圆白鲳消化道菌群PCR-DGGE基因指纹图谱构建

采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析.DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有7条明显条带,肠内容物有6条明显条带,提示圆白鲳消化道可能存在着较丰富细菌群落;针对指纹图谱的聚类分析表明胃内容物及肠内容物细菌组成相似度最高达90.0%,而胃壁与肠壁的相似度相对较差达80%.半定量分析表明圆白鲳消化道菌群相对丰度的变异系数均大于47.4%,暗示圆白鲳消化道趋向于以一种或极少数种细菌占统治地位.     

玉米农田土壤细菌群落变化的DGGE分析

利用改进的土壤DNA提取方法直接从玉米农田土壤样品中提取微生物全基因组,以嵌套式PCR和降落式PCR扩增出细菌16S rDNAV3区基因,并运用DGGE电泳技术对扩增片段进行分离,对玉米生长过程中4个重要生育期及不同土层深度细菌群落的变化进行了分析。结果表明,改进的提取方法能够获得完整且含量较高的基因组DNA,嵌套式PCR有效扩增了16SrDNAV3基因。随着玉米的生长以及土层深度的改变,土壤中的细菌在保持优势种群基本稳定的同时表现出丰富的多样性。其中,在苗期和灌浆期细菌群落的变化最为明显,细菌种类最丰富,而收获期细菌种类最少。同一生育期不同土层深度的细菌也存较大差异,表层土壤的细菌变化最大。     

PCR-DGGE技术分析合生素对肉仔鸡盲肠菌群结构的影响

试验研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个处理,分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素,每个处理3个重复,每个重复30只鸡。在21,42日龄每个重复选择2只鸡,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA V3区,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)后分析细菌群落结构的变化。结果表明,在214,2日龄,日粮添加合生素处理组试验鸡盲肠DGGE条带数均高于其他处理组,合生素组试验鸡盲肠内容物菌群多样性高于其他试验组。序列分析发现肉仔鸡盲肠中特异条带主要来源于不可培养的拟杆菌属、普雷沃氏菌属、梭菌目细菌和其他大量种属关系未知的细菌。     

利用PCR-DGGE法分析暗纹东方鲀的弧菌菌落组成

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方的表皮、性腺和肠道中,以弧菌为主的细菌群落的组成。结果表明:(1)共鉴定出暗纹东方体内18种微生物,均归属于变形细菌的gamma亚群,其中13种为弧菌科细菌,3种为肠杆菌科细菌,2种为气单胞菌属细菌;(2)投喂鲜活鱼虾的与投喂人工配合饲料的暗纹东方肠道和性腺中的细菌组成是不同的,在性腺中分离到的所有12种细菌中,只有2种细菌是相同的,约占17%;在肠道中分离到的所有13种细菌中,有4种是相同的,约占31%。而在表皮上所分离到的11种细菌中,有7种细菌是相同的,约占64%;(3)DGGE特征条带V1、V13、V18、V14和V17所代表的细菌只在表皮组织被分离到,V6所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方性腺中,V5所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方肠道中;(4)DGGE特征条带V5、V8、V13、V18、V6、V14和V17所代表的细菌不能在TCBS培养基上培养,占18种被鉴定的细菌总数的39%。     

利用PCR-DGGE法分析暗纹东方鲀的弧菌菌落组成

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方的表皮、性腺和肠道中,以弧菌为主的细菌群落的组成。结果表明:(1)共鉴定出暗纹东方体内18种微生物,均归属于变形细菌的gamma亚群,其中13种为弧菌科细菌,3种为肠杆菌科细菌,2种为气单胞菌属细菌;(2)投喂鲜活鱼虾的与投喂人工配合饲料的暗纹东方肠道和性腺中的细菌组成是不同的,在性腺中分离到的所有12种细菌中,只有2种细菌是相同的,约占17%;在肠道中分离到的所有13种细菌中,有4种是相同的,约占31%。而在表皮上所分离到的11种细菌中,有7种细菌是相同的,约占64%;(3)DGGE特征条带V1、V13、V18、V14和V17所代表的细菌只在表皮组织被分离到,V6所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方性腺中,V5所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方肠道中;(4)DGGE特征条带V5、V8、V13、V18、V6、V14和V17所代表的细菌不能在TCBS培养基上培养,占18种被鉴定的细菌总数的39%。     

应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

应用PCR-DGGE技术对盘锦某滩涂四角蛤蜊Mactra venerformis体内的细菌多样性进行了分析。使用SDS裂解法提取样品的总DNA,采用大多数细菌通用引物F338GC/R518从总DNA中成功扩增出16S rDNA片段,然后对PCR产物进行DGGE分析,并将DGGE图谱上部分条带回收、再扩增、克隆和测序;将所测序列在GenBank核酸数据库中进行检索,用BLASTN分析DNA序列获得相似性最近的细菌。DGGE图谱显示,四角蛤蜊体内的细菌种类比较丰富,且不同时间样品细菌的优势菌群结构有一定的差异。将所测条带序列进行比对,结果表明,细菌种群中包括支原体属Mycoplasma、假单胞菌属Pseudomonas、弧菌属Vibrio、红球菌属Rhodococcus和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas及不可培养的细菌。     

应用PCR—DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

应用PCR—DGGE技术对盘锦某滩涂四角蛤蜊Mactra venerformis体内的细菌多样性进行了分析。使用SDS裂解法提取样品的总DNA,采用大多数细菌通用引物F338GC／RS18从总DNA中成功扩增出16SrDNA片段,然后对PCR产物进行DGGE分析,并将DGGE图谱上部分条带回收、再扩增、克隆和测序：将所测序列在GenBank核酸数据库中进行检索,用BLASTN分析DNA序列获得相似性最近的细菌。DGGE图谱显示,四角蛤蜊体内的细菌种类比较丰富,且不同时间样品细菌的优势菌群结构有一定的差异。将所测条带序列进行比对,结果表明,细菌种群中包括支原体属Mycoplasma、假单胞菌属Pseudomonas、弧菌属Vibrio、红球菌属Rhodococcus和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas及不可培养的细菌。     

PCR-DGGE技术分析生物膜工艺微生物群落多样性

为了揭示生物膜法工艺处理模拟生活废水过程总细菌群落结构的多样性,分别取系统启动初期和运行后期瓷板滑面、瓷板粗面、白胶板和黑实验台板上的附着生物膜,通过细胞裂解直接提取基因组DNA,以细菌通用引物进行16S rRNA基因V3区域PCR扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱.结果表明,不同区段微生物群落间相似度最高达78.3％,最低达41.4％,不同生物膜样品既存在共同的微生物种属也存在特异微生物种属.但系统启动初期运行后期的生物膜群落结构较稳定,演替不明显.另外,对该生物膜群落的部分优势细菌进行了克隆测序和系统发育树分析,通过鉴定获得5条细菌16S rDNA序列,它们分别与梭状芽孢杆菌属、梭菌属和单胞菌属的同源性在97％以上,这些优势微生物在生物膜工艺去除有机物的过程中起重要作用.     

四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建

为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.350 0~0.784 9,均值为0.608 2。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。     

利用PCR-DGGE技术对自然堆肥微生物群落多样性的分析

以牛粪和稻草为堆肥原料,对自然堆肥过程进行传统培养法和PCR-DGGE技术的分析,研究了自然堆肥微生物菌群在堆肥不同时期的多态性变化。结果表明,自然堆肥微生物数量呈升高-降低-升高-降低的趋势变化,在堆肥的升温期微生物数量明显增多、高温期有所下降、降温期再次增加。通过DGGE分子生态学手段研究表明,在堆肥的升温期种群的多样性指数也大大的增加、高温期减少、降温期再次增加,与传统培养法成相似的变化规律。