件影响大等竞争局面及风险。【建议】广西牡蛎产业应坚持以科技创新为核心、积极开展现代生态养殖及充分发挥区域地理优势的发展思路,通过加强种质资源保护与开发、打造广西牡蛎品牌、构建牡蛎健康养殖新模式、提高产品深加工能力、开展病害防控与质量安全监测、加强专业协会与互保联保制度建设、增加产业科技创新投入等措施,有效促进广西牡蛎产业的高质量发展。     

广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量评价

[目的]监测广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量,评价其食用安全程度和养殖环境质量。[方法]以微波消解法消解样品,联合使用等离子体质谱仪和等离子体发射光谱仪测定广西茅尾海的有明巨牡蛎（Crassostrea ariakensis）和香港巨牡蛎（C.hongkongensis）的Cu、Zn、Cd、Cr、Hg、As、Se和Pb共8种重金属的含量。使用5类评价标准并结合采用单项质量指数法和综合质量指数法进行评价。[结果]茅尾海2种牡蛎重金属污染严重,食用价值受到严重威胁。[结论]当前无公害海水养殖用水水质评估和海洋生物质量评估标准有待修订。