耐氧氟沙星鸡大肠杆菌gyrA基因QRDR的扩增与测序

取临床分离的13株氧氟沙星（OFL）耐药菌，提取其质粒DNA，经纯化后人为模板，用PCR扩增gyrA基因喹诺酮耐药决定区（QRDR）；PCR阳性质粒的菌株，再扩增其染色体gyrA基因QRDR，直接测定质粒和染色体DNA扩增产物序列并进行分析。只有CE01菌株的质粒DNA和染色体DNA可扩增出长度为668bp的PCR产物片段，两者基因序列相同率为98．17％，相同位点突变相同的碱基有5个，相同位点突变不同的碱基有2个。与基因数据库中的大肠在杆菌gyrA基因相应序列比较，该菌质粒DNA PCR产物同源率为97．80％，有13个位点发生突变，3个氨基酸被替换；染色体DNA PCR产物同源率为97．80％，有13个位点发生突变，3个氨基酸被替换；染色体DNA PCR产物同源率98．00％，有12个位点发生突变，2个氨基酸被替换；都包括了国外资料报道的突变率较高的第83位氨基酸的突变。结果表明，该菌株质粒和染色体上都存在喹诺耐经基因，对OFL的耐药可能是质粒诱导和染色体突变共同作用的结果。     

RT-PCR检测和区分猪传染性胃肠炎病毒和猪呼吸道冠状病毒的研究

根据猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪呼吸道冠状病毒（PRCV）的基因组核苷酸序列，在S基因（纤突蛋白基因）5′端保守区设计了一对引物P3／P4，该对引物在TGEV扩增跨幅约为2.4kb；而PRCV由于在此区域存在一约0.6kb碱基缺失，扩增跨幅约为1.8kb。用引物P3／P4对TGEV Miller株、Purdue株和PRCV AR310株分别进行RT－PCR，根据RT－PCR扩增片段大小可以直接区分TGEV和PRCV。用引物P3／P4与引物P1／P2作Nested-PCR,提高了该RT－PCR的特异性和敏感性，建立的RT－PCR可为临床上诊断TGEV及调查我国是否存在PRCV感染提供可靠的鉴别手段。     

鸽Ⅰ型副粘病毒的RT—PCR套式PCR检测方法的建立

对3个中国广东的鸽Ⅰ型副粘病毒分离株（P4，P5和P7）基因组RNA以反转录－聚合酶链反应法（RT－PCR）扩增了F基因75％的基因区域（343－1673nt），其中毒株P4和P7准确扩增出预期大小明亮的DNA片段，而P5扩增出片段很淡，用该RT－PCR产物作模板以相同引物再作PCR，结果可以扩增出大小与预期一致的明亮条带，此方法可以快速检测鸽Ⅰ型副粘病毒（PPMV－1）。     

一株多重耐药大肠杆菌耐喹诺酮gyrA基因突变的研究

临床获得1株鸡致病性大肠杆菌CE01，进行药每、质粒转化、耐药质粒消除试验，结果该菌对11种受试抗菌药物全部呈高度耐药，其中氧氟沙星的MIC≥50μg/ml，且含有喹诺酮抗生质粒，溴化乙淀和黄连素作为消除剂作用48小时可使其喹诺酮抗性质粒消除，耐药水平显著下降。聚合酶链反应（PCR）扩增该菌gyrA基因喹诺酮耐药决定区（QRDR），质粒DNA和染色体DNA均可扩增出长度为668bp的PCR产物片段。经测序分析，两者基因序列相同率为98.17%，相同位点突变相同的碱基有5个，相同位点突变不同的碱基有2个；与基因数据库Swanberg等报道的大肠杆菌gyrA基因相应序列比较，该菌质粒DNA PCR产物同源率97.8%，有13个位点发生突变，3个氨基酸被替换；染色体DNA PCR产物同源率98%，有12个位点发生突变，2个氨基酸被替换。用放射性同位素α-^32P分别标记CE01菌株染色体DNA和质粒DNA的PCR扩增片段制备探针，对CE01菌株进行检测。质粒DNA和染色体DNA分别与质粒控针和染色体探针杂交出现典型的阳性杂交斑。证实该菌株质粒和染色体上同时存在耐喹诺酮gyrA突变基因，对喹诺酮的耐药性是质粒介导和染色体突变共同作用的结果。     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。     

利用aroA基因建立鸡传染性鼻炎PCR诊断方法

利用aroA基因设计了1对引物，分别对10株标准副鸡嗜血杆菌（HPG）菌株、14株分离的HPG菌株进行PCR扩增，结果均得到了与预期大小一致的片段，而对10株非HPG菌株和3株病毒进行扩增则无相应片段产生；该PCR能检测出10个菌细胞。与常规PCR方法相比，aroA-PCR的敏感性更高。     

大肠杆菌O157:H7 rfbE基因和fliC基因的克隆与序列分析

根据已发表的E．coli O157：H7 EDL933株的rfbE基因和fliC基因，设计了两对引物，分别对两个O157：H7，菌株的rfbE基因和一个菌株的fliC基因进行PCR，并将PCR产物克隆于pMD18-T栽体质粒。测序结果表明，获得到了与理论相符的582bp rfbE基因片段和802bp fliC基因片段。一株菌的rfbE基因存在无意义突变（两个）。而另一株菌fliC基因有一个有意义突变（aac→gac）     

伪狂犬病病毒gG—gD基因片段的扩增及克隆和序列测定

以伪狂犬病病毒（PRV）HB－9304株的基因组为模板，利用聚合酶链反应（PCR）对其gG-gD基因片段进行扩增，获得了预定大小的片段，将这一片段克隆到质粒载体pPK中。对重组质粒pPKGD进行限制性内切酶分析、PCR鉴定和克隆片段的序列测定，证实了克隆片段的可靠性。     

貂源绿脓杆菌流行株toxA基因克隆序列分析及原核表达

为了研究貂源绿脓杆菌流行株toxA基因的遗传变异情况,并将toxA基因进行原核表达,本试验以貂源绿脓杆菌DNA为模板,经PCR扩增表达外毒素A蛋白的toxA基因,约1 917 bp的片段,将产物克隆与pMD-18T载体并测序。结果表明,12株流行株的序列与GenBank中的标准产毒株PA103株和PA01株的遗传关系较近,显示外毒素A毒性的氨基酸均未发生突变,流行株变异不大。将该基因亚克隆到原核表达载体pET32a,转化BL21(DE3)感受态细胞,经不同浓度的IPTG诱导表达,表达产物进行SDS-PAGE与Western Blot鉴定,结果表明,可产生相对分子量约为78 kDa的表达产物,成功地构建了外毒素A蛋白的重组表达系统。     

伪狂犬病病毒鄂A株TK—／LacZ＋突变株的构建

本研究以地高辛标记的含TK基因的BamHI/KpnI片段为探针，通过Southern杂交确定伪狂犬病病毒鄂A株基因组中一大小约5．9kb的KpnI片段中含有TK基因，回收该片段并克隆于PUC18铁KpnI位点，然后进一步克隆其中含TK基因的PstI/KpnI片段，并将LacZ表达盒插入到该片段中的BamHi位点，构建转移质粒pUEKPZ，该将质粒与伪狂犬病病毒鄂A株基因组共转染PK－15细胞，待完全病变后在X－gal存在下筛选蓝斑，蓝斑纯化3次后，经PCR扩增，Southern杂交证实获得的病毒为伪狂犬病病毒鄂A株TK－／LacZ 突变株。     

RT-PCR方法快速诊断猪传染性胃肠炎

根据猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）标准毒株（Purdue-115）的ORF6（N基因）的基因序列，设计俣成了一对引物Li01/Li02用反转录聚俣酶链反应（RT－PCR）技术对发病猪的粪便进行检测。结果得到与预期大小相一致的约1174bp(N基因）的PCR产物，与从参照毒株TGEV TH－98扩增出的片段大小相一致。进一步用限制性内切酶进行分析，发现从发病猪火花名扩增出的N基因与参照毒株TH－98株具有相同的限制性内切酶图谱，从而证实本病例致病病毒为TGEV。     

水貂铜绿假单胞菌鞭毛分型及分离株flic基因的克隆与序列分析

为分析铜绿假单胞菌(PA)分离株鞭毛蛋白基因(flic)之间的差异,本研究通过PCR方法扩增由山东地区发病水貂的肺脏组织中分离的29株分离株flic基因的部分片段,根据其片段长度确定PA的鞭毛类型。选取两种类型代表株(PASD01、PASD03),采用PCR方法扩增flic全基因进行序列分析。结果表明,PASD01分离株与国外A型PA flic基因序列同源性为99.6%～99.7%,PASD03分离株与B型PA flic基因的序列同源性为98.9%～99.5%,而两个分离株之间的序列同源性为76%。本研究首次从水貂病变组织中克隆得到两种鞭毛蛋白类型的flic基因,该基因在各型鞭毛菌株中高度保守,为进一步研制鞭毛亚单位疫苗提供实验依据。     

猪瘟的分子生物学诊断

采用RT－PCR方法，从经临床和血清学初步诊断为猪瘟的病料中扩增了猪瘟病毒（CSFV）的E2基因某一片段；对扩增片段进行序列测定，通过DNAsis软件构建了系统发生树，确定了这一流行株（IPI株）在系统发生树中的位置。结果表明，从IPI株和石门株（Shimen)中均扩增出271bp目标片段，这一流行株与我国20世纪90年代以来流行的绝大多数CSF毒株同属于基因2群中的2.1基因亚群，与YN1、YN2、GX4、GZ1的关系较近，而与Shimen株、兔化弱毒株（HCLV）等我国传统的标准毒株相距较远。这一结果为猪瘟的诊断和检疫提供了一种特异、可靠的方法。     

牛结核分枝杆菌临床分离株rpoB、KatG基因突变分析

为了解牛结核分枝杆菌临床分离菌株对利福平(RFP)、异烟肼(INH)的分子耐药机制,本研究采用噬茵体生物扩增法对分离并鉴定的25株牛结核分枝杆茵进行药敏分析.筛选出9株耐利福平、异烟肼菌株.PCR扩增耐药株rpoB基因片段(213bp)和KatG基因片段(458bp)并测序.通过对耐药基因的测序分析,5株利福平耐药株rpoB基因在53l位(RNA聚合酶β-亚基编码基因起始密码子起,下同)、526位点、511位点发生突变,其中有3株rpoB基因531位点发生突变,1株rpoB基因526位点突变;1株rpoB基因在531位点和511位点发生了较为少见的联合突变;4株异烟肼耐药菌株,其中2株在315位点(KatG蛋白编码基因起始密码子起,下同)发生碱基突变,2株在463位点发生碱基突变.     

禽病原性大肠杆菌tsh突变株的构建及分离株tsh基因的检测

运用基因重组方法将庆大霉素（Gentamycin,GM）抗性基因连接到PCR扩增的tsh两端区域产生的2个目的基因片段之间,并共同插入到pUC18载体的多克隆位点中,构建出带GM标志的载体pUC18-tshFRGM,从中切下此tshF-GM-tshR片段,再将之克隆到pMEG-375自杀性载体中,构建出自杀性载体pMEG375-tshFRGM,将突变载体转化到含tsh基因的受体APEC E037株中,根据同源重组原理,筛选出tsh基因缺失的E037突变株,命名为E037（Δtsh）。E037和E037（Δtsh）株对1日龄鸡的LD50分别为105.6CFU和109.0CFU,动物感染性试验表明E037（Δtsh）株在内脏器官和血液中的感染能力和大肠杆菌病变程度均有明显下降。在243株禽源分离株中,有167株为tsh＋菌株,其中高致病株、中等致病株和低致病株分别为87.4%（146/167）、12.6%（21/167）和0%（0/167）;O1、O2和O78血清型的高致病株占所在血清型分离株的89.5%-100%,而其它血清型的高致病株仅占其它分离株的53.3%,差异极显著（P〈0.01）。结果显示tsh＋株大多数为高致病性菌株,且其致病性与血清型的种类有一定的相关性,温度敏感性血凝素为APEC重要的致病因子。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株M基因的分子特征

本实验根据已经发表的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）M基因序列设计并合成一对引物，利用RT－PCR扩增得到了IBM新疆分离株LX4株（HA价为2^7)M基因678bp的片段，将该片段克隆到PUC18载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析，PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger's双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了IBV－LX4株M基因的核苷酸序列，利用DNASIS分析软件，将它与GENBANK中发表的15株国外参考毒株相比较，发现核苷酸的同源性（除D1466和DE072外）为85％－92％，氨基酸的同源性为83％－92％，与国内参考株（H52－GD）相比分别为90％和92％，确证我们得到的克隆片段为IBV－LX4株的M基因，且含有两个糖基化位点，9个高度保守的半胱氨酸，三个跨膜区域，与国外的报道一致。     

新城疫病毒地方分离株HN基因的序列分析

使用RT－PCR的方法扩增得到有代表性的地方分离株新城病毒（NDV）的保护性抗原HN基因，经序列测定及分析发现，该毒株HN基因与日本1985年分离的CHI／85株亲缘关系最近，氨基酸同源性达97．0％，与中国标准强毒株F48E8氨基酸同源性为89．8％，其抗原位点Ⅰ发生突变，在347位由Glu变异为Gly，系统进化树归于C族。     

猪瘟病毒国内分离株(HL-LY)E2基因的克隆及序列分析

用猪肾细胞（pK-15)繁殖猪瘟病毒（CSFV）分离株HL－LY，根据基因库已发表的CSFV E2基因序列，设计并合成一对引物，以CSFV总RNA为模板，通过RT－PCR技术扩增出约1.1kb的片段，即E2基因。将RT－PCR产物克隆到pMD18-T载体上，构建了重组质粒T－E2，经酶切、PCR鉴定和序列测定，表明均已成功获得了CSFV E2基因的重组体T－E2。将该测序结果与国内几个毒株SHIMEN，C，C－V－LZ,GS-LT,GS-LX德育了列同源性比较，核苷酸同源性分别为96.59%,96.005,88.495,78.24%,77.82%；氨基酸同源性分别为99.46%,98.39%,93.54%,90.70%,90.44%。表明该毒株与国内标准毒株SHIMEN株和C株具有较高的同源性。     

应用复合PCR法检测猪圆环病毒

根据基因库中猪圆环病毒（PCV）的基因序列设计引物，建立复合PCR方法，对2株PK－15细胞进行了PCV检测。结果2株PK－15细胞都可扩增出PCV－1的基因片段，其中1株还扩增到了PCV－2的DNA片段。由此可见，应用设计的引物进行复合PCR快速检测PCV是可行的，这为PCV的检测、分型及PCV相关疾病的诊断奠定了基础。