四川部分地区新生仔猪病毒性腹泻的病原学诊断

根据参考文献合成5对针对猪传染性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因、猪轮状病毒(PRV)VP4基因、博卡病毒(PBoV)VP1/VP2基因、猪库布病毒(PKoV)3D基因,可分别特异扩增出大小为467 bp、1 062 bp、750bp、496bp和323 bp的DNA片段的特异性引物,对四川部分地区2011年10月至2012年5月新生仔猪腹泻病例样本进行RT-PCR、PCR检测和透射电镜观察。检测结果显示,SC1、SC2猪场的病例样本均扩增出PKoV 3D基因特异性DNA片段,均未扩增出TGEV、PRV、PBoV的特异性DNA片段,仅SC1猪场有1份样本扩增出PEDV M基因的特异性DNA片段。测序结果表明,扩增出的PKoV 3D基因特异性DNA片段大小为323 bp,与GenBank登录序列同源性均在95%以上;扩增出的PEDV M基因特异性DNA片段大小为467 bp,与GenBank登录序列同源性均在98%以上。透射电镜观察结果显示,两个猪场样本均可见有直径大小为25、30 nm的球形病毒颗粒。结果显示,此次四川部分地区猪场发生的病毒性腹泻病例均存在PKoV感染,说明PKoV与此次疫情有紧密联系。     

猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪博卡病毒多重PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因序列、猪流行性腹泻病毒(PEDV)M基因和猪博卡病毒(PBoV)NP1基因序列,设计合成3对引物。通过优化反应条件,对TGEV、PEDV RNA反转录获得的cDNA模板和PBoV的DNA模板进行多重PCR扩增,同时得到3条与试验设计相符的1 060bp(TGEV)、462bp(PEDV)及258bp(PBoV)特异性条带,建立了同时检测TGEV、PEDV和PBoV的多重PCR方法。结果表明,在同一PCR反应体系中,可以同时检测这3种病毒核酸片段,而对其他病毒的检测均为阴性;敏感性分析表明,该方法的最低检测限分别为35、20、10pg的核酸。采用该方法对60份临床样品进行检测,TEGV阳性率为1.6%,PEDV阳性率为6.7%,PBoV阳性率为21.7%,表明建立的方法可以应用于临床检测。     

猪传染性胃肠炎病毒南京株纤突S蛋白基因的克隆与序列分析

参考 Genbank收录的 TGEV- Miller株的基因序列 ,自行设计合成 1对引物 (TGEVP5 /P6 ) ,对不同代次的 TGEV疫苗弱毒 STC3及种毒 、种毒 进行了 RT- PCR扩增 ,产物经琼脂糖凝胶电泳分析 ,均出现 1条大约 12 6 2 bp的目的条带 ,经 Eco R 酶切 ,都产生了 871bp和391bp左右的两个片段 ,与预期大小相符。将种毒 RT- PCR扩增目的条带回收纯化后克隆入PMD18- T载体中 ,转化宿主菌 DH5 α,挑选阳性克隆 (命名为 PTs) ,提取重组质粒 ,用 Hpa 、Eco R 对重组质粒进行酶切鉴定以及 PCR扩增 ,然后进行序列测定 ,并进行了序列分析 ,证实与国外标准毒株 Miller、Fs772 / 70、Purdue、TO14等有较高的同源性     

猪流行性腹泻传染性胃肠炎和轮状病毒RT-PCR鉴别诊断技术研究

分别设计了三对引物对猪流行性腹泻病毒（PEDV），猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪轮状病毒（RV）的RNA进行RT-PCR，结果其扩增产物的目的条带分别为：199bp、886bp、342bp，证明对引起猪病毒性腹泻的最主要的三种病毒用RT-PCR方法，可在3小时内作出快速鉴别诊断。病毒间无交叉反应。     

猪伪狂犬病病毒、轮状病毒、传染性胃肠炎病毒和流行性腹泻病毒多重PCR的构建及应用

本试验的目的在于建立可同时检测猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪轮状病毒(RV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的多重PCR检测方法。试验设计并合成了4对特异性引物,对样品中的PRV,RV,TGEV和PEDV进行了多重PCR扩增。结果显示,该方法可同时扩增出PRV(497 bp),RV(1 356 bp),TGEV(238 bp)和PEDV (610 bp)的特异性目的片段,而对PPV,PCV,PRRSV和HCV的PCR扩增结果均为阴性。利用建立的多重PCR检测方法和单项PCR对60份临床病料进行检测。结果显示,两者的总符合率为95.0%。表明建立的多重PCR检测方法具有特异、快速、准确的特点,可用于上述4种病毒的早期鉴别诊断及大规模的流行病学调查。     

猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒双重RT-PCR鉴别方法的建立

根据GenBank发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)Purdue P115株的基因序列,针对其基因保守区,设计1条共用的下游引物和2条各自病毒的上游引物,可特异扩增出大小分别为213 bp和546 bp目的条带。经过对TaqDNA聚合酶和Mg2+浓度、退火温度(Tm)等PCR反应条件的优化,最终确定该双重RT-PCR的最佳条件为TaqDNA聚合酶浓度为0.03 U/μL,Mg2+浓度为0.05 mmol/L,dNTP浓度为200μmol/L,Tm为51℃。特异性和敏感性检测结果显示,所建立的检测方法具有很好的特异性以及较高的敏感性。     

2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。     

多重RT-PCR检测猪口蹄疫病毒、猪水泡病病毒和猪水疱性口炎病毒的研究

建立了一种同时检测猪口蹄疫病毒(FMDV)、猪水泡病病毒(SVDV)和猪水疱性口炎病毒(VSV)三种病原体的多重RT-PCR方法。参照文献报道的基因序列,设计合成了三对特异性引物;PCR扩增条件进行优化后,用这三对引物对同一样品中的FMDV、SVDV、VSVRNA模板进行扩增,结果同时得到了三条特异性条带,大小与试验设计相符:FMDV(208bp)、SVDV(862bp)、VSV(638bp),且对猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)核酸扩增结果为阴性;三种病毒RNA模板检出的最小量均为10fg。试验证明,此方法经济、快速、敏感、特异,可用于FMDV、SVDV和VSV这三种猪水泡性疾病的鉴别诊断及流行病学调查。     

多重RT-PCR检测猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒

为了检测、区分猪传染性胃肠炎(TGE)和猪流行性腹泻(PED)，建立了同时检测这2种疾病痛原体的多重PCR方法。参考GenBank登录的TGEV和PEDV纤突蛋白S基因序列，经DNAsis 2．0比较分析。分别筛选出TGEV、PEDVS基因相对保守区。以TGEV TH-98株(GenBank登陆号为AF494337)和PEDV CV777株(GenBank登陆号为NC003436)为参考模板，利用软件Primer3设计合成了2对寡核苷酸引物，以ST细胞培养的TGEV和PEDV毒株核酸为模板。利用所设计的2对引物进行多重RT-PCR扩增，结果同时得到与试验设计相符的499bp(TGEV)和199bp(PEDV)的扩增条带。而对其他3种猪病原的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果表明。建立的多重RT-PCR方法可检测出10pgTGEV RNA和100pg PEDV RNA。     

猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒二联RT-PCR检测方法的建立

为了研究出一种快速、敏感、特异的诊断猪传染性胃肠炎和猪流行腹泻的方法,试验参照国内外已发表的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因序列及其相关的RT-PCR检测方法,根据猪传染性胃肠炎病毒S蛋白基因和猪流行性腹泻病毒s蛋白基因各设计1套特异性通用引物,扩增目的带分别为426 bp和584 bp.结果表明:建立的猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒二联RT-PCR检测方法具有快速、敏感、特异等优点,可为猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒的检测、流行病学调查及疫苗使用等奠定基础.     

PCV3和PCV2双重PCR鉴别诊断方法的建立及应用

本研究根据GenBank中报道的PCV2和PCV3毒株全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了一种多重PCR鉴别诊断方法,两种病毒的预期扩增片段分别大小分别为1 007 bp和505 bp。通过对扩增条件的优化,获得最佳的反应体系为25μL体系,最佳退火温度为56℃。该鉴别方法可以同时扩增PCV3和PCV2的特异性片段,而猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、轮状病毒(RV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪德尔塔冠状病毒的基因组及阴性对照均未扩增出任何条带。该方法对PCV3和PCV2的最低检出量均为10 ng/μL。对采自湖北省内规模化猪场的260份淋巴结样品检测。结果显示,PCV3阳性率为16.9%(44/260),PCV2阳性率为46.5%(121/260),PCV3和PCV2混合感染率为4.6%(12/260),双重PCR检测与测序分析的符合率为100%。结果表明,本研究建立了一种简便、灵敏、稳定可靠且特异性强的双重PCR鉴别诊断方法,可为临床样品中PCV3和PCV2的快速鉴别诊断及流行病学研究提供技术支持。     

猪流行性腹泻病毒野毒株/疫苗株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

开放阅读框3(Open reading frame 3,ORF3)是猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因组中的惟一辅助基因。前期研究表明,PEDV疫苗株的ORF3在245²93位缺失49个核苷酸。在ORF3缺失区域两端设计合成引物建立反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)可以对PEDV野毒株和疫苗株进行鉴别诊断,野毒株扩增产物为319 bp,疫苗株扩增产物为270 bp。用该鉴别诊断方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖和呼吸综合征病毒的cDNA进行扩增均无特异性条带,说明该方法特异性强。现地病料的检测结果表明,该鉴别诊断方法能够区分PEDV野毒和疫苗株,而且可以排除其他病毒的影响,有助于减少免疫猪被淘汰的可能,降低经济损失。     

PEDV经典毒株与变异毒株套式RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

我国当前猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株与经典毒株相比,在S基因上存在多处变异,其中在58aa处有4个氨基酸QGVN的插入。为快速鉴别经典毒株与变异毒株,本试验根据Gen Bank中当前流行毒株S基因序列设计合成2对特异性扩增引物,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立一套区分PEDV变异毒株与经典毒株的套式RT-PCR检测方法,并完成特异性、敏感性试验及对临床送检样品检测试验。结果表明:该套式PCR检测方法可以分别鉴定PEDV经典毒株和变异毒株,PEDV经典毒株仅在PCR外套产物有749 bp的条带,内套产物没有条带;而PEDV变异毒株在PCR外套产物中有760 bp的条带,而在内套产物中出现510 bp的条带。该检测方法特异性强、灵敏度高、操作简单,为猪流行性腹泻的快速诊断提供了一种较为方便的技术手段。     

检测猪流行性腹泻病毒的R-PCR方法的建立

根据猪流行性腹泻病毒 (PEDV)的N基因自行设计和合成了一对可扩增长度为 641bp目的片段的引物 ,成功地建立了检测的猪流行性腹泻病毒的RT PCR方法。对猪轮状病毒 (PRV)、猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)的RT PCR检测结果均呈阴性。对PEDV JS株的RT PCR产物的序列分析表明 ,与CV777株的同源性为 97 3 %。     

一株猪细小病毒的分离与鉴定

取疑似猪细小病毒(PPV)流产胎儿组织病料,处理后接种PK-15传代细胞,2~4 d后出现了明显的细胞病变;荧光抗体试验结果显示,PPV呈现阳性;以猪细小病毒VP2基因的1对特异性引物,从PPV疫苗、流产胎儿病料及感染细胞培养物中PCR扩增出158 bp的DNA条带;扩增产物经EcoRⅠ酶切分析,得到了预期的条带(123 bp和35 bp),从而证实PCR方法的特异性;敏感性试验结果显示,PCR的最小检出量为300 pg。研究结果表明,2006年9月发生在贵州省某种猪场的疫情确由猪细小病毒感染所致。     

猪源牛病毒性腹泻病毒的流行初探

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)代表株NADL的NS5B基因序列,设计合成2对引物进行套式PCR,检测从浙江、安徽、湖南、江西、广西、辽宁等地采集的43份猪病料中BVDV的流行情况,结果有7份病料可以扩增出360bp的特异性条带,阳性率为16.3%。为追踪BVDV在猪体中的流行来源,我们又对细胞培养用国产及进口犊牛血清进行了检测,结果也能扩增到目的条带。对这些病料和血清中扩增出的目的条带进行克隆、测序,并用DNASTAR软件分析,结果表明这些目的片段均为BVDV序列,这些不同BVDV序列可以分为两个亚群,ZJ133、HN386、LN247、NCS-J属于BVDV-Ⅰa亚型,ZJ114、AH138、JX60、GX96、NCS-G、DZ属于BVDV-Ⅰb亚型。这些毒株与BVDVI型间的同源性为80.3%-98.6%,与BVDV-Ⅱ型的同源性为72.2%-74.4%。本文研究结果说明我国猪群中BVDV感染情况已经比较严重,应该予以重视。     

三个蜂种的RAPD标记比较分析

利用4个蜜蜂RAPD标记对高加索蜂、卡尼鄂拉蜂和平湖意蜂进行了研究.其中W23(5'-GTACCGCCCG-3')和p8(5′-CCCACCCTTG-3')两条引物扩增出的条带多态性很明显.在W23引物扩增条带中,350bp、580bp和1060bp三个条带为平湖意蜂所特有,550bp条带为卡尼鄂拉蜂所特有.在P8引物扩增条带中,364bp和1256bp,尤其是364bp条带仅出现在卡尼鄂拉蜂和高加索蜂,并且比率很高,可以作为蜂蜜高产的特异性条带.而784bp和1200bp分别是卡尼鄂拉蜂和高加索蜂的特异性条带.     

CSFV、PRRSV和PCV2多重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立同时检测猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的多重PCR,参照GenBank中发表的3种病毒的基因序列,针对猪瘟病毒的E2、猪繁殖与呼吸综合征病毒的ORF7和猪圆环病毒2型的ORF2等基因,分别设计出3对特异引物,通过优化反应条件,建立了同时检测3种病毒的多重PCR,该PCR可同时扩增出204 bp(猪瘟病毒)、314 bp(猪繁殖与呼吸综合征病毒)和485 bp(猪圆环病毒2型)的目的条带,猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒和猪流行性腹泻病毒的扩增结果为阴性。选取96份疑似有繁殖障碍病的母猪,采集病猪血清样品进行检测,其中感染2种以上病毒的样品比例为34.3%(33/96)。结果表明,多重PCR与单一PCR的符合率为100%,该方法可用于猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型等病毒的临床快速检测与流行病学调查。     

应用多重RT-PCR方法检测158例猪粪样中的两种冠状病毒

根据GenBank上发表的猪流行性腹泻（PEDV）和猪传染性胃肠炎（TGEV）基因序列，针对其PEDVM（膜蛋白）基因保守区及TGEV的S基因（纤突蛋白基因）5’端保守区，各设计一对引物，可特异扩增出目的条带大小分别为467bp和1062bp。用上述两对引物对同一样品中的PEDV和TGEV可进行鉴别检测，对猪的其它病毒和细菌的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明：该双重PCR方法能检出PEDV1pg、TGEV0．1pg的模板。同时采用建立的多重RT-PCR及韩国引进的PEDV和TGEV病毒抗原快速诊断试剂盒检测结果显示：此多重RT-PCR方法特异性强，且较快速试剂盒更加敏感。应用多重RT-PCR对158份临床猪粪样的检测结果表明：我国很多猪场普遍存在TGEV和PEDV，尤其以PEDV污染更为严重，感染率达53．2％，但双重感染率较低，仅为4，4％。     

湖南省部分地区养猪场PEDV的检测及S1基因序列变异分析

为了解2020—2021年湖南省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,试验从10个暴发仔猪腹泻的猪场采集40份样品进行PEDV核酸检测,统计阳性率,并对部分阳性样品的S1基因进行扩增、测序,并进行序列同源性分析和遗传进化分析。结果表明：场阳性率为60.0%,40份组织样品中有21份为PEDV阳性,阳性率为52.5%;6个阳性猪场随机挑选的6份样品PEDV毒株S1基因扩增得到大小均为1 700 bp左右的目的条带,其核苷酸和对应推导的氨基酸序列相似性分别为97.2%～99.8%和95.4%～99.5%,与国内外流行的PEDV变异株(G2型)对应核苷酸序列相似性分别为96.8%～99.2%和95.0%～98.7%;与PEDV疫苗株(CV777株,G1型)对应核苷酸序列相似性分别为91.2%～92.3%和88.9%～90.8%。进一步遗传进化分析结果发现,获得的6个PEDV毒株均属于G2亚群,与我国流行的PEDV变异株所属分支相隔很近。说明PEDV是导致湖南省部分地区仔猪腹泻的常见病原,且均为PEDV变异株。