星斑川鲽、黄盖鲽和石鲽线粒体基因Cytb和COⅠ片段序列的比较研究

星斑川鲽、钝吻黄盖鲽和石鲽是我国北方重要的经济海水鱼类。为探究这3种鲽科鱼类间的亲缘关系及遗传信息,本文采用了PCR扩增和直接测序的技术,对这3种鲽科鱼类各24尾个体的线粒体基因Cytb和COⅠ进行初步研究。测序得到的序列经人工处理校正后分析,其中Cytb基因片段可用长度为358bp,包含58个变异位点,20个转换位点,3个颠换位点;COⅠ基因片段可用长度为559bp,包含变异位点56个,转换位点18个,颠换位点3个;Cytb基因片段和COⅠ基因片段均表明黄盖鲽和石鲽具有较高的单倍型多样性与较低的核苷酸多样性,而星斑川鲽具有较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。基于Cytb和COⅠ序列的两种系统发育树(邻接法和不加权对群法)均表明3种鲽科鱼类中星斑川鲽与石鲽亲缘关系更近,与黄盖鲽相对较远。鲽科鱼类物种遗传多样性及遗传结构的分析可以为鱼类的保护和管理提供重要的理论依据,为保障我国鲽科鱼类养殖业的健康可持续发展提供理论指导和科学依据。     

钝吻黄盖鲽野生群体遗传多样性分析

钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)隶属于鲽形目、鲽科、黄盖鲽属,为冷温性底层鱼类,是黄渤海常见的比目鱼,产量在黄渤海鲆鲽类中仅次于高眼鲽,是我国海洋渔业重要的经济鱼类.     

钝吻黄盖鲽不同群体形态学比较研究

运用主成分分析、多变量分析和单因子方差分析方法,对蓬莱、朝鲜近海和日本釜石3个钝吻黄盖鲽Pleuronectes yokohamae群体(78尾)10个分节特征和7个量度特征进行了比较分析。多重比较和单因子方差结果显示,3个群体在2～5个形态特征上均存在显著差异(P=0.05)。采用逐步判别法对形态特征综合分析,利用贡献率大的参数对3个地理群体进行判别分析表明,判别准确率P1为83.3%～100.0%,综合判别率为92.31%。以上分析结果表明,3个群体间存在一定程度的分化,中、日群体间有明显的差异,研究结果可为钝吻黄盖鲽群体遗传学研究提供形态学依据。     

钝吻黄盖鲽的工厂化人工育苗

钝吻黄盖鲽 (Pseudopleuronectesyoko hamae,Gunther)属鲽形目 (Pleuronectiformes)、鲽科 (Pleuronectidae)、黄盖鲽属 (Pseudopleuronectes) ,俗称黄盖、沙板、小嘴、小高眼、沙盖。我国多分布于北方 ,鱼体呈卵圆形 ,一般体长 1 5～ 2 0cm ,体重2 0 0～ 40 0g。黄盖鲽在我国主产于黄海和渤海 ,辽宁省长海县、山东省石岛等地产量较多 ,渔期多在5月份和 8月份。黄盖鲽肉质细嫩 ,鲜食为主 ,主要出口 ,山东、辽宁、江苏出口至日本。近年来渔业资源下降 ,黄盖鲽渔获量日趋减少 ,急需人工增养殖 ,为此我们于 2 0 0 1年春季 ,在威海北海水产开…     

星斑川鲽、石鲽及其杂交一代(星斑川鲽♀×石鲽♂)的线粒体DNA序列比较分析

本研究以线粒体基因细胞色素b (Cytochrome b,Cytb)和细胞色素C氧化酶Ⅰ(Cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)为研究对象,探究比较了星斑川鲽(Platichthys stellatus)、石鲽(Kareius bicolorarus)以及杂交F1代(星斑川鲽♀×石鲽♂)的种质遗传特性.结果显示,杂交子代与亲本的碱基(A+T)含量均高于(C+G)含量,且杂交F1代与母本星斑川鲽的(C+G)相同.基于mtDNA Cytb和COI序列结果显示,石鲽与星斑川鲽遗传距离分别为0.085和0.045;杂交F1代与石鲽遗传距离分别为0.076和0.045.基于mtDNA Cytb序列显示,杂交F1代与星斑川鲽遗传距离很小,仅0.009,而两者在COI基因序列上完全一致.基于Kimura 2-parameter模型的NJ分子系统树均显示,星斑川鲽和杂交F1代聚为一支,石鲽单独聚为一支.以上结果均可得出,杂交后代在线粒体DNA上呈现明显的母系遗传.杂交后代中出现左右眼的分化,且在COI的NJ系统树中,杂交F1代与母本星斑川鲽形成的一大支又分为两支:母本星斑川鲽与杂交F1代中外观显示左眼的聚为一支,杂交F1代中外观显示右眼的单独聚为一小支.表明线粒体基因COI与杂交F1代左右眼的分化有一定关系,为进一步研究星斑川鲽♀x石鲽♂提供了参考数据.     

基于 Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发

利用 Roche 454 GS FLX 平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选,并采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析,得到247种多态性位点,其中完美型占52.22%,非完美型占20.24%,复合型占27.54%,(AC)n、(AG)n 两碱基重复类型的比例是44%,重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物,采用5个野生个体,利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价,4个位点偏离 Hardy-Weinberg 平衡,不同位点得到的等位基因范围为3?8,平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态性信息含量(PIC)分别为0.588、0.788和0.670。结果表明,454 GS FLX 提供了一种直观、高效开发微卫星的方法。     

基于Roche 454 GS FLX的钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发

利用Roche 454 GS FLX平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选,并采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析,得到247种多态性位点,其中完美型占52.22%,非完美型占20.24%,复合型占27.54%,(AC)n、(AG)n两碱基重复类型的比例是44%,重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物,采用5个野生个体,利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价,4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,不同位点得到的等位基因范围为3?8,平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态性信息含量(PIC)分别为0.588、0.788和0.670。结果表明,454 GS FLX提供了一种直观、高效开发微卫星的方法。     

全封闭循环水养殖系统中养殖密度对钝吻黄盖鲽生长的影响

为了评估全封闭循环水养殖系统中养殖密度对钝吻黄盖鲽生长的影响及水质变化情况,将体质量为(250.00±50.83)g的钝吻黄盖鲽分成8个试验组(放养密度分别为18、22、26、30、34、38、42、46 kg/m³),进行了3个月的饲养试验,检测不同养殖密度下鱼的成活率、体质量增长率及饲料系数,同时对试验期间氨氮、亚硝酸盐和溶解氧等各项水质指标的动态变化进行监测。试验结果显示,各试验组鱼的成活率均达到96%以上,但随着养殖密度的增加,钝吻黄盖鲽的成活率总体呈现降低的趋势;低密度组(18 kg/m³)的体质量增长率最高,为36.1%,高密度组(46 kg/m³)的体质量增长率最低,为24.8%,且体质量增长率随着养殖密度的增加而逐渐降低;随着养殖密度的增加,饲料系数呈逐渐升高的趋势;养殖期间各项水质指标均保持在适宜钝吻黄盖鲽生长的范围内。结果表明,在本试验的循环水养殖系统中,综合考量养殖生长指标及单位面积产量,钝吻黄盖鲽规模化生产的最适养殖密度为42～46 kg/m³。     

4种海水鱼线粒体DNA大片段的PCR-RFLP分析

用蛋白酶k酚氯抽提法从圆斑星鲽、高眼鲽、大菱鲆和真鲷4种海水鱼的肌肉组织中提取基因组DNA,根据金枪鱼、牙鲆及相关鱼类的线粒体DNA(m tDNA)序列保守片断设计出扩增引物,扩增从16SrRNA到ND4之间约9400 bp的m tDNA长片段。用10种限制性内切酶(H inf I,H ind III,EcoR V,EcoT22 I,Mun I,EcoT14 I,Apa I,B ln I,Ava II,D ra I)对扩增得到的m tDNA长片段进行限制性酶切和分析,其中8种酶有酶切位点。利用Ne i-L i的片断法计算出单倍型的片断共享度,根据片断共享度计算出4种鱼之间的遗传距离,用M ega 3.1软件构建NJ系统关系树,同时探讨利用线粒体大片断PCR-RFLP方法进行鱼类系统发生研究的特点。     

乌苏里江二种细鳞鱼生物学比较研究

尖吻细鳞Brachymystax lenok和钝吻细鳞B．tumensis在吻的形状上和鳃耙数上有很大差异。尖吻细鳞有长而肉厚的吻,上颌突出明显,口半下位,上颌骨较短,延伸到眼径垂直中线前;钝吻细鳞上颌不突出,口端位,上颌骨较长,延伸到眼径垂直中线或中线后。尖吻细鳞的鳃耙数在26—30;钝吻细鳞的鳃耙数在19—23。尖吻细鳞在头后部、体侧、背鳍、脂鳍有相对密而大的黑色斑点,但颜色较暗;钝吻细鳞在同样位置上的黑色斑点稀而小,非常清晰;但在幼鱼阶段二种鱼的斑点很难区分。体长/体高、体长/头长、头长/眼径、头长/眼间距的平均值,二种鱼的差异显著,但个体值间相互有交叉。生长速度：尖吻＞钝吻;绝对生殖力：尖吻＞钝吻;相对生殖力：钝吻＞尖吻。     

基于线粒体控制区序列的光裸方格星虫群体遗传多样性分析

为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。     

日本囊对虾两种表型差异类型线粒体的全基因组比较

为了分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系,实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示,两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%～95.00%,氨基酸序列的相似度为96.15%～100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%,分歧度为15.40%,呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属,但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现,基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍;基于cox1基因的种间遗传距离分别为类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1,表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树,结果显示能有效区分各属对虾,其中日本囊对虾的两种类型首先聚类,再与宽沟对虾聚类。研究表明,日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平,有必要进一步评估更多的性状差异,以提高两种囊对虾的特...     

濒危鱼类稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列多态性

本文采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析,首次进行了稀有白甲鱼mtDNA D-loop序列多态性研究。该序列共发现了25个多态位点,约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性（π）为0.0107,平均核苷酸差异数（K）为5.092。单倍型多样度（H）为0.940,单倍型间平均遗传距离（P）为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性,该种群的遗传多样性丰富。保护稀有白甲鱼清水江种群对于保护和恢复稀有白甲鱼这一濒危经济鱼类具有重要的意义。     

基于mtDNACytb基因序列的我国不同水系野生鲇种群遗传多样性与种群历史分析

为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显示,78种单倍型被分为4个分支,且不同单倍型分布相对集中,划分为4个谱系。中性检验与错配分析表明,不同水系野生鲇种群(4个谱系)在约晚更新世时期(0.04~0.05百万年)经历过近期种群扩张事件。     

Genetic diversity in the Indian population of Penaeus monodon (Fabricius, 1798) as revealed by mtDNA sequence analysis

Genetic diversity in the Indian population of the tiger shrimp Penaeus monodon was determined by using partial sequence data of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (D‐loop) and the 16S rRNA gene. Eight populations from different geographical locations (Mumbai, Kochi, Mangalore, Kakinada, Gopalpur, Chilika, Paradeep and Andaman) were collected and analysed. The amplified polymerase chain reaction products of size 577 bp for the control region and 472 bp for 16S rRNA were sequenced in both directions and data were analysed through clustal , arlequin , mega and phylip . A significant genetic structure was found among the Indian populations. The mtDNA control region proved to be a powerful marker in comparison with 16S rRNA for population studies of this species. The east coast population was more genetically diverse than the west coast. The Andaman population was found to be the most diverse among all the populations. The populations on the west coast were found to be genetically more structured and differentiated than the populations on the east coast. The results revealed a high level of genetic diversity and also distinct population structuring of P. monodon, suggesting great possibilities of genetic improvement for growth and other economic traits.     

河北3个日本沼虾野生群体线粒体DNAD-Loop基因序列变异及种群遗传结构分析

为进一步了解白洋淀与衡水湖日本沼虾种质资源现状,实验通过对白洋淀南淀(SB)、白洋淀北淀(NB)、衡水湖(HS)日本沼虾群体线粒体DNA D-Loop基因片段进行扩增和测定,得到935 bp的序列用于进一步的分析,其中变异位点80个,占分析位点的8.56%,含有77个简约信息位点,平均转颠换比值(TS/TV)为7.28,4种碱基在所得序列中平均含量为A(42.65%)、G(9.08%)、T(36.98%)、C(11.29%),其中A+T含量为79.63%,明显高于C+G含量。AMOVA分析结果显示,群体间的遗传分化系数FST=0.2336,群体间遗传变异占23.36%,群体内遗传变异占76.64%,群体间具有较高程度的遗传分化。运用K-2-P模型构建了3群体的23个单倍型的NJ系统发育树,单倍型之间并没有按照单倍型所属群体的分类聚簇,表现为不同群体个体相互交错形成复杂的簇群。群体中性检验、错配分析表明,日本沼虾近期未曾经历过种群扩张。     

基于线粒体控制区D-loop序列的内蒙古大鳍鼓鳔鳅群体遗传结构分析

为了解内蒙古地区大鳍鼓鳔鳅(Herzenstein)群体的遗传背景和分化情况,对该地区52个大鳍鼓鳔鳅样本的线粒体控制区D-loop序列进行了遗传多样性和遗传分化分析.结果显示,在947 bp的D-loop区序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为34.5％、28.0％、21.3％、16.2％,表现出较强的AT偏好性...     

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。     

湛江沿海五种石斑鱼线粒体DNA的RFLP分析

In this paper, genetic diversity of intraspecies, and genetic relationship of interspecies in Epinephelus spp. (E. merra, E. fario, E. awoara, E. akaara and E. septemfasciatus) were assessed by using mitochondrial DNA restriction fragment length polymorphisms (mtDNA RFLPs).The samples were collected from the coastal area of Zhanjiang,Guangdong province. MtDNA was extracted from the fresh liver tissue by applying a difference centrifugation procedures. Using 17 restriction enzymes with 5-or 6-bp recognition sites, the purified mtDNA was cleaved by single enzymes. These enzymes included BamH Ⅰ,Bgl Ⅰ,Bgl Ⅱ,Dra Ⅰ,EcoR Ⅰ,EcoR Ⅴ,Hind Ⅲ,Kpn Ⅰ,Mlu Ⅰ,Pst Ⅰ,Pvu Ⅱ,Sal Ⅰ,Sca Ⅰ,Sma Ⅰ,Sty Ⅰ,Xba Ⅰ and Xho Ⅰ. The phylogenetic analysis was done using the Neighbor joining(NJ) method and Unweighted pairgroup method with arithmetic mean(UPGMA) method. Genetic diversity indices such as haplotype diversity (h), average genetic distance between haplotypes (P) and nucleotide diversity (π) were calculated using Nei and Li's segment method to quantify the genetic diversity within species. There were 8, 5, 8, 5 and 2 haplotypes detected within E. merra, E. fario, E.awoara, E.akaara and E. septemfasciatus, respectively. The haplotype diversity (h) was 0.8943, 0.6186, 0.9242, 0.6927 and 0.1820,respectively. The average genetic distance between haplotypes (P) was 0.62%±0.31%, 0.64%±0.37%, 1.12%±0.55%,0.72%±0.42% and 0.45%, respectively. And the nucleotide diversity (π) was 0.22%, 0.13%, 0.46%, 0.17% and 0.04%, respectively. The wild groupers in the Zhanjiang Coastal Area exhibited a relative higher level of genetic diversity. The net genetic distance between species (P_net) was 0.0694（E. merra - E. fario）,0.1337（E. merra - E. awoara）,0.1090 E. merra -E. akaara）, 0.1286（E. merra - E. septemfasciatus）,0.1590（E. fario -E. awoara）,0.0825（E. fario -E. akaara）,0.1153（E. fario - E. septemfasciatus）,0.1131 E. awoara - E. akaara）,0.0724（E. awoara -E. septemfasciatus） and 0.1336（E. akaara - E. septemfasciatus）. Both NJ and UPGMA methods yielded an identical phylogenetic tree for the five species. The E. merra and E. fario first clustered together, then joined with E. akaara, and finally clustered with E. awoara and E. septemfasciatus.     

条斑星鲽CYP19a基因克隆及其在雄鱼生殖周期中的表达

细胞色素P450芳香化酶(P450arom)作为P450细胞色素酶超家族中的一员,是性类固醇生成途径中的末端酶,能够将雄激素转化为雌激素。在大多数脊椎动物中,P450arom由CYP19单基因编码。但是在鱼类中存在两种P450芳香化酶,分为性腺型芳香化酶(P450aromA)和脑型芳香化酶(P450aromB),它们由不同的基因(CYP19a和CYP19b)编码,分布在不同的组织。通过简并引物扩增及RACE cDNA扩增克隆,在国内外首次获得全长为2167bp的条斑星鲽CYP19a cDNA序列,并将推测的氨基酸序列与其它物种P450arom氨基酸序列进行多重比较,发现存在跨膜螺旋区、I-螺旋区、Ozol肽区、芳香化酶特异保守区以及血红素结合区。通过RT-PCR分析了P450aromA mRNA在条斑星鲽不同组织中的表达情况,结果表明,CYP19a基因主要在脑、卵巢和精巢中表达,其次在肠、肝脏、肾脏也有少量表达。同时也分析了P450aromA mRNA在处于不同发育期的精巢中的表达情况,发现在Ⅱ期精巢中表达量最高,在Ⅴ期精巢中表达量最低。