一种用于PCR的植物基因组DNA快速制备方法

本文介绍了一种用于PCR的植物基因组DNA的快速制备方法.该方法只需将少量(4～6 mg)植物叶片、适量(200μL)TE缓冲液、和一粒钨合金珠放入1个2 mL离心管,在多功能组织细胞研磨器中振动5 min破碎组织后,直接取1μL DNA溶液作为PCR的模板.本方法具有简单快速、操作效率高、成本低、扩增效果好等优点,特别适合于大量样品的基因型检测.     

一种简单快速的DNA模板制备方法

在以PCR为基础的种子纯度鉴定和分子标记辅助选择育种中，DNA模板的制备常常成为主要的限速步骤，建立一种快速简便的微量DNA模板制备方法有着十分重要的意义。本文介绍了一种以磨碎的水稻组织直接进行PCR扩增的的方法，该方法简单方便，稳定可靠，大大简化了DNA模板制备过程，所制备的DNA模板在-20℃保存1个月后不影响PCR扩增效果。     

应用水稻叶片直接PCR扩增的方法

本研究以新鲜和冷冻的水稻幼苗叶片为材料,探索水稻叶片直接作为模板进行PCR扩增的方法。结果表明,与对照SDS法提取的DNA相比,应用新鲜或冷冻的1~2 mm2水稻叶片直接作为模板在缓冲液为10 mmol/L KCl,2.5 mmol/L Mg Cl2,25 mmol/L(NH4)2SO4,40 mmol/L Tris-HCl(p H 9.0),0.8%PCR增强剂的反应体系中扩增,PCR扩增效果无明显差异;研究结果表明,该方法省去DNA体外提取过程,节约成本,操作简便,可以直接利用水稻叶片作为DNA模板进行PCR扩增。     

以PCR为目的的大豆叶片DNA提取方法的比较研究

模板DNA的质量直接影响PCR扩增的结果,而不同提取方法及其缓冲液的成份与浓度对提取DNA的质量有重要影响。本文以5个栽培大豆品种的叶片为材料,比较分析了SDS与CTAB两种提取方法以及不同浓度CTAB提取缓冲液对所提取的DNA质量的影响,并通过PCR进行检验。实验结果表明：用1％(W/V)、2％(W/V)浓度的CTAB提取缓冲液和1．25％(WV)SDS提取缓冲液所提取的大豆叶片DNA的质量较好,均能满足PCR扩增模板的需求,其中以1．25％(W／V)SDS提取得到的大豆叶片DNA质量最好,以其为模板扩增的效果最佳,而4％浓度的CTAB不适宜提取大豆叶片DNA。     

从水稻单粒糙米中快速制备基因组DNA的方法

本方法用粳稻和籼稻单粒糙米作材料制备基因组DNA,在制备过程中,加入2%CTAB破裂液直接磨碎,无需加入液氮研磨,获得浓度接近40 ng/μL,可直接用于PCR扩增的基因组DNA.与从嫩叶中提取的DNA相比,其质量无明显的差异.     

香蕉RAPD反应体系的建立

利用改良的CTAB方法从香蕉叶片中提取高质量的DNA。在参考一般RAPD分析反应程序的基础上,经过反复试验,确定适合香蕉PCR扩增程序为：94℃预变性 5min;94℃变性 1min;38℃退火 1min;72℃延伸 2min;变性ó延伸,循环45次;最后72℃延伸 2min。PCR扩增的体系（总体积25μL）为：模板DNA 20ng,dNTP 200μmol/L,10×PCR Buffer2.5μL,引物0.20μmol/L,Taq酶0.75U,ddH2O17.85μL。     

基于SRAP分析的盘龙参DNA提取

以盘龙参为材料,采用CTAB法提取基因组DNA,探讨SRAP-PCR反应体系中模板DNA浓度对扩增的影响。结果表明:该CTAB法提取基因组DNA的OD260/OD280为1.81,浓度为4.35μg/μL。该CTAB法提取的基因组DNA纯度好,片段完整,无降解;在20μL反应体系中,模板DNA浓度为3.0 ng/μL时,重复性和稳定性较好,适于SRAP-PCR技术。     

龙眼ISSR反应体系的建立和优化

对影响龙眼ISSR－PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合龙眼的ISSR反应体系：PCR反应体积为20μl,其中模板DNA 25ng,引物0.2μmol/L,dNTP 100μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,MgCl2 2.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.0μl;扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,退火温度1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸7min     

高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法

制备大量生物样品的模板DNA用于PCR检测是费时费人工的工作。本文介绍一种高通量的植物基因组DNA (gDNA)快速制备及其用于PCR基因型检测的操作方法。将一小段单子叶植物苗叶片(长度约30 mm或40 mm,与96方孔板的孔深大致相同) 或一小块(约2~4 mg)双子叶植物叶片放入96方孔板的各孔中、放入一粒钨合金珠和150 µL制备缓冲液,盖好硅橡胶盖,在涡旋器振动3~5 min破碎组织。用96针复制器(或多通道移液器)转移每样品约0.5~1.0 µL此粗制gDNA溶液(含有2~3 ng gDNA µL^-1)到96孔PCR板的反应液中,适合用各种类型的PCR标记(如简单序列重复SSR,插入缺失InDel等)进行基因型检测,或较大的DNA片段(>1 kb)的扩增,可以得到良好的效果。本方法的关键是控制合适的破碎叶片量与制备溶液量比例(约2~5 mg, 但不超过10 mg 150 µL^-1溶液),以及不要加入过多量的gDNA (不超过PCR反应液量的1/10),以免带入过量的杂质抑制PCR。因此,这种从种植材料,制备gDNA, 转移样品gDNA,到PCR都是96格式化操作的高通量、低成本方法适合于大量植物样品的规模化的基因型检测。     

应用正交设计建立芍药的SRAP反应体系

为快速建立优化的芍药SRAP扩增反应体系,应用L25(56)正交表,研究了Taq、Mg2+、随机引物、dNTPs和DNA模板5种反应组分的浓度变化对SRAP扩增结果的影响,直观分析和稳定性检测结果表明:正交设计可高效建立优化稳定的芍药SRAP反应体系;用该法建立的芍药SRAP-PCR优化反应体系为:25μL反应体系中含10×PCR Buffer(100 mmol/L Tris-HCl pH 8.3,500 mmol/L KCl)2.5μL,MgCl22.5 mmol/L,dNTP各0.25 mmol/L,引物各0.3μmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,DNA模板120 ng。     

苹果不同HRM反应体系分析效果评价

高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析是一种新型的DNA多态性快速筛查技术。本研究以苹果品种"富士"和"舞姿"为试材,用来自苹果基因组的SSR标记CH03d11对不同反应体积、不同DNA浓度以及不同PCR退火程序下的HRM分型效果进行了测试与评估。结果表明:采用5μL反应体积可以获得与10μL或20μL反应体积相同的检测效果。在5μL反应体积中,DNA浓度小到0.25ng/μL时,PCR扩增及随后的HRM分析效果依然良好。另外,研究表明,采用降落PCR扩增模式也能取得良好的HRM多态性检测结果。     

三种水稻基因组DNA快速提取方法的比较

用分子标记辅助选择进行精细定位和遗传改良时,首先就需要大批量提取植物DNA,作为PCR反应的模板。水稻基因组DNA常用的简易提取方法有碱处理法和高温水煮法等,本文改进了常规的CTAB方法,提出另一种简便的高质量DNA提取方法,称“简化法”,并比较了这三种方法提取的DNA在数量、质量上的差异,以及作为PCR模板时扩增效果,确定了在精细定位和遗传改良时“简化法”是一种较优的方法。     

水稻不同组织总DNA对叶绿体标记分析的影响

叶绿体DNA标记是水稻分子生物学分析中的常用方法之一。但是水稻叶绿体DNA的提取过程复杂且耗时,为了简化分析步骤,本试验使用CTAB与SDS方法分别提取栽培水稻籼93-11和粳沈农265的叶、根、种子3种组织总DNA,选择3对叶绿体基因间隔区标记(psbA-trnH、petG-trnP和infA-rpl36)以及2对水稻叶绿体籼粳分类标记(ORF100和ORF29-TrnCGCA)进行PCR扩增。结果显示以它们种子、根为模板的扩增效果与叶片模板的扩增效果相一致,并与预期的结果相符合。最后对60份杂草稻种子总DNA进行叶绿体籼粳分类标记扩增分析,结果表明,杂草稻种子总DNA中扩增出目的片段同样能够进行有效的籼粳分类。这在一定程度上简化了水稻叶绿体标记的分析过程,加快分析速度。     

巴戟天ISSR体系的建立与优化

以巴戟天叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,确立了可用于巴戟天的ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件,即20μl PCR反应体积中含0.2 mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶,0.5μmol/L引物,50 ng模板DNA.PCR扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,53.4℃退火45 s,72℃延伸1 min,45个循环,72℃延伸10 min,4℃保存.应用该ISSR体系对6份巴戟天种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

黄瓜叶片直接PCR扩增方法的建立

为了快速对黄瓜样品进行基于PCR的分子鉴定,本研究以我国华北型黄瓜品种"长春密刺"的幼嫩叶片为材料,通过筛选DNA聚合酶的种类、改变黄瓜叶片取样量以及扩增产物长度等条件,对叶片直接PCR的体系进行了建立和验证。结果表明,普通Taq酶和Hiproof高保真酶对叶片直接PCR扩增的效果较好,与对照CTAB法提取的DNA相比,20μL、200μL和1 000μL枪头的叶片取样量、不同GC含量(25%~65%)和不同扩增长度的DNA模板对PCR扩增效果无明显差异;此体系也可用于黄瓜的茎、花、果实等组织部位上。该试验方法的建立及应用,省去了DNA体外提取过程,有助于提高基于黄瓜PCR基础上的分子检测效率。     

珍稀植物浙江雪胆SCoT-PCR体系的建立及优化

为建立浙江雪胆SCoT-PCR的最佳反应体系,本研究采用正交实验对dNTPs、引物、模板DNA及Taq聚合酶等的浓度进行筛选,并对采自景宁畲族自治县的材料进行验证。结果表明,PCR体系中各因素用量对多态性结果的影响大小依次是引物>dNTPs=Taq酶>模板DNA,最佳反应体系(20μL)为0.7μL dNTPs(10 mmol/L),0.3μL引物(20μmol/L),0.4μL Taq酶(2 U/μL),1.2μL DNA模板(20 ng/μL),2μL 10×缓冲液(含20 mmol/L Mg²⁺),dd H₂O 15.4μL;筛选出11条稳定性好、多态性高和重复性好的引物,同时优化了它们的最佳退火温度;对10份种质资源进行验证,结果表明该体系扩增的结果稳定、扩增条带清晰。浙江雪胆SCoT-PCR体系的建立和优化,为后续开展遗传多样性研究、资源保护和分子育种提供了依据。     

大麻基因组DNA提取及AFLP体系的建立

本研究以大麻嫩叶为材料,以改进的SDS法,提取了高质量的大麻基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增、选择性扩增、银染等试验条件的优化,建立了AFLP反应体系。研究结果表明:在常规的SDS提取液里加入8μL/mLβ-巯基乙醇(V/V)和3%PVP(M/V)能够提取到高质量的适用于AFLP的基因组DNA;选取150ng大麻基因组DNA来进行酶切,EcoRⅠ和MseⅠ各0.5U,在37℃酶切4h,即可完全酶切。最优的选择性扩增体系为20μL反应体系中含有1.0U Taq DNA polymerase、1.0μL25mmol/L Mg2+、0.4μL10mmol/LdNTPs、50ng/μL引物各1.0μL、4.0μL稀释50倍的预扩增产物及2μL10×PCR Buffer;使用该方法,获得了清晰、稳定的图谱并筛选到了18对多态性较好的AFLP引物组合。     

风信子ISSR-PCR体系的优化及引物筛选

以风信子基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中Mg2+浓度、dNTPs、模板DNA及引物浓度、Taq酶的用量5个因素进行研究,建立了风信子ISSR-PCR扩增最佳反应体系,即:20μL反应体系中分别加入2μL10×Buffer、1.4μL Mg2+(25mmol/L)、1.5μL dNTPs(2.5mmol/L)、1.5μL引物(10pmol/μL),0.2μLTaq酶(5U/μL),1.2μL模板(30ng/μL),ddH2O补足体积。并以此体系对110条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。     

一种适于PCR检测病毒诱导基因沉默番茄植株的微量DNA提取方法

【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

直接扩增甜瓜小卫星DNA指纹图谱

以小卫星DNA YNZ22核心序列为引物,甜瓜DNA为模板,在甜瓜上研究了直接扩增小卫星DNA(DAMD)的优化反应体系,结果表明:在20μL的反应体系中,5种主要成分Taq DNA聚合酶、Mg2 、引物、模板DNA和dNTPs的最适浓度分别为1U,2.5 mmol/L,0.5 mmol/L,30 ng,5 mmol/L。在优化的DAMD-PCR反应体系下,利用该引物在28个甜瓜品种上构建了直接扩增小卫星DNA(DAMD)的指纹图谱,分析结果表明,该引物在28个甜瓜品种上共扩增出13位点,其中9位点具有多态性,多态性条带比率为69%,可一次性从28个甜瓜品种中鉴别出其中的21个,鉴别率高达75%。