基于线粒体D-loop区与COI基因序列比较分析养殖与野生银鲳群体遗传多样性

运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基因所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为33、17、0.713、0.004和2.239。基于线粒体D-loop区与COI基因片段序列的研究结果均显示,养殖银鲳群体的遗传多样性低于野生群体的遗传多样性。养殖群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别为0.562与0.571,野生群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别...     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究

本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型, 其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多, 占总样本数的94.06%。蓝鳞鲤的单倍型数最少, 仅有1个, 红镜鲤单倍型数为2个, 其余3个品种的单倍型数均为5个。5个品种单倍型多样性(H_d)在0.160±0.070~0.811±0.055, 其中, 遗传多样性最高的为高寒鲤。AMOVA结果表明, 品种间变异(50.28%)略高于品种内变异(49.72%), 各品种间的F_ST值在0.711 4~0.831 2, 其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。用MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明, 5个养殖品种中, 高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近(D=0.31), 聚为一支; 松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近(D=0.33), 聚为一支; 蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异, 单独形成一个分支。除蓝鳞鲤外, 其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型(H2、H4、H5、H6), 可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉, 同时也证明DNA条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。

     

适合中国对虾群体遗传多样性和系统进化分析的DNA分子标记技术

中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）是我国海水养殖业中最具代表性的一项产业,优良种质和抗病力已成为对虾养殖业中迫切需要解决的问题。在遗传育种中若能筛选到与抗病、生长等数量性状紧密连锁的遗传标记,将为开展标记辅助育种工作和实现良种化奠定基础。对虾种质资源以及种群遗传学已成为研究热点,种群保护也已提到议事日程。这些研究工作的开展将为对虾良种选育提供理论依据,相信随着研究工作的继续深入,人们会更好、更有效地利用对虾资源。本文对目前已经在对虾遗传多样性和系统进化研究中进行应用的DNA标记技术方法进行分析总结,拟对今后其他物种开展相关工作提供借鉴。     

基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化

为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。     

基于线粒体COI基因序列的蒙古鲌群体遗传结构分析

采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。     

基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内,遗传分化指数(F_ST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示,单倍型分化为2个分支,但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明,鲢群体没有显著偏离中性选择,群体大小保持相对稳定。     

脊尾白虾3个野生群体线粒体COI基因的遗传多样性及其系统发育分析

采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658 bp核苷酸序列.62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53％、22.63％、27.30％、18.53％和58.83％,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似.通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析.AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P＜0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州湾群体与海洲湾群体之间的遗传分化系数最低.另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,同时由NCBI下载同源序列,探讨了长臂虾亚科几个种的系统进化关系,用NJ法构建的系统树显示,脊尾白虾不同单倍型先与长臂虾属和小长臂虾属聚为一支,然后与沼虾属聚为一支.     

东山湾青石斑鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、C、A和G碱基平均含量分别为33.4%、17.3%、35.4%和13.9%,共发现53种单倍型,包括179个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.019 7,单倍型多态性(Hd)为1.000,核苷酸多态性(π)值为0.017 2。研究表明,东山湾青石斑鱼种群的遗传多样性处于中等水平。     

基于线粒体D-loop的西江流域粗唇鮠群体遗传多样性分析

为研究西江流域粗唇鮠(Leiocassis crassilabris)种群遗传多样性,以采自西江流域7个不同江段的227尾粗唇鮠为样品,采用PCR与DNA测序技术,获得7个江段粗唇鮠线粒体D-loop序列长度为666 bp,碱基T、C、A、G的平均含量为32.9%、23.3%、29.4%、14.4%,A+T(62.3%)明显高于C+G(37.7%)。7个江段群体的遗传多样性处于较低水平,整个群体单倍型多样性指数为0.052 24,核苷酸多样性指数为0.000 11,其中,均以西江群体最高,分别为0.199 51、0.000 52,都柳江、柳江、郁江和左江群体最低,均为0.000 00,整体呈现下游高于上游,南方高于北方的现象。NJ系统树表明本次调查的粗唇鮠群体拥有6种单倍型。群体间表现出很小的遗传分化,Fst为-0.010 62～0.019 77。AMOVA分析结果显示,变异几乎全部来自种群内部,其中不同江段群体间的变异占0.13%,群体内部占99.87%。动态历史分析结果表明,西江流域广西段粗唇鮠的有效种群可能是在距今0.75～1.25 Ma前由单一、少数种群所产生,西江流域粗唇鮠种...     

斑点叉尾鲴线粒体DNA控制区结构和群体遗传多样性分析

经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异.结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个.通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾鲴的控制区分为终...     

基于线粒体COI序列的中华绒螯蟹养殖群体与野生群体遗传多样性与遗传结构分析

为了解不同地区野生、养殖中华绒螯蟹Eriocheir sinensis群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因序列,研究中华绒螯蟹长江流域安徽无为江段、山东东营黄河口、文献报道的辽河野生群体以及湖南大通湖、辽宁盘锦养殖群体的遗传学特征.结果显示:上述5个群体共有36个变异位...     

基于mt COI、Cyt b、D-loop序列的南方多鳞鱚群体遗传结构分析

基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明，单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785，核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257，整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示，分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%，主要变异均来自群体内。综上，基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果，厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化，可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区（黑马河，布哈河，沙柳河）的青海湖裸鲤（Cormnocypris przewalskii（Kessler））线粒体D-loop基因片段，测定该基因片段1 005bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析，对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究，共检测出多态性位点65个，其中有1个插入位点（b3，nt-569），2个缺失位点（s6和b37，nt-169、nt-170），多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个，平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明，不同地区的遗传距离分别为黑马河群体与布哈河群体间的平均遗传距离最小（0.01093），布哈河群体与沙柳河群体次之（0.01423），黑马河群体与沙柳河群体的遗传平均距离最大（0.01909）。3个群体间的遗传平均距离都在0.01以上，而且3个群体间总的遗传分化指数为0.01926，基因流为12.73。UPGMA法构建的分子系统树中，沙柳河群体聚成一支，黑马河和布哈河群体混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，沙柳河群体与黑马河和布哈河群体的亲缘关系较远；黑马河和布哈河群体亲缘关系较近。以上数据还表明，青海湖裸鲤3个繁殖群体间具有较弱的遗传分化，洄游到同一河流里进行交配繁殖的群体内基因交流作用比较大，而洄游到不同河流进行繁殖的群体间的基因交流相对较小。     

香鱼野生群体和养殖群体遗传多样性比较

香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067;π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(F st=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。     

鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析

采用7个微卫星标记,研究了鲤(Cyprinus carpio)、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wananensis)三个群体的遗传变异。结果显示,鲤野生群体、高寒鲤、荷包红鲤抗寒品系的平均杂合度分别为0.276、0.147、0.0952,平均无偏倚杂合度期望值为0.431、0.355、0.305。鲤野生群体的杂合度明显高于其他两个养殖品种,说明其较其他两个养殖品种的遗传多样性丰富。