苹果汁中棒曲霉素主要产生菌的ITS序列分析鉴定

从浓缩苹果汁生产原料中分离出多种棒曲霉素产生菌,形态学初步鉴定表明其均为青霉属和曲霉属真菌。为确定其分类地位,又用ITS-DNA测序鉴定进行了验证。将ITS-rDNA提取后进行PCR扩增,测序后提交到EuropeanMolecularBiologyLaboratory(EMBL)核酸数据库,通过Blast程序,将ITS-rDNA序列与Genebank中的核酸序列进行对照,结果确定其确为青霉属与曲霉属菌株。     

烟草钾转运体基因TPK1的电子克隆及生物信息学分析

[目的]克隆烟草钾吸收转运基因,分析其亲缘关系,并预测其结构、性质与功能,为烟草钾转运体基因的功能研究提供基础.[方法]以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3'端序列为探针,对烟草EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在95%以上的EST序列,再利用DNAStar软件进行拼接.然后,应用多种生物信息学数据库...     

不同分子指标鉴定四川雅江鸡蛋菌的差异

以采自四川雅江的一株野生鸡蛋菌作为研究材料,利用CTAB法提取基因组DNA,然后利用PCR技术分别扩增ITS、LSU、RPB2、β-tubulin和EFI-α等DNA序列相应区段,并连接到T载体上进行DNA测序;利用GenBank核酸数据库对测序得到的不同序列进行同源比对,并从GenBank检索获取相似序列,与测序得到的不同序列分别构建系统发育树。结果揭示,以ITS和LSU序列分析鉴定该野生菌为肉桂鹅膏菌(Amanita cinnamomescens),而以RPB2、β-tubulin和EFI-α序列分析鉴定结果为红黄鹅膏黄褐变种(Amanita hemibapha var.ochracea);最后综合ITS、LSU、RPB2、β-tubulin和EFI-α序列分析和结合形态学观察,将四川雅江鸡蛋菌鉴定为红黄鹅膏黄褐变种(Amanita hemibapha var. ochracea)。在鸡蛋菌的分类鉴定中应考虑更多的分子指标,不能以单一的ITS和LSU序列作为单一的标准。     

侵染云南烟草的番茄斑萎病毒（TSWV）的RT-PCR检测

 番茄斑萎病毒（Tomato spotted wilt virus, TSWV）寄主广泛,危害多种作物,近年发现侵染烟草引起严重经济损失。研究该病毒的分子检测方法,对健康烟草种苗培育和指导病害防控具有重要意义。本文根据 TSWV核壳体蛋白基因(N基因)序列设计引物,用RT PCR方法对采于云南疑似番茄斑萎病毒症状的5个烟草病害标样（102,514,自10,自16,自58）进行检测,PCR产物连接pMD载体并测序。测序结果表明：这5种烟草病害分离物与已报道TSWV N基因核酸序列相似性大于9704%,所编码氨基酸序列的相似性达9767%以上。这说明获得的5种病毒分离物均属于TSWV。本研究建立了侵染云南烟草的番茄斑萎病毒（TSWV）的RT PCR检测方法。     

计算机在分子生物学中的应用

分子生物学是从分子水平揭示生命的本质规律,近十几年来,取得了辉煌的成果,得到了大量的生物大分子信息数据。随着研究的深入,对这些数据的管理和分析显得格外重要,传统的手工处理已无法胜任,幸好计算机的发展和分子生物学的发展几乎同步进行。人们利用计算机具有信息量大、运算准确、迅速的特点在逐步解决大量的数据分析处理问题,建立了核酸、蛋白序列数据库,开发了许多优秀的应用软件,并取得了一些重要的结论,一些专家系统也在策划之中,本文就计算机在分子生物学中的应用情况作综述和展望。核酸序列数据库包括基因组 ONA 序列、CDNA 序列、RNA 序列,1980年由美国国立基础医学研究院和 U.S.Department of Energy 发起、加州大学 LANL 实验室负责收集整理、Inteui Genetics 负责发行建立起核酸序列数据库(GENBANK),几乎同时     

前沿动态

植物小分子RNA整合分析软件psRobo开发完成植物小分子RNA,主要包括microRNA和小干扰RNA,在基因的转录和转录后调控过程中具有重要作用。第二代测序技术的广泛应用极大地推动了小分子RNA的相关研究,对不同组织和材料中的小分子RNA进行深度测序已成为研究的常     

棉花分子标记冗余性检测与评价的方法

网上数据库公布的棉花分子标记引物序列存在冗余性,至今也鲜见合适的软件同时分析一对引物的冗余性。为减少不同研究者的重复开发,节约时间和成本,提高对网上序列信息的利用率,借助自主开发的能同时分析一对引物和已释放的引物间是否存在冗余性的软件SSRD1.0,利用90对前人已开发的并用该软件预测过相互间存在冗余性的SSR引物,以TM-1、海7124基因组为模板分别进行扩增、电泳、测序。结果表明软件预测和基因型水平检测有88.8%的吻合度;在Identity阈值设为50%、70%时,测序结果表明序列水平和软件预测分别有75.0%、53.8%的吻合度。分别从软件预测、基因型、序列3个水平进行检测、验证,结果表明这一冗余软件和冗余性预测方法是较为有效、可行的。     

基于XML中国地方鸡种核酸序列元数据模型的建立

在中国地方鸡种核酸序列数据库建立研究中,在比较现有国际主流生物信息数据库文件格式特点基础上,采用XML Schema设计核酸序列元数据.提出以XML用于中国地方鸡种核酸序列数据存储、表示和共享,阐述XML作为分子序列格式文件的优势.研究通过定义元数据模型,以XML作为核酸序列表示文件,可以与数据库无缝连接,便于与生物信息常用序列文件进行格式转换与分析,XML适用于构建大范围、强适应性生物信息系统.     

桫椤atpB-rbcL序列2种测序方法的比较分析

［目的］比较2种方法进行桫椤atpB-rbcL序列测定的测序效果。［方法］通过PCR产物直接测序和克隆测序对桫椤叶绿体atpB-rbcL基因间隔序列进行测定与分析。［结果］结果表明,桫椤atpB-rbcL序列直接测序所得峰形紊乱,PolyT后出现多重峰;克隆测序结果峰形清晰,无干扰。［结论］对于桫椤atpB-rbcL序列测定,克隆测序优于直接测序。     

猪细小病毒Vaccine株VP2基因克隆与抗原性分析

[目的]为研制和筛选猪细小病毒核酸疫苗提供依据。[方法]对猪细小病毒Vaccine株VP2进行克隆、测序以及抗原性分析。[结果]参考GenBank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物,并利用该引物扩增了猪细小病毒vaccine株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上,测序获得656 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列,共编码218氨基酸,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,比NADL-2毒株缺失781 bp,两者核苷酸同源性为98.9%,氨基酸同源性为97.2%;应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有7个抗原表位,分别在氨基酸N端的第10~183、4~39、94~103、121~126、137~144、156~165和209~214区段,此序列具有较好的免疫原性。[结论]该研究为发展特异性和敏感性诊断系统和研制疫苗提供了有力的技术依据,为研究蛋白质特性分析提供了理论依据。     

提取地衣真菌总DNA的简便方法

利用液氮破碎地衣体的上下表皮层及藻层，再用氯化苄在弱碱条件下破坏真菌细胞壁，从而获得地衣真菌总ＤＮＡ．此方法简便、省时、价廉，获得的总ＤＮＡ蛋白质污染少，产量高，可进一步进行ＰＣＲ扩增．     

SRAP标记技术及其在蔬菜作物遗传多样性分析中的应用

SRAP标记技术是基于内含子、启动子3’端含AATT核心和开放阅读框的编码区富含GC的序列规律进行随机扩增而获得DNA多态性的。由于不同的生物个体其基因组的内含子、启动子与外显子的间隔长度不同,因而扩增出的DNA指纹图谱也就产生了多态性。SRAP标记是近年来发展起来的一种DNA多态性分子标记, 以其操作简便快速、成本低、可信度高、易于测序等特点倍受关注。在短短的几年时间内,此标记已在马铃薯、水稻、苹果、柑橘类果树、樱桃、梅子、油菜、大蒜、芹菜和棉花等植物中实验应用,显示出良好的应用效果。本文综述了SRAP标记技术原理特点和在蔬菜遗传多样性研究领域初步应用情况。     

基于灰色关联分析模型的烟叶化学成分评价研究进展

利用烟叶化学成分评价烟叶质量一直是烟草研究的热点,大量统计学方法已广泛应用于评判烟叶等级。灰色关联分析作为一种新颖的因素分析方法,通过对序列几何关系的度量来比较系统中多因素关系的紧密程度,其紧密程度可由序列曲线间几何形状的接近程度来度量,灰色关联分析在挖掘烟叶化学组分信息中具有广阔的应用前景。以烟叶化学成分作为主线,综述了烟叶品质评价的现况,并对灰色关联分析模型在烟叶化学成分评价上的应用进行了系统分析,同时比较了几种经典灰色关联度模型的算法和性质,以期为卷烟工业构建烟叶质量评价方法体系提供参考。     

rbcS启动子的克隆及活性鉴定

利用PCR技术从豌豆(Pisum satium Linn)基因组DNA中分离了rbcS基因启动子及叶绿体定位信号编码序列。序列分析表明,扩增片段(1256bp)与已报道序列的相应区域同源性达98.41 %。将其与绿色荧光蛋白基因(GFP)串连在一起,构建了植物表达载体,通过基因枪介导法转化烟草叶片及洋葱表皮细胞。结果表明这一表达系统增强了绿色荧光蛋白基因的瞬时表达,从而为外源基因在转基因植物中的高效表达提供了新的工具,可以实现目的基因的组织特异性和光诱导性表达。     

固始鸡α干扰素基因克隆与序列分析

参照GenBank上登陆的鸡α干扰素基因序列设计一对引物,应用PCR技术直接从固始鸡肝组织基因组DNA中扩增鸡α干扰素基因.将特异性片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化JM109感受态细胞,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定筛选阳性菌株送往大连宝生物公司测序.测序结果表明,固始鸡α干扰素基因为582 bp.用DNAStar软件对克隆的固始鸡α干扰素基因与GenBank发表的其它品种鸡α干扰素基因序列进行同源性分析,核苷酸同源性在97.9%以上,氨基酸同源性在96.9%以上.     

rDNA和mtDNA在昆虫系统发育与区系研究中的应用

核酸序列分析技术在昆虫系统发育与区系研究中的应用较为广泛。根据近期国内外的研究,详述核糖体DNA(rDNA)序列,线粒体DNA(mtDNA)序列以及其他较保守基因序列在昆虫系统发育与区系研究中的应用。     

卷烟加工及储存过程中细菌群落组成及变化研究

[目的]研究卷烟加工及储存过程中细菌群落结构以及多样性的变化。[方法]采用二代高通量测序平台,以云烟(软珍,R)不同制丝工艺的加工工序及储存过程的烟叶表面微生物为研究对象,对其进行16S rRNA基因高通量测序。[结果]尽管不同制丝工艺在相同加工工序中微生物群落丰富度不尽相同,但主要高丰富度微生物类群的种类比较一致;此外,烟叶在不同城市的不同储存时间下,微生物类群的变化具有类似的趋势。[结论]该研究对从微生物角度改进烟叶制丝工艺具有一定的借鉴意义,同时表明烟叶的储存时间可能是影响微生物后期群落发生变化的主要因素。     

道地药材板桥党参nrDNA-ITS区序列分析

[目的]研究道地药材板桥党参（Codonopsis tangshen Oliv.）叶nrDNA-ITS区的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供依据。[方法]采用PCR直接测序技术测定板桥党参的nrDNA-ITS区核苷酸序列,并分析其序列组成。[结果]采用改良CTAB法提取得到样品的基因组DNA吸光值OD260/OD280比值在1.8～2.0,DNA条带清晰整齐,无明显的拖尾现象,表明所得DNA样品纯度和质量较好,符合试验要求。利用nrDNA-ITS序列通用引物进行PCR扩增反应,获得预期约800bp的双链产物。经过测序发现,板桥党参nrDNA-ITS1序列核苷酸序列长度为260bp,其G＋C含量为52%,nrDNA-ITS2序列核苷酸序列长度为239bp,其G＋C含量为60%;在GenBank上进行Blast对比分析,证实其属于党参科植物nrDNA-ITS序列,并已提交GenBank,注册登记号为GQ906566。[结论]DNA测序技术可作为准确而有效地鉴定板桥党参基原的分子鉴定方法,可为板桥党参分子鉴定提供基础性资料。     

生物实验流程管理系统模型及其在水稻基因组测序中的应用

生物实验流程管理是生物实验室信息管理系统的核心,我们针对生物实验室实验流程灵活,数据流网络复杂等特点,设计了一套生物实验流程管理模型（Biological experiments flow management model,简称BioEFM）,为生物实验室信息管理系统软件（Biology Laboratory Information Management System Software,缩写为BioLIMS）的开发提供了理论基础,大大提高了BioLIMS的开发效率。在此基础上开发的生物实验室信息管理系统软件（BioLIMS）应用于水稻基因组测序实验的信息管理中,为水稻基因组测序实验提供了灵活、便捷、高效的实验信息管理工具,为水稻基因组测序及后续的生物信息学分析奠定了良好的基础。     

不同陈化期烤烟叶表细菌的多样性及发育分析

为了全面了解陈化烟叶细菌多样性,以进一步挖掘其中的有益微生物,利用16S rRNA 克隆文库测序分析技术,鉴定和比较了曲靖烟区陈化时间分别为24、36、48 个月的烤烟烟叶上的细菌多样性。结果在陈化24、36、48个月的烟叶上分别鉴定得到55、60、23 个细菌的操作分类单元（OTU）,其中肠杆菌科、假单胞菌科和黄杆菌科的细菌占优势。在不同陈化阶段,菌群的多样性和优势菌有所不同,烟叶上细菌的多样性在陈化后期逐渐减低。研究结果展示了烟叶陈化期间细菌的菌群结构和动态变化,发现了一些能够减少烟叶有害物质的细菌,是烟叶上的有益细菌筛选的重要参考。