黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利 用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用 BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~ 892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地 区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他 线虫的种间鉴定.     

进境黄盖鲽鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS序列的PCR扩增及分析

以俄罗斯进境的冻黄盖鲽鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2 PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,并进行克隆,转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为1 034 bp。包含部分的18S、28S及全部的ITS1(431 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(349 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank已登记的Hysterothylacium aduncum同源性均在99.5%以上,与其他科线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从黄盖鲽鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与H.aduncum处于同一分支。研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

四种三齿线虫核糖体ITS序列的比较分析及亲缘关系探讨

对短尾三齿线虫(Triodontophorus brevicauda)、锯齿三齿线虫(T.serratus)、小三齿线虫(T.minor)和日本三齿线虫(T.nipponicus)核糖体内转录间隔区(ITS)序列进行扩增、测序和比较分析。基于ITS序列,采用最大似然法(ML)构建系统发生树,分析4种三齿线虫与其他圆线虫的亲缘关系。结果 4种三齿线虫ITS1、5.8S和ITS2序列大小分别为370~376 bp、153 bp和322~334 bp;4种虫体ITS1核苷酸同源性为88.4%~100%,5.8S为100%,ITS2为82.9%~97.8%;进化树中盅口科线虫和圆形科线虫各形成一个大的分支,但盅口科中微小杯环线虫聚集在圆形科这一分支中;小三齿线虫与日本三齿线虫,短尾三齿线虫与锯齿三齿线虫各形成一小的分支,两两亲缘关系较近,4种三齿线虫与盆口属和食道齿属的关系较圆线属近研究结果可为三齿线虫的遗传进化和分子鉴定提供参考。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

卡氏住白细胞虫rDNA ITS-2的POR扩增与测序

运用PCR方法扩增了卡氏住白细胞虫rDNA的ITS-2及部分5．8S和28S序列(ITS2 )，并对该序列进行了克隆和测序。采用巨型裂殖体为材料，并根据Saccharomyces cerevisiae rDNA中的5．8S、28S保守序列所设计的通用引物ITS3、ITS4，进行了虫体ITS2 的PCR扩增，将所扩增片段纯化后成功地克隆于pGEM-T easy和PMDl8-T载体的T-T窗口。经双向自动测序显示，该ITS2 片段的大小为270bp；经NCBI Blast联机检索，结果显示，所扩片段中5．8S序列与S．cerevisiae的5．8S序列有部分相同，而ITS-2序列为虫体所特有；同时经wDNA-SIS软件分析，显示该ITS-2序列与S．cerevisiae间同源性相对较远，而与柔嫩艾美耳球虫间同源性相对较近，故而本试验中所测序列为卡氏住白细胞虫的ITS-2特有序列。     

银杏核糖体DNA内转录间隔序列初步分析

为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔（ITS）区序列的多样性，以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料，提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增，并直接测定其ITS区序列。结果表明，银杏ITS区（内含5．8S）总长度为1224～1226bp，其中ITS-1长度为821—823bp，5．8S长度为162bp，ITS-2长度为241bp。在全序列范围内，可变位点有28个，占总核苷酸的2．3％，但简约信息位点仅6个，变异量仅有0．5％。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。     

亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究--来自nrDNA ITS证据

对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增和产物直接测序，扩增出约670bp的序列（ITS1、5．8S和ITS2及部分18S和26S rRNA基因片段）。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群，确定其ITS全序列（ITS1、5．8s和ITS2）的长度约为627bp。并根据nrRNA ITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树，探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。     

三七病原根结线虫核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用

根据NCBI基因库中根结线虫属rDNA序列,设计通用引物M18s/M28s,对采自云南文山、砚山、马关、蒙自等地的4个三七病原根结线虫种群(Meloidogyne hapla)rDNA区段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和序列分析,结果表明:4个种群rDNA同源性为100%,ITS区序列长度为479 bp,其中ITS1序列长度为213 bp,5.8S序列长度为159 bp,ITS2序列长度为107 bp。根据此序列设计-对特异性寡聚核苷酸引物Mhf/Mhr,应用PCR技术,以北方根结线虫(Meloidogynehapla)、南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)和爪哇根结线虫(Meloido-gyne javanica)全基因组DNA为对照,对三七病原根结线虫全基因组DNA进行特异性扩增。结果表明,该对引物能从供试的北方根结线虫和三七病原根结线虫种群全基因组DNA中扩增到462 bp长度的分子片段,而南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫则无扩增产物。该引物可用于三七病原根结线虫的检测。     

土法良方治疗猪线虫病

<正>猪体内、外寄生虫分多个种类,文章主要介绍了寄生在肠道内的食道口线虫、毛首线虫和寄生在支气管的后圆线虫,通过了解其病原、症状与病变,采用民间土法良方进行预防和治疗,也可以达到控制本病的效果。1食道口线虫病食道口线虫病是由食道口科食道口属的多种线虫寄生于猪的结肠中引起的线虫病。病原包括有齿食道口线虫:虫体乳白色,口囊浅,头泡膨大,雄虫的大小为8~9 mm×0.14~0.37 mm,交合刺长     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

黄艾美耳球虫纯种分离及ITS-1序列测定

为建立一种有效鉴定兔球虫的分子生物学方法,采用单卵囊分离技术,分离纯化黄艾美耳球虫.根据GenBank中发表的艾美耳属球虫18S rDNA和5.8S rDNA序列,设计特异性引物,建立PCR方法并针对黄艾美耳球虫第一内转录间隔区进行扩增,PCR产物直接测序.结果分离出黄艾美耳球虫,并扩增出包含黄艾美耳球虫第一内转录间隔...     

核糖体RNA基因在酵母分类鉴定中的应用

核糖体DNA在酵母分类鉴定中发挥着重要作用。本文介绍了核糖体的构成,核糖体RNA基因26S rDNA D1/D2区域、18S rDNA、ITS-5.8S rDNA和IGS rDNA片段作为分子标记的原理方法、在酵母菌种鉴定和分子系统发育中的应用,同时对rDNA各个序列片段在国内外酵母分类鉴定应用中的问题和前景进行探讨。     

延边膜荚黄芪rDNA ITS区域克隆与序列分析

用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。     

鸽蛔虫ITS rDNA的克隆与序列分析

以采自广东省佛山市的鸽蛔虫(Ascaridia columbae)为研究对象,利用保守引物BD1和BD2扩增鸽蛔虫基因组DNA的ITS rDNA片段,对扩增产物进行克隆和序列测定。结果成功扩增出大小为1045bp的ITS rDNA序列。获得的鸽蛔虫的ITS rDNA序列(AC001、AC002)的5.8S rDNA与GenBank收录的鸡蛔虫5.8S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001508)相似性分别为95.5%和94.3%,而与澳大利亚鸽蛔虫5.8 S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001509)相似性分别为96.8%和95.5%。将获得的序列与蛔目不同科的代表性蛔虫的5.8SrDNA序列进行比对和系统进化分析,结果表明鸽蛔虫与鸡蛔虫处于同一进化分支上,也表明ITS rDNA是蛔虫分子鉴定的有效遗传标记,这对蛔虫分子分类学及分子流行病学的进一步研究打下了基础。     

一株蓝麻黄拮抗内生真菌的分离鉴定及代谢物的初步分析

[目的]分离获得对农作物致病菌有高效拮抗作用的植物内生菌,并对其进行系统鉴定和代谢成分分析.[方法]用研磨法从蓝麻黄中分离内生真菌,并用琼脂扩散法筛选具有抗农作物致病菌活性的内生真菌;利用菌株形态特征和ITS-5.8S rDNA序列分析进行拮抗菌鉴定,经酚硫酸法测定多糖含量.[结果]从蓝麻黄中分离得到5株内生真菌,其中XJEG-GF-79对葡萄白腐病菌的抑菌圈直径为23 mm.经形态学观察和分子分类学分析鉴定,内生拮抗真菌XJEG-GF-79与Pleosporaceae sp. SN-2008同源性达到100;,该菌株代谢产物中含有生物碱和多糖,其经测定,发酵液中多糖含量为1.914 mg/mL.[结论]蓝麻黄内生真菌XJEG-GF-79对葡萄白腐病菌有明显的拮抗作用,最终鉴定为链格孢霉 Pleosporaceae sp..