SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制

【目的】研制利用生物信息学方法通过分析数量迅速增加的EST序列开发SSR标记的有力工具。【方法】通过对SSR标记本身的特点以及排列组合原理的分析,提出快速有效的SSR标记开发算法,并应用Visual Basic6.0程序设计语言进行相关软件的开发。对2004年8月2日至2005年6月12日之间公布在NCBI上的22 161条大豆EST序列,进行了SSR标记的检索。【结果】通过对现存SSR标记开发软件中所存在的问题的总结与分析,编制完成SSR标记开发软件SSR MINING 1.0。经过检索共发现2 068个SSR标记,应用DNAMAN对其中30个标记进行了引物设计,并合成进行试验验证,最终获得了14个具有多态性的SSR标记。【结论】SSR MINING 1.0是一个高效、灵活、界面友好、使用简便的SSR标记开发软件。     

SSR分子标记在棉花研究中的应用

[目的]分析SSR分子标记在棉花研究中的应用,展望基于SSR的多色荧光标记检测技术的前景。[方法]通过概述SSR标记的原理、特点及其在棉花研究中的应用,展望了SSR的应用前景。[结果]SSR信息量丰富、揭示多态性高、重复性好、结果可靠,是一种快捷简便的分子标记,在棉花研究中已取得广泛应用。随着科技发展,基于SSR的多色荧光标记检测技术也将得到普遍应用。[结论]更好地了解了SSR标记的特点及其在棉花研究中的应用,为棉花育种等相关研究提供了理论依据和技术指导。     

SSR标记及其在水稻遗传育种中的研究进展

SSR标记广泛应用于作物遗传育种,呈共显性,具有多态性丰富、重复性好、技术难度较低等优点。就SSR标记的原理、特点以及SSR标记在水稻遗传育种中的研究状况进行了综述。     

沃柑SSR分子标记筛选及其在品种鉴定上的应用

采集不同品种的柑橘叶片标样,进行SSR分子标记检测和筛选,确认SSR分子标记准确有效。然后在不同时期、不同地块采集更多品种的叶样,进行SSR分子标记检测,比对试验结果与采样记录,检查SSR分子标记能否准确有效的鉴定沃柑品种。结果表明,3对SSR分子标记可以准确有效地从16个广西、重庆、四川种植的柑橘品种中鉴定出沃柑和无核沃柑(但沃柑和无核沃柑两者之间无法有效区分),该品种鉴定技术可应用于沃柑产业化发展中。     

小麦Rht矮秆基因的分子标记研究进展

简述了利用RFLP、SSR、STS、RAPD等分子标记方法对不同矮秆基因进行标记和定位的结果。在小麦矮秆基因标记中,RFLP标记应用得最多,其次是SSR标记和STS标记,RAPD标记应用得较少。     

小豆SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】以小豆SSR为锚定标记,将公开发表的豇豆SSR、普通菜豆SSR和EST-SSR标记定位整合到小豆遗传连锁群中,构建中国小豆遗传图谱,为小豆基因定位、图位克隆和分子标记辅助选择育种提供更多可用的分子标记。【方法】用1 473对SSR和EST-SSR引物进行PCR扩增,包括906对豇豆SSR、123对普通菜豆和196对小豆SSR引物及248对普通菜豆EST-SSR引物,筛选亲本间多态性标记,验证栽培小豆HB801×AG109及GM892×AG110的F2分离群体。【结果】整合和构建了含有145个SSR和EST-SSR标记小豆遗传连锁图谱,包括59个小豆SSR标记,新增63个豇豆SSR、9个普通菜豆SSR、14个普通菜豆EST-SSR标记和1个茎色标记。紫茎色性状被定位在第9连锁群,离CEDG022和cbess058标记的遗传距离分别为0.9 cM和0.1 cM。图谱全长823 cM,覆盖11个连锁群,每个标记间平均距离为5.64 cM。每个连锁群长度为49.1—125.6 cM,平均长度74.82 cM;每条染色体上的标记数7—26个,平均13.27个。【结论】率先把小豆近缘物种分子标记引入小豆,加密了小豆SSR分子标记遗传连锁图谱。     

SSR分子标记与水稻杂种优势的相关性研究

[目的]探讨SSR标记遗传距离与水稻杂种优势的相关性。[方法]以5个不育系和4个恢复系为材料按5×4NCⅡ方法配制20个杂交组合,选取36对与水稻产量相关的特异性SSR标记（与QTL连锁的标记）和124对非特异性SSR标记（一般标记）对9个供试亲本进行多态性分析,研究SSR标记遗传距离与水稻杂种优势的关系。[结果]特异性SSR标记遗传距离与水稻F1代各性状优势之间的相关性均不显著,而非特异性SSR标记遗传距离与株高、千粒重优势呈显著和极显著正相关,与结实率优势呈显著负相关,特异性SSR标记遗传距离与水稻单株产量优势相关更密切。[结论]SSR标记遗传距离与水稻杂种优势有一定的相关性,但相关系数较小,不足以预测水稻的杂种优势。     

SSR标记在江苏粳稻品种鉴定中的应用研究

利用农业行业标准"NY/T-1433—2007、NY/T-1433—2014"中分别推荐的24和48个SSR标记,对2013年江苏区试粳稻品系和2009~2014年间江苏审定品种中的46个粳稻品种进行鉴定,证实2个版本中的SSR标记均不能完全鉴别供试的江苏粳稻品种。以12个代表性粳稻品种为材料,从714个SSR标记中筛选到133个在代表性品种间存在多态性的标记,结合"NY/T-1433—2014"中的多态性标记共计153个,构建了46个粳稻品种的SSR指纹。以品种间SSR指纹差异位点数、标记分布均匀性及多态性评价指标值为筛选依据,从153个SSR标记中初步确定了52个核心标记用于江苏水稻品种鉴定,构建了46个粳稻品种的SSR指纹。对52个标记在江苏水稻尤其是粳稻品种鉴定中的优点及进一步完善的策略进行了讨论。     

SSR分子标记及其在茶树DNA指纹图谱上的应用

本文综述了SSR分子标记、DNA指纹图谱原理及SSR分子标记在茶树指纹图谱上的应用,提出SSR分子标记在茶树指纹图谱构建过程中存在的问题并给出建议,旨在为豫南茶树种质资源DNA指纹图谱构建提供一定的借鉴和指导。     

SSR标记及其在玉米中的应用

SSR（simple sequence repeat）是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。简要介绍了SSR分子标记技术的原理和特点,重点介绍了SSR标记在玉米遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、种质资源鉴定等方面的应用,并对SSR标记技术在玉米研究中的应用前景进行了展望。     

SSR技术及其在果树研究上的应用

SSR分子标记技术有丰富的多态性、重复性好和操作简便等优点,它已经成为植物遗传育研究中不可缺少的分子标记技术。对SSR技术的原理和特点作了介绍,分析了如何获得SSR引物,着重介绍了SSR技术在果树种质资源和构建果树遗传图谱的研究现状,指出了SSR技术将在果树科研上起到重要的作用。     

SSR技术及其在玉米研究中的应用

简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)技术以其丰富的多态性、共显性遗传、重复性好和操作简单等优点正广泛用于植物种质资源及育种的研究.文章简要介绍了SSR技术的原理、特点及引物获得的途径,对SSR及其它几种分子标记技术进行了比较,并着重介绍了近年来SSR技术在玉米指纹图谱、品种鉴定、目标性状基因定位、遗传多样性及优势类群划分中的应用现状及前景.     

Review of the Methods for Developing SSR Molecular Markers

Microsatellite marker （or Simple Sequence Repeate, SSR） is a marker technology based on DNA molecular length poly morphism. It is also one of the most commonly used molecular markers. Traditional SSR marker development methods are relatively time-consuming and mostly relying on the known genome sequence information while recently developed methods of SSR marker based on RAPD, ISSR-PCR SSR, the use of hybrid options, sequence tag SSR library access and screening EST-SSR have been widely used. This paper gave an overview of the methods mentioned above for the development of SSR markers.     

甘蓝一代杂种纯度SSR鉴定与田间鉴定的一致性研究

【目的】分析甘蓝杂交种纯度的SSR分子标记鉴定结果与田间形态学鉴定结果的一致性,寻找一种快速、准确鉴定甘蓝杂交种纯度的方法。【方法】选用SSR分子标记,筛选杂交种具有父母本互补带型的引物,用其鉴定“秦甘50”杂交种的纯度,并与田间常规鉴定结果的一致性进行比较。【结果】300对SSR分子标记引物中,有1对引物SQ1019对“秦甘50”杂交种表现为父母本互补带型;利用引物SQ1019标记鉴定“秦甘50”大田杂交种的纯度为96.3%;“秦甘50”大田杂交种经田间鉴定纯度为96.0%,2种鉴定结果的一致性高达99.7%。【结论】SQ1019是SSR分子标记“秦甘50”杂交种的特异引物,SSR分子标记是一种快速、准确鉴定“秦甘50”杂交种纯度的方法,其结果与田间常规鉴定结果相一致。     

S SR分子标记技术在植物研究中的应用

SSR分子标记是目前应用较广泛的分子标记技术之一。对SSR标记的原理、特点和开发方法进行了总结,综述了SSR分子标记技术在植物DNA指纹图谱构建、遗传多样性分析、种子纯度及真伪鉴定、遗传图谱构建、分子标记辅助育种等方面的应用现状,并对目前SSR标记应用中出现的问题进行了讨论,以期为下一步开展西藏野生观赏植物资源的分子研究奠定基础。     

分子标记(SSR)技术在水稻稻瘟病研究中的应用及展望

稻瘟病是北方水稻的主要病害,选育抗病品种是防治稻瘟病最经济有效的措施.微卫星DNA分子标记为辅助选育抗稻瘟病水稻新品种和抗性鉴定提供了新的方法和手段.阐述SSR对水稻抗稻瘟病研究的作用,介绍SSR的机理和方法,为今后抗稻瘟病的分子遗传机理奠定了基础.     

基于SSR和ITS标记的杨树多态性及聚类分析

为研究杨树多样性和不同分子标记技术间的差异与联系,采用SSR和ITS标记分析12个杨树样品的DNA多态性,并在遗传距离的基础上对这两种标记方法进行相关性分析。SSR标记表明,13对引物共扩增条带54条,多态性条带51条,PIC值为0.36~0.76,能较好的区分不同样品。ITS分析结果显示,供试杨树之间差异不仅表现在碱基的差异,也表现在序列长度的差异。利用这两种标记方法对所有样品进行聚类分析发现,二者在派别间分类基本一致,但在细微分类中SSR标记相对于ITS技术能更准确的鉴别出来源相同或相似的植株个体。两种标记方法相关性分析表明,二者显著相关,相关系数R达到0.593(P=0.01,n=66,rα=0.314 966)。由此可见,它们均可用作杨树品种鉴定,同时结合这两种分子标记的遗传差异,可为快速准确的鉴定杨树资源提供技术依据。     

SSR分子标记在作物遗传育种中的应用

SSR(Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。简要介绍了SSR标记技术的发现、原理和特点,并总结了该技术在作物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择等方面的应用。     

遗传标记在罗非鱼良种选育研究中的应用与展望

综述了在近些年中传统遗传标记罗非鱼良种选育相关研究中的应用情况,探讨了多种分子标记联合分析的必要性,展示了罗非鱼选育群体基于SSR/AFLP分别计算的Nei(1978)相似性系数比率稳定分布于0.942 07~0.963 70之间,而群体间SSR/AFLP遗传距离比率全都远大于1,具有良好的区分度。综合多种因素,推荐SSR作为罗非鱼良种选育群体遗传多样性水平的常规监测手段。并指出基于DNA序列测定与生物信息学技术开发的新型分子标记类型应当作为未来罗非鱼良种选育研究的重点方向。