西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析

 利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。     

侵染百合的黄瓜花叶病毒亚组Ⅱ分离物cp基因克隆和序列分析

 从云南大理的东方型百合上得到黄瓜花叶病毒分离物(CMV-DL), ELISA检测初步确定为CMV亚组Ⅱ分离物, 设计并合成CMV亚组Ⅱ的特异引物, RT-PCR扩增得到1条约800 nt的特异片段, 经克隆及序列测定, 该片段长828 nt, 包含的外壳蛋白(CP)基因由657 nt组成。将该分离物的cp基因与其它14个CMV分离物进行同源性比较, 在核苷酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为76.8%~78.1%和98.6%~99.2%;在氨基酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为82.0%~84.3%和95.9%~100.0%。结果表明CMV-DL为CMV亚组Ⅱ成员。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析

通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。     

小麦黄色花叶病毒不同分离物外壳蛋白(CP)基因序列的比较分析

 核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。     

来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达

 从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。     

小麦黄花叶病毒罗田分离物细胞质内含体蛋自基因的序列分析

 利用RT-PCR,获得了小麦黄花叶病毒湖北罗田分离物细胞质内含体(CI)蛋白基因的cDNA克隆。序列分析结果表明,湖北罗田分离物CI基因由1977个核苷酸组成,编码一个由659个氨基酸组成的蛋白质。与已报道的河南潢川、四川雅安、江苏扬州及日本分离物序列比较,不同分离物之间核苷酸序列同源性在95.0%~97.5%之间,相应推导的氨基酸序列同源性在93.2%~97.1%之间。并对CI蛋白的功能进行了讨论。     

湖北省小麦黄花叶病病原的部分序列鉴定

 从湖北省真菌传小麦黄花叶病病毒分离物中抽提病毒总RNA,应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,合成病毒外壳蛋白(CP)基因cDNA。对所获得的cDNA克隆进行序列测定及分析,结果表明,湖北省真菌传小麦黄花叶病病毒分离物与小麦梭条斑花叶病毒(WSSMV)、大麦黄花叶病毒(BaYMV)、大麦和性花叶病毒(BaMMV)等病毒CP基因相应序列的同源性均低于70%,而与报道的小麦黄花叶病毒(WYMV)分离物CP基因核苷酸及编码氨基酸序列同源性均超过97%。表明湖北省真菌传小麦黄花叶病病原应为小麦黄花叶病毒(WYMV)。     

李属坏死环斑病毒新疆分离物运动蛋白基因片段的克隆与序列分析

为进一步揭示李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)新疆巴旦木分离物的分子特征、遗传变异及其与宿主之间的相互关系,采用RT-PCR方法扩增并克隆了4个PNRSV新疆巴旦木分离物运动蛋白(move protein,MP)基因片段,并进行了测序及序列同源性分析。结果表明,4个新疆巴旦木PNRSV分离物MP基因片段分别为259、258、254、260 bp;其核苷酸和氨基酸序列与已报道的PNRSV分离物的同源性分别为72.7%~91.7%和75.6%~92.9%,表现出明显差异,其中与美国分离物CH9同源性最高,分别达88.8%~91.7%和82.6%~92.9%;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,Ap MV)同源性较低,仅为51.2%~58.1%和52.3%~61.9%;新疆PNRSV各分离株之间MP基因核苷酸序列同源性较高。系统发育树显示,4个新疆巴旦木PNRSV分离物与Ⅰ组代表毒株PV32的核苷酸序列同源性达88.4%~91.3%,并与Ⅰ组分离物聚集成簇,表明PNRSV新疆巴旦木分离物属于引起严重症状的Ⅰ组株系,且Ⅰ组中各分离物之间表现出一定的寄主相关性,而Ⅱ组和Ⅲ组中各分离物之间未表现出明显的寄主相关性。     

南瓜果实中黄瓜绿斑驳花叶病毒的RT-PCR检测及cp基因序列分析

以来自甘肃的南瓜果实样品中提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增，序列测定和分析结果表明：扩增片段包含CGMMV的外壳蛋白基因和3’非编码区，证明南瓜果实中存在黄瓜绿斑驳花叶病毒，将其印基因序列与来自国内不同地区的其他CGMMV分离物进行序列比对，发现国内各分离物间的同源率高，有很近的亲缘关系。     

番木瓜环斑病毒南瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。     

黄瓜花叶病毒2个分离物的亚组鉴定及株系分化研究

 基于黄瓜花叶病毒甜菜分离物CMV-XJ1和CMV-XJ2独特的生物学特性,利用RT-PCR对接种寄主植物进行了检测。RT-PCR产物的RFLP结果显示,2个病毒分离物的MspⅠ酶切图谱与CMV亚组Ⅰ病毒的酶切图谱很相似,但经EcoRⅠ酶切后出现显著差异;进一步对2个分离物的外壳蛋白基因进行了克隆,序列分析表明,CMV-XJ1和CMV-XJ2归属CMVIB亚组,二者存在着株系分化的趋势。     

我国部分省市草莓种苗中黄瓜花叶病毒的检测分析

 为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。     

我国部分省市草莓种苗中黄瓜花叶病毒的检测分析

 为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。     

黄瓜花叶病毒(CMV)2个山西分离物CP序列测定及亚组分类分析

 在生物学检测的基础上,利用酶联免疫检测、非序列依赖性PCR(sequence-independent amp-lification, SIA)对感病番茄进行分子鉴定,表现卷叶和花叶症状的番茄均被黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)侵染,分离物分别命名为SXFQ(GenBank登录号为JX993914)和FQ(GenBank登录号为JX993912)。为明确其分类地位,对二者外壳蛋白(coat protein, CP)进行克隆和测序分析。应用DNAMAN软件对本课题组前期检测的7个CMV山西分离物、SXFQ、FQ以及其他3个CMV典型分离物CP序列进行比较分析,发现核苷酸和氨基酸序列最大相似性分别为77.1%~100%和81.6%~100%。氨基酸序列系统进化分析表明,9个CMV山西分离物属于CMV亚组I B的2个分支,其中在指示植物上表现较强症状的SXFQ与其他5个分离物为一分支,在指示植物上表现较弱症状的FQ与其他2个分离物为另一分支。对9个山西分离物CP进行亚组分类分析,结果表明其理化性质、稳定性、疏水性与预测结果相近,2个分支的分离物分别出现相近的氨基酸变异和蛋白结构,存在一定规律性。     

侵染广西甜椒的西瓜银斑驳病毒分子鉴定

西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle vi-rus,WSMoV)为布尼亚病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,通过蓟马以持久增殖型方式传播,主要危害番茄、辣椒、西瓜等茄科和葫芦科作物,引起褪绿轮纹、环斑、皱缩等症状,造成严重的经济损失[1]....     

侵染云南鸡蛋果的病毒种类鉴定及CMV cp 基因序列分析

Viral diseased Passiflora edulis samples showing mosaic, shrinking, chlorosis, and malformation were collected from Yuxi, Wenshan, Dehong, and Xishuangbanna in Yunnan Province. Forty diseased samples were detected by RT-PCR/PCR using degenerate primers of members in genera of Umbravirus, Tobamovirus, Luteovirus, Orthotospovirus, Begomovirus, Badnavirus, Potyvirus and specific primers of cucumber mosaic virus (CMV). Results showed that CMV, telosma mosaic virus (TeMV) and papaya leaf curl Guangdong virus (PaLCuGdV) were detected in the diseased P. edulis samples. CMV showed the highest detection rate of 27.5 %, while TeMV and PaLCuGdV had the rates of 20.0% and 7.5% respectively among the P. edulis samples. Mixed infections of PaLCuGdV+CMV, PaLCuGdV+TeMV and CMV+TeMV were also found in these samples. The 657 nucleotide (nt) CMV full-length coat protein (CP) gene was cloned and sequenced from two diseased samples in Yuxi (YYXi-JDG, Acc. No. MW495062) and Xishuangbanna (YXSBN-JDG, Acc. No. MW495063), respectively. These two CMV isolates shared 97.3% identity of nt sequence with each other, while had 76.9%-97.7% and 77.0%-98.2% nt identity with other CMV isolates, respectively. Phylogenetic tree showed that the two CMV isolates from P. edulis belonged to CMV subgroup Ⅰ, and no obvious geographic differentiation and host specificity relationship was found among the selected 33 CMV isolates worldwide.     

Molecular characterization of a Cucumber mosaic virus isolate associated with mosaic disease of banana in India

Severe mosaic accompanied by leaf and fruit deformation symptoms was observed on banana plants growing in three banana farms of Uttar Pradesh, India. The disease incidence was approximately 18–25% at these locations during the three successive years from 2005 to 2007. The occurrence of Cucumber mosaic virus (CMV) was initially detected by bioassay, electron microscopic observations, Western blot immunoassay and RT-PCR. For molecular identification of virus, the RNA 1a, RNA 2b and RNA 3 genomic fragments were amplified by RT-PCR and sequenced. The sequence analysis of these genomic fragments revealed its highest identities and close relationships with Indian strains of CMV of subgroup IB; therefore, virus associated with the mosaic disease of banana was identified as an isolate of CMV of subgroup IB. In the limited reports existing from India, which provided preliminary serological or only coat protein-based identification of CMV infecting banana but the comprehensive studies were lacking. In the present communication, we present a detailed biological, serological and molecular characterization of CMV-Banana for the first time from India.     

苹果茎沟病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析

 选取生物学和血清学特性存在较大差异的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)梨分离物P-6-1-17、P-4-1-69、P-L2和P-D-21,采用RT-PCR法对3'端进行扩增,所获扩增片段经序列测定,全长分别为1089nt(P-6-1-17、P-L2)和1069nt(P-4-1-69、P-D-21)。4个分离物的CP基因均由714nt组成,其核苷酸和推导编码蛋白氨基酸序列同源性分别为89.8%~96.4%和94.9%~97.9%。将我国4个分离物的CP基因与已报道ASGV分离物及分子变种进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明我国ASGV分离物至少可分为2个组群,其中生物学表现明显不同于其它分离物的P-L2,其CP基因核苷酸序列显示较大的变异。     

甘肃省18种药用植物病毒病调查及2种病毒病的鉴定

2012年6月至2013年9月对甘肃省宕昌县、漳县、岷县、渭源县、陇西县、临洮县等地区种植的具有疑似病毒病症状的半夏等18种药用植物进行调查及采样。采用黄瓜花叶病毒(CMV)、苜蓿花叶病毒(AMV)、烟草花叶病毒(TMV)、番茄花叶病毒(ToMV)、马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯X病毒(PVX)、芜菁花叶病毒(TuMV)等7种双抗体夹心免疫酶联检测(DAS-ELISA)试剂盒初检, 并对CMV和ToMV采用反转录PCR(RT-PCR)方法复检, 结果表明, 半夏、掌叶大黄和红花3种药用植物受到黄瓜花叶病毒(CMV)侵染; 马兜铃、土贝母及当归3种植物受到番茄花叶病毒(ToMV)侵染; 样品中未检测到上述其他病毒种类, 其余12种病毒样品的病原尚未确定。本研究为国内首次报道CMV病毒侵染掌叶大黄、红花, ToMV病毒侵染马兜铃、当归和土贝母。此研究为防治上述病毒病提供了依据。