线粒体DNA与山羊进化

线粒体DNA由于其母系遗传、高拷贝、高进化速率以及缺乏重组等特点而被广泛的应用于山羊的起源进化研究.本文就山羊的多母系起源、弱的地理结构、群体扩张及分化时间等方面的mtDNA研究概况作了说明,并对线粒体DNA数据分析方法作了简要的介绍.     

动物mtDNA的研究进展

自20世纪60年代Nass M和Nass S用电子显微镜直接观察到线粒体内部细丝状的DNA以后,人们才逐渐接受线粒体中存在遗传物质的事实,并对线粒体DNA(mtDNA)的基因结构、组成、复制、转录及表达等方面进行了深入研究.近年来,mtDNA的研究在动物分子遗传学、分子生态学、种群遗传结构分析、遗传多样性、物种和品系鉴定、保护遗传学等方面得到了广泛应用.     

线粒体DNA与山羊进化

线粒体DNA由于其母系遗传、高拷贝、高进化速率以及缺乏重组等特点而被广泛的应用于山羊的起源进化研究。本文就山羊的多母系起源、弱的地理结构、群体扩张及分化时间等方面的mtDNA研究概况作了说明,并对线粒体DNA数据分析方法作了简要的介绍。     

广东3个地方鸡种mtDNA D-loop全序列的遗传多样性分析

基于mtDNA D-loop全序列分析广东3个地方鸡种的遗传多样性.利用PCR和测序技术获得清远麻鸡、阳山鸡和惠阳胡须鸡共98个个体mtDNA D-loop全序列,结合NCBI已收录的地方鸡种、红色原鸡和绿头鸭共33条序列综合分析.结果表明:广东3个地方鸡种mtDNA D-loop区全长1231～1232 bp,其A、...     

分子标记在家禽研究中的应用进展

分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种比较理想的遗传标记技术.目前在动物遗传中广泛使用的分子标记主要有RFLP、DNA指纹、AFLP、SSR、mtDNA、SNP和EST标记,本文综述了这些DNA分子标记的原理、特点及其在家禽中的应用情况.随着分子标记手段的不断更新和完善,更为有效和便捷的分子标记技术将应用于家禽遗传育种的应用研究中.     

西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群

西方蜜蜂(Apis mellifera)的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基-(Icytochrome C oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)~细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ(COⅡ)富含A+T非编码区(AT-rich noncoding region,NC)属于高变异DNA序列,既呈现mtDNA长度变异又呈现mtDNA序列变异,它作为mtDNA多态性标记广泛地应用于A.m.地理亚种的DraⅠ酶限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,DraⅠ RFLP)分析和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。在本文中,A.m.非洲世系mtDNA的28种DraⅠ RFLP谱图被归纳为3种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P_0、Q元件组成类群,P_1、Q元件组成类群以及P_2、Q元件组成类群;A.m.西部欧洲世系mtDNA的90种DraⅠ RFLP谱图被归纳为1种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P、Q元件组成类群;A.m.东部欧洲世系mtDNA的25种SNP谱图被归纳为1种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即Q元件组成类群;A.m.亚洲世系mtDNA的29种DraⅠ RFLP谱图被归纳为3种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P_0、Q元件组成类群,P_0'、Q元件组成类群以及P_1'、Q元件组成类群。本文综述了这个研究进展。     

基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究

为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草料鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析.对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等.泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种.     

线粒体标记分析安徽省三个家鸭群体间遗传多样性及遗传关系

本研究通过mtDNA序列多样性分析了安徽省地方鸭种巢湖鸭和枞阳媒鸭两个类群的遗传多样性及遗传关系.通过对巢湖鸭、枞阳媒鸭保种群体和枞阳媒鸭怀宁群体3个群体共计85个个体进行mtDNA D-loop区610 bp序列进行测序,共获得了24种单倍型.分析结果表明:巢湖鸭单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.756和0.01115,遗传多样性最高,枞阳媒鸭保种群体次之,分别为0.552和0.00176,枞阳媒鸭怀宁群体遗传多样性最低,分别为0.515和0.00140.系统进化分析结果表明:巢湖鸭与枞阳媒鸭两个群体间遗传关系较远,枞阳媒鸭两个群体间遗传关系最近,但是出现了群体分化的趋势.本研究中枞阳媒鸭两个群体由于其地域差异以及后期进行人工选择导致这两个群体有较大的差异,可以作为两个类群进行研究和开发利用.     

分子遗传标记与家畜育种进展

分子遗传标记随着分子遗传学和分子生物技术的发展而成为当今研究的热点,并广泛用于家畜群体遗传变异分析、标记辅助选择、基因定位、标记-QTL连锁分析、杂种优势预测、个体亲缘鉴定、遗传距离分析等,本文拟就RFLP、RAPD、VNTR和mtDNA等分子遗传标记研究及其在家畜育种上的应用作一综述。     

中国五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性研究

为探讨中国绵羊mtDNA D-环遗传多样性,通过PCR扩增和测序技术,对中国五个绵羊群体mtDNA D-环全序列进行研究,发现这五个绵羊群体mtDNA D-环碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为34.66%、28.94%、13.90%、22.50%,(A+T)%含量明显高于(G+C)%含量,碱基突变以转换/颠换为主,且在绵羊mtDNA D-环区存在75bp的重复序列,含有4个重复序列是中国绵羊的基本特征;遗传距离分析结果显示,甘肃滩羊与其他中国绵羊群体之间的遗传距离较大,为0.0459～0.0573,其他四个绵羊群体之间遗传距离相对较小,为0.0246～0.0342,核苷酸多样度Pi为0.0323%,说明这五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性均较贫乏,应该对其遗传资源进行保护.     

快速提取桑树线粒体DNA的方法

线粒体是进行呼吸的细胞器,在绿色植物中占有重要地位.它具有相对独立的遗传物质线粒体DNA(mtDNA).研究表明,细胞质雄性不育、抗除草剂等性状与mtDNA有关,因此,mtDNA的研究越来越受重视.另外,mtDNA还被用来研究植物系统发育、分类等.然而mtDNA的快速、高效提取是限制深入研究的重要因素.传统的方法利用梯度离心提取mtDNA,其成本高,耗时长,产率低,对设备要求也较高.本文根据盖树鹏等提取mtDNA方法加以改进,简单、快速提取了桑树mtDNA,为从分子水平研究桑属种质资源的系统发育、分类提供了基础.     

云南水牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

[目的] 探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果] 本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd: 0.946±0.017,Pi: 0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd: 0.805±0.063,Pi: 0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及一个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论] 云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B两个母系起源。     

早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析

[目的]为评价和挖掘早胜牛遗传资源及种质资源,开展了早胜牛母系遗传背景及分子遗传特性研究。[方法]以早胜牛mtDNA D-Loop区为标记位点,对基因组DNA进行了PCR扩增和测序;以8个中国地方黄牛品种和5个引进品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列为对照,分析了核苷酸多态位点、核苷酸多样性、单倍型数等遗传多态性指标,构建了系统发育树。[结果]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区富含A和T,检测到80个核苷酸变异位点,存在转换、颠换、转换和颠换共存3种突变类型,且以转换为主;界定了59个单倍型,其中8个共享单倍型,51个特有单倍型;我国地方黄牛分为两大支系,多数与非洲瘤牛、欧洲普通牛聚为一类,少数与印度瘤牛聚为一类;与其他地方黄牛品种相比,早胜牛及其杂交类群与秦川牛的亲缘关系最近。[结论]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,与秦川牛的亲缘关系最近。     

动物mtDNA标记的研究方法与应用

对动物mtDNA的结构和遗传特征、mtDNA标记的研究方法、提取mtDNA的关键步骤、近年来动物mtDNA标记的应用进行了综述,并对mtDNA标记在应用中存在的问题提出了完善方法。     

家禽mtDNA遗传多样性和分子进化研究进展

20世纪60年代,Mnass和Snass在鸡胚中发现线粒体DNA,随着分子遗传学、分子生物学的迅速发展以及PCR技术和测序技术等研究手段的应用.至今,科学家已测定了人、牛、猪、马、驴、鸡、北京鸭等多种动物的mtDNA全序列.线粒体DNA作为分子标记因其序列容易测定、进化速度快、在群体内变异大、极少发生重组等特点,目前已广泛应用于家禽遗传多样性、分子进化、系统发育等研究领域,并取得了一些骄人的成果.     

甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列的起源及遗传多样性分析

为了研究甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列起源与遗传多样性,利用文献报道的1对引物对蕨麻猪mtDNA D-环序列进行PCR扩增及测序,对所得数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示,135头蕨麻猪mtDNA D-环序列表现出3种长度变异,其中4个序列长度为1 199 bp,3个序列长度是1 319 bp,127个序列长度为1 219 bp.对127个长度为1 219 bp的序列进行分析,发现83个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在卡加曼蕨麻猪最高,而在夏河蕨麻猪为最低.系统发育树和网络关系分析均将83个单倍型分为2个分支,说明蕨麻猪具有2个母系起源.与其他猪种mtDNA D-环序列比较,蕨麻猪与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据.     

牛经济性状细胞质遗传效应的研究概况

细胞质遗传(cytoplamic inheritance)又叫核外遗传或基因组外遗传,是以母性遗传为基础的一种遗传方式。现有的报道认为,它是通过mtDNA起作用的。     

中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先.     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源分析

为了研究甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源,利用设计的1对引物对绵羊mtDNA D-环序列进行PCR扩增和纯化测序.对序列数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示:120只绵羊mtDNA D-环序列(部分)表现出2种长度变异,其中3个序列长度为573 bp,117个序列长度为648 bp.对117个长度为648 bp的序列进行分析,发现77个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在蒙古羊都较高,而在兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊都较低.系统发育树和网络关系分析均将77个单倍型明显的分为3个分支.研究认为:含有4个重复单元(75 bp)是甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环的序列特征,在甘肃6个地方绵羊品种中,蒙占羊的遗传多样性最丰富,兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性最低.系统发育和网络关系分析认为甘肃6个地方绵羊品种有3个母系起源.