伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因外显子及部分内含子多态性研究

为了探索与家兔毛质性状有关的遗传标记,为家兔分子选育提供理论依据,该研究采用PCR直接测序法,对伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因的外显子Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的序列进行分析,结果表明:(1)FGF5基因外显子Ⅰ和Ⅲ均存在多态性,FGF5外显子Ⅱ不存在多态性;(2)FGF5基因外显子Ⅰ的A位点存在AGA插入突变(反向测序),有A_1A_1(突变型)、A_1A_2和A_2A_2(野生型)3种基因型,其中A_1A_1为美系獭兔的优势基因型,A_2A_2为伊拉肉兔的优势基因型;(3)FGF5基因外显子Ⅲ的B位点存在G-C突变,有B_1B_1(野生型)和B_1B_2 2种基因型,且B_1B_1为这两种家兔的优势基因型;(4)应用适合性检验FGF5基因外显子ⅠA位点和外显子ⅢB位点基因型频率,发现只有伊拉肉兔群体中外显子ⅠA位点的基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),而外显子ⅠA位点基因型在美系獭兔群体中和外显子ⅢB位点基因型在这两种家兔群体中的分布均符合hardy-weinberg平衡定律(P0.05);(5)在伊拉肉兔和美系獭兔外显子Ⅰ的A位点和伊拉肉兔外显子Ⅲ的B位点均存在中度多态(0.25PIC0.5),美系獭兔外显子Ⅲ的B位点存在低度多态(PIC0.25)。研究结果显示FGF5可作为影响家兔毛绒品质的候选基因,对繁育优良的皮用家兔品种具有重要意义。     

5个家兔群体白细胞介素10基因外显子的遗传多样性分析

本研究旨在分析家兔IL-10基因外显子的多态性,以期为进一步研究家兔IL-10与疾病抗性的相关性提供理论依据。根据GenBank上收录的IL-10基因序列设计5对特异性引物,采用PCR-SSCP方法对海狸色獭兔、白色獭兔、皖系长毛兔、闽西南黑兔、九疑山兔这5个家兔群体IL-10基因的5个外显子序列进行多态性分析。结果表明:在IL-10基因外显子3上检测到4种等位基因,10种基因型,存在3个SNPs位点;在外显子4上检测到2种等位基因,3种基因型,存在1个SNP位点。而外显子1、2、5对于实验群体未发现有遗传多态性。在外显子3中,D等位基因只在闽西南黑兔和九疑山兔中检测到,除海狸色獭兔和闽西南黑兔外其余群体均处于哈代-温伯格平衡,各群体不同基因型分布存在极显著差异(P<0.01)。在外显子4中,A1B1基因型在獭兔群体中没有检测到;除海狸色獭兔外其余各群体均处于哈代-温伯格平衡,海狸色獭兔跟白兔獭兔不同基因型分布差异不显著(P>0.05),而其余群体彼此不同基因型分布存在显著性差异(P<0.05或P<0.01)。结果提示:5个家兔群体在IL-10基因外显子3和4中存在遗传多态性,不同家兔群体在遗传基础上存在着一定的差异。     

FGF5基因在中卫山羊中的SNP多态性分析

为了检测中卫山羊核心育种群中成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR-RFLP方法,对该基因外显子1上384 bp位置处的SNP位点多态性进行检测。结果表明:在测定的179只试验羊中仅出现2种基因型,即AA基因型、AB基因型,基因型频率分别为0.932,0.068。A、B的基因频率分别为0.966,0.034,A等位基因在中卫山羊群体中为优势等位基因。多态信息含量(PIC)为0.063 53,为低度多态位点。卡方检验结果表明,基因处于HardyWeinberg平衡状态。分析发现,此SNP为同义突变,利用在线软件预测,该突变位点不影响mRNA的二级结构,中卫山羊群体中FGF5基因外显子上存在一个低度多态SNP位点。     

甘肃马鹿MyoG基因5'UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号:FJ746497)5'UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析.结果表明:①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5'UTR-237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型,等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC<0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子.②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(-46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型,基因型频率分布为CC>CD>DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25相似文献   

4个家兔群体MC1R基因外显子的遗传多样性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对4个家兔群体MC1R基因外显子序列进行分析,结果显示:MC1R基因外显子出现2个等位基因(A、B)、3种基因型(AA、AB、BB),103～108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、彩色獭兔和九疑山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔表现为优势等位基因;A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。本研究为判断MC1R基因是否能作为家兔毛色性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

不同绵羊品种FGF5基因的多态性分析

根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5（FGFS）基因的同源序列设计引物对绵羊基因组进行PCR扩增，将扩增片段进行克隆和测序，并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较，确定扩增的片段为绵羊的FGF5基因片段。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在小尾寒羊、湖羊、藏羊、中国美利奴等4个绵羊品种的多态性。结果表明：FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性。经克隆测序分析，位于外显子1的引物1扩增产物存在G→T突变，该突变位点使编码的氨基酸发生A→S的改变；引物2扩增产物发生了碱基序列C→T的突变，这一突变位点没有引起编码氨基酸的改变，属于同义突变。对不同绵羊品种的基因型和基因频率统计结果表明，引物1扩增产物小尾寒羊、湖羊、藏羊以等位基因A为主，而中国美利奴羊则以等位基因B为主，且各群体均处于Hardy-Weinberg平衡；引物2扩增产物小尾寒羊、湖羊、中国美利奴羊均以等位基因E为主，而藏羊的基因型频率与其它品种有显著差异，中国美利奴羊在引物2位点的基因频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态。     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子5多态性与胴体及脂肪性状的相关性分析

本试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)在济宁百日鸡、汶上芦花鸡等5个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,并分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在6个供试群体中检测到1个Pst Ⅰ酶切突变位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2224 bp处G→T突变,该突变位点在供试群体中共检测到两种基因型(A1A1和A1A2),等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2224多态位点对鸡胴体性状和脂肪性状影响均不显著(P＞0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体在胴体和脂肪性状上总体优于A1A2基因型个体,但各性状均值在两种基因型个体间差异均不显著(P＞0.05)。本研究结果表明,该位点不能作为鸡胴体和脂肪性状的有效分子标记。     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子6多态性与胴体及脂肪性状的相关性研究

试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白(perilipin,PLIN)基因内含子6在济宁百日鸡、莱芜黑鸡等4个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在5个供试群体中检测到1个多态位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2 467 bp处G→A突变,该突变位点在供试群体中检测到3种基因型:A1A1、A1A2和A2A2,2个等位基因:A1和A2。等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2 467 bp位点对鸡部分胴体性状和脂肪性状影响显著(P<0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体活体重、屠体重、全净膛重、腹脂重和腹脂率均显著高于A2A2基因型个体(P<0.05)。A1A2基因型个体的胸肌肌内脂肪含量显著高于A1A1和A2A2基因型个体(P<0.05)。研究结果表明,PLIN基因对鸡胴体及脂肪性状有一定影响。     

鹅Pit-1基因部分序列多态性分析

根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相比,BB基因型分别在扩增片段的132和145 bp后插入3和13 bp。所有群体在该突变位点上的等位基因频率均处于哈代-温伯格平衡状态（P〉0.05）;朗德鹅群体基因型分布与其他5个鹅群体均存在极显著差异（P〈0.01）;籽鹅和狮头鹅群体内基因型的分布与其他3个鹅群体存在显著差异（P〈0.05）。在狮头鹅和朗德鹅群体内,等位基因A为优势等位基因,而在皖西白鹅、四季鹅和浙东白鹅群体内等位基因B为优势等位基因。     

美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔的遗传多样性分析

采用15个微卫星标记,对关系獭免和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔进行了遗传多样性分析。结果显示：在美系獭兔和苏Ⅰ系粗毛型长毛兔群体中,15个微卫星座位均表现出较好的多态性。关系獭兔的平均等位基因数和有效等位基因数分别为4．6000±1．0556和3．5520±0．9703个．群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7067±0．1030和0．6501±0．1050,群体内近交系数平均值为-0．2580＋0．0033：苏Ⅰ系粗毛型长毛免的平均等位基因数和有效等位基因数分别为5．1333±1．2459和3．7506±0．8081个,群体期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0．7270±0．0709和0．6750±0．0824．群体内近交系数平均值为-0．2300±0．003。表明两个家兔群体的微卫星座位有丰富的遗传多样性。     

合作猪γ-IFN基因外显子4多态性分析

为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

Polymorphism in PLIN Gene Intron 6 and its Association with Carcass and Fatness Traits in Chicken

The genetic polymorphisms in PLIN gene were detected by PCR-RFLP method in four Chinese local chickens including Jining Bairi chicken,Laiwu Black chicken et al.,and one breeding strain.The correlations between the SNP and the carcass and fatness traits were analyzed.As a result,a novel G→A mutation at 2 467 bp in PLIN gene was identified in the five populations.Three genotypes (A1A1,A1A2 and A2A2) were detected,and allele A1 was predominant in all the five experimental populations.The statistical analysis showed that the 2 467 bp polymorphism locus was significant association with some carcass and fatness traits (P<0.05).The living body weight,carcass weight,eviscerated weight,abdominal fat weight and percentage of abdominal fat of A1A1 genotype was higher than A2A2 genotype in chickens (P<0.05).The breast intramuscular fat of A1A2 genotype was higher than that of A1A1 and A2A2 genotypes in chickens (P<0.05).The results showed that PLIN gene had effect on carcass and fatness traits in chickens.     

Mx基因抗性位点在11个不同鸡种中的分布及遗传结构分析

通过错配PCR技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在11个不同鸡种中的分布差异。结果显示,错配PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在不同鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.502,敏感性等位基因G的频率平均为0.498;11个不同鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.506 7,Shannon信息指数平均为0.562 9。在该位点上,11个鸡种,漳州斗鸡、吐鲁番斗鸡、皖南鸡、文昌鸡、如皋鸡、安卡鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)外,其余5个群体均处Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内(除如皋鸡群体外)均属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将11个不同鸡种分为3大类,聚类结果反映了11个不同鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子4变异与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术和测序技术对催乳素（prolactin,PRL）基因外显子4进行SNP检测,并分析了该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性。结果表明,PRL基因外显子4存在1个多态性位点,该位点在6017位点发生G→A的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,该突变未导致氨基酸的变异;该位点的变异与开产日龄、首次就巢日龄呈现一定的显著差异趋势,BB基因型开产日龄、首次就巢日龄都晚于AA和AB基因型。     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。