梅山猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的关联分析

试验旨在研究梅山猪白细胞分化抗原14(cluster of differentiation antigen 14,CD14)基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的遗传效应。采用PCR-RFLP方法对梅山猪CD14基因-61bp处多态性进行分析,同时对部分重要细胞因子(IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TNF-α和TGF-β1)水平及繁殖性能(总产仔数、断奶仔猪数、初生窝重和断奶窝重)进行测定,并分析CD14基因多态性与部分免疫指标和繁殖性能的相关性。结果显示,梅山猪CD14基因-61bp处经BamHⅠ酶切后共检测到3种基因型,分别定义为:AA、AG和GG;χ2适合性检验显示,梅山猪处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);多态信息含量(PIC)分析显示,梅山猪群体处于中度多态。关联分析结果表明,AA和AG基因型个体的IL-10水平显著高于GG基因型个体(P0.05);在初产母猪中,3种基因型间的繁殖性能均无显著差异(P0.05),而在经产母猪中,AA和AG基因型个体的断奶窝重显著高于GG基因型个体(P0.05)。本试验结果表明,基于CD14基因-61bp处多态性对梅山猪进行分子选育时,无论是一般抗病力还是繁殖性能,GG基因型可能均为不利基因型,可以将CD14基因-61bp处作为一个潜在的遗传标记进行深入系统的验证和分析。     

梅山猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的关联分析

试验旨在研究梅山猪白细胞分化抗原14（cluster of differentiation antigen 14，CD14）基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的遗传效应。采用PCR-RFLP方法对梅山猪CD14基因-61 bp处多态性进行分析，同时对部分重要细胞因子（IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TNF-α和TGF-β1）水平及繁殖性能（总产仔数、断奶仔猪数、初生窝重和断奶窝重）进行测定，并分析CD14基因多态性与部分免疫指标和繁殖性能的相关性。结果显示，梅山猪CD14基因-61 bp处经BamHⅠ酶切后共检测到3种基因型，分别定义为：AA、AG和GG；χ²适合性检验显示，梅山猪处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；多态信息含量（PIC）分析显示，梅山猪群体处于中度多态。关联分析结果表明，AA和AG基因型个体的IL-10水平显著高于GG基因型个体（P<0.05）；在初产母猪中，3种基因型间的繁殖性能均无显著差异（P>0.05），而在经产母猪中，AA和AG基因型个体的断奶窝重显著高于GG基因型个体（P<0.05）。本试验结果表明，基于CD14基因-61 bp处多态性对梅山猪进行分子选育时，无论是一般抗病力还是繁殖性能，GG基因型可能均为不利基因型，可以将CD14基因-61 bp处作为一个潜在的遗传标记进行深入系统的验证和分析。     

猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标的遗传效应分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太、梅山、大白、杜洛克和长白猪CD14基因-61位点多态性进行分析,同时应用ELISA方法检测苏太、梅山猪的IL-2、IL-6、IL-10和IL-12水平,分析苏太、梅山猪CD14基因多态性对部分免疫指标的遗传效应,探讨将该位点作为遗传标记运用于猪抗病育种的可行性。结果表明:苏太、梅山和大白猪CD14基因-61位点经BamH I酶切后,可检测到AA、AG、GG 3种基因型,而杜洛克和长白猪中只检测到AG和GG 2种基因型;苏太、梅山猪与3个引进品种的基因型分布均表现为差异极显著(P0.01),大白猪与长白猪的基因型分布均表现为差异不显著(P0.05);遗传多态性分析表明苏太猪、梅山猪的PIC值介于0.25~0.5,表现为中度多态,大白、杜洛克和长白猪的PIC值低于0.25,表现为低度多态;品种效应对所测免疫指标影响极显著(P0.01),且在苏太猪和梅山猪中,不同基因型间各免疫指标水平差异均不显著(P0.05)。因此,CD14基因-61位点的突变不会对苏太、梅山猪的一般抗病力产生显著影响,有必要继续筛选CD14基因的功能突变位点和一般抗病力的有效遗传标记,为下一步抗病育种工作提供指导和依据。     

梅山猪Mx1基因第14外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨梅山猪Mx1基因第14外显子的多态性及其对梅山猪繁殖性能的影响,本研究采用PCR-RFLP方法对所采个体Mx1基因第14外显子进行DNA扩增并检测其多态性,同时利用广义线性模型(GLM)分析不同基因型与繁殖性能间的关系。PCR-RFLP结果表明,梅山猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,共检测到2种等位基因,分别定义为:A、B,其中B基因为优势等位基因;共检测到3种基因型,分别定义为:AA、AB、BB,其中BB基因型为优势基因型;关联分析结果表明,在初产母猪中,总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、断奶仔猪数(LBW)、初生重(BW)及断奶重(WW)这5个繁殖性状在Mx1基因的3种基因型中的差异均存在BB >AB >AA的趋势,BB基因型为有利基因型;且在总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数和断奶重中表现出显著差异性(P<0.05);但在经产母猪中均没有显著差异(P>0.05)。本研究结果提示,Mx1基因第14外显子多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,而对经产母猪的繁殖性能没有显著的影响。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

PRLR基因多态性与深县猪繁殖性能的关联分析

实验旨在研究催乳素受体（PRLR）基因多态性对深县猪繁殖性能的影响。通过PCR-RFLP技术结合混合池一代测序技术检测基因多态性，并与71头深县猪的繁殖性能进行关联分析，结果显示PRLR基因外显子8有2个突变位点，分别为A394G和A44G位点。A394G位点上存在AA、AG和GG 3种基因型，其中AG基因型个体的初生窝重显著高于GG基因型个体；A44G位点上存在AA、AG和GG3种基因型，其中AG基因型个体的总产仔数显著高于GG基因型个体。各位点皆为错义突变，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。因此，PRLR基因多态性与深县猪的繁殖性状显著相关，可作为深县猪分子遗传育种的候选基因。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86AG碱基突变,并具有MspⅠ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86AG多态性分布达到遗传平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型(P0.05),AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型(P0.05);在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平(P0.05)。PTGS2基因外显子2g.86AG多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

松辽黑猪KPNA7基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪，采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点，SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点，其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型，g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变，均检测到2种基因型：GG、GA；在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型：AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型：CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示，KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体，TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。     

苏太猪抗F18+大肠杆菌病基础群FUT1基因多态性及其与生长发育的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪F18+大肠杆菌抗病育种基础群α-(1,2)岩藻糖转移酶基因1（FUT1）M307位点多态性进行了分析,并探讨了其与部分生长发育性能的相关性。苏太猪F18⁺大肠杆菌抗病育种基础群FUT1基因M307位点经Hin6Ⅰ酶切后,产生AA、AG和GG 3种基因型,频率分别为0.235、0.609和0.156,群体极显著的偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。总体上AA基因型的个体生长发育优于AG和GG基因型的个体,其中AA基因型个体的60 kg体长显著高于AG和GG基因型的个体(P<0.05),断奶重显著高于GG基因型的个体(P<0.05),体高和后躯宽显著高于AG基因型的个体(P<0.05)。试验结果表明,苏太猪抗病育种基础群中FUT1基因第307位点的AA基因型不仅对仔猪断奶后水肿病和腹泻病具有抗性,而且具有较高的早期生长发育性能。     

苏太猪ESR基因多态性及其与繁殖性能的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪的ESR基因PvuⅡ位点多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在苏太猪中的频率分别为0.089、0.570、0.341;其中在初产母猪中,AA基因型个体的产活仔数(NBA)和初生窝重(BLW)显著高于AB、BB基因型的个体(P0.05);在经产母猪中,AA基因型个体的总产仔数(TNB)及断奶成活数(NW)显著高于AB和BB基因型的个体(P0.05),AA和AB基因型与BB基因型之间的断奶窝重(WWL)差异显著(P0.05);总体上苏太猪ESR基因PvuⅡ3种基因型个体的繁殖性状存在AAABBB的趋势。     

苏太猪抗F18+大肠杆菌病基础群FUT1基因多态性及其与生长发育的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪F18+大肠杆菌抗病育种基础群α-(1,2)岩藻糖转移酶基因1（FUT1）M307位点多态性进行了分析,并探讨了其与部分生长发育性能的相关性。苏太猪F18⁺大肠杆菌抗病育种基础群FUT1基因M307位点经Hin6Ⅰ酶切后,产生AA、AG和GG 3种基因型,频率分别为0.235、0.609和0.156,群体极显著的偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。总体上AA基因型的个体生长发育优于AG和GG基因型的个体,其中AA基因型个体的60 kg体长显著高于AG和GG基因型的个体(P<0.05),断奶重显著高于GG基因型的个体(P<0.05),体高和后躯宽显著高于AG基因型的个体(P<0.05)。试验结果表明,苏太猪抗病育种基础群中FUT1基因第307位点的AA基因型不仅对仔猪断奶后水肿病和腹泻病具有抗性,而且具有较高的早期生长发育性能。     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析

为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 AG位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。     

黑安格斯牛UCP基因多态性位点与生长性状的关联分析

为了研究UCP2和UCP3基因的两个多态性位点与宁夏地区黑安格斯牛生长性状的关联性,试验利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测确定了783头宁夏地区黑安格斯牛的基因型,用最小二乘法的混合效应线性模型对黑安格斯牛生长性状进行关联分析。结果表明:在UCP2-655位点中,AA型、AG型和GG型的基因型频率分别为0.63,0.33,0.04,其多态信息含量为0.27,呈中度多态;在UCP3-5 465位点中,AA型、AG型和GG型的基因型频率分别为0.01,0.15,0.84,其多态信息含量为0.14,呈低度多态。UCP2和UCP3基因在黑安格斯牛中存在多态性且与生长性状显著相关。UCP2-655位点GG型个体胸围极显著高于AA型和AG型个体(P0.01),且该位点GG型个体的体高和腹围显著高于AA型和AG型个体(P0.05);UCP3-5 465位点GG型个体体重显著高于AG型个体(P0.05)。     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

猪NCK1基因多态性影响母猪产仔数性状研究

本研究旨在探究猪NCK1基因单核苷酸多态性（SNP）位点g.77886190 A>G对母猪繁殖性状的影响。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因NCK1。选取468头大白猪作为研究对象，利用Sanger测序进行基因分型，并与母猪繁殖性状进行关联分析。结果表明：在研究群体中，NCK1基因g.77886190A>G位点，AA基因型为优势基因型，且AA基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于AG和GG基因型个体（P<0.05），且总产仔数、产活仔数和健仔数的加性效应达到显著水平（P<0.05）。此外，分别收集AA型、AG型和GG型个体的子宫内膜组织进行NCK1基因表达量检测，结果表明AA型个体NCK1基因表达量显著高于GG型。利用Ensembl数据库中NCK1基因的序列构建pcDNA3.1-NCK1超表达载体，转染PK细胞检测NCK1下游微血管形成标记基因MMP2的表达，结果发现MMP2表达水平上调。因此可以推测NCK1基因通过上调MMP2促进微血管形成，进而影响母猪繁殖性能，该基因可作为母猪繁殖性状的关键候选基因和分子标记。     

香梅F1代猪PRKAA1基因对肉品质和屠宰性能的影响

为了探究单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMPK)家族PRKAA1基因多态性对香梅F1代猪(从江香猪♂×梅山猪♀)肉品质和屠宰性能的影响,以PRKAA1基因为候选基因,运用PCR扩增结合直接测序法,对香梅F1代猪PRKAA1基因外显子区域SNP位点进行筛选,并分析不同基因型与肉用性状间关联性。结果显示:在试验群体中第7外显子75 bp处存在A/G突变,命名为g.75AG;遗传学分析发现,AG为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,g.75AG属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析显示,AG型个体胴体重、棕榈酸指标均显著高于AA、GG型(P0.05),AG和GG型个体瘦肉重显著高于AA基因型(P0.05)。结果表明:PRKAA1基因第7外显子g.75AG位点突变对香梅F1代猪胴体重、瘦肉重及棕榈酸具有一定调控作用。     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...