番茄LE-ACC2合酶基因5'端前导序列分离方法的研究

通过PC/Gene软件对Rottmann等人发表的番茄LE-ACC2合酶的5'端2.0Kb的前导序列作分析,设计了4对特异引物,以番茄果实、叶片的总DNA为模板,采用特异PCR扩增技术获星了2.0,1.87,1.58,1.28Kb4个特异片段,用T-Vector技术构建了1个克隆(2.0Kb)、3个亚克隆（1.87,1.58,1.28Kb）,对4个克隆产物进行了DNA序列测定,借助PC/Gene软件对所获得的各克隆序列进行综合处理与分析,获得了番茄LE-ACC25'端前导序列的同源率为99.9%,但第-979位的C和第-1076位的T分别为T和C所替代。对利用PCR技术分离大片段DNA的各环节作了较详细的研究。     

利用mRNA差别显示技术分离橡胶树死皮病相关cDNA

从中国热带农业科学院橡胶树早期预测试验地采集不同品系的橡胶树胶乳和树皮组织，分别提取纯化mRNA 合成cDNA第一链。通过4个简并锚定引物和10个随机引物进行PCR扩增，经6％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后发现了至少4个差异DNA片段只在健康树中表达而在死皮树中没有出现，这4个差异DNA片段分别命名为Hb1(725bp),Hb2,Hb3,Hb4。对Hb1进行了分离，纯化，经Northern杂交证实，Hb1在健康树胶乳中表达活跃，而在死皮树胶乳中表达受到强烈抑制，表明Hb1是与死皮病相关的cDNA片段，进一步将Hb1片段进行回收和克隆，并进行DNA序列分析，序列在GenBank中进行BLAST分析未发现相关同源片段，死皮病相关cDNA片段的获得，将分离全长死皮病相关基因，搞清该基因表达调控的机理提供条件，进而为从分子水平上阐明死皮病的致病机理打下了基础。     

臂形草内生真菌菌株HND5的分离、抗性评价及其初步鉴定

对我国主要臂形草(Brachiaria sp.)种质内生菌进行了活体检测、内生菌分离纯化、抗性评价及其初步鉴定。利用改良的苯胺蓝染色法对臂形草内生菌活体检测结果发现,内生真菌广泛存在于供试的9个臂形草品种中;通过组织块培养法从供试材料叶片中分离获得内生真菌菌株HND5;体外抗性分析实验结果表明,HND5菌株对多种重要病原真菌具有明显的抑菌活性和较强的耐盐碱性;经初步鉴定,该菌株属于半知菌类(FungiImperfecti)从梗孢目(Moniliales)从梗孢科(Monillaceae)枝顶孢属(Acremonium)真菌。     

小麦AFLP片段序列多态性分析和AFLP-SCAR标记的研究

为了解相同长度的AFLP片段中DNA序列的多态性,对70条小麦AFLP片段进行回收、克隆以及测序分析,比较了不同品种间相同长度的AFLP片段、一条AFLP片段的不同单克隆以及品种间非多态性AFLP片段的DNA序列.对70个片段构成的98对同长片段进行DNA序列比对,结果表明:(1)只有3对片段的序列100%相同,其他95对片段之间DNA序列差异为1%～70%;(2)不同小麦品种间同长的AFLP片段中普遍存在DNA序列完全不同、部分不同和具有SNP的现象;(3)一条回收的AFLP带纹的不同单克隆之间也存在DNA序列完全不同、部分不同和具有SNP的现象;(4)品种间有些非多态性AFLP片段的DNA序列也存在多态性.揭示了小麦三套基因组间AFLP等位基因的多态性,以及不同AFLP位点同长片段的DNA序列多态性,对AFLP标记的使用提出了一些不同看法,并提出了利用AFLP片段的序列多态性设计SCAR引物的方法.     

应用ISSR标记分析12份臂形草种质的遗传差异

选用17条ISSR引物分析12份臂形草种质遗传差异,结果表明:臂形草种质问的多态性高,17条引物产生了286条DNA片段,其中280条具有多态性,多态性比率高达97.90%;每个引物可扩增出6～23条DNA片段,平均16.8条,种质问遗传相似系数变化范围为0.486～0.968,平均值为0.681;通过聚类分析可将12份臂形草种质分为两类:一类为巴拉草和湿生臂形草,其余品种则聚为另一类.     

受GA_3诱导的一个水稻伸长相关基因的初步鉴定

采用 m RNA差异显示技术对受 GA3诱导的水稻伸长相关基因进行了分离和鉴定。经 10 0个引物组合差异显示 ,在获得 2 1个受 GA3诱导表达的 c DNA片段的基础上 ,对其中的 GA15 b片段克隆进行了序列测定。其序列经国际联网BLAST查询表明 GA15 b为伸展蛋白类似蛋白的候选基因片段。定量 PCR进一步确证 GA15 b受 GA3所诱导。Southern杂交表明 GA15 b以多拷贝形式存在     

大豆种子Em基因(LEA 1)启动子的克隆与序列分析

根据已公布的大豆种子Em基因(LEA1)的5'末端序列设计二个基因特异反向引物(EmS1,EmS2).以大豆基因组DNA为模版,利用染色体步行(Chromosome Walking)法,获得了Em基因起始密码子上游836bp的特异DNA片段.进行序列测定和生物信息学分析.结果表明,这段DNA序列为一尚未在基因数据库登录的DNA片段.该序列含有启动子的基本元件TATA-box和CAAT-box,因此可能具有启动子活性.含有1个DRE1和2个ABRE,该启动子可能受到ABA和干旱等条件的诱导.含有1个AG-motif和1个ELRE-motif,该启动子可能参与创伤和诱导子等胁迫因素的应答.含有2个RY-repeat和1个TGTCACA-Motif,该启动子片段可能具有种子特异性.结果表明,所克隆到的片段可能为基因Em的诱导型启动子,并且很可能是种子特异性启动子.     

小麦AFLP_SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP（Amplification fragment length polymorphism）片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部Grain-Genes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列。利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）引物。115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性（Single nucleotide polymorphism）。     

AFLP-SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP(Amplification fragment length polymorphism)片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部GrainGenes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列.利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)引物.115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性(Single nucleotide polymorphism).     

簇毛麦基因组特异DNA序列标记的建立和应用

为建立簇毛麦基因组特异DNA序列的分子标记,以普通小麦中国春、绵阳11、川农17和R111以及多年生簇毛麦、硬粒小麦一多年生簇毛麦双二倍体TDB-3为材料,用120条随机引物进行RAPD分析,筛选出一个多年生簇毛麦的特异性RAPD片段。克隆测序表明该片段全长为937bp（记为OPM2 937）。以OPM2 937的DNA序列为基础设计了一对特异引物,并用该特异引物对多年生簇毛麦、二倍体簇毛麦以及中国春-二倍体簇毛麦附加系CSDA1V～CSDA7V与小麦-多年生簇毛麦衍生后代进行了扩增,结果表明,凡具有簇毛麦染色体的材料均可扩增出目标DNA片段,而不具簇毛麦染色体的材料均未能得到扩增。将OPM29 937在NCBI中进行序列比对,发现它是一个新的序列,说明OPM2 937为簇毛麦基因组的一个特异序列,该DNA序列标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。     

旗草内生真菌的遗传多样性分析

从形态学水平和DNA水平上对11个旗草内生真菌交织顶孢霉Acremonium implicatum分离物的遗传多样性进行研究。结果表明,分离物在形态学和DNA水平上都表现出遗传多样性。在PDA培养基上,依据生长特性将这11个分离物划分为9类。通过11个随机引物对旗草内生真菌分离物基因组DNA进行RAPD分析,当相似系数为0．93时,11个旗草内生真菌分离物被聚类为7组。用4对选择性引物进行AFLP分析,当相似系数为0．95时,这些分离物也被聚类为7组。RAPD聚类结果与AFLP聚类结果的相关系数大于0．98。RAPD和AFLP聚类结果与形态学上的分类基本一致。旗草内生真菌分离物遗传多样性的存在,说明在A．implicatum的自然株系中有可能筛选出有利于旗草生长,但却不产生家畜毒性物质的优良菌株,从而加速旗草的抗性育种和高产育种。     

抗苯并咪唑类杀菌剂的香蕉潜伏炭疽菌β—微管蛋白DNA测序

将经特克多诱导后获得抗性的2个Colletotrichum musae菌系，及其相应的示经任何药剂处理的敏感菌系的DNA作为模板，用真菌β－微管蛋白基因的2个引物进行PCR扩增，均得到一段长874bp的β－微管蛋白的编码序列，并含有1个53bp的内含子。通过PC／Gene软件分析，与已报道的其它5种真菌β－微管蛋白基因相比，核苷酸同源性最高达97.8％，成氨基酸同源性最高达99.3%；抗性菌系与敏感菌系相比，在198和200位位置的氨基酸并没有发生突变，但在186、232、313和329位置氨基酸发生了变异。     

簇毛麦1V染色体臂的EST STS标记的开发与应用

为了给小麦远缘亲本的研究和利用提供参考,根据已定位于普通小麦1DS和1BL上的EST序列设计96对STS引物,对中国春、簇毛麦、中国春-簇毛麦的1V附加系和易位系进行多态性分析,开发出4个簇毛麦1V染色体臂的STS标记。其中,BE499250-STS和BE591682-STS/RsaⅠ为共显性标记,可以扩增出1条1VS片段,同时还可以扩增出1条1DS片断,能将1DS和1AS、1BS区分开来;BE581358-STS/HaeⅢ和BE585781-STS/RsaⅠ是显性标记,能分别扩增出2条和1条1VL片段,但扩增的小麦染色体片段不能区分1DL和1A、1B。这些标记已成功地应用于小麦-簇毛麦整臂互补易位系T1DL.1V#3S和T1DSo1V.3L的筛选。     

6种臂形草属牧草品种比较试验

对Mulato臂形草、Mulato2号臂形草、热研3号俯仰臂形草、热研6号珊状臂形草、湿生臂形草、Abundance珊状臂形草6种臂形草属牧草进行品种比较试验。通过3a的观察测定,结果表明,6种臂形草均能适应试验区气候条件,热研6号臂形草和Mulato臂形草表现最优,产量分别达到33318kg／hm^2和32483kg／hm^2,营养期粗蛋白含量分别达到12．64％和11．77％。     

橡胶树多主棒孢菌rDNA–ITS区的分子鉴定及检测

以来自国内外的18个多主棒孢病菌[Corynespora cassiicola(Ber.&Curt.)]菌株为研究材料,提取其基因组DNA进行rDNA-ITS区序列扩增,并进行了5.8S rDNA及其两侧ITS序列分析.序列分析结果表明,种内各菌株间ITS序列同源性高达99.9%以上,部分菌株间出现个别碱基的差异.根据ITS区序列设计的一对特异引物(CorP1/CorP2)可以在供试的多主棒孢病菌中扩增出1条约277 bp的特异谱带,其余18个参试菌株和橡胶树叶片组织未能扩增出该特异谱带,检测灵敏度可达浓度为0.1 pg的目标DNA.     

Fungal endophytes reduce regrowth and affect competitiveness of meadow fescue in early succession of pastures

Systemic‐ and seed‐transmitted fungal endophytes are suggested to enhance competitive dominance of agronomic grasses by increasing plant growth and defence against herbivores. We studied whether Neotyphodium uncinatum endophyte infection frequencies of meadow fescue (Schedonorus pratensis) and botanical composition of pastures are affected by 4, 5, 7 and 21 years of grazing by dairy cattle. We then examined with one greenhouse and two field experiments, whether endophyte infection and clipping affect regrowth of young or mature plants relative to nutrient availability in soil. The frequencies of infected plants and the number of plant species were less in grazed parts of the pastures. Endophytes significantly reduced relative regrowth and dry biomass of regrowth of the grass irrespective of nutrient levels in a 1‐year‐old field (on an average 18% in 2 months) and under high nutrient conditions in the greenhouse experiment (on an average 3% in 3 months) respectively. However, effects of endophytes were not detected in 5‐year‐old fields and under low nutrient conditions in the greenhouse. In contrast to past studies, our results demonstrate that grazing may negatively affect endophyte–grass symbiosis and number of plant species of successional pastures, and suggest that the effects of endophytes may be linked to the ontogeny of the host.     

Detection of genetic variation among Indian wheat head scab pathogens (Fusarium spp./isolates) with microsatellite markers

Fusarium head blight (FHB) of wheat is responsible for extensive damage of wheat in humid and semi-humid regions of the world. Presently, FHB of wheat is a minor disease in India but due to global climate change, there is a chance that moist conditions and high humidity resulting from more rainfall during mid-anthesis could increase the susceptibility of wheat to Fusarium infection. For the present study, 27 isolates of three Fusarium spp. viz., Fusarium graminearum, Fusarium verticillioides and Fusarium oxysporum were isolated from naturally infected wheat sampled from Punjab, Himachal Pradesh and Wellington (Tamil Nadu) during 2000–2003. Genomic DNA was isolated from fresh mycelia using the CTAB method. Fusarium spp./isolates were analyzed with four newly developed microsatellite markers (MS-Fg1353, MS-Fg6808, MS-Fg307 and MS-Fg3654) and six previously published microsatellite markers (MS-Fg97, MS-Fc1, MS-Fg103, MS-Fg30, MS-Fg75 and MS-Fg90). All markers amplified a DNA fragment of variable length for different Fusarium spp./isolates. Microsatellite markers, MS-Fg103, MS-Fg103 did not amplify F. oxysporum and F. verticillioides isolates, respectively. MS-Fg307 amplified a fragment of 200 bp with F. graminearum isolates of Wellington. This study has shown that there is considerable genotypic variability among Fusarium spp./isolates causing FHB of wheat in India.     

The influence of nitrogen fertilizer and Acremonium coenophialum on the soluble carbohydrate content of grazed and non-grased Festuca arundinacea

A field study was conducted from 1983 through 1986 to ascertain the effect of endophyte ( Acremonium coenophialum ), nitrogen fertility and tall fescue ( Festuca arundiancea ) genotype upon the soluble carbohydrate content of tall fescue from grazed paddocks. Non-grazed paddock exclosures were evaluated for 1984 and 1985. Plant tissues were extracted with 0·1 mol 1⁻¹ H₂SO₄ to obtain acid-extractable carbohydrate (AEC). The AEC concentration and yield (concentration × dry matter) varied among and within years, generally was not influenced by endophyte, and was influenced by N fertility and cultivar. The AEC concentration from non-grazed exclosures was inversely related to AEC yield. Grazed paddock AEC concentration and yield were not significantly correlated. Grazed paddock AEC concentration remained fairly constant over the growing season, whereas AEC yield was greatest during periods of ample rainfall. The cultivar Johnstone generally had the greatest AEC concentration when compared with AU Triumph and KY-31. Even though endophyte is a carbohydrate sink, sward scale effects on AEC, as influenced by endophyte, were virtually undetected, suggesting that presence of endophyte is not detrimental to the fescue host. Grazed and non-grazed tall fescue AEC concentration and yield patterns differ and indicate the need to interpret non-grazed quality and management data carefully.     

甜瓜ACC氧化酶前导激应元件的克隆与序列分析

以甜瓜基因组ＤＮＡ为模板,利用ＰＣＲ技术扩增获得甜瓜ＡＣＣ氧化酶基因家族成员ＣＭ－ＡＣＯ１的前导顺式元件,长度为 ８８６ｂｐ。将其克隆至ｐＧＥＭ－Ｔ ｅａｓｙ载体上。序列分析结果表明：克隆的 ＣＭ－ＡＣＯ１基因顺式元件的核苷酸序列与已报道的相比有９９．６％同源,元件中含ＢＲＥ,ＥＲＥ,ＷＵＮ等,能接受多种外界信号刺激。