三个类群藏系绵羊线粒体细胞色素b基因序列多态性及其系统进化的研究

为研究藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群的亲缘关系、遗传多样性以及其系统进化,测定该3个类群藏系绵羊的41个个体的细胞色素b基因的全序列。结果表明,41个藏系绵羊的细胞色素b基因的全序列长度均为1 140bp,有27个多态位点,其中单一多态位点16个,简约信息位点11个,共定义13种单倍型,单倍型多样性为0.672±0.078,核苷酸多样性为0.331%。藏系绵羊贾洛类群与欧拉类群遗传距离最远,为0.003 9,红原类群与欧拉类群遗传距离较近,为0.002 64。说明红原类群与欧拉类群亲缘关系较近,藏系绵羊有一个共同祖先,同时存在第2个母系起源。     

藏系绵羊mtDNA遗传结构及多样性研究

为了研究青海地区藏系绵羊遗传结构、多样性和母系起源,采用PCR扩增和直接测序方法获得了青海地区高原型、欧拉型、山谷型和青海黑藏羊8个群体共187个个体的mtDNA D-loop序列片段,对序列数据进行遗传多样性、遗传结构、系统发育和网络关系分析。结果显示,187个个体均获得长度为527bp的mtDNA D-loop序列片段,共定义了94个单倍型。青海地区高原型藏羊具有较高的遗传多样性,而欧拉型和青海黑藏羊遗传多样性相对较低,这与各类群藏系绵羊在青海地区的资源现状、分布范围相适应。种群间遗传分化及AMOVA分析均显示,欧拉型与其他类群间存在较显著的遗传分化,其余类群间分化不明显。系统发育分析表明青海地区藏系绵羊可能有3个母系起源,与以往研究相一致。     

藏系绵羊mtDNA和Y染色体遗传多样性的检测与系统进化关系的分析

为了评估青海地区藏系绵羊各类群的遗传结构与分子进化关系,试验选择青海地区四个典型的地理生态类群(山谷型、欧拉型、高原型和扎什加型)藏羊,提取血液基因组DNA后,分别对线粒体D-loop区序列和Y染色体Sry基因序列进行特异性扩增并测序。结果表明:D-loop序列的核苷酸多样性为0.031±0.004,单倍型多样性为0.994±0.006;而Sry序列的核苷酸多样性为0.046±0.005,单倍体多样性为0.861±0.044。说明高原型藏羊在母系遗传上更接近扎什加型藏羊,而在父系遗传上扎什加型藏羊与其他三个类群间的隔离较为明显,三个类群在父系遗传上的基因交流更为频繁。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

西藏昌都两个地方绵羊品种(类群)遗传多样性分析

应用PCR和序列分析技术,分析了测定西藏昌都地区8只阿旺绵羊和8只藏绵羊mtDNA控制区全序列,并结合GeneBank中绵羊mtDNA的两种变异类型A和B序列进行了比对和系统进化分析.结果表明阿旺绵羊mtDNA控制区长度为1180～1183 bp,而藏绵羊为1 180 bp,序列中A+T含量明显高于G+C含量.将两品种(类群)9种单倍型序列与mtDNA的两种变异类型A和B序列进行比对,共发现106个变异(突变)位点,占分析位点总数的8.945%.两品种(类群)核苷酸多样性和单倍型多样性分别为1.755%、0.928%和0.857±0.082、0.893±0.086;序列的分歧度为3.8%,Kimura 2-parameter距离为0.0344.系统发育NJ树表明藏绵羊和A类线粒体聚为一类,而阿旺绵羊mtDNA单倍型序列同B型线粒体聚为一枝,说明藏系绵羊mtDNA存在一定程度的分化.     

基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源

旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究简

为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点（singleton variable sites） 82个,简约信息位点（parsimony informative sites）86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G（37.5%）,共检测到70种单倍型,核苷酸多样性（Pi）在0.01040～0.02892之间,单倍型多样性在0.640～1.000之间,平均核苷酸差异数（K）为18.340,Tajima’s D中性检验发现这5个类群均不显著。通过构建NJ进化树结果表明,在藏系绵羊中红原类群与欧拉类群的亲缘关系最近,其次藏系绵羊中贾洛类群才与红原、欧拉类群聚为一类,再依次聚类的为新疆细毛羊、欧洲摩弗伦羊、东方盘羊;盘羊与羱羊单独聚为一类。该5个类群存在明显的3个母系起源。     

两个藏系绵羊类群细胞色素氧化酶Ⅰ基因序列多态性及系统进化分析

为了从分子水平研究藏系绵羊贾洛类群和红原类群的遗传多样性和系统进化,试验采用PCR和测序方法对贾洛类群、红原类群、新疆细毛羊共25个样品的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因全序列进行分析。结果表明:3个绵羊品种(类群)的COⅠ基因序列全长为1 545 bp,共定义11种单倍型,单倍型多样性为0.464~0.806,核苷酸多样性为0.002 27~0.004 61,红原类群的遗传多样性比贾洛类群和新疆细毛羊丰富。25只个体的系统发育树呈现3个明显分支,支持绵羊有3个独立母系起源的观点;红原类群和新疆细毛羊为3个支系,贾洛类群为2个支系。3个群体间的分子系统发育树显示,红原类群与贾洛类群聚在一起,新疆细毛羊为相对独立的一支。说明COⅠ基因可以用于分析绵羊品种间或不同类群间的系统进化。     

四川省两个绵羊群体遗传新资源的鉴定

为了确定在四川发现的两个绵羊群体,即布拖黑绵羊、贾洛藏绵羊,是否为新的遗传资源,试验采用分析绵羊mt DNA D-Loop区多态性的方法,分析6个绵羊群体的序列、单倍型和亲缘关系。结果表明:在布拖黑绵羊中未发现长度为1 106 bp的D-Loop片段,且布拖黑绵羊mt DNA D-Loop区长度类型比较少,说明布拖黑绵羊D-Loop长度变异少;在贾洛藏绵羊中发现了3个长度为1 256 bp的D-Loop,说明1 256 bp可能为贾洛类群所独有。在布拖黑绵羊内,只有11种单倍型,为单倍型最少的群体,说明布拖黑绵羊的遗传多样性较为贫乏,需要对其种质资源进行合理保护;贾洛藏绵羊遗传多样性丰富,从遗传多样性角度揭示了培育贾洛藏绵羊具有很好的前景。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

基于mtDNA D-loop序列分析探究青海雪多牦牛的遗传多样性及母系遗传背景

为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。     

基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。     

基于线粒体16S rRNA全序列分析我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨兔亚种的遗传变异特征和种群结构,利用PCR技术对我国5个地理区域(华北、华东、华中、西南、西北)的83个绵羊痒螨兔亚种株的线粒体16SrRNA全序列进行扩增和遗传多样性分析。结果显示,83个样品的16SrRNA全序列长度均为1 025bp,共存在83个变异位点和52个单倍型;样品所代表的5个地理区域种群间的Fst值为-0.037 59~0.587 63,基因流值为-6.900 7~31.117 62;进一步用NJ树和单倍型网络图分析显示,52个单倍型构成2个大的分支,但却呈现出杂乱的分布格局,即地理区域、温度带和兔的品种特征性种群结构不显著。我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性较高,遗传分化不明显,尚未形成地理种群结构。     

昌宁县中华蜜蜂种群遗传结构调查——基于线粒体DNA COX1分子标记

为了探究云南省昌宁县中华蜜蜂的种群遗传结构,以线粒体DNA COX1基因片段为分子标记,利用生物信息学软件对该地区4个采样点共96群中华蜜蜂进行了遗传多样性分析,共获得了89条序列,所得线粒体DNA片段的序列长度为794bp。结果表明(1)序列碱基组成为:A+T74.3%,表现出显著的A+T偏倚性。(2)共发现23个变异位点其中转换变异位点21个,颠换变异位点2个。(3)共定义了16个线粒体单倍型,表现出昌宁地区丰富的遗传多样性和较高的单倍型多样度,显示出昌宁地区中华蜜蜂群体具有相对独立的遗传结构,同时与华南地区中华蜜蜂种群存在有限的基因交流。     

四川7个地方山羊品种(类群)mtDNA遗传多样性研究

测定了四川7个地方山羊品种（类群）43个个体的mtDNA控制区全序列，结果表明：山羊mtDNA控制区全序列长度为1212bp或1213bp，A＋T含量（59．9％）明显高于G＋c含量（40．1％）。共检测到74个变异位点，序列均为中性突变，核苷酸多样度为1．686％，这些差异共定义了27种单倍型，单倍型多样度为0．966，遗传多样性较为丰富，品种（类群）间存在不同程度的遗传分化。7个地方山羊品种（类群）间的遗传距离变异范围为0．0017～0．0306。用MEGA软件的NJ法构建单倍型序列的系统发育无根树，结果表明四川地方山羊品种（类群）有两个母系来源，但是否就对应于角笋骨羊（Capra aegagrus）和捻角山羊（Capra falconeri）两个野生祖先，还有待于进一步研究。     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...     

南江黄羊群体遗传结构分析

测定了南江黄羊4个品系(类群)14个个体进行的mtDNA控制区全序列,序列分析表明南江黄羊线粒体DNA控制区全序列长度为1,212 bp或1,213 bp,A+T含量明显高于G+C含量.其中54个核苷酸位点存在变异(约占4.5%),核苷酸多样度为1.46%±0.14%,这些差异共定义了10种单倍型,单倍型多样性为0.956±0.038.表明南江黄羊群体的遗传变异较丰富,品系(类群)间都存在不同程度的遗传分化.     

东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究

为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。