玉米细菌性枯萎病菌PCR检测

 根据GenBank中玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的16S序列差异,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌特异性引物Ps2r/Ps3r,该引物能从供试的7株玉米细菌性枯萎病菌中特异性扩增出一条268 bp的预期条带,供试的32株近似种菌株都没有扩增产物;与国内外文献报道的其它5对特异性引物相比,除引物PSA/PSB外,引物DEP1/DEP2、ES16/ESIG2c、HRP1d/HRP3c和CPSL1/CPSR2c在不同程度上对部分近似种菌株出现了扩增。试验结果表明,引物Ps2r/Ps3r和PSA/PSB能特异性扩增玉米细菌性枯萎病菌,得到预期的扩增产物。对不同系列稀释度的DNA和玉米样品中病菌的检测结果表明,由引物Ps1/Ps4和Ps2r/Ps3r组合的巢式PCR方法的检测灵敏度高于引物ITSA/ITSB和PSA/PSB组合的巢式PCR方法,也高于Bio-PCR检测方法;前者可以检测到玉米种子中300 cfu/sample的目的细菌,该检测方法在进境玉米种子样品玉米细菌性枯萎病菌的检疫中具有比较理想的应有潜力和推广价值。     

进境玉米中玉米内州萎蔫病菌的PCR检测

 为了快速准确检测进境玉米样品中的玉米内州萎蔫病菌Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis(Cmn), 根据GenBank中Cmn的16S-23S序列设计引物CM1/CM4和引物PSM1/CM3。引物PSM1/CM3仅能从供试的4株Cmn菌株中扩增获得208 bp的预期产物, 而其他36株对照菌株均不能扩增出预期条带。灵敏度测试结果表明引物CM1/CM4和PSM1/CM3组合的巢式PCR方法的检测灵敏度高于常规PCR, 检测灵敏度可达40 fg DNA或6.8 CFU目标细菌。常规PCR和巢式PCR方法对进境美国玉米样品的阳性检出率分别为8%和24%, 试验结果表明所建立的PCR方法可用于玉米样品中Cmn的快速检测。     

PCR-DHPLC技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌

本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法.该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR结合变性高效液相色谱技术(PCR-DHPLC)检测.结果表明,几种方法特异性强,检测灵敏度均为菌液浓度102 cfu/mL,PCR-DHPLC技术具有检测成本较低、高通量、自动化程度高、污染风险小及鉴定结果准确等特点,能够满足快速、准确诊断玉米细菌性枯萎病菌的要求.     

双重PCR检测马铃薯晚疫病和环腐病方法的建立

通过克隆马铃薯环腐病菌和晚疫病菌转录间隔区(ITS)序列,并对测序结果进行同源性比较,选取差异位点分别设计了两对引物P.IN1/P.IN2和C.IN1/C.IN2,并检测了引物的特异性及方法的灵敏度。引物P.IN1/P.IN2可扩增出1条363bp马铃薯晚疫病菌的特异性条带,在DNA水平上其灵敏度达18fg/μL;引物C.IN1/C.IN2可扩增出1条218bp马铃薯环腐病菌的特异性条带,在细菌数上检测灵敏度为104 cfu/mL。混合这两对引物构建双重PCR反应体系,能从马铃薯环腐病菌和晚疫病菌的混合DNA及感染这两种菌的马铃薯植株中同时扩增到363bp和218bp的特异片段。实现了同时对马铃薯晚疫病菌和环腐病菌的快速可靠检测。     

实时荧光PCR检测瓜炭疽病菌

采用实时荧光PCR技术建立了瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)的检测方法。根据瓜炭疽病菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因和谷氨酰胺合成酶(GS)基因序列,设计了该病菌特异性引物和TaqMan探针,并对所设计的引物和探针的反应条件进行了优化。采用本试验建立的实时荧光PCR方法对瓜上的其他菌株及近似菌株进行检测,可将瓜炭疽病菌与其他病原菌区分开。灵敏度试验表明,25μL体系中只要有39.6pg的核酸量就可以被检测到,检测灵敏度达到1.584pg/μL,比普通PCR检测灵敏度高100倍。同时对田间采集的病株和未知样品进行的检测证明了引物和TaqMan探针的特异性。     

西瓜蔓枯病分子诊断技术研究

 本文测定西瓜上的西瓜蔓枯病菌(Didymella bryoniae)、西瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)及西瓜枯萎病菌(Fusarium oxysporum f. sp. niveum)的rDNA的ITS序列,比对近缘种及西瓜上不同病菌的ITS序列同源性,设计出特异性上游引物XM-2和下游引物XM-R2。经过对XM-2/XM-R2引物的PCR扩增条件的优化,可以扩增出一条344bp的西瓜蔓枯病菌特异性DNA条带。上述方法可以检测到pg以上的蔓枯病菌基因组DNA,并且可以准确扩增出西瓜蔓枯病自然病样中特异性的DNA片段。本文建立了一项西瓜蔓枯病分子检测技术,该方法准确、快速、可靠,可用于西瓜蔓枯病田间的快速诊断。     

水稻细菌性条斑病菌LAMP快速检测方法的建立

以SYBR Green I荧光染料为指示剂,针对水稻细菌性条斑病菌糖基转移酶,设计了4条普通LAMP引物,并在此基础上设计了2条LAMP环引物,建立了水稻细菌性条斑病菌的环介导等温扩增可视化快速检测方法。结果表明:水稻细菌性条斑病菌呈荧光的阳性反应,近缘菌株则呈橙色的阴性反应;检测灵敏度DNA为100 fg/μL,菌悬液为3×103 cfu/m L。LAMP技术的建立为现场检疫和大规模检测提供了新的方法。     

玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法.该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR.结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍.整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理.     

烟草根黑腐病菌的PCR分子检测

 根据烟草根黑腐病菌(Thielaviopsis basicola)与其它烟草病原真菌核糖体基因转录间隔区(internal transcribed spa-cer,ITS)序列间的差异,设计了一对特异性引物TB-5/TB-3,用于T. basicola的分子检测。利用该对引物对包括T. basicola在内的13个烟草病原菌菌株的基因组DNA进行PCR扩增,结果表明:只有T. basicola能扩增到一条400bp左右的特异性条带,其它菌株及阴性对照均无扩增产物。对烟草组织和土壤的检测结果也表明,该对引物能特异性的检测到T. basicola基因组DNA的存在。该引物对T. basicola基因组DNA检测的灵敏度为100fg/μL。     

不同引物对检测柑桔黄龙病菌灵敏度比较

对目前常用的5对引物(fOI1/rOI2c、fOI2/r23S1、fA2/rJ5、fP535/rP535、fP400/rP400)检测柑桔黄龙病菌的灵敏度进行了比较。结果发现,不同引物对的检测灵敏度不同,5对引物检测灵敏度由高到低依次为:fP400/rP400>fP535/rP535>fA2/rJ5>fOI1/rOI2c>fOI2/r23S1;引物对fP400/rP400比广谱引物对fOI2/r23S1的灵敏度高近千倍。半巢式PCR及巢式PCR的检测灵敏度远高于常规PCR,可检测出接近极限浓度10-7ng/μL,二者没有明显的差别。因此,按照不同目的选择合适的检测引物非常重要,特别是当待测样品中的黄龙病菌浓度极低时,应选择高灵敏度的小片段特异性引物对。     

山西壶瓶枣缩果病病原菌分离和鉴定

 2005~2008年山西壶瓶枣缩果病害发生严重,造成了巨大的经济损失。本文利用真菌ITSrDNA和细菌16S rDNA基因的通用引物,分别对分离自山西晋中的罹病壶瓶枣果实表面寄生真菌和细菌基因组DNA进行PCR扩增,将扩增产物进行核苷酸序列测定,在GenBank数据库进行Megablast同源性分析,确定壶瓶枣果实的主要寄生菌是细极链格孢菌(Alternaria alternata)、白囊耙齿菌(Irpex lacteus)、青霉菌(Penicillium expansum)、芽枝孢菌(Cladosporium tenuissimum)4种真菌和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、短小芽孢杆菌(B.pumilus)、多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)4种细菌。回接试验证明链格孢菌、青霉菌、芽枝孢菌是壶瓶枣果实主要的致病真菌,而所分离的细菌没有致病性。     

西瓜细菌性果斑病菌的16S rDNA序列分析及特异性引物的设计

 利用细菌16S rDNA基因的通用引物对16个供试菌株进行PCR扩增,把扩增产物进行核苷酸序列测定。将获得的序列与GenBank中相关菌株的16S rDNA序列进行同源性分析。以此设计出检测A.a.c的特异性引物,并利用最大简约法构建了16S rDNA系统演化树。系统演化关系分析表明,6~9号供试菌株的16S rDNA序列与A.a.c标准菌株仅有3个位点的差异,其同源性均在99.8%以上,在构建的系统演化树上,它们聚为同一个族群。利用设计的一对特异性引物(BFB64/65),对各供试菌株进行PCR检测,结果只有A.a.c相关菌株产生扩增条带,产物大小与预期一致。     

广东桉树黄化(丛枝)病植原体分子鉴定与检测

从表现黄化(丛枝)症状的桉树上采集病叶,抽提主脉总DNA,采用植原体通用引物与巢式引物进行PCR和巢式PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,获得了植原体的近全长16S rRNA基因及部分16～23S rRNA基因间隔区序列.序列分析揭示,所获得的序列与已知植原体基因组相应区段的序列高度同源,与柳叶菜变叶植原体(epilobium phyllody)和白腊树丛枝植原体(ash witches'-broom)相应序列(GenBank登录号:AY101386和AY566302)同源率为99.9%,与白腊树黄化植原体(aster yellows BD2)相应序列和番茄巨芽植原体(tomato big bud)相应序列同源率分别为99.6%和99.3%.该序列构建的系统进化树表明,引起我国广州地区桉树黄化(丛枝)病的植原体属于16SrI组(即翠菊黄化组),将其暂命名为桉树黄化(丛枝)植原体广东株系(Eucalyp-tus yellowing and witches'-broom phytoplasma strain Guangdong,EYWB-Gd).建立了桉树植原体巢式PCR检测方法,对疑似病样及桉树组培苗进行了检测,多数疑似病样检测结果为阳性,供试的10株组培苗未发现阳性样品.     

昆虫病原线虫异小杆属新种Heterorhabditis beicherriana共生菌的分离及致病性

昆虫病原线虫共生菌在农业及医药领域已成为一种重要的生物活性资源。本研究通过致死的昆虫血腔和侵染期线虫直接分离线虫Heterorhabditis beicherriana的共生细菌,根据形态学特征、生理生化特性及16S rDNA序列初步鉴定为Photorhabdus luminescens,系统发育分析显示为发光杆菌属新亚种菌株。采用共生菌细菌体稀释液注射接种进行致病性测定,结果显示,每头大蜡螟幼虫接种菌量为600 cfu/mL,72 h时死亡率达到100%;24 h时LC₅₀为213.13 cfu/mL,48 h时LC₅₀为46.87 cfu/mL。这为研究该线虫H.beicherriana的致病机制奠定基础,以期发掘新的具有重要价值的活性资源。     

甜瓜果实表面生防芽孢杆菌的类群与鉴别

 从不同甜瓜果实表面可分离到在LB培养基上生长迅速、菌落形态呈明显差异的4类革兰氏染色阳性细菌。经过生理生化指标的鉴定、菌株间16S rDNA序列和部分特异性基因序列扩增以及种间遗传距离分析,将这4类芽孢杆菌分别鉴定为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的3个形态变种。这些芽孢杆菌经继代培养20代后,仍能保持稳定的菌落形态和对灰葡萄孢(Botrytis cinerea)、链格孢(Alternaria alternata)、尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)、黑曲霉(Aspegillus niger)和粉红单端孢(Trichothecium roseum)等8种果蔬采后病原真菌显著且广谱的拮抗作用。结果表明,甜瓜果实表面广泛分布着具有拮抗性能的枯草芽孢杆菌和其近缘种解淀粉芽孢杆菌,可通过特定培养条件下(LB培养基上37℃培养48h)单菌落的生长速度和菌落外观形态特征快速分离并鉴别它们的类群,为开发甜瓜果实采后保鲜制剂提供理论依据。     

海南长春花黄化病植原体的16S rDNA序列分析研究

 Periwinkle(Catharanthus roseus) yellows is a common disease in Hainan. Periwinkle's leaf tissue with symptoms was assayed for phytoplasma infection by using PCR assay employing phytoplasma universal 16S rRNA gene primers (Rl6mF2/Rl6mR1). A PCR product (about 1.4 kb) was amplified from periwinkle showed yellows. Nucleotide sequencing and phylogenetic tree analysis showed that the amplified 16S rDNA contained 1 432 nucleotides, the most homology was 98.1% with the members of elm yellows group (16S r Ⅴ) and clustered in the same clade, while it was under 96.1% with other phytoplasma groups. Our results suggested that the phytoplasma sample belonged to 16S rⅤgroup and was tentatively named as Hainan periwinkle yellows phytoplasma (PY-Hn). This is the first report of existence of 16S r Ⅴ group phytoplasma in naturally infected periwinkle.     

一种快速鉴定玉米细菌性枯萎病菌的新技术——噬菌体株系鉴别法

利用８株玉米细菌性枯萎病菌噬菌体专化性的差异，结合氯化三苯基四氮唑（２，３，５－ｔｒｉｐｈｅｎｙｌｔｅｔｒａｚｏｌｉｕｍｃｈｌｏｒｉｄｅ）对不同致病力细菌显色反应的不同，组成了一种新的细菌快速鉴定技术，称为噬菌体株系鉴别法，可鉴定玉米细菌性枯萎病菌直至株系。用这个方法鉴定了从美国、日本、南斯拉夫、西德和罗马尼亚进口的玉米种子中截获的许多玉米细菌性枯萎病菌菌株，结果准确快速，并和血清学鉴定及致病性测定的结果相一致     

The Use of ARMS PCR in Detection and Identification of Xanthomonads Associated with Pistachio Dieback in Australia

Pistachio dieback occurs in the main pistachio growing areas of Australia. Xanthomonas strains belonging to the translucens group have been identified as the causal agent of the disease and two distinct groups, A and B, have been recognised within the pathogen population. In this study, specific primers for amplification of DNA of the pathogen were developed by sequencing the Internal Transcribed Spacer (ITS) region of rDNA from strains representing groups A and B, as well as from X. translucens isolated from wheat in Australia and one Xanthomonas translucens strain from orchard floor grasses. Primers were designed for amplification of DNA sequences specific to each group and a multiplex PCR test was developed that identified and differentiated strains of each group in a single PCR assay. To determine the specificity of the primers, PCR was carried out with DNA from 65 strains of the pistachio pathogen, 31 type and reference strains of Xanthomonas, and from 191 phytobacteria commonly found in and around pistachio orchards. In the multiplex PCR, a 331 bp fragment was amplified from all strains belonging to group A and a 120 bp fragment from all strains in group B. No PCR products were obtained from the other bacteria tested except for the type strain of X. translucens pv. cerealis, which has not been found in Australia. The assay was used to detect strains from both groups of the pathogen in pistachio plant material.     

黄瓜内生放线菌的分离、筛选及其活性菌株鉴定

 从植物内生放线菌中筛选拮抗活性菌株和寻找新的农用活性代谢产物,可为植物病害防治提供新的资源。本研究结果发现黄瓜幼苗的根、茎、叶中均有内生放线菌的存在,根组织中的数量、种类明显多于叶片和茎,占总分离株的72.7%,以链霉菌的淡紫灰类群、灰褐类群为主。活性筛选试验结果表明,黄瓜内生放线菌中对12种靶标真菌和6种细菌具有拮抗作用的菌株分别占46.8%和39.0%,主要为分离自根组织的链霉菌淡紫灰类群。分离自黄瓜叶片的gCLA4菌株抑菌谱较广,其发酵滤液对供试12种靶标真菌均具有较好的抑菌效果,但对靶标细菌有选择性抑制作用。形态学、细胞化学和16S rDNA序列分析鉴定该菌株为淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendularectus)。