甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

乌珠穆沁羊FS H R基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP).结果未发现多态.测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明:绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%.提示:为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据.     

含第1内含子的猪生长激素cDNA基因的构建

以 PCR方法扩增了猪生长激素 ( p GH)基因的第 1内含子 ,经测序表明 ,扩增的 p GH基因第 1内含子的序列与 Vize发表的序列存在 6个碱基的差异 ,同源性达 97.5%,说明 p GH基因第 1内含子具有多态性。此外 ,还发现此内含子存在有转录因子 ATF的结合位点。利用第 2外显子的 Hinf 位点 ,采用将 3个 DNA片段一步连接的方法 ,将扩增的第 1内含子插入到 p GHc DNA的正确位置上 ,从而构建出含第 1内含子的p GHc DNA。     

不同品种绵羊TGF-β1基因单核苷酸多态性及其与繁殖力关系的研究

以小尾寒羊、滩羊、同羊、欧拉羊共计196头为研究材料，采用PCR—SSCP技术，对绵羊TGF-β1基因6-7外显子区间内的805bp序列进行多态性分析，发现了一个多态位点。经克隆测序分析发现，第6内含子区内存在一个突变，该突变位点为第7外显子上游的第294位碱基处缺失了AGAC（序列：gi76871756中的14201位）。对不同绵羊群的基因型和等位基因频率统计结果表明，多胎品种小尾寒羊以AB基因型为主。x^2检验结果表明，单胎品种滩羊、同羊、欧拉羊以BB基因型为主，所有品种都处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

小香羊POU1F1基因序列的测序及分析

根据绵羊POUl F1基因的4-5外显子序列设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)技术,扩增出山羊POUl F1基因第4内含子序列,为下一步进行遗传变异分析的研究奠定基础.     

南江黄羊脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与生长性状关联分析

根据山羊A-FABP mRNA序列设计2对引物扩增南江黄羊A-FABP基因部分外显子3、内含子3和外显子4序列,利用克隆测序的方法寻找南江黄羊A-FABP基因的多态性,采用PCR-RFLP的方法进行多态性检测并与生长性状进行关联性分析。结果显示,在南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子序列上分别发现T143C和T546C2个点突变位点,其中T546C位点为同义突变,这2处突变各自产生3种基因型CC、TC和CC,χ2检验显示,这2个位点均处于中度多态且在南江黄羊群体中分布处于Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。关联分析显示,T143C位点TC基因型公羊个体的成年胸围显著长于TT型（P〈0.05）;T546C位点CC基因型公羊个体的周岁体长显著长于TT基因型（P〈0.05）,TC基因型母羊个体的6月龄体质量和胸围均显著长于CC基因型（P〈0.05）,其余生长性状在不同基因型个体间差异不显著（P〉0.05）。结果表明：南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子多态性可能对个体生长性状产生一定的影响。     

绵羊瘦素受体基因部分序列测定及其变异位点分析

试验旨在检测绵羊瘦素受体(leptin receptor,LEPR)基因序列突变位点,为进一步分析LEPR基因多态性与绵羊生长性状的关系奠定基础。选用美利奴羊与阿华西羊杂交群体作为试验材料,利用RT-PCR、测序等方法测定了4只绵羊的LEPR基因cDNA部分序列及内含子7序列,同时利用PCR-RFLP分析两个位点在群体(229只)中的多态性。测定出LEPR基因cDNA序列长2608 bp(包含外显子2-16完整序列及外显子1和17的部分序列)和LEPR第7内含子序列全长160 bp,共发现5个核苷酸变异位点,第2外显子中2个(T240C和A279G),第10、14外显子中各1个(A1683G,T2373C),内含子7中1个(1285+A73G),外显子中的4个变异位点均未引起编码氨基酸的改变。在研究群体中,A279G与A1683G中A的频率分别为0.415、0.467,后者处于非平衡状态,GG和AA是主要的单倍型。不同物种间序列一致性分值均比较高,但LEPR mRNA区序列一致性比内含子高,基于LEPR mRNA序列构建的系统发育树更符合实际情况,且可靠性值更高。结果表明,绵羊LEPR基因的保守性较强,突变形式主要是转换,A279G和A1683G可能是突变热点。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

巢湖鸭生长素基因和垂体特异性转录因子1基因的PCR-SSCP检测

以生长素基因Ghrelin和垂体特异性转录因子1 Pit-1基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测2个候选基因在巢湖鸭群体中的单核苷酸多态性(SNPs)。结果表明,Ghrelin基因exon 3第54 bp位置有G→A碱基的点突变,在巢湖鸭群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.49,B等位基因频率为0.51;在exon 5第149位和166位发生了C→A和G→T的突变,检测到MM、MN、NN 3种基因型,M等位基因频率为0.19,N等位基因频率为0.81。Pit-1基因的2对引物的扩增片段均未检测到多态性,说明所检测的Pit-1基因外显子3和4序列比较保守。     

猪MSTN基因的多态性和生长性状关联分析

基于肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因结构及功能研究报道,将其作为猪生长发育性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪分子遗传标记提供依据。本研究以长白猪、大白猪、杜长大、通城猪、莱芜猪、五指山猪6个不同猪种基因组DNA为模板,通过克隆测序鉴定MSTN基因启动子区、第1内含子区、第2内含子区、第1外显子区、第2外显子区及3′UTR区SNPs位点;以长白猪和杜长大2个试验猪群为材料,利用基质辅助激光解吸飞行时间质谱法对MSTN基因进行SNP分型。建立最小二乘法分析模型,利用SAS软件分析数据。结果表明:在6个猪种76个个体中,共筛选出16个SNPs,其中有4个位于启动子区,5个位于第1内含子,7个位于第2内含子,在外显子1、外显子2和3′UTR区域并未检测到SNP位点。对MSTN基因的4个SNPs位点(P1、P3、P4、P5;其中P1、P3、P4位于启动子区,P5位于内含子1区)的生长性状关联分析显示,P4和P5 2个位点的多态性与猪生长性状显著相关(P<0.05)。P4和P5 2个位点具有作为分子标记辅助猪育种的潜在应用价值。     

4个山羊品种BMP6基因部分片段的多态性分析

根据GenBank发表的绵羊骨形态发生蛋白6（bone morphogenetic protein 6,BMP6）基因部分序列所包含的外显子5、6、7和小鼠BMP6基因外显子5、6、7序列设计3对引物,采用PCR SSCP技术检测BMP6基因外显子5、6和7在济宁青山羊、安哥拉山羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊4个山羊品种250个个体中的单核苷酸多态性。结果发现这3对引物的扩增片段在检测的4个品种中均无多态性,说明所检测的BMP6基因外显子5、6、7序列比较保守。     

会理黑山羊Hoxc9基因克隆与分析

为了探索Hoxc9基因在会理黑山羊毛囊生长发育中的机制,试验采用PCR方法从会理黑山羊血液中扩增Hoxc9基因,经克隆、测序、拼接并进行生物信息学分析。结果表明:会理黑山羊Hoxc9基因核苷酸序列长度为3 198 bp,由2个外显子和1个内含子组成,其中外显子分别为1 035 bp、507 bp,内含子为1 656 bp,与哺乳类动物同源性达96%以上。     

海南五指山猪Myf5与MyoD基因多态性分析

为研究海南五指山猪Myf5和MyoD基因的多态性分布情况,本试验通过PCR-RFLP方法对80头海南五指山猪进行了Myf5和MyoD基因型检测,并运用生物信息学方法对这两个基因的序列进行分析.结果发现,在Myf5基因第1外显子的HhaⅠ-RFLP位点上,五指山猪以CC和CG基因型为主;在Myf5基因第1外显子的Hsp92Ⅱ-RFLP位点上,五指山猪以AA基因型为主;在MyoD基因第1内含子的DdeⅠ-RFLP位点上,等位基因A在五指山猪中是优势等位基因.此外,Myf5和MyoD基因启动子区域和第1外显子处存在CpG岛.本研究得到海南五指山猪Myf5和MyoD基因的序列信息,为下一步五指山猪Myf5和MyoD基因的功能研究奠定基础.     

五指山猪SLA-DQA和SLA-DQB基因SNP检测及生物信息学分析

为研究五指山猪SLA-DQA和SLA-DQB基因,获得基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,试验采用PCR扩增猪SLA-DQA和SLA-DQB基因组序列,通过DNA测序寻找基因中的SNP位点。结果显示:在猪SLA-DQA基因组中共发现6处突变位点,分别位于该基因的启动子区、第1内含子、第2内含子、第3内含子和第5外显子中;在猪SLA-DQB基因组中共发现4处突变位点,分别位于该基因第1外显子和第5外显子中。本研究成功获得五指山猪SLA-DQA和SLADQB基因序列信息,为下一步五指山猪SLA-DQA和SLA-DQB基因的功能研究奠定基础。     

槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究

[目的]揭示α-肌动蛋白1（actin alpha 1,ACTA1）基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据.     

马的ACE基因多态性的探索与研究

提取马血的总DNA,参照Genbank中人、羊、兔的ACE基因中的16,17外显子序列,设计1对保守引物p1,应用PCR技术扩增出目的基因,将其克隆到PMD19-T载体中进行测序,并用DNAStar软件进行序列分析。结果显示,扩增出的目的基因长度为345bp,与人的ACE基因16～17外显子(11576～12060bp)序列同源性达到82.3%,证明扩增出的基因包括了马的ACE基因16内含子序列。再参照此序列,设计特异性引物p2,对5种马的ACE基因进行PCR扩增,与人的ACE基因多态性的位点进行分析比较。结果证明,马在此位点上不存在多态性。该试验为马ACE耐力基因多态性的继续研究提供了基础资料,为赛马的选材提供了理论依据。     

6个品种猪Cstb基因的PCR-RFLP分析

Cstb基因在人类中已经得到全序列,共5873bp,含有3个外显子、2个内含子,3个外显子的长度分别为66,102,129bp。在猪上的研究还不是很全面,只测得了第2内含子和第3外显子,有待于更深入的研究。在猪Cstb基因第3外显子区内第19个碱基处,检测TapⅠ多态性位点,突变为G→A,是一个错意突     

阿勒泰羊Myf 5基因多态性与早期生长发育性状的相关性分析

采用PCR测序方法研究了152只阿勒泰羊群体Myf5基因多态性及其与群体生长发育性状的相关性。结果表明：在阿勒泰羊Myf5基因中存在3个多态位点，即位于Myf5基因第1外显子区域的19-CCT Ins/Del、第4外显子区域的C-109G以及C-383T；在这些位点均存在3种基因型。多态位点与体重和日增重的相关性分析表明，仅SNP位点C-383T与体重和平均日增重具有相关性（P〈0.05），不同基因型体重和日增重排序为TT〈CT〈CC。说明Myf5基因该位点可能是影响阿勒泰羊生长发育性状的主效QTL或与之紧密连锁，可作为阿勒泰羊肥羔生产的候选分子标记。