黑蜂王台病毒中国BQCV-JL1株衣壳蛋白VP基因克隆及序列分析

为了研究黑蜂王台病毒在中国的发展情况,在吉林省内疑似蜜蜂黑蜂王台病病料中分离到1株BQCV毒株,记为中国BQCV-JL1(KP119603),对该分离株提取RNA,采用RT-PCR技术扩增其VP基因。结果表明:VP基因测序结果与Gen Bank中报道的BQCV VP基因序列同源性在89%~99%之间。将VP基因序列与Gen Bank中报道的17个序列进行系统遗传进化树分析,其中与日本分离株4(AB605360)、日本分离株3(AB605359)、日本分离株2(AB605358)及日本分离株Ac1(AB638414)、日本分离株Am3(AB638413)、日本分离株Am2(AB638412)株同源性最高(99%),而与南非分离株(AF183905)同源性最低(89%)。     

貉GAPDH基因的克隆与序列分析

根据哺乳动物的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glycera ldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)氨基酸的保守序列,参考犬的GAPDH基因序列,设计一对特异性引物,采用RT-PCR技术,从貉的肝脏中扩增出一段长271 bp的序列。对其序列分析表明:该基因序列与GenBank中已发表的犬的GAPDH基因(GenBank序列号:AB028142,AB038240)同源性为100%。本试验成功地克隆了一段貉GAPDH基因,证实了貉亦存在GAPDH基因且高度保守。     

鹌鹑MC3R基因多态性与体重关系的研究

以MC3R基因为候选基因,根据鸡的MC3R基因序列(GenBank登录号:AB017137)在编码区设计2对引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测该基因在蛋用鹌鹑群体中的单核苷酸多态性(SNPs),同时对候选基因与鹌鹑体重的相关性进行分析。结果表明,鹌鹑MC3R基因在所测序列的27(G→A)和138(C→T)碱基处发生了2个突变,检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC6种基因型;A等位基因频率为0.347,B等位基因频率为0.218,C等位基因频率为0.435。方差分析结果显示,MC3R基因型显著影响公、母鹌鹑的体重。因此推测MC3R基因可以作为影响和控制鹌鹑体重的候选基因。     

基于16S rRNA基因的鼠Mycoplasma haemomuris的分子鉴定和种系发育分析

为了从分子水平揭示野生鼠类血原体的种类特征和系统发生关系,无菌采集32份野生白腹巨鼠血样,抽提全血基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16SrRNA基因的扩增,对扩增产物进行克隆和测序。结果从其中21只血样中成功地扩增出目的片段大小的核苷酸序列。对阳性产物进行克隆、测序,获得了两条代表性序列(GenBank登录号HQ183731和HQ183732)。序列分析显示,获得的两条序列与GenBank中收录的鼠Mycoplasma haemomuris 16SrRNA基因(AB758435)相似性最高,分别为95%和97%。两个样本间16SrRNA基因序列相似性达98.3%。种系发育分析表明,获得白腹巨鼠血原体的两条序列形成了独立的进化分支,并与来自野鼠的Haemobartonella muris(HMU82963)和来自家鼠M.haemomuris(AB758435)所形成的进化分枝为姊妹枝。上述研究证明,白腹巨鼠具有较普遍的M.haemomuris感染,并与已报道的啮齿动物M.haemomuris有一定的遗传差异,是一种新基因型的血原体。对进一步研究人和动物的亲血性支原体的流行病学、种群生物学等研究具有一定价值。     

牛病毒性腹泻病毒和牛冠状病毒双重纳米RT-PCR检测方法的建立及应用

本文建立了一种同时检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛冠状病毒(BCoV)2种病原的双重纳米RT-PCR方法.采用BVDV 5'-UTR基因序列(GenBank登录号:AB040132.1)和BCoV的N基因保守序列(GenBank登录号:KX982264.1)设计出一对BVDV特异性引物和一对BCoV的特异性引物,结...     

黑山羊源野牛平腹盘吸虫ITS2基因序列测定及分析

对首次分离自黑山羊的野牛平腹盘吸虫(Homalogaster paloniae)进行初步的形态学观察,扩增其核糖体内第二间隔转录区基因序列(the second internal transcribed spacer,ITS2)并测序,获得的序列经DNAStar软件处理和人工校对后,得到其精确的ITS2基因序列,长度为295 bp,上传至Gen Bank后获得的登录号为KJ561151。测序结果经对比分析后显示与分离自印度的野牛平腹盘吸虫(GU133056)ITS2基因片段序列一致性为100%。与分离自日本的野牛平腹盘吸虫(AB042190)ITS2基因序列一致性为99%,仅在第69个位点出现差异。     

和田青驴线粒体DNA中CO1基因的PCR扩增与序列分析

为了获得和田青驴线粒体DNA中细胞色素氧化酶(CO1)基因序列,试验采用PCR技术及BLAST在线平台方法对和田青驴血液线粒体DNA中CO1基因进行扩增与序列同源性分析。结果表明:DNA核苷酸序列与AJ009780.1的同源性为99.0%,与KC763190.1、CR388000.2、AB033487.1同源性为98.0%,确认是试验所需要的目的基因。     

白羽番鸭TLR7基因多态性与部分生产性状的关联分析

以白羽番鸭为研究材料,根据鸭的TLR7基因序列(DQ888644)设计引物,扩增TLR7基因的第1外显子和部分内含子,并分析其多态性对生产性状的遗传效应。结果表明:PCR产物出现片段长度多态,产生AA和AB2种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因;测序结果显示,在内含子区209位碱基发生C→T突变,在280位碱基之后缺失/插入3个碱基AAT;χ2检验结果表明,该座位处于Hardy-Weinberg平衡状态;AA型个体的体重、半潜水长和胫围极显著高于AB型(P<0.01),胫长显著高于AB型(P<0.05),其他指标在各基因型间的差异均未达到显著水平(P>0.05),AA型是白羽番鸭生长性状较为有利的基因型。     

鸭脂蛋白脂酶基因内含子5多态性及其与肉质和脂肪性状的关联分析

根据鸡脂蛋白脂酶(LPL)基因序列设计引物对樱桃谷鸭和苏牧麻鸭LPL基因内含子5进行PCR-SSCP检测,并分析其多态对肉质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,检测到3种基因型:AA、AB和BB,1个双碱基突变:243～244 bp(TA→AT),2个SNP:G265A和G269A;该座位在2个群体中均为中度多态,并偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),基因型分布差异显著(P<0.05);在樱桃谷鸭群体中,AB型个体的pH值显著高于从型,失水率显著高于BB型(P<0.05);苏牧麻鸭中AB型个体的总胆固醇显著高于从和BB型个体(P<0.05).     

6个水貂资源群体IGF-1遗传多态分析

采用PCR-SSCP、基因序列测定等方法分析了水貂类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因exon1的多态性分布,对其进行了群体遗传学和统计学分析。结果发现IGF-Ⅰ基因exon1内存在一处位点突变,核苷酸由C→G。检测到AA、AB、BB3种基因型,并根据遗传距离对6个水貂资源群体进行了聚类分析。     

小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^TM公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫（Baylisascaris transfuga注册号AB571304）相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫（Baylisascaris schroederi注册号JN210912）相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫（Ascaris suum注册号AB571302）相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫（Ascaris lumbricoides注册号AB571296）相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫（Baylisascaris procyonis注册号AB053230）相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

三江白猪OB基因多态性及其与繁殖性能的相关性分析

试验利用PCR-RFLP法研究了三江白猪OB基因3 469位点的多态性及其与繁殖性能的相关性。结果表明:OB基因经HinfⅠ酶切后出现3个条带,表现为3种基因型(AA型、AB型和BB型)和2个等位基因(A和B),A等位基因为优势基因,基因频率为67.6%;头胎产活仔数BB型极显著高于AA型(P<0.01),BB型高于AB型,AB型高于AA型,但差异都不显著(P>0.05),BB基因型比AB型和AA型的头胎产活仔数分别高出1.65头、2.19头;不同的基因型对前5胎最高产仔数的影响差异不显著(P>0.05)。     

PRLR基因外显子10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析

设计4对引物,采用PCR—SSCP技术检测催乳素受体（PRLR）基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明：引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在西农萨能奶山羊中仅检测到AA和AB基因型,纯化测序表明AA与AB基因型相比有2处突变,C27T的突变没有导致氨基酸变化,第189处的碱基缺失导致氨基酸由组氨酸变为酪氨酸和苏氨酸。AA和AB基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著（P〈0．05）,AA基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均高于AB基因型,其中第3胎的产奶量达到显著水平（P〈0．05）;应用R扩增片段,在西农萨能奶山羊中检测到3种基因型（CC、CD、DD）,纯化测序表明CC与DD基因型相比有2处突变（C103A和T106C）,分别导致氨基酸由赖氨酸变为苏氨酸、苏氨酸变为异亮氨酸;3种基因型之间产奶量的最小二乘均值差异不显著（P〉0．05）。应用P。扩增片段,在西农萨能奶山羊中也只检测到EE和EF基因型,纯化测序表明EE与EF基因型相比有1处突变（A114G）,该突变导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸;EE和EF基因型之间产奶量差异显著（P〈0．05）。EE基因型的个体各胎次产奶量均比EF型高,其中在第3、4胎产奶量和前4胎平均产奶量3项指标上都达到显著水平（P〈0．05）。研究结果提示：PRLR基因对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为PRLR基因外显子10位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6~16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

Basic characterization of 90 kDa heat shock protein genes HSP90AA1, HSP90AB1, HSP90B1 and TRAP1 expressed in Japanese quail (Coturnix japonica)

In the current study, we describe four novel members of the 90 kDa heat shock protein (HSP90) family expressed in Japanese quail, Coturnix japonica. The coding regions of the genes, CjHSP90AA1, CjHSP90AB1, CjHSP90B1 and CjTRAP1, exhibited more than 94% similarity to their related genes in chicken. The putative proteins encoded by these quail genes contained motifs considered essential for HSP90 gene function. In addition, the predicted proteins were more similar to HSP90AA1, HSP90AB1, HSP90B1 and TRAP1 proteins expressed in vertebrates than they were to other members of the HSP90 family. Exon numbers of CjHSP90AA1 (11), CjHSP90AB1 (12) or CjTRAP1 (18) are the same as the chicken and mammalian orthologs. Furthermore, gene order in the regions surrounding CjHSP90AB1 and CjTRAP1 has been preserved, providing evidence that the genomic regions were orthologous to HSP90‐containing regions in the chicken genome. The promoter regions of the genes also contained conserved motifs identified in related genes of chicken. However, the nucleotide sequences of the 5′‐flanking region of these genes were highly polymorphic. We also found that CjHSP90AA1 exhibited a robust response to heat shock treatment. Taken together, the data suggest that CjHSP90AA1, CjHSP90AB1, CjHSP90B1 and CjTRAP1 encode orthologs of HSP90AA1, HSP90AB1, HSP90B1 and TRAP1, respectively.     

北京鸭肌肉生长抑制素基因多态与屠体性状关系分析

肌肉生长抑制素（Myostatin,MSTN）基因在发育和成熟的骨骼肌中特异表达,对肌肉具有负调控作用。应用聚合酶链式反应单链构象多态性（PCR-SSCP）的方法,对6周龄北京鸭2个群体（Z2系和Z4系）共200个个体Myostatin基因5’调控区进行SNP分析,并对所发现的单核苷酸多态性与胴体重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、皮脂重、腹脂重、骨架重、胸肌率、腿肌率、皮脂率、腹脂率进行了关联分析。结果发现,A1/A2位点基因型（AA和AB型）对6周龄Z2系和Z4系北京鸭的腹脂重（P＜0.05）和胸肌重（P＜0.10）有显著影响,因此可以将Myostatin基因作为影响北京鸭Z2系和Z4系腹脂重和胸肌重的候选基因。     

猪UCP3基因的分离与多态分析

解偶联蛋白3是一种线粒体内膜上的转运蛋白,可以使氧化过程与ADP磷酸化过程解偶联。本研究分离了猪UCP3基因的外显子2~3和外显子6。经过序列分析,发现猪UCP3基因共有3处框移突变和18个SNP位点。在猪UCP3片段中分别包含一个SmaⅠ和SduⅠ酶切位点。UCP3片段SmaⅠ位点在大白×梅山F2家系中经PCR-RFLP分析,表现为AA、AB和BB 3种基因型,A基因频率为0.57,B基因频率为0.43。因此,可以将UCP3基因作为猪分子遗传育种的候选基因。     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6～16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

β4-defensin-i1和DGAT2-i6基因与奶牛产奶性能的相关分析

本试验以382头荷斯坦牛DNA样本和产奶量记录为试验材料,用PCR-RFLP方法对与产奶性状有关的主要候选基因β4-defensin-i1和DGAT2-i6进行多态性分析,并对标记位点基因型与产奶量进行了相关分析。结果表明:在所研究的两个基因中,BB基因型个体305d产奶量显著低于AA型和AB型个体(P0.05),AA和AB基因型个体间产奶量差异不显著(P0.05)。