河北猪繁殖与呼吸综合征病毒地方株HB-4（hs）株ORF5-7基因变异分析

为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）提供理论数据，根据GenBank公布的PRRSV CH-1a株和JXA1株的核苷酸序列，设计并合成三对特异性引物。应用RT-PCR方法分别扩增PRRSV HB-4（hs）株的ORF5，ORF6，ORF7基因片段。分别将片段克隆入pGmT载体后进行测序，并与多株GenBank中发表的PRRSV毒株ORF5—7基因的核苷酸序列进行比较和变异分析。结果表明，PRRSV HB-4（hs）株属于美洲型，其与近两年流行的毒株群相似性高达98．8％～99．5％；与早些年流行毒株群相似性较低，为91．9％～92．6％。系统进化树表明：HB-4（hs）株及近两年流衍的毒株可能均由早期分离的河北HB-1（sh）株进化而来。     

河北猪繁殖与呼吸综合征病毒地方株HB-4(hs)株ORFS-7基因变异分析

为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)提供理论数据,根据GenBank公布的PRRSV CH-la株和JXAl株的核苷酸序列,设计并合成三对特异性引物.应用RT-PCR方法分别扩增PRRSV HB-4(hs)株的ORF5,ORF6,ORF7基因片段.分别将片段克隆入pGM-T载体后进行测序,并与多株GenBank中发表的PRRSV毒株ORF5-7基因的核苷酸序列进行比较和变异分析.结果表明,PRRSV HB-4(hs)株属于美洲型,其与近两年流行的毒株群相似性高达98.8%～99.5%;与早年流行毒株群相似性较低.为91.9%～92.6%.系统进化树表明:HB-4(hs)株及近两年流行的毒株可能均由早期分离的河北HB-1(sh)株进化化而来.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的克隆及杆状病毒表达载体的构建

根据猪繁殖与呼吸综合症病毒已知序列(ch-1a,AY032626)设计包含完整ORF5序列的1对引物,采用RT-PCR方法扩增PRRSV甘肃LZH株的ORF5基因,将其克隆到杆状病毒载体pFastBacHTA上,经酶切鉴定、PCR鉴定筛选出阳性重组转移载体pFastBacHTA-ORF5,并对阳性质粒进行测序及序列分析;将pFastBacHTA-ORF5转化到DH10Bac感受态细胞中,与Bacmid发生位点特异性转座作用,获得重组转座子rBacmid-ORF5;并成功构建了PRRSV LZH株ORF5基因的杆状病毒载体,为基因工程疫苗的研制奠定了基础.     

PRRSV强、弱毒株Nsp9基因对PRRSV复制的影响

为了探索猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)强、弱毒株的Nsp9基因对PRRSV复制的影响,构建含有PRRSV XH-GD强毒株、CH-1R弱毒株Nsp9全长基因的质粒p IRes2-EGFP-Nsp9-XH-GD、p IRes2-EGFP-Nsp9-CH-1R,并将重组质粒分别转染到Marc-145细胞中,以MOI=1的剂量接种PRRSV XH-GD毒株,通过TCID50试验测定病毒的滴度,采用荧光定量PCR和Western Blot方法来测定病毒的N蛋白表达情况。结果表明,转染弱毒株CH-1R Nsp9基因的Marc-145细胞中,PRRSV的N蛋白在mRNA水平、蛋白质水平上的表达量均高于转染强毒株XH-GD组,且病毒的滴度也显著高于转染强毒株XH-GD组。综上,在Marc-145细胞中,弱毒株CH-1R Nsp9基因对PRRSV复制的促进作用优于强毒株XH-GD。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因不同编码区的表达和反应原性鉴定

为鉴定猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)囊膜糖蛋白GP5编码基因ORF5不同编码区的原核表达能力,利用PCR方法分别扩增ORF5基因缺失信号肽的D片段、缺失信号肽和跨膜区的L片段、缺失信号肽的5′端N片段和缺失跨膜区的3′端C片段,经克隆测序后分别插入原核表达载体pET-32a中进行原核表达,结果显示未缺失跨膜区的D片段未见表达产物,而L片段、N片段和C片段分别表达大小约为33,25,29 kDa的融合蛋白。Western blotting检测结果显示L片段表达蛋白可与PRRS阳性血清发生阳性反应,C片段反应性稍弱,而N片段未出现阳性反应,证实ORF5基因编码产物的C端在与抗体结合的反应原性方面具有重要作用。     

猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒HN-HW株ORF2-7基因的克隆与序列分析

为了研制有效的PRRS疫苗,参照GenBank中公布的猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型ATCC VR-2332基因序列,用Primer 5.0软件分别设计合成了针对PRRSV ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从HN-HW株分别扩增得到了大小约771,904,564,670,619和586 bp的片段,并将扩增的片段插入pGEM-Teasy载体,然后转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,挑取阳性克隆PCR和酶切鉴定后进行测序.利用DNAStar软件将HN-HW株ORF2-7基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列与ATCC VR-2332、JX-A1、CH-1a、BJ-4、HB-1、HB-2、HEB-1、HUB-1、HUB-2、SP、P129、MN184A、RespPRRS MLV、Prime Pac、LV等毒株相应序列进行了同源性分析,并绘制系统进化树.结果显示,HN-HW株与美洲型ATCC VR-2332核苷酸同源性为88.9%～94.9%,与欧洲型LV核苷酸同源性为64.0%～69.0%;推导氨基酸序列与ATCC VR-2332株同源性为82.4%～96.0%,与LV株的同源性为34.5%～78.9%.系统进化树表明,HN-HW株属于美洲型,与JXA1、HUB-1、HUB-2、HEB-1亲缘关系较近.     

感染PRRSV Nsp2基因部分缺失变异株的仔猪抗体变化规律

为了解PRRSV Nsp2基因缺失变异株的致病性,采用2个Nsp2基因分别连续缺失3个和89个碱基的PRRSV变异株Hn-2(GenBank:FJ237419)和Hn-4(GenBank:FJ237421)的病毒液,人工滴鼻感染断奶仔猪,同时用Marc-145健康仔猪细胞培养液滴鼻作对照,在感染后0,7,14,24,3...     

灰色关联分析在粮食产量影响因素分析中的应用——以川东地区为例

为了有效提高粮食产量,通过采用灰色系统理论中的灰色关联分析方法,研究对粮食产量的影响,选择了以粮食作物耕地面积、播种面积、粮食单产、有效灌溉面积、化肥施用量、农业劳动力、农村用电量、农业机械总动力、受旱灾面积9项影响因子。结果表明：播种面积始终是影响遂宁市粮食产量的主要因素;化肥施用和粮食单产是影响粮食产量减少的最主要因素;耕地面积和有效灌溉面积是影响粮食产量增加的主要因素;农村用电量对粮食产量的影响力在下降;农业劳动力对粮食产量的影响始终很小。最后通过分析各影响因子,提出可供参考的关于提高粮食产量的意见。     

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV1ORF2全基因(702bp)。将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV1-ORF2并对其测序,结果表明:所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99.4%,二者与Genbank上发表的PCV1ORF2基因的同源性介于97.3%～99.9%,与PCV2-ORF2基因同源性介于67.9%～68.4%,二者编码的蛋白在几个功能区域比较保守;抗原表位预测表明PCV1ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株ORF3基因序列分析

为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13核苷酸同源性分别为96.6%~97.0%,90.6%,97.6%~98.1%,氨基酸同源性分别为95.1%~96.0%,88.0%,97.1%~98.1%。遗传进化分析结果显示,4株PEDV山西分离毒株与12株2010-2015年我国各地方分离的毒株和2009年分离的CH/JL/09毒株亲缘关系较近;与CV777、LZC、Brl/87和2个疫苗株(CV777truncated和attenuated DR13)亲缘关系较远。     

江淮流域3次致涝大暴雨过程的对比分析

为了掌握2011年梅汛期江淮流域强降水频发特征,揭示大暴雨天气发生发展机理,为今后暴雨预报提供有益参考。利用常规探测资料、中尺度加密站资料、雷达资料和数值模式产品资料对比分析了6月25日、7月5日和7月12日发生的3次大暴雨过程。结果表明：6月25日、7月12日强降水发生受西风带冷空气南下与低空倒槽发生相互作用,倒槽东侧的偏南气流提供充足的水汽,前者为弱冷空气与强热带风暴“米雷”外围云系结合的降水,属稳定性降水,后者为对流性降水;7月5日强降水发生于副高边缘,主要由上冷下暖的不稳定层结以及低空西南急流提供的充足的水汽供应所致。多普勒天气雷达基本反射率图可以较好地追踪强降水回波,在开展大暴雨天气联防和短时临近预警中凸现作用。     

草莓轻型黄边病毒北京分离物的CP基因序列分析

为了明确引起北京地区草莓病毒病的病毒种类和病毒序列的分子变异特点,从北京地区表现畸形症状的草莓叶片中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增得到草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)的含有外壳蛋白(CP)基因的729 nt特异性核苷酸片段。经序列测定和分析可知,北京地区存在2种不同的SMYEV分离物（BJ1和BJ2）,两者间的核苷酸序列同源性仅为82.72%~82.96%。将北京分离物与分别来自德国、美国、智利、捷克、澳大利亚、比利时、意大利、韩国和中国沈阳等国家或地区的不同分离物的CP基因序列进行分析比较。结果显示,33个分离物可以分为四大组群,BJI和BJ2分别归属不同组群,BJ1与19个其他国家的分离物亲缘关系较近,BJ2与中国沈阳的2个分离物亲缘关系较近。BJ1和BJ2与其他分离物的CP基因核苷酸序列同源性分别为81.10%~98.35%和82.03%~98.63%,氨基酸序列同源性介于82.17%~99.17%和90.91%~94.63%。     

日照琅琊鸡催乳素基因的遗传变异与就巢性的相关性研究

【研究目的】采用候选基因法研究催乳素基因的遗传变异对家禽就巢性的影响,可为控制家禽就巢性奠定理论基础。【方法】设计引物特异性扩增PRL的5’调控区序列,对PCR产物进行基因分型,统计分析不同基因型与就巢性的相关性。【结果】在所检测的琅琊鸡鸡群中发现PRL的5’调控区存在遗传变异;发现了PRL的三种基因型;统计分析结果表明,三种基因型与鸡的就巢性的遗传效应差异显著（P<0.05）,其中AA型鸡的就巢性最低,与AB和BB型鸡的就巢性存在着显著差异（P<0.05）;AB和BB型鸡的就巢性均较高,后两者差异不显著（P>0.05）。【结论】提高A等位基因的频率将有利于降低鸡的就巢性,据此可以在育种选择中实现早期基因型选种,研究结果有助于科学地保护和利用我国优良地方家禽品种资源。     

一株鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

摘要：对从山西省分离到的1株IBV (IBVSX16)的膜蛋白基因片段进行序列测定及分析,结果发现, IBVSX16株膜蛋白基因含有一个长681bp的ORF,编码226个氨基酸残基组成的多肽,与疫苗株H120和我国分离株LX4推导的氨基酸序列比对发现,存在基因突变现象,未发现缺失和插入现象,变异主要发生在2~l7位。系统进化关系显示19株IBV毒株分属于5个群。IBVSX16株位于第II群,我国IBV分离毒株主要集中在第III群和第Ⅳ群,具有较明显的地理区域性,可见IBV分离株在基因进化关系上形成了自己较为独立的进化群。关键词：鸡传染性支气管炎病毒;M基因;遗传变异     

30个中国甘薯主栽品种的RAPD指纹图谱构建及遗传变异分析

研究以中国30个甘薯主栽品种为材料,对甘薯RAPD指纹图谱的构建进行了探讨。从102个RAPD引物中筛选出26个多态性丰富的引物用于PCR扩增,共扩增出255条多态性条带,平均每个引物扩增的多态性带数为9.8条。其中S32和S39多态性最高,仅用其中1个引物即能将这30个甘薯品种完全区分开,且由此构建的指纹图谱出现的概率很小,分别为4.77&#215;10^-7（1/221）和1.91&#215;10^-6（1/219）。结果进一步表明,这30个甘薯品种的遗传距离变异幅度较大,为0.0390～0.4306,平均遗传距离为0.3086。RAPD聚类分析表明,地域分布相近的甘薯品种和具有同一亲本的甘薯品种聚在一起,与这些甘薯品种的系谱图一致。     

中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系。本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究。结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点,其中4个位点Ho、He和PIC值较低属于中低度多态,8个位点属于高度多态。卡方适合性检验表明,10个位点处于HarDY-Weinberg平衡状态(P>0.05)。各位点遗传变异与屠宰性状进行关联分析显示,位点1不同基因型个体在肉色性状方面差异显著(P<0.05),位点2不同基因型个体在大腿肉厚方面差异显著(P<0.05),位点3不同基因型个体在胴体重、屠宰率、眼肌面积和大腿肉厚几个重要屠宰性状差异显著(P<0.05),在肉色性状达到了差异极显著(P<0.01)。位点3杂合子AB基因型为优势基因型,其他位点AA为优势基因型。本研究表明,CACNA2D1基因可以作为中国西门塔尔牛部分屠宰性状候选基因,尤其是位点3可以作为中国西门塔尔牛屠宰性状的重要潜在分子标记,从而为中国西门塔尔牛现代育种提供一定...     

玉米SNAC基因的遗传变异及耐旱性调控

以我国玉米育种中常用的16份自交系为材料,通过对SNAC(Stress-responsive NAM,ATAF1/2,CUC2)基因编码区及上游启动子区800 bp核苷酸序列进行测序,检测SNAC基因在不同杂种优势类群材料中的遗传变异。在12个SNAC基因中,其中有4个基因在上游800 bp区检测到遗传变异,有4个基因变异位点超过30个,多态性较高。虽然大多数SNAC基因变异以SNP(Single nucleotide polymorphism)为主,但在ZmNAC031467基因中检测到较多的插入缺失变异(In Del),达到基因总遗传变异的63.3%。通过PLACE软件对上游启动子有变异的4个基因进行3种耐逆结合元件的预测,结果显示4个基因均含有3种耐逆结合元件,但是基因突变对启动子结合元件的影响较小。再对检测到的遗传变异进行核苷酸多态性分析和中性检验,有7个SNAC基因核苷酸多态性较高,其中Zm NAC080308基因的多态性达到0.00962,推测这些基因在遗传漂移过程中受自然选择影响较大。利用t检验初步发现Zm NAC070395和Zm NAC080398基因的2个变异位点与耐旱相关性状关联,为进一步分析SNAC基因核苷酸变异与耐旱性状的关系提供一定的借鉴。     

中国部分棉区棉花轮纹斑病病原菌“种”的初步鉴定

从中国棉花主产区部分地区采集棉轮纹斑病叶,分离获得17个致病链格孢(Alternaria spp.)菌株。根据链格孢菌菌体和孢子形态学观察结果,结合ITS序列测定和分析结果,明确A1等16个菌株为链格孢菌(Alternaria alternata),A3菌株为大孢链格孢菌(Alternaria macrospore)。