通过16S rDNA全序列分析及鉴定牛沙门氏菌

通过16S rDNA全序列的DNA同源性分析以及PCR-RFLP分析,对从山东某奶牛场送检的腹泻死亡的犊牛内脏中分离到的一株沙门氏菌进行了血清型鉴定,得到其系统发育树状图。系统发育树分析表明,该沙门氏菌菌株与GENEBANK上发表的27株沙门氏菌的16S rDNA同源性较高,为97-99％,该沙门氏菌菌株与鼠伤寒沙门氏菌LT2（Salmonella typhimurium LT2）的同源性最高,达到了99．7％,表明该沙门氏菌菌株为鼠伤寒沙门氏菌。     

牛沙门氏菌病及其防治措施

牛沙门氏菌病,又称为牛副伤寒。病原为鼠伤寒沙门氏菌或都柏林沙门氏菌,以下痢为主要症状。主要发生于10～30日龄的犊牛,表现发热、食欲废绝、呼吸困难、肠炎、腹泻、败血症经过,一般于5～7天内死亡。成年牛的症状不明显,表现高热、昏迷、     

牛沙门氏菌病的诊断与防治

牛沙门氏菌病病原多为鼠伤寒沙门氏菌或都柏林沙门氏菌,主要发生在10～30日龄的犊牛,以下痢为主要症状,又称为牛副伤寒。成年牛的症状多不明显,表现高热、昏迷、食欲废绝、呼吸困难等症状,发病后很快出现下痢。孕牛可发生流产。     

猪链球菌的分离鉴定及16S rDNA序列分析

为明确导致新疆某猪场猪急性死亡的病原菌,试验对采集的猪病变淋巴结、肺脏进行病原菌分离培养、形态观察、16S rDNA测定、生化鉴定、药敏试验以及PCR血清型鉴定.将该分离株与国内外13株分离株构建系统进化树进行比对分析.结果 显示:分离菌株镜捡观察为革兰氏阳性长链状球菌,具有β溶血性,可发酵大多数糖类,符合猪链球菌的生...     

牛沙门氏菌病的诊断与防治

牛沙门氏菌病病原多为鼠伤寒沙门氏菌或都柏林沙门氏菌,该病以下痢为主要症状,又称为牛副伤寒,主要发生在10～30日龄的犊牛,表现发热、食欲废绝、呼吸困难、肠炎、腹泻、败血症经过,一般于7日内死亡。成年牛的症状表现高热、昏迷、食欲废绝、呼吸困难等症状,发病后很快出现下痢,孕牛可发生流产。舍饲青年犊牛比成年牛易感,往往呈流行性。     

三株优良促生菌的16S rDNA序列初探

百脉根根际分离出根瘤菌2株(LC15、LC20)与白三叶根际中分离出根瘤菌RW183基因组DNA经PCR扩增16S rDNA序列、阳性克隆检测、质粒提取测序,并与GenBank中已知序列比对,结果表明,菌株LC15与LC20的16S rDNA序列与多株克雷氏菌属(Klebsiella sp.)的16S rDNA核苷酸序列的同源性均超过99.00%,RW18与勒克氏菌属中的Leclercia adecarboxylata (HQ242722)核苷酸序列同源性为99.79%,结合各菌株的主要生理生化特征,将菌株LC15与LC20初步鉴定为Klebsiella sp.,将菌株RW18鉴定为Leclercia sp.。     

鸵鸟鼠伤寒沙门氏菌的分离鉴定

２只进口鸵鸟在检疫隔离期间先后发病,临床表现为急性死亡,病理变化主要在肝脏,表现为局部坏死。从肝脏分离出２株鼠伤寒沙门氏菌,且证明２株分离菌有较强的致病性。     

鸽源鼠伤寒沙门氏菌的分离鉴定

为查明北京市某规模化鸽场疑似沙门氏菌感染病例的病原,进而制定合理的治疗方案.对濒死10日龄乳鸽进行了病理剖检,细菌分离、培养特性观察、生化试验、16S rRNA测序、动物回归试验以及药敏试验.结果显示,该病鸽组织病理变化符合鸽沙门氏菌病的表现,从肝脏组织中分离得到1株革兰氏阴性短杆菌,生化特征符合鼠伤寒型沙门氏菌;16...     

基于16srDNA序列分析冬樱花花期蜜囊细菌多样性

对昆明冬樱花花期东、西方蜜蜂蜜囊细菌进行分离、纯培养;并对分离菌株的16srDNA基因片段进行扩增和测序,序列比对后进行系统发育分析。结果表明:东方蜜蜂蜜囊细菌包括3个纲中的10个种,西方蜜蜂蜜囊细菌包括3个纲中的13个种,花蜜细菌包括4个纲中的6个种,所采集样品除Bacillus subtili相似以外,其余菌种差异较大。     

表达猪链球菌溶血素基因的减毒沙门氏菌的构建及鉴定

将猪链球菌溶血素（suilysin，SLY）基因克隆入原核表达栽体pBV220，将重组质粒再导入减毒鼠伤寒沙门氏菌SV4089株，经PCR和酶切鉴定，构建成携带猪链球菌溶血素基因的重组减毒鼠伤寒沙门氏菌。结果表明：该减毒株具有相对安全性；用酶切和PCR鉴定法证实在无抗生素存在的条件下携带重组质粒的减毒株比较稳定；SDS-PAGE显示SLY能在宿主菌中进行表达。该结果为进一步研究制备猪链球菌口服活疫苗奠定了基础。     

大肠杆菌属16S rDNA实时荧光定量PCR方法的建立及应用

根据GenBank大肠杆菌属16S rDNA基因序列设计并合成PCR引物及针对大肠杆菌属的特异Taqman探针,以大肠杆菌标准菌株的PCR扩增产物作为阳性模板制定标准曲线,建立大肠杆菌属实时荧光定量PCR检测方法。该法Mg2＋最佳工作浓度5 mmol/L,探针最佳工作浓度0.12μmol/L,标准曲线相关系数为0.998,能够定量和特异性检测大肠杆菌而与肠道优势菌群的代表种葡萄球菌、双歧杆菌和芽孢杆菌呈阴性反应,检测大肠杆菌16S rDNA基因的灵敏度达40.8 copies/μL。应用建立的方法对20、26、324、1、47、56日龄樱桃谷鸭的气管、食道、十二指肠、空肠、回肠、盲肠和直肠进行检测结果表明（以每个细菌含1个16S rDNA基因拷贝数计）,大肠杆菌属细菌总量,气管内为7.06×10^7～3.01×10^8个;食道内为1.73×10^8～3.23×10^8个;十二指肠内为2.29×10^8～2.39×10^9个;空肠内为1.28×10^8～1.69×10^9个;回肠内为1.86×10^8～1.90×10^10个;盲肠内为6.01×10^8～1.38×10^9个;直肠内为1.07×10^8～4.67×10^10个。樱桃谷鸭从食道到直肠的大肠杆菌属细菌的数量呈现上升趋势,盲肠和直肠分布量较多。     

乳白香青分泌吲哚乙酸内生细菌的16S rDNA鉴定

对乳白香青2株分泌吲哚乙酸（IAA）的内生细菌的16S rDNA基因片段进行扩增、测序,并与GenBank中的4条相似序列进行比对分析,构建系统发育树。研究结果表明,2菌株分泌IAA的能力均较强,其IAA的产量分别为62.03和36.50μg/mL。形态学鉴定表明,RA5菌体为杆状,大小为（2.22-4.50）μm×（1.00-1.22）μm,革兰氏阳性;RC5菌体杆状,大小（1.59-2.98）μm×（0.62-1.04）μm,革兰氏阴性。系统学分析初步确定RA5为蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）,RC5为芽孢杆菌属（Bacil-lus）的成员。     

一株益生芽孢杆菌Pab02的16S rDNA测序鉴定

利用16S rDNA分析对Pab02芽孢杆菌型益生菌进行系统进化鉴定.首先提取菌株Pab02的基因组DNA,根据不同种属细茵的16S rDNA序列两端的保守性设计通用引物,对茵株Pab02的16S rDNA的进行PCR扩增,并对扩增到的目标片段进行测序.将测序结果与NCBI上已知茵种的16S rDNA序列进行BLAST对比,初步构建系统进化树进行分析,再结合传统的形态观察及生理生化特性综合鉴定.最终确定为枯草芽孢杆菌.     

猪“高热病”源嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因的克隆和系统发育分析

根据NCBI中已报道的嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,对两株来源于猪“高热病”病料中的疑似嗜麦芽窄食单胞菌PSM-5、PSM-6进行PCR扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体上,并转化到DH5α中。抽取质粒模板,进行PCR和双酶切鉴定并测序,从分子水平上予以鉴定。两株菌的16S rDNA基因扩增片段的核苷酸序列（GenBank登录号为GQ267816和GQ267817）与已经报道的嗜麦芽窄食单胞菌分离株的16S rDNA序列的相似性均在96.78%以上,最高达99.93%。本试验对通过16S rDNA鉴定嗜麦芽窄食单胞菌提供一定参考,同时对猪“高热病”的诊断治疗奠定细菌学方面的基础,对其发病机制的探讨提供依据。     

16S rRNA/rDNA序列分析技术在瘤胃细菌微生态系统研究中的应用

作者指出了反刍动物瘤胃细菌微生态系统研究的难点，介绍了细菌分类学中新兴的分子生物学指标（16S rRNA/rDNA序列同源性），综述了16S rRNA/rDNA序列分析中所采用的分子生物学方法和技术，并阐述了瘤胃分子微生物学研究的流程。     

新疆和陕西三叶草属根瘤菌16S rDNA多态性及系统发育研究

为阐明西北部分地区三叶草属(Trifolium L.)根瘤菌遗传多样性及系统发育地位,于2007年12月采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析,对50株分离自新疆和陕西地区的三叶草属根瘤菌进行系统研究。结果表明:所有供试菌株产生了5种16S rDNA基因型,归属于根瘤菌属(Rhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)3个系统发育分支,表现出较为丰富的共生固氮体系多态性。其中,CCNWXJ0140在系统发育树中与三叶草叶杆菌模式菌株P.trifolii PETP02关系较近,序列相似性为98.9%,也扩大了可与三叶草形成共生关系的根瘤菌种类的范围。通过不同地区同一寄主的三叶草根瘤菌的比较,发现其共生关系因地理分布不同而具有多样性,因此,对于丰富三叶草根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。     

16S rDNA Gene and Drug Resistance Analysis of Vibrio anguillarum Isolated from Tincaeus

Strain SK-1 was isolated from naturally infected Tincaeus. Its morphological, physiological and biochemical experiments, 16S rDNA sequence were performed, and its antibiotic sensitivity was analyzed by Kriby-Bauer disc diffusion method. The results showed that strain SK-1 was gram negative bacteria,with short rod shape and oxidase-positive.Its physiological and biochemical characteristics were consistent with the physiological and biochemical characteristics of Vibrio anguillarum. The length of this 16S rDNA sequence was 1447 bp, which showed 99% homology with Vibrio anguillarum, GenBank database number was KF978124. Phylogenetic analysis indicated it grouped together with Vibrio anguillarum. So it was confirmed that strain SK-1 was Vibrio anguillarum. The antibiotic sensitivity presented that strain SK-1 was highly sensitive to 13 antibiotics such as doxycycline,tetracycline,minocycline, and middle sensitive to 9 antibiotics such as streptomycin, ceftriaxone, trimethoprim, and resistant to bacitracin and lincomycin. These results will be beneficial to the identification of Vibrio anguillarum and prevention and control of bacterial disease in Tincaeus.     

刚地弓形虫18S rDNA基因的克隆与序列分析

采用PCR方法从弓形虫RH株和CN株总DNA中分别扩增到18S rDNA基因，与pGEM-T easy vector连接，并进行DNA测序分析。结果表明，2个虫株均扩增出1745bp的片段，用DNAMAN软件对其与GenBank上2个虫株相应序列进行同源性比较，4个虫株的同源性为99．34％。刚地弓形虫虫株在不同宿主和不同区域上存在着一定的差异。     

新疆某牛场大肠杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

为了调查新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的原因并确定病原,无菌采集15份腹泻犊牛粪样进行病原的分离培养,采用形态学观察、生化试验、血清学和致病性分析等方法鉴定分离菌株,利用大肠杆菌16SrRNA通用引物进行基因序列扩增并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的其他菌株序列进行同源性比对,采用Mega...