肌肉生长抑制素基因外显子3的多态性及其与边鸡繁殖性状的关联分析

本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行关联分析。结果表明:在外显子3检测到3个突变(C7 552T,C7 638T,T7 661A)。对于MYOE3-2引物,FG基因型的开产日龄极显著的早于FF基因型(P<0.01),FG基因型的300日龄产蛋数极显著高于FF基因型(P<0.01)。对于MYOE3-3引物,HI基因型的开产日龄显著早于HH基因型(P<0.05)。HI基因型的300日龄产蛋数极显著高于HH基因型(P<0.01)。3个SNPs位点共形成4种单倍型组合,单倍型组合分析表明,h1h4型的开产日龄显著早于h1h1型(P<0.05),h1h4型的产蛋数显著高于h1h1型(P<0.05)。研究结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡繁殖性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

鸡CFL2基因3'UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3'UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明:在鸡CFL2基因3'UTR区预测到5个microRNA靶位点.在CFL2基因3'UTR区发现G577A位点,该位点为Kpn Ⅰ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经X2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态.该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P＜0.05).结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考.     

鸡CFL2基因3′UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3′UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析。结果表明:在鸡CFL2基因3′UTR区预测到5个microRNA靶位点。在CFL2基因3′UTR区发现G577A位点,该位点为KpnⅠ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经χ2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P<0.05)。结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考。     

鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析

旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F₂资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1～4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在...     

荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs（AJ237937和AF079568）的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明：SNP1对乳蛋白率有显著影响（P〈0.05）;SNP2对产奶量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量、乳蛋白量有显著影响（P〈0.05）;单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量有显著影响（P〈0.05）。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著（P〈0.01）或显著（P〈0.05）高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著（P〈0.05）或极显著（P〈0.01）高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合（P〈0.01）。结果提示：STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。     

如皋鸡Mx基因2032位点多态性与经济性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对如皋鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果如皋鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.161、0.678和0.161,抗性等位基因A的频率为0.500。χ2适合性检验表明,如皋鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与如皋鸡一些经济性状间的关联性,结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺以及主要屠宰性状均小于AG和GG基因型的个体,但是除了体斜长和胫围外,AA基因型个体的重要经济性状包括常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著。     

CAPN1基因PCR-SSCP多态性对鸡肉质性状的影响

为了分析寿光鸡CAPN1基因的多态性与部分肉质性状的关系,试验采用PCR-SSCP方法对CAPN1基因外显子2,3及其侧翼序列进行多态性检测.结果表明:CE2引物扩增的座位在群体检测到3种基因型即AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.531,0.327,0.143;CE3引物扩增的座位在群体也检测到3种基因型即C...     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子5多态性与胴体及脂肪性状的相关性分析

本试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)在济宁百日鸡、汶上芦花鸡等5个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,并分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在6个供试群体中检测到1个Pst Ⅰ酶切突变位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2224 bp处G→T突变,该突变位点在供试群体中共检测到两种基因型(A1A1和A1A2),等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2224多态位点对鸡胴体性状和脂肪性状影响均不显著(P＞0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体在胴体和脂肪性状上总体优于A1A2基因型个体,但各性状均值在两种基因型个体间差异均不显著(P＞0.05)。本研究结果表明,该位点不能作为鸡胴体和脂肪性状的有效分子标记。     

安卡鸡TLR4基因外显子2多态性及其与经济性状的关联分析

研究采用PCR-SSCP对安卡鸡TLR4基因外显子2多态性进行检测,并分析其多态性对经济性状的影响。结果表明:安卡鸡TLR4基因存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.3143、0.4000和0.2857,等位基因A、B的频率分别为0.5143和0.4857。χ2适合性检验表明,安卡鸡TLR4基因外显子2等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。序列分析结果显示,TLR4基因外显子2的114 bp和142 bp处各有1个G/A突变,G114A为沉默突变,没有引起氨基酸改变,G142A为错义突变,氨基酸由谷氨酸转变为赖氨酸。分析这3种基因型与安卡鸡一些重要经济性状间的关联性,表明,3种基因型个体间的生长发育性状、屠宰性状以及常规肉质等重要经济指标差异不显著,安卡鸡TLR4基因外显子2对重要经济性状没有显著的影响。     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子6多态性与胴体及脂肪性状的相关性研究

试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白(perilipin,PLIN)基因内含子6在济宁百日鸡、莱芜黑鸡等4个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在5个供试群体中检测到1个多态位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2 467 bp处G→A突变,该突变位点在供试群体中检测到3种基因型:A1A1、A1A2和A2A2,2个等位基因:A1和A2。等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2 467 bp位点对鸡部分胴体性状和脂肪性状影响显著(P<0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体活体重、屠体重、全净膛重、腹脂重和腹脂率均显著高于A2A2基因型个体(P<0.05)。A1A2基因型个体的胸肌肌内脂肪含量显著高于A1A1和A2A2基因型个体(P<0.05)。研究结果表明,PLIN基因对鸡胴体及脂肪性状有一定影响。     

Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究

以明星肉鸡和丝毛乌骨鸡杂交产生的F2资源群体为试验材料，根据鸡载脂蛋白AI（Apo-AI）基因的5’端序列设计引物，采用测序和PCR—SSCP方法进行SNP检测和基因型分析，探讨Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状之间的关系。研究发现在Apo-AI基因序列起始密码子ATG上游163bp处存在一个A／T突变。该突变产生的不同基因型与鸡生长和体组成性状进行的统计分析结果表明，BB基因型个体的1、2周龄体质量显著高于AA和AB基因型个体的相应体质量（P〈0．05）；BB基因型个体腹脂质量显著高于AA基因型个体的腹脂质量（P〈0．05）；BB和AB基因型个体的腹脂率显著高：于AA基因型个体的腹脂率（P〈0．05）。可以尝试将Apo-AI基因应用于鸡生长和腹脂性状的分子标记辅助选择育种方案中。     

Polymorphism in PLIN Gene Intron 6 and its Association with Carcass and Fatness Traits in Chicken

The genetic polymorphisms in PLIN gene were detected by PCR-RFLP method in four Chinese local chickens including Jining Bairi chicken,Laiwu Black chicken et al.,and one breeding strain.The correlations between the SNP and the carcass and fatness traits were analyzed.As a result,a novel G→A mutation at 2 467 bp in PLIN gene was identified in the five populations.Three genotypes (A1A1,A1A2 and A2A2) were detected,and allele A1 was predominant in all the five experimental populations.The statistical analysis showed that the 2 467 bp polymorphism locus was significant association with some carcass and fatness traits (P<0.05).The living body weight,carcass weight,eviscerated weight,abdominal fat weight and percentage of abdominal fat of A1A1 genotype was higher than A2A2 genotype in chickens (P<0.05).The breast intramuscular fat of A1A2 genotype was higher than that of A1A1 and A2A2 genotypes in chickens (P<0.05).The results showed that PLIN gene had effect on carcass and fatness traits in chickens.     

文昌鸡MTNR1B基因的多态性及其与产蛋性状的关系

本研究旨在了解褪黑激素受体基因MTNR1B的多态性及其与文昌鸡产蛋性状的关系。用直接测序的方法检测MTNR1B5′调控区、外显子1和外显子2的单核苷酸多态性,并将其与文昌鸡的产蛋性状进行关联分析。结果表明,在外显子1和2的编码区未发现碱基突变或缺失,而在5′调控区发现15个单核苷酸多态位点。其中-778位点突变(A→G)对文昌鸡中期(22～31周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数的显性效应分别达到了2.3和6.2枚(P<0.05)。对后期(32～46周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数而言,-216位点C对A为优势等位基因,加性效应值分别为2.5和3.2枚,显性效应分别为3.5和6.8枚,且表现为超显性。在4种单倍型中,AA单倍型个体的后期产蛋数和46周龄总产蛋数最低,GC单倍型个体的开产日龄最早。AC/GA联合基因型母鸡拥有最高的中期产蛋数、后期产蛋数和46周龄总产蛋数。综上所述,MTNR1B基因的外显子高度保守,而5′调控区的SNPs有望成为影响产蛋性状潜在的遗传标记。     

促卵泡激素受体基因第2内含子多态性对如皋黄鸡繁殖性状的遗传效应分析

试验以260只如皋黄鸡为素材,采用飞行质谱技术对位于促卵泡素受体(follicle stimulate hormone receptor,FSHR)基因第2内含子的3个SNPs位点进行检测,并对其与繁殖性状的相关性进行了分析。结果表明,C+29329A突变对开产日龄、开产蛋重及40周龄蛋重有显著影响(P<0.05);而C+30582G只与40周龄总产蛋数呈显著相关(P<0.05);G+51411A则对开产日龄、开产体重及40周龄总产蛋数有显著影响(P<0.05)。研究结果显示,FSHR基因有望成为选育高产蛋鸡的分子标记,辅助选育、开发中国地方鸡品种资源。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

鸡Nramp1基因多态性与部分免疫指标相关性分析

随机选取同期孵化出雏的中国地方鸡种如皋鸡和引进隐性白羽鸡72只和55只,测定部分免疫性状。利用PCR-SSCP技术检测如皋鸡和隐性白羽鸡Nramp1基因第9外显子的多态性,并对不同基因型与免疫性状进行相关分析。结果表明:如皋鸡与隐性白羽鸡H/L、淋巴细胞转化率和IgM含量均差异显著(P<0.05)。如皋鸡AA型的H/L显著低于BB型和AB型(P<0.05),而AA型的淋巴细胞转化率和IgM含量显著高于BB型(P<0.05)。隐性白羽鸡各基因型对免疫指标的影响与如皋鸡的趋势相同。该研究结果初步显示,如皋鸡的综合免疫性能优于隐性白羽鸡,AA基因型的综合免疫性能优于AB型和BB型。     

贵妃鸡肌细胞生成素基因SNPs检测及其与屠宰性状的相关性分析

试验以肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因作为屠宰性状候选基因,以相同饲养条件下13周龄的贵妃鸡为研究对象,采用PCR扩增产物直接测序,检测该基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并进行MyoG基因SNP位点与屠宰性状的相关性分析。结果发现,在研究群体中检测到4个SNPs位点,存在T-T-A-G、T-T-A-A、C-C-A-G和C-C-G-A共4种单倍型,分别命名为H₁、H₂、H₃和H₄,经序列对比,可构建出H₁H₁、H₁H₂、H₁H₃、H₁H₄和H₂H₃共5种双倍型,对所定义的5种双倍型与贵妃鸡屠宰性状间进行关联分析,结果均未达到显著水平。     

Polymorphisms of MSTN Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Chishui Black-bone Chicken

This study was aimed to analyze the association of myostatin (MSTN) gene polymorphisms with meat quality traits in Chishui Black-bone chicken. The DNA pooling was constructed and the direct sequencing technology of PCR product was used to detect the single nucleotide polymorphism (SNP) of MSTN gene. The results showed that C324T were detected in exon 1 of MSTN gene in Chishui Black-bone chicken. However, there was not found SNP site in exon 2 and exon 3 of MSTN gene. The C324T site was devised into three genotypes of CC, CT and TT. The association relationships between the genotype of MSTN gene and meat quality traits revealed that chest muscle pH and leg muscle pH value of Chishui Black-bone chicken with CT genotype were significantly higher than that of CC and TT genotypes (P<0.05), the shear force of CT genotype was significantly higher than that of TT genotype (P<0.05), there was no significant difference in other meat quality traits (P>0.05). This results suggested that the pH value and shear force of MSTN gene had a larger genetic effect in Black-bone chicken,MSTN gene was one of genes which could control the preliminary inference, might affect the pH value and shear force or with the main gene chain in Black-bone chicken, and could be used as pH value and shear force of molecular markers of Black-bone chicken.