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相似文献
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1.
本研究利用大豆基因组数据库,通过生物信息学分析,鉴定并获得大豆TPS 家族基因所有成员的全序列、基因结构和定位信息。研究还利用序列比对对大豆TPS 家族基因进行进化和分类分析,同时通过soybase大豆发育表达芯片数据库相关信息,对该家族基因成员的组织表达谱进行了检测。研究结果表明,大豆基因组中含有20个TPS家族基因成员。系统发育分析将这些TPS基因分成了两个亚家族。基因定位分析表明,这些成员基因分别分布于大豆的14条染色体上。启动子分析表明,全部大豆TPS 家族基因的启动子区都含有逆境反应顺式作用元件。转录水平芯片数据分析同时显示,大豆TPS家族基因大多在花、根、根瘤等组织中存在优势表达。该研究结果将促进大豆TPS家族基因的功能研究与利用。  相似文献   

2.
大豆种子含油量高低和油脂合成途径密切相关,油脂合成途径复杂,涉及诸多蛋白和酶,为此对大豆油脂储存蛋白进行生物信息学分析。大豆全基因组数据下载于JGI数据库,生物数据库查询结合Perl程序处理获取大豆油脂储存基因和蛋白,在大豆基因组中确定1 264个与油脂合成相关的基因,其中23个基因与油脂储存有密切的联系。利用Protparam、SOPMA、Prot Comp、Signal P软件对23个基因的蛋白序列、蛋白基本理化性质及二级结构、亚细胞定位、信号肽等进行生物信息学分析。结果表明:23个油脂储存基因不均匀分布在12条染色体上;23个蛋白序列氨基酸数目为165~1 012个;等电点为5.90~10.03;外显子数目为5~16个;二级结构预测显示无规则卷曲和α-螺旋为主要构成成分;蛋白亚细胞定位主要位于内质网、质膜和胞外。用MEGA6软件内置的Clustal W程序对大豆中油脂储存基因的蛋白序列进行比对分析,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,结果显示大豆油脂储存基因的亲缘关系和进化差异。  相似文献   

3.
为了研究本实验室前期质谱分析筛选出的SGF14h蛋白的生物学功能,并为研究SGF14h基因的表达调控提供理论依据,使用一系列生物信息学软件、数据库和在线程序,对大豆SGF14h蛋白序列及核酸序列进行分析和预测。SGF14h基因结构分析显示:该基因位于第4号染色体上,全长1 788bp,其中开放阅读框长780bp,编码259个氨基酸。SGF14h蛋白属性分析显示:序列中富含磷酸化位点(丝氨酸磷酸化位点10个和苏氨酸磷酸化位点3个);此蛋白为非分泌型蛋白、无跨膜结构域;预测其定位于线粒体。SGF14h蛋白结构分析显示:二级结构有153个α螺旋,无β折叠和β转角;为亲水性蛋白质;属于14-3-3蛋白家族成员。SGF14h蛋白进化树分析表明:该蛋白与玉米GF14蛋白亲缘性最近。矮秆大豆中,SGF14h可能在GA信号转导中起重要作用,进而影响株高。因此对SGF14h的研究具有生物学意义,此结果可为进一步验证大豆SGF14h蛋白的生物学功能提供借鉴和理论依据。  相似文献   

4.
microRNA164是一个高度保守的miRNA家族,广泛参与植物的细胞和生理过程。本论文旨在采用生物信息学方法,了解大豆miR164基因家族在大豆生长发育及逆境胁迫应答过程中扮演的重要角色,为其在大豆的分子育种和品种改良方面的研究提供理论基础。利用miRNA、Plant MicroRNA Database、PLACE和NCBI数据库以及Clustal X2. 0、MEGA 5. 0和DNAMAN软件对gma-miR164基因家族的序列情况、染色体定位、靶基因调控功能、启动子元件、二级结构和系统发育树进行生物信息学分析。在miRBase中搜索到11条gma-miR164基因同源序列,分别分布在7条染色体上,其中以位于Chr3上的序列最多,共有3条,位于Chr10和Chr19上各有2条,而在Chr02、Chr09、Chr18和Chr20上各有1条。11个gma-miR164基因家族成员共预测到6个靶基因,均为NAC转录因子。gma-miR164基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构。启动子中顺式调控元件分析表明,ABRE、DRE、MYB和MYC这4个元件在gma-miR164基因家族启动子序列中分布不均,其中以MYB和MYC元件数目居多。本研究为探寻miR164基因家族在逆境胁迫应答中的调控作用提供了数据基础和理论依据。  相似文献   

5.
利用已知的拟南芥TCP基因和大豆基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定并获得了大豆TCP家族基因序列,基因定位信息。共鉴定大豆TCP基因54个,分布在大豆除14号染色体外的其他19条染色体上。对54个基因进行进化和聚类分析及功能结构域的分析,发现全部具有高度保守的TCP结构域。根据结构域差异和系统发育分析的结果,将大豆TCP转录因子家族分成2个TCP亚家族。以生物信息学手段和已有的其他物种的TCP基因进行了比较分析,大豆TCP基因占总数的3.5%,与拟南芥同源基因比较,序列长度存在相似性。对启动子元件分析显示,TCP基因含有大量与在子叶、根、茎处大量表达有关的元件及对分生组织有作用的元件。  相似文献   

6.
BvCPD基因编码细胞色素P450类固醇侧链羟化酶(CYP90),调控油菜素甾醇(BRs)的生物合成。为探索BvCPD基因在甜菜生长发育中的功能,通过HMM和BLAST在甜菜基因组数据中检索P450保守结构域序列,并对其家族成员进行分析。结果表明:共检测到76个BvCPD家族成员,聚为10个亚组,其中,第Ⅱ亚组的BvCPD家族成员最多(16个);染色体定位结果显示,甜菜9条染色体上均有BvCPD基因分布,其中第7条染色体上分布最多,但仍有10个家族成员尚未明确定位;BvCPD蛋白共有10个保守性模体,模体2和模体7存在于所有BvCPD家族成员中。进一步对BvCPD家族成员中的Bv2_qyup进行分析发现,该基因编码473个氨基酸,相对分子量为54.11 kDa,等电点为8.85,其编码的蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,可能定位于细胞质中,是一种含信号肽的亲水跨膜蛋白,存在44个磷酸化位点;同源多重比对发现,Bv2_qyup与藜麦、菠菜、毛果杨、黄瓜和拟南芥CPD的同源性较高。研究结果将为BvCPD基因克隆和功能鉴定提供理论依据。  相似文献   

7.
大豆病程相关蛋白PR-5及其同源蛋白TPLs的生物信息学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
大豆病程相关蛋白PR-5又称为类甜蛋白TLPs,广泛分布于高等植物体内,各种生物和非生物胁迫诱导(病原微生物、渗透胁迫,机械损伤和植物激素等)均可诱导其表达。本研究以PR-5编码基因Glyma01g42670.1为目的基因,对该基因及其同源蛋白的结构和功能进行了分析;通过生物信息学的方法,共筛选获得42条大豆TLPs蛋白质序列,并用Mega 4.1软件构建其系统进化树;同时对Soy Base中的大豆TLPs相关的表达数据进行分析。结果表明:大豆病程相关蛋白PR-5的编码基因Glyma01g42670.1编码240个氨基酸的多肽链,p I 6.26,是一种酸性蛋白,属于疏水蛋白,该蛋白质具有典型的TLP家族的保守结构域,具有指导PR-5蛋白的跨膜转移(定位)的N端信号肽序列,PR-5蛋白不含有跨膜螺旋结构,主要存在于质外体中,属于分泌蛋白,推测该蛋白具有内切葡聚糖酶的催化活性,进化分析表明:该编码基因与拟南芥的NP_192902.1基因属于直系同源基因,它们是具有相同功能和共同起源的基因,组织表达特异性分析表明该基因主要在根部和花中表达。  相似文献   

8.
通过在大豆基因组数据库中检索拟南芥At ABCG40在大豆中的同源基因,获得了Gm ABCG40基因序列。通过对Gm ABCG40基因编码的氨基酸序列及启动子序列进行生物信息学分析,结果表明:Gm ABCG40基因CDS序列全长4 284 bp,编码1 427个氨基酸。Gm ABCG40编码的蛋白为疏水性蛋白,具有多个N-糖基化位点、激酶磷酸化位点、N-豆蔻酰化位点、2个ATP/GTP结合位点基序A和1个速激肽家族信号。结构域分析表明Gm ABCG40含有2个核苷酸结合域与2个跨膜结构域,形成NBD1-TMD1-NBD2-TMD2结构,属于ABCG亚家族的成员。Gm ABCG40预测的启动子区域含有与激素、胁迫、光应答、胚乳表达和转录因子结合相关的顺式作用元件。系统进化分析表明Gm ABCG40与菜豆、红豆、木豆、百脉根等豆科植物亲缘关系较近。组织特异性表达分析结果显示Gm DABCG40在叶片中表达量最低,在根中表达量最高,推测其可能参与根中ABA的转运过程。  相似文献   

9.
从大豆叶片中分离到Gm Sbh1基因c DNA的完整开放阅读框(ORF)序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质一级、二级结构及互作蛋白等进行了生物信息学分析。结果表明:在Gm Sbh1基因c DNA序列的第156~1 293 bp处有一个完整的ORF,编码379个氨基酸;Gm Sbh1具有同源异型盒(homeoboxbox,HB)基因家族典型的KNOX1、KNOX2、ELK和Homeodomain(HD)结构域;检索到18条与Gm Sbh1核酸序列一致性大于80%的序列;Gm SBH1为亲水性蛋白,不具有信号肽,分子量为42.37 k Da,其中丝氨酸(Ser)、天冬氨酸(Asn)和亮氨酸(Leu)分别为占10%、9.8%和8.4%,可能发生磷酸化的位点分别在Ser(13个)、酪氨酸(Tyr)(2个)和苏氨酸(Thr)(1个)上;二级结构预测结果显示,Gm SBH1序列存在α-螺旋(占39.31%)、β-转角(占5.28%)、延伸链(占8.44%)和无规则卷曲(占46.97%),不存在跨膜螺旋;蛋白互作预测表明,Gm SBH1与拟南芥中的RPL、BEL1、AT4G32980.1-P、BLH2和BLH3等蛋白的互作程度较高,其中与BEL1共表达的几率较高。  相似文献   

10.
调用生物信息学方法对已在国际互联网上的生物数据库(DDBJ、Uni-Prot)注册的茶树多酚氧化酶基因的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、信号肽、跨膜拓扑结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构进行预测与推断。结果表明:茶多酚氧化酶不具有信号肽,存在卷曲螺旋,为位于细胞质中的无跨膜的亲水性不稳定蛋白,无规则卷曲是其蛋白质结构的主要结构元件,α-螺旋与β-折叠分散于整个多肽链中,并存在2个结构功能域。  相似文献   

11.
从茶树(Camellia sinensis)转录组数据库中获得6个与儿茶素合成相关的MYB转录因子,对其进行蛋白理化性质与结构功能预测、核定位信号和蛋白保守结构域分析,通过同源分析构建系统发育树。结果表明,与儿茶素合成相关的6个MYB蛋白都属于亲水性的非分泌蛋白,定位在叶绿体、线粒体和细胞核上,其空间结构主要是α-螺旋和β-转角;保守结构域的分析发现除了comp159173_c0基因,其余5个都属于SANT超家族基因成员。系统进化树显示6个MYB蛋白形成4个分支,显示出各自间较远的亲缘关系。差异表达分析的结果进一步证实了6个MYB转录因子与儿茶素合成代谢的相关性。  相似文献   

12.
尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f. sp. Cubense, Foc)引起的香蕉枯萎病是我国香蕉的主要病害之一,严重影响香蕉的产量和品质。TGA防御反应基因在香蕉应对尖孢镰刀菌胁迫的应答转录调控过程中至关重要。本研究以拟南芥TGA转录因子家族成员蛋白为查询序列,在香蕉基因组数据库中Blast筛选出TGA转录因子家族成员,并对该家族成员进行生物信息学分析。共鉴定得到9个香蕉TGA家族成员,分别命名为MaTGA1~MaTGA9;香蕉TGA家族蛋白富含酸性氨基酸,大部分蛋白以α螺旋为主;亚细胞定位主要在细胞核内。进化树分析表明,香蕉MaTGA转录因子家族的9个成员可分为Class Ⅰ和Class Ⅱ两类,基因结构及功能结构域的分布情况也呈现出高度一致。进一步通过RT-qPCR分析发现,MaTGA2、MaTGA3MaTGA8在香蕉枯萎病菌侵染后的‘威廉斯’(易感病)及‘南天黄’(抗病)中均显著下调表达,MaTGA1、MaTGA6、MaTGA7MaTGA9均呈现先下降后上升的趋势;然而MaTGA4MaTGA5仅在‘威廉斯’中上调表达,以上结果表明MaTGA2、MaTGA3MaTGA8在香蕉抗枯萎病中发挥重要的生物学功能。本研究结果为香蕉TGA转录因子功能挖掘奠定理论基础。  相似文献   

13.
从巴西橡胶树甲基化过滤文库中筛选到一个与RPS6同源性较高的基因片段,根据该基因片段序列信息,设计特异引物,利用RACE进行特异片段的5’和3’扩增,获得长度为1 327 bp的HbRPS6-2基因克隆。生物信息学分析表明,该基因包含483 bp的开放阅读框,5’非翻译区为357 bp,3’非翻译区为475 bp,编码161个氨基酸。在HbRPS6-2氨基酸序列中没有预测到信号肽和跨膜区,二级结构分析表明其属于混合型蛋白。HbRPS6-2在N端前18个氨基酸区域内有一个较强的疏水区,但整条多肽链表现为亲水性。对15个RPS6系统进化分析发现,巴西橡胶树的RPS6-2基因与多杀性巴氏杆菌的RPS6基因亲缘关系最近,而与拟南芥和玉米等亲缘关系相对较远。  相似文献   

14.
苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase, PAL)是催化苯丙烷代谢途径第1步反应的限速酶,广泛地参与植物生长发育过程中的各种生理活动。本研究通过生物信息学分析,从香蕉A基因组数据库中利用BLASTp筛选出53个可能的MaPAL编码蛋白序列。在NCBI分析蛋白保守结构域,发现仅有8个基因具有典型的PAL家族基因的特性。聚类分析结果表明香蕉MaPAL家族的8个基因可以分为Class I 和Class II两类。转录组数据表明,所有MaPAL基因在果实发育阶段高表达,MaPAL5参与果实采后成熟过程。在干旱、低温、盐处理的香蕉幼苗叶片中,MaPAL1MaPAL2MaPAL3MaPAL4MaPAL5成员均显著上调表达,MaPAL6号成员显著下调表达,这些成员参与香蕉响应上述非生物胁迫过程。8个MaPAL成员在枯萎病菌处理下均显著下调表达,表明在感病品种巴西蕉根系中,MaPAL基因的表达全部被Foc TR4抑制。本研究结果为分析MaPAL基因家族在香蕉果实品质形成和响应逆境中的作用提供了理论依据。  相似文献   

15.
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是戊糖磷酸途径(PPP)的关键酶,可为小麦(Triticum aestivum)的生物合成提供NADPH以及一些中间代谢产物,并且在小麦生长发育及响应胁迫方面也发挥重要作用。本研究对基因组数据库中获得的12条小麦G6PDH蛋白序列及其基因序列进行一系列生物信息学分析,结果表明,12条小麦G6PDH蛋白分别定位于细胞质及质体中,且均为亲水、不稳定蛋白。从系统发生树的进化和亲缘关系上可以看出,12条小麦G6PDH蛋白分别属于胞质和质体亚型。不同亚型的G6PDH蛋白保守Motif的种类和数量有所不同,不同亚型的基因结构也具有明显差别。qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,3种亚型(胞质亚型、质体P1和P2亚型)的小麦TaG6PDH基因均被不同程度地诱导表达,并且均随着温度的降低而升高,预示着G6PDH在小麦抗寒方面发挥正向调节作用。  相似文献   

16.
AGO蛋白(Argonaute protein)是RNA诱导沉默复合体的关键组分,在植物生长发育中发挥重要作用。花 生基因组测序的完成为全基因组水平上分析AGO抗病基因提供了条件。利用AGO蛋白的保守域在花生基因组数 据库与NCBI中进行同源比对,鉴定得到花生AGO 基因家族所有成员。我们基于生物信息学对AGO蛋白家族的进 化关系、理化性质、染色体定位、基因结构、结构域、不同组织中和胁迫下的表达模式等进行分析。结果表明:试验 共鉴定得到51个花生AGO 基因,包括12个A.duranensis 基因,12个A.ipaensis 基因以及27个栽培种花生AGO 基因。 染色体定位分析结果显示这些基因不均匀地分布在花生染色体上,且A.duranensis 与A.ipaensis 基因组上有10对成 员存在较为明显的同源关系。表达模式分析表明AdAGO2、AiAGO4、AdAGO3、AiAGO7、AdAGO8、AiAGO8 基因在花生 22个组织中整体表达量偏高;而花生茎尖(Shoot Tip)与雄蕊(Stamens)中AGO 基因家族呈现较高表达量。本研究结 果为揭示AGO蛋白功能和发掘花生的抗逆育种靶向基因资源提供了一定的理论依据。  相似文献   

17.
This study evaluated the prediction accuracy of grass dry‐matter intake (GDMI) and milk yield predicted by the model GrazeIn using a database representing 522 grazing herds. The GrazeIn input variables under consideration were fill value (FV), grass energy content [Unité Fourragère Lait (UFL)], grass protein value [true protein absorbable in the small intestine when rumen fermen energy is limiting microbial protein synthesis in the rumen (PDIE)], pre‐grazing herbage mass (PGHM), daily herbage allowance (DHA) and concentrate supplementation. GrazeIn was evaluated using the relative prediction error (RPE). The mean actual GDMI and milk yields of grazing herds in the database ranged from 9·9–22·0 kg DM per cow d?1 and 8·9–41·8 kg per cow d?1, respectively. The accuracy of predictions for the total database estimated by RPE was 12·2 and 12·8% for GDMI and milk yield, respectively. The mean bias (predicted minus actual) for GDMI was ?0·3 kg DM per cow d?1 and for milk yield was +0·9 kg per cow d?1. GrazeIn predicted GDMI with a level of error <13·4% RPE for spring, summer and autumn. GrazeIn predicted milk yield in autumn (RPE = 17·6%) with a larger error in comparison with spring (RPE = 10·4%) and summer (RPE = 11·0%). Future studies should focus on the adaptation of GrazeIn to correct and improve the prediction of milk yield in autumn.  相似文献   

18.
目的 谷氧还蛋白(glutaredoxin, Grx)作为一种抗氧化酶,在通过清除多余活性氧来维持生物细胞氧化还原平衡、降低细胞膜损伤过程中发挥重要作用。水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi)能在高温、渗透及氧化胁迫等多种逆境压力中存活。本研究旨在探究Grx在水稻干尖线虫抗氧化胁迫中的作用。方法 通过cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE),获得了一个水稻干尖线虫谷氧还蛋白基因AbGrx-1,进行了序列比对和遗传进化分析;通过qRT-PCR检测了AbGrx-1在线虫响应氧化和温度胁迫中的表达差异,通过原核表达获得了AbGrx-1的重组蛋白,并分析了AbGrx-1蛋白浸泡对水稻干尖线虫在氧化和高温胁迫下存活的影响。结果 AbGrx-1基因全长包括90 bp的5'非翻译区(UTR)、321 bp的编码区和97 bp的3'UTR,开发阅读框(横跨91至411位)编码106个氨基酸。AbGrx-1蛋白的第24至27位点具有谷氧还蛋白催化残基(CPYC),分别在第69至第72和第83至第86位点存在保守的谷胱甘肽结合位点RSVP和GGDD,归为Ⅰ类谷氧还蛋白。遗传进化树显示AbGrx-1与燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)Grx亲缘关系最近,位于同一进化分支。AbGrx-1在H2O2处理和12℃下时显著上调表达,但在0℃, 4℃, 37℃和45℃极端温度中下调表达。高浓度H2O2和高温导致水稻干尖线虫死亡率增加,AbGrx-1重组蛋白能显著提高暴露于高浓度H2O2中线虫的存活率,但不影响高温下线虫的存活率。结论 AbGrx-1参与调控水稻干尖线虫的抗氧化免疫反应,在抵抗氧化损伤、维持线虫生存方面具有重要功能。  相似文献   

19.
【目的】谷氧还蛋白(glutaredoxin, Grx)作为一种抗氧化酶,在通过清除多余活性氧来维持生物细胞氧化还原平衡、降低细胞膜损伤过程中发挥重要作用。水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi)能在高温、渗透及氧化胁迫等多种逆境压力中存活。本研究旨在探究Grx在水稻干尖线虫抗氧化胁迫中的作用。【方法】通过cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE),获得了一个水稻干尖线虫谷氧还蛋白基因AbGrx-1,进行了序列比对和遗传进化分析;通过qRT-PCR检测了AbGrx-1在线虫响应氧化和温度胁迫中的表达差异,通过原核表达获得了AbGrx-1的重组蛋白,并分析了AbGrx-1蛋白浸泡对水稻干尖线虫在氧化和高温胁迫下存活的影响。【结果】AbGrx-1基因全长包括90 bp的5'非翻译区(UTR)、321 bp的编码区和97 bp的3'UTR,开发阅读框(横跨91至411位)编码106个氨基酸。AbGrx-1蛋白的第24至27位点具有谷氧还蛋白催化残基(CPYC),分别在第69至第72和第83至第86位点存在保守的谷胱甘肽结合位点RSVP和GGDD,归为Ⅰ类谷氧还蛋白。遗传进化树显示AbGrx-1与燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)Grx亲缘关系最近,位于同一进化分支。AbGrx-1在H2O2处理和12℃下时显著上调表达,但在0℃, 4℃, 37℃和45℃极端温度中下调表达。高浓度H2O2和高温导致水稻干尖线虫死亡率增加,AbGrx-1重组蛋白能显著提高暴露于高浓度H2O2中线虫的存活率,但不影响高温下线虫的存活率。【结论】AbGrx-1参与调控水稻干尖线虫的抗氧化免疫反应,在抵抗氧化损伤、维持线虫生存方面具有重要功能。  相似文献   

20.
We characterized the mitochondrial genome (mitogenome) and conducted phylogenetic analyses of 48 Hemiptera species by sequencing and analyzing the mitogenome of Arma custos (Fabricius) and Picromerus lewisi (Scott). The complete mitogenomes of the two predators were 16,024 bp and 19,587 bp in length, respectively, and it contained 37 classical genes, including 13 protein-coding genes (PCGs), 2 ribosomal RNA genes (rRNAs), and 22 transfer RNA genes (tRNAs), and a control region. Most PCGs in these predators use ATN as the start codon. This research revealed that the genes of the two natural enemy species have an A + T content of 75.40% and all tRNAs have a typical cloverleaf structure, with the exception of trnS1, which lacks a dihydrouridine arm. This is the first study to compare the mitochondrial genetic structure of two predatory insects; the mitochondrial genetic structure of individual predatory insects has been sequenced in previous studies. Here, phylogenetic analysis on the basis of amino acid and nucleotide sequences of 13 mitochondrial PCGs using Bayesian inference and maximum likelihood methods were conducted to generate similar tree topologies, which suggested that the two predators with close genetic relationships belong to Asopinae subfamily. Furthermore, the monophyly of the Pentatomoidea superfamily is well accepted despite limited taxon and species sampling. Finally, their complete mitogenome provided data to establish a predator–prey food web, which is the foundation of effective pest management. Our results also enhanced the database of natural enemy insects.  相似文献   

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