大白母猪LIF基因多态性及其对繁殖性状的影响

【目的】为揭示白血病抑制因子(leukemia inhibitory factor,LIF)基因变异位点与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了405头大白母猪LIF基因C4950G和C6988T位点的多态性,结合1 716窝母猪繁殖性能记录,分析了单个位点基因型及两位点合并基因型对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪C4950G和C6988T位点分别以等位基因G和T的频率最高,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态,杂合度较高。C4950G位点GG基因型母猪的总产仔数、产活仔数、仔猪初生窝重及21日龄成活数显著高于其余两种基因型(P0.05或P0.01),C6988T位点CT基因型母猪上述4个性状显著高于TT基因型(P0.05)。两个位点对母猪繁殖性能的影响呈现了明显的协同作用,合并基因型为GGCT的母猪,可较其他基因型显著提高总产仔数0.90~1.05头(P0.05或P0.01)、产活仔数0.54~0.88头(P0.05或P0.01)、仔猪21日龄成活数1.02~1.95头(P0.05或P0.01),仔猪初生窝重与21日龄窝重也更大(P0.05或P0.01)。【结论】进一步证实LIF基因与母猪繁殖性状间存在显著关联,但在不同品种(猪群)中,该基因的具体效应可能会有所不同。     

扬州鹅PRL基因内含子2的SNP检测及其与产蛋性状的相关分析

为提高扬州鹅的产蛋性能,采用PCR-SSCP方法检测催乳素基因内含子2上的SNP位点,并分析其与扬州鹅产蛋性状的相关性。结果表明:扬州鹅PRL基因内含子2上存在1个SNP位点,以内含子2的起点开始算起,在第32、33位点上发生了GA碱基的插入/缺失,导致其产生3种基因型。等位基因A、B的频率分别为0.586 3、0.413 7;基因型AA、AB、BB的频率分别为0.461 9、0.248 7、0.289 4。分析表明:这3种基因型的分布不符合哈代温伯格平衡,内含子2的突变位点对扬州鹅的产蛋量和开产日龄都没有显著的基因型效应,但在产蛋量和开产日龄上都有BB型>AA型>AB型的趋势。     

大白母猪繁殖性状的相关及通径分析

通过对大白猪繁殖性状的测定,进行了繁殖性状间的相关及通径分析,结果表明本场的大白母猪的繁殖性状较优,但尚不够整齐,有待进一步选育提纯。     

大白、长白及其杂交母猪FSHβ基因多态性与繁殖性状的相关分析

通过PCR扩增检测FSHβ基因多态性,分析FSHβ各基因型与繁殖性状的相关性,结果表明:大白、长白及长大杂种母猪FSHβ基因座A等位基因频率较低,分别为0.213 3、0.161 5和0.140 5,B等位基因频率较高分别为0.786 7、0.838 5和0.859 5。该位点多态性与初产母猪的产活仔数、初生窝重存在显著差异(P<0.05),与总产仔数和断奶成活数差异不显著(P>0.05);与经产母猪的总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶成活数都差异不显著(P>0.05)。     

巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的SNP检测及其与体尺性状的关联分析

[目的]分析巢湖鸭Ghrelin基因多态性及其与巢湖鸭体尺性状的关系。[方法]以巢湖鸭为试验材料,采用PCR-SSCP分析检测巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性,并将其与巢湖鸭体重、体斜长、胸深、胸宽和龙骨长等体尺性状进行关联分析。[结果]检测到3种基因型AA、BB和AB。巢湖鸭外显子3第54位发生了G→A的突变,该突变位点对巢湖鸭体重、胸深和龙骨长的影响达到极显著水平（P〈0.01）,对体斜长、胸宽和半潜水长的影响达到显著水平（P〈0.05）,对胫长和胫围的影响不显著（P〉0.05）。BB基因型的体重、体斜长、胸深、胸宽、龙骨长和半潜水长显著高于AA型和AB型。[结论]Ghrelin基因多态性与鸭的部分体尺性状存在显著相关性,且对B等位基因进行选择将有利于提高巢湖鸭的体尺指标。     

山东地方鸡种NR3 C2基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

为研究NR3C2基因与鸡繁殖性能的相关性,本试验采用PCR-RFLP方法检测了鸡盐皮质激素受体(NR3C2)基因在汶上芦花鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡3个地方鸡种和1个引进高产蛋鸡品种海兰褐中的多态性,结果在4个群体中检测到NR3C2基因3 714 nt处发生点突变G→A,基因型GG在3个地方鸡种中表现为劣势,而在高产蛋鸡海兰褐中表现为优势基因型,频率为88.84%,优势等位基因G频率为93.93%。该位点各基因型与392只莱芜黑鸡4个繁殖性状的关联分析结果表明3 714位点与43W产蛋量(P=0.0467)、44W产蛋量(P=0.0486)和45W产蛋量(P=0.0499)均表现出显著相关,且GG基因型个体的开产日龄最早,比GA基因型个体平均早1.17 d。因此,GG基因型可以作为地方鸡种繁殖性状的分子标记,在地方鸡种遗传改良过程中加以利用。     

中华鳖IGF2基因SNP标记与生长性状的关联分析

采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具有用作中华鳖生长性状分子标记辅助育种的潜力。     

陆川猪Leptin基因的SNP检测及其与部分生产性状的关联分析

以82头陆川猪为材料,根据猪Leptin基因序列设计一对引物,采用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性(SNP)检测,发现一个SNP位点,并对该位点的3种基因型与陆川猪部分生产性状进行相关性分析。结果表明:CC型个体的断奶重和平均日增重显著高于TT型和CT型(P<0 05)。由此初步推断Leptin基因可能是影响陆川猪生产性状的候选基因之一或与主基因相连锁,可以用该位点对陆川猪生产性状进行标记辅助选择。     

鹅生长激素基因外显子SNP检测及与生长性状的关联分析

根据鸭生长激素(GH)基因序列设计5对引物,利用PCR-SSCP方法和测序技术对狮头鹅、皖西白鹅和籽鹅进行单核苷酸多态性(SNP)分析,检测鹅GH外显子序列单核苷多态位点,寻找与生长相关的遗传标记。结果表明:外显子2和4各有2个位点碱基发生突变,分别产生10种和3种基因型。3个群体在外显子2和4位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而品种间,P2位点狮头鹅与籽鹅基因型频率分布差异极显著,P4位点狮头鹅与皖西白鹅和籽鹅基因型频率分布差异极显著,其余品种间基因型频率分布差异不显著。最小二乘分析显示,各周龄体重在各群体中有极显著差异,仅P4位点具有基因型效应,AA型个体各周龄体重高于其他基因型。结果初步表明GH基因的P4位点可作为鹅生长性状的候选遗传标记。     

猪Leptin基因的SNP筛查及其与生长性状的关联分析

根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析.结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1).     

MTDFREML法估计大白母猪繁殖性状的遗传参数

运用多性状非求导约束最大似然法（multiple traits derivative free restricted maximum likelihood,MTDFREML）,对湖南正虹种猪场和益阳市农科所种猪场（益农种猪场）大门母猪1998—2004年的共7736胎次的繁殖性状育种记录进行遗传参数估计．2个猪场繁殖母猪的总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）、初生窝重（LWB）和21日龄窝重（LW21）的遗传力分别为0．23,0．18,0．21,0．27,母体遗传效应占表型方差百分率为0．09—0．15,窝效应占表型方差百分率为0．08-0．38．繁殖性状间遗传相关为0．37—0．78．永久环境相关为0．80—0．93。表型相关为0．32～0．88．     

大白猪IGFBP3基因G3695A位点多态性及其与生长性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对369头大白猪胰岛素样生长因子结合蛋白3(insulin-like growth factor binding protein-3,IGFBP3)基因G3695A位点的多态性进行检测,并分析了不同基因型与4个生长性状的关联。结果显示:大白猪IGFBP3基因G3695A位点的杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.488 5和0.396 2,GA基因型和A等位基因的频率最高;GG基因型达30 kg,100 kg体重日龄显著短于AA和GA基因型(P0.01);30~100 kg日增重最大(P0.01);GA基因型100 kg体重背膘最薄,显著低于其他两种基因型(P0.01)。IGFBP3基因G3695A位点与大白猪的生长速度和背膘厚存在显著关联,具有一定的实际应用价值。     

猪MMP20基因变异筛选及其与母猪繁殖性状的关联分析

试验鉴定获得了猪MMP20基因第3内含子中的2个突变位点g.14334bpC>G和g.14369bpC>T,采用PCR产物直接测序法在大白猪群体中进行基因分型,并对母猪性状进行关联分析,结果发现这两个突变完全连锁,所组成的单倍型显著影响产仔数、产活仔数、21日龄活仔数、出生窝重和出生个体重性状(P<0.05)。GG/CC基因型个体产仔数最低,其次是GC/CT基因型个体,而CC/TT基因型个体产仔数最高。     

瑶山鸡TRHR基因编码区序列SNP检测及其与繁殖性状的相关性

为探明促甲状腺激素释放激素受体基因TRHR(thyrotropin-releasing hormone receptor,TRHR)与瑶山鸡繁殖性状的关联性,以找出可作为瑶山鸡繁殖性状选育的重要标记,采用PCR产物测序法对促甲状腺激素释放激素基因TRH(thyrotropin-releasing hormone,TRH)编码区进行序列变异检测,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明,在瑶山鸡群中,TRHR基因检测到5个编码区变异位点和1个内含子变异位点,5个编码区变异位点均能引起蛋白质相应氨基酸发生同义突变;统计分析表明,6个位点与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、首次就巢持续时间和就巢次数等性状均没有显著关联性;初步说明,该基因不能作为瑶山鸡繁殖性状选育的候选基因开展辅助选育,但可以作为鸡生长性状的候选基因开展进一步研究。     

鸭催乳素基因内含子1 SNP分析

利用PCR-RFLP方法和DNA测序技术检测了江淮流域的高邮鸭、巢湖鸭、淮南麻鸭、荆江麻鸭和沔阳麻鸭5个鸭品种PRL基因第1内含子多态.结果表明:内含子1在1 326 bp处发生了T→C的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型.A等位基因的频率分别为0.285 7、0.287 9、0.228 6、0.166 7、0.283 3;B等位基因在江淮流域的5个鸭品种当中具有绝对优势;5个家鸭品种的多态性良好且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

猪DKK2基因的多态性与母猪产仔数性状的关联分析

母猪的繁殖性状是猪重要经济性状之一,但由于其遗传力低,导致母猪繁殖性状常规选择进展缓慢。通过SANGER测序的方法检测DKK2基因内SNP位点,并与产仔数性状进行关联分析。结果表明,在DKK2基因第二内含子存在一个新SNP位点,根据SNP命名方法将其命名为8:g.114967878A>G,且该SNP位点与产活仔数性状显著相关。猪DKK2基因的新SNP位点8:g.114967878A>G对猪的产活仔数性状存在潜在的调控作用。     

猪MRLC2基因内含子遗传多态性与胴体及肉质性状的关联分析

克隆了大白、长白和梅山猪肌球蛋白轻链调控蛋白2基因(MRLC2)内含子2序列,经比对发现,在内含子2中18个碱基突变和8个碱基缺失,其中179bp处的C/T突变引起Hin6I酶切位点的改变,运用PCR-Hin6I-RFLP对179头大白×梅山F2代猪进行家系关联分析,结果表明该酶切位点与屠宰率呈极显著相关,表现为加性效应,CC基因型个体比CT基因型、TT基因型个体有更高的屠宰率;与大理石纹评分呈显著相关,CC基因型个体评分比CT基因型、TT基因型个体高。     

藏鸡和隐性白羽鸡GH基因的SNP检测及其与生长性状间的关联分析

 利用改良等位基因特异性PCR（Modified Allele Specific PCR, M-ASP）结合PCR-RFLP以及直接测序方法对藏鸡和隐性白羽鸡生长激素（Growth Hormone, GH）基因内含子4 （Intron4）的一个位点进行了SNP检测，并进行了该基因与藏鸡生长性状的关联分析。检测结果显示，GH基因Intron4的这个位点同时具有M-ASP和SacI-RFLP多态。测序结果表明，该位点发生了C→G的碱基突变，产生了CC、CG和GG三种基因型。两个等位基因和三种基因型在两鸡种中的分布基本一致。其中，基因型CC和等位基因C的频率最高。χ2检验结果表明，基因型频率或者等位基因频率在两鸡种之间没有显著差异（P＞0.05），而分别在两鸡种内部却存在显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）差异。方差分析结果表明，基因型与藏鸡的2周龄体重等12个生长性状有显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）关联；基因型CC与藏鸡的7周龄体重存在显著关联（P＜0.05）。这暗示了GH基因是影响藏鸡生长的主效基因或者它与主效基因相关，而该位点的碱基突变可以作为筛选藏鸡高的7周龄体重的分子标记。     

宁都黄鸡 GH 基因 SNP 与鸡冠性状的关联分析

【目的】研究宁都黄鸡 GH 基因（Growth hormone,GH）5''- 侧翼和内含子 1 区域单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）与鸡冠性状的关联性,以期筛选地方鸡种鸡冠性状的早期选育分子标记。【方法】以 499 只宁都黄鸡公鸡为研究对象,测定 7 个不同周龄的冠高、冠长、冠厚、肉垂长、肉垂厚以及冠齿数指标,利用 SAS（Statistical analysis system）分析 GH 基因部分序列 SNP 与鸡冠性状的关联性。【结果】 有 13 个 SNP 与 冠 高 性 状 指 标 显 著 关 联（P < 0.05）, 即 C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中 A1270769G 与 7 个周龄冠高指标均显著关联;G1272611A 与 5 个周龄冠高指标显著关联;有 10 个 SNP 与冠长性状显著关联（P < 0.05）,即 C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中 C1271211T 与 6 个周龄冠长指标显著关联,G1272611A 与 5 个周龄冠长指标显著关联。G1272611A 位点与 5 个连续周龄冠长或冠高性状指标均显著关联,该位点在该群体中对应 GG 和 GA 2 种基因型,GG 基因型个体的 5 个连续周龄冠高或冠长均显著高于 GA 基因型个体。【结论】G1272611A 位点可作为宁都黄鸡冠高和冠长性状选育重要候选分子标记。     

荆江麻鸭PRL基因内含子1的SNPs检测及其与体尺性状的关联研究

[目的]研究荆江麻鸭PRL基因内含子1序列多态性及其对体尺性状的影响。[方法]以96只荆江麻鸭为材料,采用PCR-RFLP方法对PRL基因内含子1序列多态性进行检测,并分析基因多态性与其体尺性状间的关系。[结果]荆江麻鸭PRL基因内含子1具有序列多态性,DraⅠ酶切产生AB和BB 2种基因型,其中BB基因型为优势基因型（91.67%）;卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态（P〉0.05）;最小二乘分析结果表明,AB基因型个体骨盆宽极显著大于BB基因型个体（P〈0.01）,BB基因型个体胸围显著高于AB基因型个体（P〈0.05）。[结论]初步推断,PRL基因可作为影响荆江麻鸭部分体尺性状的候选基因（标记）,选择不同的等位基因可改善不同的体尺性状。