Pseudoterranova decipiens复合种的几个姊妹种在线粒体nad4序列的差异

本实验用PCR扩增了来自世界各地的P．decipiens复合种共6个姊妹种的线粒体NADH脱氢酶亚单位Ⅳ基因（nad4），并进行了克隆、测序和序列分析。结果显示，PdOe与Pd为同一种，nad4基因序列种内的变异为0．7％，种间差异为2．4～13．2％。种间差异远大于种内变异，能提供准确的遗传标记。可用于P．decipiens复合种姊妹种的鉴定。这些结果有助于P．decipiens复合种的生活史、传播途径、流行病学、种群遗传学的研究和其所引起的相关疾病的诊断。     

几种拟地新线虫种间及种内线粒体lsrRNA及cox1基因的多态性

对来自世界各地的拟地新线虫共6个种的线粒体基因lsrRNA及cox1序列进行了PCR-SSCP和序列分析。结果显示，lsrRNA基因序列在拟地新线虫种内、种间的变异都比较小，不能提供准确的遗传标记。但cox1基因序列种间变异为0．5％～12.2%，比种内变异（1％～1．7％）大，能提供准确的遗传标记，可用于拟地新线虫姊妹种的鉴定。这些发现有助于拟地新线虫的生活史、传播途径、流行病学、种群遗传学的研究和其相关疾病的诊断。     

黄牛源Fh/Fg杂合型片形吸虫的鉴定

为弄清黄牛感染的片形吸虫种类,首先对来自河南济源市一肉牛屠宰场黄牛肝脏上的片形吸虫进行形态学观察,然后基于核糖体ITS1、ITS2区域和线粒体nad1、cox1基因序列进行分子鉴定。ITS1和ITS2序列分析结果显示,济源黄牛源片形吸虫分离株JY003和JY004为Fh/Fg杂合型片形吸虫。基于nad1和cox1基因序列,JY003和JY004与大片形吸虫的相似性高于肝片形吸虫,其中nad1序列与大片形吸虫中国云南、日本和韩国分离株的相似性高达100%。在基于nad1和cox1基因的进化树上,分离株均与大片形吸虫参考株处于同一分支。结果表明,首次从河南黄牛体内鉴定出Fh/Fg杂合型片形吸虫,为动物和人的片形吸虫病防控提供重要的基础数据。     

PCR-SSCP对我国鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

对来自青海湖的鲁道夫对盲囊线虫（Contracaecum rudolphii）核糖体DNA第一、第二内转录间隔区（ITS-1、ITS-2）进行PCR扩增、DNA单链构象多态性（SSCP）分析及序列分析。并与来自欧洲的2个姊妹种鲁道夫对盲囊线虫进行了比较。结果显示，我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫与来自意大利的（.rudolphii B具有一样的SSCP带型及ITS序列，但不同于C．rudolphiiA．因此属于C.rudolphii B。本试验证实了ITS片段可作为遗传标记用于鉴别鲁道夫对盲囊线虫的姊妹种，从而为鲁道夫对盲囊线虫的进一步研究奠定了基础。     

基于nad5基因分析白狮蛔虫种系发育关系

为分析白狮蛔虫湖南动物园分离株线粒体nad5的遗传差异,并利用nad5序列分析白狮蛔虫与其他蛔虫的种系遗传关系,应用PCR技术对白狮蛔虫线粒体nad5的部分序列进行克隆和序列测定,利用Clustal X2.0程序对测序所得序列进行比对,再运用Mega4.1程序进行NJ法绘制种系发育树。结果表明:所获得nad5序列长度基本一致,约530 bp,15个样品分离株之间的同源性为97.4%~99.8%,通过构建系统种系发育,结果显示15个白狮蛔虫分离株与狮弓蛔虫位于同一大分支,与其他蛔虫所属分支具有较远的距离,得到较为明显的鉴别。狮弓蛔虫nad5序列种内较为保守,但种间差异明显,nad5基因可以作为理想的分子标记应用于狮弓蛔虫的分子鉴定和种间遗传变异研究,从而为狮弓蛔虫的群体遗传研究奠定基础。     

驯鹿狂蝇(Cephenemyia trompe)线粒体COI基因序列研究

利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇（Ccphenemyia trompe）的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实：中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆（C.trompe CIML）及其成蝇（C．trompe CIMA）线粒体COI种属特异性基因片段长度约为672bp～676bp。种系发生进化树分析显示：第三期幼虫与成蝇两者在核苷酸碱基序列上存在一定差异；它们与同种不同挪威株（C．trompel同源性较为接近：与同属不同种（C．stimulator和C．ulrichii）同源性稍差；与不同属种的羊狂蝇（Oestrusovis）同源性较远，狂蝇科不同属间序列差异明显，差异性在18．6％～23％之间；鹿蝇属不同种间差异性在1．9％～9．9％之间：驯鹿狂蝇不同株间差异性为0．9％。说明生物线粒体COI基因核苷酸序列在一定程度上．可反映出种属及株间在进化上的差异性。     

陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况，并阐明其种系发育关系，试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品，采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因，进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示：在所有的cox1基因（953 bp）序列中，共含30个变异位点（4个转换、26个颠换），17个单倍型（h=17,Hd=0.936），其基因分化系数（Gst）为-0.012 85，遗传分化系数（Fst）为-0.029 95，基因流（Nm）为11.53；在所有的nad4基因（876 bp）序列中，共含29个变异位点（2个转换、27个颠换），16个单倍型（h=16,Hd=0.935 6），其Gst为-0.012 38,Fst为-0.040 9,Nm为17.05；在所有的cox1+nad4基因（1 829 bp）序列中，共含59个变异位点（6个转换、53个颠换），24个单倍型（h=24,Hd=0.977），其Gst为-0.003 9,Fst为-0.036 5,Nm为14.77；在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中，均未发现有单倍型聚集成簇的现象...     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。     

线粒体nad5基因在隐藏管状线虫及四翼无刺线虫的序列变异研究

本试验首次研究了小鼠隐藏管状线虫及四翼无刺线虫在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位5基因（nad5）部分序列（pnad5）的种间及种内变异。通过对甘肃兰州地区实验小鼠体内分离的蛲虫样品（LY1-20、LS1-22） nad5基因pnad5进行PCR扩增、克隆及测序分析,研究其遗传变异情况。结果表明,获得隐藏管状线虫pnad5有效序列753 bp,通过序列比对发现来自LY和LS 2家实验动物中心的22个隐藏管状线虫样品之间只存在3个碱基的差异,序列相似性99.60%。获得四翼无刺线虫pnad5有效序列865 bp,2大动物中心20个四翼无刺线虫样品之间没有碱基的差异,序列相似性100%。用软件ClustalX 1.83截取2种鼠蛲虫nad5基因长度共同的序列,通过比对发现2种鼠蛲虫种间差异为53.64%,种间差异显著。研究结果表明,线粒体nad5基因在鼠蛲虫种内相对保守,但种间有着较高的突变率,可作为鼠蛲虫种间鉴定、诊断的遗传标记。     

西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析

为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp~453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

Genetic Variation Analysis of Mitochondrial cox1 and nad4 Genes of Ascaridia galli

To study the genetic variations of Ascaridia galli (A. galli) and the phylogentic relationships with other Ascaridata, fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) gene and complete sequence of NADH dehydrogenase subunit 4 (nad4) gene of 15 adult A. galli isolated from Xichang city in Sichuan province were amplified by PCR, then analyzed the sequences. NJ trees and Bayes trees based on pcox1 and pnad4 genes were reconstructed. The partial sequences of cox1 gene and complete sequence of nad4 gene were 1 152 and 1 236 bp, respectively. There were 33 and 40 variable sites in the pcox1 and nad4 gene sequences, the intraspecific sequence variations within A. galli were 0 to 2.1% for pcox1 gene, 0 to 2.3% for nad4 gene. 8 and 11 haplotypes were detected in pcox1 and nad4 genes, the global haplotype diversity were 0.733±0.124 and 0.933±0.054, the nucleotide diversities were 0.00433±0.00153 and 0.00541±0.00157, and the average genetic distances were 0.004 and 0.005, respectively. Phylogenetic trees based on pcox1 and pnad4 genes with Neighbour-Joining and Bayesian analysis method revealed that all A. galli were clustered in one clade, and they were more closely related to A. columbae than any other members of Ascaridata. These findings indicated that 15 isolates of A. galli from Xichang city kept low genetic variation, nad4 gene was more suitable and effective than cox1 gene as molecular marker for detecting genetic variation of A. galli.     

羊毛尾线虫线粒体nad4基因的序列变异分析

本研究旨在阐明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体NADH脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)的遗传变异情况, 并用pnad4序列构建其与其他鞭虫的进化关系。应用PCR扩增羊鞭虫虫株的pnad4,将所获得的序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。本试验扩增所获得的pnad4序列长度一致,均为827 bp,种内变异在0~1.5%之间。种系发育分析结果表明,12个羊鞭虫分离株位于同一分支。由于羊鞭虫nad4序列种内相对保守,种间差异较大(37.8%~45.6%), 故可作为种间鉴定检测研究的遗传标记, 本研究结果为进一步研究羊鞭虫的群体遗传结构奠定了基础。     

豆状带绦虫线粒体rrnL和nad5基因的克隆及种系发育研究

本研究旨在阐明中国豆状带绦虫囊尾蚴河南分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)部分序列(prrnL)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的遗传变异情况,并用prrnL和pnad5序列重构豆状带绦虫与其他带科绦虫的种系发育关系。采用聚合酶链式反应(PCR),扩增豆状带绦虫囊尾蚴分离株的线粒体prrnL和pnad5,将所测的序列用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树,利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析。所获得的豆状带绦虫线粒体prrnL长度约为847 bp,pnad5为602 bp。所获rrnL序列与GenBank中豆状带绦虫相应序列的相似性为99.1%~100%,nad5为99.2%~100%;河南分离株之间rrnL序列的相似性为99.65%,nad5为99.5%;与GenBank中其他带科绦虫序列的相似度rrnL低于83.4%,nad5低于85.7%。种系发育分析结果表明,所有豆状带绦虫分离株和已知豆状带绦虫位于同一分支。由于豆状带绦虫分离株的线粒体rrnL和nad5基因序列种内很保守,种间差异较大,故可作为带科绦虫种间遗传变异研究的标记。     

猬迭宫绦虫裂头蚴线粒体nad1基因部分序列的多态性研

从湖南省4个不同地区的黑斑蛙大腿肌肉中采集猬迭宫绦虫裂头蚴作为研究对象,用引物Nad1u及Nad1d扩增猬迭宫绦虫裂头蚴的nad1基因片段,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的MeGalign程序进行同源性分析。结果显示猬迭宫绦虫裂头蚴nad1序列均为570 bp。研究结果为猬迭宫绦虫裂头蚴进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

基于线粒体nad4基因探讨土耳其斯坦东毕吸虫的系统发生位置

为探讨土耳其斯坦东毕吸虫在血吸虫中的系统发生位置,本研究设计一对特异性引物,通过PCR方法对土耳其斯坦东毕吸虫(绵羊源)线粒体烟酰胺脱氢酶亚基Ⅳ基因(nad4)进行扩增和测序分析,并与GenBank中相关血吸虫nad4基因进行比对。结果显示,本研究克隆的该吸虫线粒体nad4基因序列大小约为1030bp,与已发表的其它血吸虫线粒体nad4基因的同源性为51.6%～66.7%,其系统发生位置属于非洲血吸虫种群。     

西藏牦牛、绵羊棘球蚴病病原的分子鉴定

本研究旨在对西藏自治区那曲地区和拉萨市牦牛、绵羊体内棘球蚴病原进行分子生物学鉴定并分析其遗传变异规律。对2016年11月底采自西藏拉萨市当雄县和那曲地区嘉黎县的5只绵羊体内的5个棘球蚴包囊、15头牦牛体内的18个棘球蚴包囊分别分离棘球蚴原头蚴或生发层组织，提取基因组DNA，应用PCR方法扩增nad1基因，通过测序获得nad1全基因序列。运用DNAStar MegAlign软件对序列进行同源性分析。以GenBank中已公布的棘球属的nad1全基因序列为比对对象，采用最大似然法（ML）构建系统发育树。结果显示，所测定的牦牛和绵羊的23个棘球蚴病原nad1基因序列与GenBank登录的细粒棘球蚴狭义种（G1基因型）nad1基因序列高度同源，同源性为99.6%~99.8%，23条nad1基因的遗传距离为0~0.0022447。同源基因的碱基变异率为0.2%~0.4%；与棘球属其他棘球绦虫同源基因的碱基变异率为14.9%~19.8%。有5个样本的nad1基因在不同位点发生碱基突变，变异位点发生序列转换。以上结果表明，本研究所采集牦牛和绵羊的棘球蚴为细粒棘球绦虫G1基因型，其nad1基因变异小，序列一致性高。