数字RT-PCR检测鲤春病毒血症的方法建立与应用

[目的]通过实时定量RT-PCR和数字RT-PCR两种方法的比对试验,建立快速检测鲤春病毒血症的数字RT-PCR方法。[方法]利用同一对引物和探针,以梯度稀释的方法测定两种方法针对SVCV的灵敏性、特异性及重现性。[结果]两种方法均能够检测出104倍稀释的SVCV,而数字RT-PCR可以检测出单个微滴中的SVCV,其灵敏度性高于实时定量RT-PCR。同时,两种方法的特异性都很强,对其他病毒,如传染性胰腺坏死病毒（IPNV）、传染性造血器官坏死病毒（IHNV）、病毒性出血败血病毒（VHSV）均未有扩增反应。两种方法的重现性也较好。[结论]数字RT-PCR方法比实时定量RT-PCR具有更高的灵敏度,在鲤春病毒血症的早期快速诊断方面具有重要作用。     

鲤春病毒血症病毒SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立鲤春病毒血症病毒(SVCV)的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的SVCV N蛋白基因的保守性序列设计并合成特异性引物,建立了该病毒的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数为0.99,在102拷贝/μL~109拷贝/μL范围内具有良好的线性关系。该方法对传染性脾肾坏死病毒、草鱼呼肠孤病毒、传染性皮下及组织坏死病毒和白斑综合征病毒其他水生动物病毒核酸扩增结果均为阴性,特异性强;该方法对SVCV检测下限为100.76 TCID50/m L,比常规PCR灵敏100倍;批内和批间的变异系数均小于7.6%,重复性好。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好,对SVCV的快速检测及定量检测具有重要意义。     

3种鱼类弹状病毒荧光定量环介导等温扩增检测方法的建立

鲤春病毒血症病毒(SVCV)、病毒性出血性败血症病毒(VHSV)和传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)是严重危害水产养殖业的3种鱼类弹状病毒。为建立这3种鱼类弹状病毒的快速检测方法,本研究设计合成针对这3种病毒系列引物,并在扩增反应体系中加入荧光染料SYBR Green I,通过恒温荧光检测仪Deaou-308C扩增检测,分别建立了这3种病毒的荧光定量环介导等温RNA扩增(RT-LAMP)方法。经反应条件的优化,检测结果显示,这3种方法分别对SVCV、VHSV和IHNV 3种弹状病毒具有特异性的扩增反应,对传染性胰坏死病毒、狗鱼弹状病毒和牙鲆弹状病毒核酸的扩增结果均为阴性,具有良好的特异性。灵敏度试验最低检测限分别为4.0×104拷贝/μL、5.4×104拷贝/μL、4.3×104拷贝/μL。该方法在63℃下保温40 min可以完成检测,操作简单、灵敏度高、特异性强,通过恒温实时荧光检测仪可实时检测及自动判读检测结果,适合现场检测和口岸快速检测。     

鲤春病毒血症病毒RT-RAA-LFD检测方法的建立

为建立一种可现场快速准确检测鲤春病毒血症病毒(SVCV)的方法，本研究结合重组酶介导扩增(RAA)和侧向流试纸条(LFD)技术，根据SVCV L基因保守区域设计引物及探针，通过优化反应时间和温度等条件，初步建立了可用于SVCV现场可视化检测的RT-RAA-LFD方法。优化后的检测方法在35℃水浴锅中恒温反应15 min即可实现对SVCV目的基因片段的有效扩增。结果显示，该方法可以特异性的检测SVCV，并且不与病毒性出血败血症病毒、传染性鲑鱼贫血症病毒、病毒性神经坏死病毒等其他常见鱼类病毒发生交叉反应；对SVCV重组质粒标准品的检测限为2.42×10²拷贝/μL，并具有较好的稳定性和重复性；采用该方法和病毒分离、套式RT-PCR、荧光定量RT-PCR、荧光定量RT-RAA共5种方法同时对45份临床样品检测，其中病毒分离、套式RT-PCR和荧光定量RT-PCR均检测到29份阳性样品，荧光定量RT-RAA和本研究建立的方法均检测到28份阳性样品，本研究与前3种方法的阳性符合率为97.8%，与荧光定量RT-RAA的阳性符合率为100%。上述结果表明，本研究建立的SVCV ...     

传染性胰脏坏死病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)是一种严重危害鲑鳟鱼类的重要传染性病原。为建立IPNV快速检测方法,根据IPNV VP2蛋白编码基因保守序列,设计并筛选出特异性引物和Taq Man探针,并优化筛选引物以及探针检测浓度、退火温度和退火时间,建立了一种实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对方法进行了评价。结果显示：该方法灵敏度高,对IPNV的检测限为5 copies/μL;特异性强,对传染性造血器官坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、病毒性出血性败血症病毒、草鱼呼肠孤病毒、流行性造血器官坏死病毒等其他病毒核酸扩增均呈阴性;重复性良好,组内与组间重复平均变异系数均小于3%;用本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法,对40份经病毒分离鉴定的样品进行IPNV检测,符合率为100%。结果表明,本研究建立的方法具有快速、特异、敏感等优点,可检测病毒含量较低的组织样品,对于IPNV的快速检测更具优势。     

鲤春病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

本文根据鲤春病毒糖蛋白设计并合成引物,对SVCV进行扩增鉴定,对所建立的RT-PCR方法进行灵敏度和特异性实验,实验结果表明,只有SVCV能够扩增出特异性片段,大小为714bp,对照组核酸均没有扩增,表明所设计的引物具有良好的特异性,方法的灵敏度为10-5.利用建立的方法对人工感染SVCV的鲤鱼进行检测,实验结果表明,2个感染样品中均检出SVCV病毒.本实验建立的RT-PCR为SVCV检测诊断提供了新的技术手段.     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

基于便携式荧光定量PCR仪的猪流行性腹泻病毒和传染性胃肠炎病毒现场检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒和传染性胃肠炎病毒一步法荧光RT-PCR鉴别检测方法。本研究参照Gen Bank中猪流行性腹泻病毒以及传染性胃肠炎病毒特异性基因序列,设计特异引物和Taq Man探针,通过优化反应条件,建立了检测猪流行性腹泻病毒和传染性胃肠炎病毒的一步法荧光RT-PCR方法,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性。结果表明,该方法检测猪流行性腹泻病毒和传染性胃肠炎病毒灵敏度分别可达0.32 TCID_(50)/100μL和1.58 TCID_(50)/100μL,该法对猪轮状病毒(RV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的检测结果均为阴性。本试验建立的Taq Man一步法荧光定量RT-PCR检测方法可对猪流行性腹泻和传染性胃肠炎进行快速诊断,适合现场检测,为猪病毒性腹泻的诊断和防控奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种特异、灵敏、量化、快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,设计1对PEDV N基因的特异性引物,建立Eva Green染料的实时荧光定量RT-PCR的检测方法,并对疑似PEDV感染的临床样品进行检测。结果显示,所建立的实时荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R2=0.999;不与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发生交叉反应,具有较强的特异性;灵敏度比常规RT-PCR方法高100倍;重复性试验的变异系数均小于5%,重复性良好。对43份临床样品进行检测,结果比普通PCR多检出2份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法在特异性、灵敏度和重复性方面都很好,可用于临床PEDV检测。     

基于RPA的鲤春病毒血症病毒核酸检测技术的建立与评价

重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)是近几年新发展并普及应用的一种核酸扩增技术,能够实现检测设备小型化,从而满足现场诊断(point-of-care testing,POCT)的需求。本研究以鲤春病毒血症病毒(springviraemiaofcarp virus,SVCV)为检测靶标,建立了SVCV的RPA检测技术,并分析了该方法的灵敏性、特异性和稳定性,评判了该技术应用于POCT的可能性。结果表明:基于RPA的检测方法灵敏度较高,检测下限可达4×10~3 PFU/mL,但比以Taq酶为基础的RT-PCR技术略低;特异性好,未发现对其他水生动物疫病病原,如传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)、病毒性出血性败血症病毒(VHSV)、传染性胰腺坏死病病毒(IPNV)、传染性鲑鱼贫血病病毒(ISAV)等发生非特异性反应;稳定性良好,3次重复性试验的结果近乎一致。试验证明,该方法能够替代RT-PCR技术,应用于POCT的试剂和仪器设备研发。     

荧光定量RT-PCR检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

为了建立一种快速的新城疫病毒(NDV)病原检测方法,试验针对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)基因序列保守区域设计1对特异性引物和1条特异性探针,通过构建重组阳性标准质粒的方法建立了检测IBV核酸的荧光定量PCR方法,优化反应体系和反应条件后进行特异性、敏感性、重复性试验。结果表明:该检测方法特异性强,与其他禽源病毒如NDV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、禽流感病毒(AIV)、马立克病毒(MDV)均不发生交叉反应;该方法可检测到3.1×101拷贝/μL的病毒核酸,比常规RT-PCR的敏感性高100倍;重复性试验的变异系数小于2%。说明研究建立的Real-time RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于IBV的定量检测。     

猪传染性胃肠炎病毒与猪呼吸道冠状病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法建立与应用

本研究根据Genbank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因和S基因保守区序列设计合成了两对引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测TGEV的方法。该方法能有效地鉴别序列密切相关的猪传染性胃肠炎病毒与呼吸道冠状病毒。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3个小时以内,具有很好的特异性和重复性。通过对39份临床样品进行检测,结果表明所建立的检测方法直接检测样品中猪传染性胃肠炎病毒。     

牛传染性鼻气管炎病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)保守基因gB和gE序列,分别设计两对引物及其相应的TaqMan探针,建立、优化反应体系后,利用10倍稀释的病毒进行扩增以检测其灵敏度,同时对伪狂犬病病毒(PRV)、马立克病病毒(MDV)、鸭瘟病毒(DPV)进行特异性检测.结果显示,建立的扩增gB和gE基因的荧光PCR可用于检测IBRV,其灵敏度为0.02 TCID50,而与PRV等非IBRV无交叉反应.本研究所建立的荧光PCR具有快速、灵敏、准确、低污染等优点,可用于IBRV的检测.     

对虾白斑综合症病毒变性高效液相色谱检测方法的建立与应用

据对虾白斑综合症病毒(WSSV)的基因保守序列,使用Primer Explorer V3软件设计了2条引物,利用PCR的扩增产物,结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术,建立了一种对虾白斑综合症病毒的DHPLC快速检测方法。该检测方法特异性好,与传染性皮下和造血器官坏死病毒、斑节对虾杆状病毒、肝胰腺细小病毒、对虾杆状病毒以及对虾基因组DNA无交叉反应;检测灵敏度较高,约为10-5ng/μL,高于常规PCR及荧光定量PCR的灵敏度。用建立的DHPLC方法对100尾对虾样品进行了临床检测,结果与荧光定量PCR检测结果一致。WSSV的DHPLC检测方法,特异性强、灵敏度高,是对WSSV进行有效检测的一种新方法。     

一步法SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立

为了建立鸡传染性支气管炎病毒快速、敏感的检测方法,本研究利用RT-PCR技术扩增出鸡传染性支气管炎病毒M基因中134bp的保守序列,并克隆到pMD18-T载体中作为标准品制作标准曲线,建立了IBV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达3.5×10~1拷贝,与禽呼肠孤病毒、新城疫病毒、H9N2亚型禽流感病毒、传染性法氏囊病病毒、禽白血病病毒和禽网状内皮组织增生病病毒均不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR具有特异、敏感、快速、定量和重复性好等优点,可用于临床IBV的检测。     

鸡传染性支气管炎病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种快速准确检测鸡传染性支气管炎病毒的方法,根据鸡传染性支气管炎病毒的核衣壳蛋白基因进行引物和探针设计,建立了一种能够检测鸡传染性支气管炎病毒的实时荧光RT-PCR方法,并对该方法进行特异性和灵敏度检测,同时与国家标准检测方法进行对比。结果显示,本检测方法特异性好,不与其他相关病毒发生交叉反应,灵敏度可达到10-4 ng/μL,与国标检测方法的符合率达100%。结果表明,本研究建立的检测方法可以准确鉴定鸡传染性支气管炎病毒,具有良好的应用前景。     

基因芯片检测鱼类病毒的方法建立与优化

本研究建立并优化了一种基因芯片检测方法,可以同步检测7种重要的海水养殖鱼类病毒（淋巴囊肿病毒、细胞肿大病毒属虹彩病毒、赤点石斑鱼神经坏死病毒、传染性造血器官坏死病毒、传染性胰脏坏死病毒、病毒性出血败血症病毒、传染性鲑贫血病毒）。该基因芯片包含10条病毒特异性的寡核苷酸探针（25~30 mer）分别与病毒的CP、N、VP5、G、NS、MA等基因位点互补。将各病毒基因探针以50% DMSO稀释至20μmol/L,使用PersonalArrayer 16个人点样仪在醛基修饰玻片上点样,然后与Cy3标记的扩增产物在47℃条件下杂交1.5 h,最后在LuxScan 10K扫描仪上采集荧光信号、判断检测结果。初步应用表明,该基因芯片检测方法具有良好的特异性和可靠性,在鱼类病毒高通量检测技术领域有广泛的应用前景。     

西方马脑炎病毒TaqMan MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

通过RT-PCR从西方马脑炎病毒(WEEV)中扩增得到1 317bp特异的保守序列,将其克隆到pMD-20T载体中,进行体外转录,制备标准品cRNA。以10倍比稀释的cRNA为模板,进行TaqMan MGB荧光定量RT-PCR扩增并制作标准曲线,建立了WEEV荧光定量RT-PCR检测方法。对建立的方法进行了特异性和敏感性试验。结果表明,建立的荧光定量RT-PCR方法最低可检测10拷贝的cRNA;且与马鼻肺炎病毒(EHV-1)、马动脉炎病毒(EAV)、马流感病毒(EIV,H3N8)、西尼罗病毒(WNV)、东方马脑炎病毒(EEEV)和日本脑炎病毒(JEV)不发生交叉反应。与常规RT-PCR相比,该方法更加快速,特异性和敏感性更高,灵敏度为常规RT-PCR方法的100倍。     

禽副黏病毒4型荧光RT-PCR检测方法的建立

本研究根据GenBank发表的禽副黏病毒4型（APMV-4）基因组序列,在保守区域分别设计了特异性RT-PCR引物和荧光探针,初步建立了可用于检测APMV-4的荧光RT-PCR方法。特异性试验表明本方法特异性强,与新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV）、传染性支气管炎病毒（IBV）、减蛋综合征病毒（EDSV）等没有交叉反应。灵敏度试验表明本方法的检测下限为1EID50,比常规RT-PCR的敏感度高100倍左右。本研究所建立的荧光RT-PCR方法具有快速、准确、灵敏等优点,可用于APMV-4样品的检测。