浙江省46个粳稻新品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用农业部推荐的12对水稻SSR引物(NY/T 1433—2007),对2008年以来由浙江省主要育种单位育成的46个常规粳稻品种构建DNA指纹图谱,并分析其亲缘关系。结果显示,12对SSR引物共检测出84个等位基因,平均多态性频率(FP)值为0.192。46个品种的相似系数在0.735~1.000之间,平均相似系数为0.879,表明近年来浙江省粳稻品种亲缘较近,遗传背景较狭窄。该研究结果可为浙江省水稻新品种选育、鉴别和保护提供参考。     

基于SSR分子标记的节水抗旱稻品种真实性检测

参照农业行业标准NY/T 1433-2014《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》，利用48对SSR分子标记对4份样品（HF73、HX73、HY118和HLY212）和1份杂交节水抗旱稻品种（旱优73）进行了DNA 指纹检测，通过带型比对分析，发现其中1份样品（HY118）与旱优73品种间存在1对差异引物，按照鉴定标准，判定为“近似品种”。结果表明利用SSR标记进行水稻品种真实性鉴定有利于提高市场监管效率，净化种子市场。     

利用SSR标记对水稻7组衍生品种的遗传多样性分析

采用53对SSR引物对水稻7组衍生品种及其亲本进行遗传多样性和标记鉴定效率分析.结果表明,53对SSR引物中47对具有多态性,占88.68%;共检测到135个等位位点,每个标记平均2.872 0个等位位点,变幅为2～5;多态性信息含量(PIC)平均值为0.482 1,变幅为0.214 2～0.789 1,其中14对引物具有高的PIC值(0.6).聚类分析表明,7组供试衍生品种能按来源被准确分类.比较24对引物(NY/T 1433—2007)和48对引物(NY/T 1433—2014)的鉴定效率发现,标记数增加能提高鉴定准确性.     

分子标记辅助选择改良南粳5055米香性状的研究

为进一步提高优良食味水稻品种南粳5055蒸煮食味品质,利用分子标记辅助选择,将米香基因badh2成功导入南粳5055中。在分子标记对目标基因进行前景选择的同时,利用《NY/T 1433-2014》推荐的48个以及作者实验室筛选的31个SSR标记进行背景检测;在BC₃F₂世代,筛选出遗传背景与轮回亲本一致的单株,结合农艺性状筛选及品质分析,获得所考察性状与南粳5055一致且携带米香基因的南粳5055新品系;并就背景选择中不同来源分子标记对江苏粳稻品种的鉴别力问题进行了讨论。     

基于新版本农业行业标准的水稻品种真实性SSR检测方法

新的农业行业标准NY/T 1433—2014《水稻品种鉴定技术规程:SSR标记法》于2014年6月1日实施,笔者所在实验室依据新的标准建立了新的水稻品种真实性鉴定体系。将2个水稻样品(编号为A、B)与其标注的品种名称相同的标准样品(编号:SD20140244)进行了比对,结果表明,样品A与标准样品无位点差异,判定为近似品种;样品B与标准样品有6个位点差异,判定为不同品种。     

黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究

利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。     

杂交水稻万象优982品种真实性鉴定

依据中华人民共和国农业行业标准,(NY/T 1433—2014)《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》,采用48对SSR分子标记对3份待测样品(市场上提供)和标准样品万象优982(江西红一种业科技股份有限公司提供)进行了成对比较,结果显示2号待测样品与标准样品间1对引物有差异,判定为“近似品种”。采用48对SSR分子标记对杂交水稻真实性鉴定,不仅对打击非法制售假劣种子及品种套牌侵权等行为提供依据,且有利于提高种子管理与执法部门的市场监管效率。     

籼粳稻亚种间分子标记差异分析

[目的]为籼粳稻亚种的分子标记鉴定提供依据。[方法]以13份籼稻、5份粳稻为亲本,采取SDS法提取水稻叶片总DNA,进行扩增反应,利用321对SSR引物对亲本的多态性进行筛选,分析籼粳亚种之间的SSR标记差异。[结果]18个亲本中共筛选到168对引物具有明显的标记带和较好的多态性。SAR水稻血缘的412、407、421、992、950之间及长药野生稻血缘的84-15与84-23之间的多态性明显少于稳定亲本与栽培稻之间的多态性,也低于籼稻品种间和粳稻品种间的多态性。籼稻与粳稻之间的多态性频率最高,籼稻品种之间的多态性高于粳稻品种之间的多态性。供试材料籼粳稻之间存在31个SSR标记差异,SSR标记可较为准确地鉴定材料的亚种属性。[结论]籼粳亚种之间有明显的SSR标记差异。     

杂交水稻Ⅱ优084品种真实性的分子检测

参照农业行业标准NY/T 1433-2007《水稻品种鉴定DNA指纹方法》,利用SSR分子标记技术对杂交水稻Ⅱ优084品种真实性建立了一套DNA指纹检测体系.对检测样品(福建建宁)和标准样品(淮安明天种业)进行了DNA指纹检测及成对比较,研究发现检测样和标准样品种间差异的引物对为1,判定为“近似品种”.此检测技术快速、简便、有效地完成水稻品种的真实性鉴定.     

江西省2018年晚粳区试品种的DNA指纹图谱以及遗传相似性分析

利用农业行业标准(NY/T 1433—2007)中公布的24对SSR引物构建江西省2018年27份晚粳区试品种以及4份籼型晚稻区试对照品种的DNA指纹图谱,并进行遗传相似性分析。24对SSR引物共扩增出114个多态性片段,平均每对引物可检测到4.75个等位基因,引物的各等位基因在样品间的PIC值变化范围为0～0.374 7,平均值为0.171 1。聚类分析表明,31份水稻品种的遗传相似系数在0.19～0.77。当相似系数约为0.19时,江西省2018年晚粳区试品种与籼型晚稻区试对照品种分成两组;当相似系数约为0.39时,晚粳区试品种分为4组。指纹图谱数据表明,晚粳区试品种的指纹差异都在2个位点以上,不存在近似品种。     

基于SSR的藕莲新品种(系)指纹图谱构建

[目的]利用SSR分子标记构建藕莲品种(系)鉴定的DNA指纹图谱,为藕莲品种鉴定和新品种选育提供技术支持。[方法]利用SSR标记对9个莲藕新品种(系)进行鉴定,统计条带并进行遗传多样性分析,选择核心引物,建立DNA指纹图谱。[结果]从45对引物中筛选到9对多态性引物,对9个品种(系)扩增得到条带,共扩增出52条带,其中差异条带32条,多态性比率为61.54%,扩增片段大小为100～400 bp。选出4对SSR核心引物构建9个藕莲品种(系)的DNA指纹图谱。[结论]藕莲品种遗传多样性水平较低,4对引物组合所构建的DNA指纹图谱可用于藕莲品种鉴定。     

江苏近年审定粳稻品种遗传多样性分析

利用153个多态性分子标记和12个农艺性状对江苏近年审定的46个粳稻品种进行遗传多样性分析。结果表明:选用的153个标记在供试品种中具有较高多态性,有139个标记可检测到2个或以上等位基因数;多态性标记的Shannon指数变幅在0.10~1.61之间,平均为0.61,品种间遗传相似系数均高于0.5,显示出供试品种间的遗传多样性低、亲缘关系较近;中熟中粳品种间的遗传相似系数显著高于其他3个生态型品种;迟熟中粳与早熟晚粳间相似性最高,中熟中粳与中熟晚粳间相似性最低。聚类分析结果也显示供试品种间遗传相似性较高,尤其是中熟中粳品种。大多数农艺性状无论在不同生态型品种间还是在同一生态型不同品种间差异均不明显,表明江苏水稻生产上虽然存在4个不同生态型粳稻,但遗传多样性不足。上述结果提示江苏近年审定推广的大多数粳稻品种间的遗传基础狭窄,在大面积推广种植中存在较大安全风险,迫切需要增加品种的遗传多样性。     

基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种  （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。     

太湖稻区32个水稻品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄.     

杂交中稻广两优476品种与纯度的鉴定

为辨别杂交中稻广两优476种子真伪并鉴定其纯度,利用农业部《水稻品种鉴定DNA指纹方法》(NY/T 1433-2007)中推荐的24对引物进行PCR,使用聚丙烯酰胺凝胶电泳对广两优476及其亲本,以及另外几个育种常用素本材料进行了多态性筛选,并利用筛选所得引物的SSR标记对广两优476进行了种子纯度分析.结果表明,这24对引物在几个常用亲本及广两优476间具有良好的多态性,可用于构建广两优476的DNA指纹图谱.同时,从中筛选得到标记RM209和RM17的两对引物在广两优476父母本间有显著多态性,其中RM209的引物的PCR产物在2％琼脂糖凝胶电泳条件下分辨效果最好,可用于广两优476杂交种子的纯度鉴定.2009年冬在实验室使用RM209鉴定广两优476杂交种子纯度,结果为98.6％,与2010年春在海南田间种植鉴定纯度98.3％相符.     

DNA指纹在水稻品种鉴定中的应用与展望

DNA指纹检测技术应用于植物新品种鉴定已是必然的发展趋势,在水稻上与其相关的技术标准仍待完善。本文对DNA指纹检测中主要涉及的分子标记及特点进行归纳,并综述了DNA指纹在我国水稻品种鉴定中的应用现状及存在的问题。提出了构建国家和地方两级DNA指纹标准的必要性和策略,认为可将利用高密度SNP标记构建的品种SNP指纹制定为国家标准,而基于核心SSR标记构建的品种SSR指纹可制定为地方标准。讨论了两级DNA指纹标准在品种培育、审定管理、市场监管及品种权保护过程中的应用策略以及仍需研究的问题,以期为建立规范化的"水稻品种鉴定DNA指纹"检测方法提供帮助。     

SSR标记在糯玉米品种鉴定上的应用

采用NY/T 1432—2014《玉米品种鉴定技术规程SSR标记法》中的20对简单重复序列(SSR)引物对市场上抽检的苏玉糯11、苏玉糯901、苏玉糯13、苏玉糯14、苏玉糯639等5个糯玉米品种进行真实性鉴定。结果表明,每个抽检品种与标准品种至少有6个差异位点,这5个品种均与相应的标准品种不同;此外,umc1545y2、umc1335y5、umc2105k3、umc1705w1、umc1125y3、umc2007y4、phi053k2、bnlg2305k4等8对引物多态性较好,在今后糯玉米品种鉴定中可优先采用。     

基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立

【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3-23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240-0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。     

黄瓜品种田间性状比对与部分品种SSR指纹图谱的构建分析

对搜集到的150个品种进行田间品种对比试验,于2016年筛查出30个高产优质黄瓜新品种进入下一轮田间种植试验,同时通过田间性状比对发现部分品种类型相似。依照《NY/T2474—2013黄瓜品种鉴定技术规程SSR分子标记法》标准,构建了44个品种的指纹图谱,并以指纹数据为基础利用NTsys分析软件构建了品种聚类图,依据标准中的判定标准发现4组(共计10个品种)疑为同品种,7组(共计20个品种)为近似品种,最后对田间性状相似品种和SSR鉴定相似品种进行了比较分析。     

半糯粳稻品种核心标记的筛选及DNA指纹图谱的构建

目的 构建一套基于水稻重要性状基因标记的品种DNA指纹鉴定体系,为加强主栽优良食味半糯粳稻品种的种质管理与品种保护奠定基础。方法 以34个江浙沪主栽优良食味半糯粳稻品种为供试材料,通过已知标记多态性鉴定、公共数据库基因序列比对、基因组重测序等多种方法对水稻重要性状调控基因的关键差异位点进行筛选,开发核心SNP或InDel标记;利用As-PCR技术将SNP标记发展为依据电泳条带鉴别的简单PCR标记,通过电泳条带特征化和类型分析获得基因型信息,构建半糯粳稻品种的DNA指纹图谱库。结果 筛选出来源于40个水稻重要性状调控基因的54个核心标记,包括18个SNP标记和36个InDel标记;54个标记在20个品种中共检测到155个有效特征化条带,转化为155个0/1数据位点,建立各品种的DNA指纹数据库,可区分全部供试品种。遗传多样性分析表明,品种间遗传相似性变异范围为0.47—0.90,其中,南粳7718与苏香粳100的相似性系数最小,而南粳9308与南粳9036的相似性系数最大,二者存在8个数据位点差异。亲缘关系分析可将供试品种划分为6个分支,其中,南粳7718为独立分支,表明其与其他品种间的亲缘关系较远。核心标记鉴定效果的进一步验证表明,该套标记可以对14个半糯粳稻新品种进行有效区分,聚类图显示其分布于Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ 3个类群,证实各品种间基因型信息的差异性;并利用该套标记鉴定了一个未知半糯水稻的品种真实性,根据基因型和聚类分析,将其判定为南粳9108。结论 经优化筛选,获得可准确区分当前主推半糯粳稻品种的54个核心标记,并发展为可电泳检测的简单PCR标记,利用该套标记组合构建了34个江浙沪地区主栽优良食味半糯粳稻品种的DNA指纹图谱。