猪A群轮状病毒的分离与鉴定

目前国内对猪轮状病毒的研究较少,作者旨在对猪A群轮状病毒进行分离与鉴定,为后续猪轮状病毒致病机理和分子生物学特性研究奠定基础.用胰蛋白酶处理RT-PCR检测猪A群轮状病毒病原阳性的临床腹泻粪样,然后接种长成单层的MA-104细胞,进行病毒分离传代.再对分离毒株进行常规RT-PCR鉴定和电镜观察,并对分离毒株的VP6、VP7和VP8基因进行测序及序列分析.结果成功分离猪A群轮状病毒TM-a株,经序列同源性分析发现,与TM-a株VP6、VP7和VP8基因同源性最高的毒株分别为中国北京人源LL3354株、印度人源RMC321株和日本野猪源GUB-71株,其相似性为96.0％、95.1％和97.0％.该TM-a株轮状病毒不同基因表现出与人源轮状病毒和猪源轮状病毒的高度同源性,推测猪A群轮状病毒可能在人畜间传播,发生基因重组现象.     

猪A群轮状病毒BJ株的分离与鉴定

轮状病毒是引起幼龄动物和儿童病毒性腹泻的主要病原,轮状病毒的分离鉴定为该病的流行病学调查和分子生物学特性研究奠定了基础。本研究采集北京某猪场腹泻发病仔猪肠内容物,将其接种MA104细胞,分离得到一株能产生明显细胞病变的病毒。对分离毒株进行胶体金、实时荧光定量RT-PCR和免疫荧光等方法鉴定,并对分离毒株的VP4、VP6和VP7基因进行测序及序列分析。结果表明,分离毒株为猪A群轮状病毒。按照A群轮状病毒的最新分类方法,确定该分离株VP4、VP6和VP7基因的基因型分别为P[13]型、I5型和G11型。因此,将该分离株命名为Rotavirus A pig/China/BJ/2015/G11P[13]。     

猪轮状病毒Rotavirus A pig/China/NMTL/2009/G9P[23]株的分离与鉴定

A群轮状病毒(GAR)是引起人类和多种动物腹泻的主要病原体,病原的分离与鉴定是轮状病毒(RV)流行病学、病原学等研究的基础.本研究采用接种MA 104细胞的方法,从内蒙古某猪场患病猪腹泻粪便中分离一株病毒,经3次蚀斑克隆纯化后,采用电镜观察、PCR鉴定和序列测定进行分析,结果表明该分离株为猪轮状病毒(PoRV).致病性试验表明该分离株能够引起仔猪急性腹泻,RT-PCR扩增其VP4、VP6和VP7的基因节段并进行序列测定,按照A群RV的最新分类方法,确定该分离株的VP6、VP7和VP4基因型分别为I5型、G9型和P[23]型.因此,将该分离株命名为Rotavirus A pig/China/NMTL/2009/Q9P[23].     

猪轮状病毒的分离鉴定及部分特性研究

从吉林省某猪场发生腹泻的猪群粪便中,用MA-104细胞培养,分离到一株猪轮状病毒,盲传至4代,感染细胞出现明显病变,经电镜观察,见有典型的轮状病毒颗粒.其RNA电泳型为4:2:3:2型,属A群轮状病毒,同时对其蚀斑特性和血凝特性进行了初步研究,这株病毒被命名为JL94株.     

猪A群轮状病毒Hu B2020株的分离与基因型分析

本研究采集湖北省某猪场腹泻发病仔猪的肠道内容物,并对其进行分离与遗传进化分析。将病样接种MA-104细胞,分离获得1株能产生明显细胞病变的病毒,命名为HuB2020。对分离毒株进行多重RT-PCR方法检测,并对分离毒株的VP6和VP7基因进行扩增测序及遗传进化分析。结果表明,HuB2020分离株为猪A群轮状病毒,VP6基因（I5型）与山东分离株DZ-1的同源性最高（97.82%）;VP7基因（G9型）与四川分离株SWU-1C的同源性最高（95.51%）。近几年,猪轮状病毒的G9基因型增多,该病有再次流行暴发的潜在威胁。     

猪呼肠孤病毒SC-A株的分离鉴定及σ2基因的克隆与序列分析

通过在病毒培养液中添加胰酶的方法,从仔猪腹泻粪样中分离并鉴定了1株能在Vero细胞上稳定产生CPE,并以细胞颗粒增多、肿胀、漂落为特征的猪呼肠孤病毒SC-A株。在感染细胞中,病毒胞浆包涵体及特征性微管样结构明显,病毒粒子多呈典型的晶格状排列,大小约70 nm。S2基因的克隆测序结果表明,SC-A S2全基因(DQ396805)大小为1 331 bp,其开放阅读框编码一个由418个氨基酸组成,相对分子量约为47 140的σ2蛋白;与标准株T1L、T2J、T3D的核苷酸序列和推导氨基酸序列的同源性分别为86.9%、76.7%、85.4%及94.6%、93.3%、98.3%。以σ2氨基酸序列构建的进化树分析显示,标准株及野外分离株可被划分为A(T3)、B(T2)、C(T1)3个群;除T3C31外,其余3型野外分离株及SC-A株和所有血清1型均位于C群中。     

一株猪轮状病毒的分离与鉴定

将1份经RT-PCR检测猪轮状病毒阳性的临床腹泻粪样感染Vero细胞,连续盲传8代,出现病变,成功分离到1株病毒,经RT-PCR检验和电镜观察,鉴定该病毒为轮状病毒,命名为GD-01-2015。扩增该病毒的VP4和VP7基因进行分型和系统进化分析,结果发现,其VP4基因为P[7]型,与来自韩国的猪源毒株K71同源性达到99.8%;其VP7基因为G5型,与来自韩国的猪源毒株06-6-1同源性达到99.7%。由此可以推测GD-01-2015株与韩国猪源毒株有相似的进化来源。根据轮状病毒分类委员会(RCWG)提出的A群轮状病毒的最新分类方法,GD-01-2015株基因型为G5P[7]。本研究为监测轮状病毒的流行状况及其疫苗的研制提供了理论依据。     

仔猪感染猪轮状病毒的鉴定及基因分析

为弄清2013年年初上海某猪场发生的仔猪腹泻疫情病因,本研究随机采集发病猪场的仔猪腹泻样品9份,利用RT-PCR方法对采集样品进行病原检测。结果显示,9份临床样品中有4份为猪轮状病毒阳性,而猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒均为阴性。根据GenBank公布的猪轮状病毒参考株序列设计两对引物,对其中阳性样品的VP6和VP7基因进行RT-PCR扩增、基因克隆和序列测定分析。结果显示,4份阳性样品的VP6基因大小为1356 bp,VP7基因大小为1100 bp;序列分析结果显示,VP6基因与A群代表株OSU的氨基酸同源性为64.1%~87.0%,与代表株Gottfriend的氨基酸同源性为26.3%~60.8%;VP7基因与不同G型代表株的氨基酸同源性为71.8%~97.3%。根据上述结果分析,我们推测引起此次仔猪腹泻疫情中的主要病原是由属于A群G9血清型的猪轮状病毒引起,本研究为此次仔猪腹泻疫情的诊断提供了依据。     

G群轮状病毒鸽群分离株的全基因分析

为分析鸽轮状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽交易市场采集的肉鸽粪便样品中分离的轮状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示,G群轮状病毒鸽群分离株全基因包含11个节段,总长度为17 803 bp,具有与其他轮状病毒相似的结构和基因顺序。与24株轮状病毒代表性毒株的VP6氨基酸序列进化分析结果,以及其他5个结构蛋白氨基酸序列遗传进化分析结果均证实,该病毒属G群轮状病毒。该毒株与2011年从香港鸽群中分离的G群轮状病毒同源性最高,但衣壳糖蛋白VP7的氨基酸序列同源性仅为71.7%,抗原性存在较大差异。     

仔猪腹泻粪样中猪呼肠孤病毒的分离鉴定

通过在病毒培养液中添加胰酶的方法,笔者从仔猪腹泻粪样中分离并鉴定了1株能在Vero细胞上稳定产生CPE,即以细胞颗粒增多、肿胀、漂落为特征的猪呼肠孤病毒SC-A株。在感染细胞中,病毒胞浆包涵体及特征性微管样结构明显,病毒粒子多呈典型的晶格状排列,直径约70 nm。克隆测序结果表明：SC-A S2全基因（DQ396805）大小为1 331 bp,其开放阅读框编码1个由418个氨基酸残基组成、相对分子量约为47.14 ku的σ2蛋白;与标准株T1L、T2J、T3D的核苷酸序列相似性分别为86.9%、76.7%、85.4%,推导氨基酸序列相似性分别为94.6%、93.3%、98.3%。在以σ2氨基酸序列构建的进化树中,标准株及野外分离株可被划分为A、B、C 3个大的进化分支;除T3C31外,其余3型野外分离株及SC-A株和所有血清1型病毒株均位于进化分支C中。     

猪轮状病毒JL94株VP6基因克隆及同源性比较

通过反转录-聚合酶链反应(RT～PCR)扩增了猪轮状病毒国内地方分离株JL94的VP6基因cDNA片段。将其插入克隆载体质粒pMD18-T 的EcoRV酶切位点处，构建了重组质粒pMD18-T—VP6。对克隆的VP6基因进行序列测定，测序结果显示VP基因全长1356bp，并与猪A群轮状病毒OSU(亚组Ⅰ),Gottfried(亚组Ⅰ)的VP6进行同源性比较，结果显示，核苷酸序列同源性分别为86．85％、82．41％，氨基酸序列同源性分别为97．48％、93．20％，结果表明JL94分离株与OSU株在基因型上更为接近。     

猪源和鼠源脑心肌炎病毒分离株基因组的比较分析

为了分析猪源和鼠源脑心肌炎病毒(EMCV)基因组的差异,对分离自同一猪场猪临床样本和鼠组织样本的2株病毒(GX0601和GX0602)进行了全基因组序列测定和比较分析.结果显示,2个分离毒株的基因组全长(包含poly A)分别为7 729和7 725 nt,核苷酸和氨基酸同源性均在99.8%以上.与国外毒株及国内已报道的分离株的序列比较结果表明,2个毒株与BJC3和HBl的核苷酸同源性为98.18%～99.41%,推导的氨基酸序列同源性为99.5%～99.7%,与国外分离株的核苷酸序列和氨基睃序列的同源性分别介于80.53%～99.57%和93.1%～99.5%.基于基因组开放阅读框推导的氨基酸序列的系统进化分析表明,我国分离毒株与国外毒株PEC9、CBNU、BEL-2887A/91和EMCV-R的同源性较高,位于同一个亚群.研究结果提示,猪源与鼠源毒株的基因组具有很高的同源性,鼠是猪场EMCV感染的传染来源.     

猪巨细胞病毒GX株gB基因的克隆与序列分析

从广西病猪的肺组织中分离到猪巨细胞病毒GX株,通过PCR扩增得到猪巨细胞病毒GX株gB基因的一个1736bp片段,扩增产物经克隆、测序,得到的核苷酸序列与GenBank上已发表的猪巨细胞病毒其他分离株的核苷酸序列相比,其同源性在97.8%～98.9%,与人巨细胞病毒分离株的同源性在32.0%～43.6%,表明gB基因在同种动物间比较保守。在系统进化树中,GX株与其他猪巨化细胞病毒株亲缘关系较近,属于同一个分支,而与人巨化细胞病毒差异较大。     

天津及周边地区猪圆环病毒2型流行情况调查及分离鉴定

为了调查天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus type 2,PCV2）的感染情况及其分子特征,本研究应用PCR方法对疑似PCV2感染病例开展调查,将阳性病料接种dulac细胞分离病毒,应用PCV2 ORF2基因特异性引物对分离的PCV2进行PCR扩增,克隆、测序后进行核苷酸序列同源性分析。结果显示,不同地区PCV2的阳性率为25.0%~38.1%,其中夏季的阳性率明显高于其他3个季节,达到44.0%;不同阶段猪群中,育肥猪群的PCV2阳性率最高,而哺乳母猪相对较低。经细胞分离得到24株PCV2,其ORF2序列与GenBank中PCV2序列的同源性为87.8%~99.2%,24株分离株之间的同源性为89.4%~100.0%;遗传进化分析显示,24个分离株归属于2个分支。对其中一株分离毒株（Y16155-1株）的体外增殖特性研究表明,第4代接种dulac细胞后6 h即可检出PCV2核酸,72 h病毒含量达到高峰,病毒滴度为10^-4.3 TCID₅₀/0.2 mL。本试验结果为进一步研究该地区PCV2分子流行病学及相关疾病的免疫防控奠定了基础。     

猪捷申病毒SD株的分离与鉴定

从山东某疑似感染猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)的猪群中分离到1株病毒。经一步法RT-PCR扩增得到PTV部分VP1基因序列。经序列测定,与Gen Bank上的毒株序列进行比对,并做了该病毒的致病性试验。结果显示,该分离株与参照的猪捷申病毒相似性为100%,并对猪具有一定的致病性。本试验成功分离获得1株PTV山东地方流行毒株,命名为SD株。     

猪伪狂犬病病毒山西分离株gE全基因的遗传变异多样性及流行特点分析

为了研究当前山西省猪伪狂犬病(PR)的流行特点及遗传变异情况,对山西分离的3株猪伪狂犬病病毒(PRV)分离株(SXQX株、SXTG株和SXYP株)的gE全基因进行了扩增、克隆和测序(已被GenBank收录)。并将gE全基因序列和推导出的氨基酸序列与不同国家和地区的主要流行株进行了遗传变异多样性分析。结果显示,3株PRV分离株的gE全基因序列之间核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%～100.0%和99.5%～100.%,与34株不同国家和地区的PRV参考株之间同源性分别为97.1%～100.0%和94.6%～100.0%,与欧美分离株的同源性分别为97.1%～97.6%和94.6%～95.7%,与2012年以来我国不同省份分离株的同源性分别为98.8%～100.0%和98.1%～100.0%,与2012年以前分离的经典毒株同源性分别为98.4%～99.7%和97.2%～99.3%。PRV gE全基因组序列的进化分析表明,3株PRV分离株属于亚洲基因群中2012年以来国内不同地区相继分离的PRV变异株群,而与2012年前分离的经典强毒株群亲缘关系较远,与欧美基因群亲缘关系最远。进一步进行核苷酸及氨基酸多序列比对分析发现,3株PRV分离株的gE基因均有一些位点发生了突变。本试验为近年来山西地区PRV的流行特点和PRV变异情况提供了依据。     

天津及周边地区猪圆环病毒2型流行情况调查及分离鉴定

为了调查天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的感染情况及其分子特征,本研究应用PCR方法对疑似PCV2感染病例开展调查,将阳性病料接种dulac细胞分离病毒,应用PCV2 ORF2基因特异性引物对分离的PCV2进行PCR扩增,克隆、测序后进行核苷酸序列同源性分析。结果显示,不同地区PCV2的阳性率为25.0%~38.1%,其中夏季的阳性率明显高于其他3个季节,达到44.0%;不同阶段猪群中,育肥猪群的PCV2阳性率最高,而哺乳母猪相对较低。经细胞分离得到24株PCV2,其ORF2序列与GenBank中PCV2序列的同源性为87.8%~99.2%,24株分离株之间的同源性为89.4%~100.0%;遗传进化分析显示,24个分离株归属于2个分支。对其中一株分离毒株(Y16155-1株)的体外增殖特性研究表明,第4代接种dulac细胞后6h即可检出PCV2核酸,72h病毒含量达到高峰,病毒滴度为10-4.3 TCID50/0.2mL。本试验结果为进一步研究该地区PCV2分子流行病学及相关疾病的免疫防控奠定了基础。     

三黄鸡临床血管瘤病例中分离出A亚群与J亚群禽白血病病毒

为了解禽白血病病毒在广西鸡群中流行情况,采用DF-1细胞接种、细胞培养上清p27抗原检测、PCR扩增,对临床血管瘤型禽白血病的三黄鸡病料进行了病毒分离,并对分离病毒gp85基因进行测序和序列比较。结果表明,从1只病鸡同时分离到了一株A亚群禽白血病病毒(ALV-A)与一株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),分别命名为HG01-A株和HG01-J株。ALV-A gp85与7株A亚群氨基酸同源性为85.8%~87.5%,与A亚群美国株MQNCSU同源性最高为87.5%,与A亚群原型株RSA同源性为86.9%。而ALV-J gp85与7株毒株核酸序列同源性为84.0%~93.8%,与广东株XX2-08以及四川株SCSM01同源性最高为93.8%,与英国原型株HPRS103同源性为90.2%。进化分析进一步表明,HG01-A与各参考株亲缘关系较远,HG01-J与SCSM01亲缘关系最近。本研究首次从同一只广西三黄鸡中同时分离到ALV-A及ALV-J,进一步完善了我国地方品种鸡群中禽白血病的流行病学信息。     

猪瘟病毒低毒力毒株FJFQ株的分离鉴定

从福建某猪场分离到 1 株病毒,其在PK 15细胞上的毒价为 106.5 TCID50/mL,该病毒能被猪瘟病毒高免血清所中和(效价为1∶8)。通过 RT -PCR 扩增出猪瘟病毒约250 bp的E2蛋白主要抗原编码区序列,其与几株已发表毒株序列的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.9%~87.9%,77.7%~86.6%,与Alfort 株同属于基因二群。经本动物传3代均不表现明显的临床症状。用猪瘟兔化弱毒疫苗免疫后以此分离毒作强攻进行免疫保护相关实验,结果免疫组猪在攻毒前及攻毒后扁桃体 HCFA检测均为阴性,对照组猪扁桃体HCFA于攻毒后1周开始出现阳性结果,且一直持续到试验结束。用分离株免疫本动物后再攻石门毒, 2 头试验猪中 1 头死亡,1头出现临床症状。初步说明,所分离的病毒为猪瘟病毒(命名为CSFV- FJFQ株),可能是一株低毒力毒株,且其免疫原性不好。     

PRRSV安徽分离株NSP2和ORF7基因的克隆与序列分析

2008年从安徽两个发病猪场采集疑似猪繁殖与呼吸综合征病料,在Marc-145细胞上盲传4代～5代,发现明显细胞病变,各分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(HS08株和ZJ08株)。用RT-PCR扩增这两个分离毒株的NSP2和ORF7基因,进行克隆和序列分析。结果表明,这两个分离毒株核苷酸同源性高于99.0%;在NSP2基因上,这两个分离毒株均发生30个氨基酸的不连续缺失,它们与CH-1a株之间核苷酸同源性分别为80.7%和80.2%;在ORF7基因上,与2007年国内高致病性猪蓝耳病毒株HuN4核苷酸同源性较高,分别为98.4%和99.5%,且ORF7基因均存在K46→R46,H109→Q109,V117→A117氨基酸突变。这些信息显示这两个安徽分离株属美洲型毒株,具有高致病性特征,与国内高致病性毒株位于同一基因群。