基于叶绿体和核基因片段序列的甘蒙柽柳谱系地理研究

【目的】甘蒙柽柳为我国黄河流域特有种,本研究旨在探讨该物种各居群间的谱系地理结构以及黄河形成对甘蒙柽柳居群分布、遗传结构的影响。【方法】利用叶绿体基因trn Q-rps16片段和核基因片段ITS序列信息,通过PCR扩增、测序,对分布于我国黄河流域的甘蒙柽柳17个居群共266个个体的序列进行分析,研究其遗传多样性、遗传结构及种群历史动态。【结果】在甘蒙柽柳居群中,共检测得到4个叶绿体单倍型(207个个体)和32个核基因单倍型(232个个体)。该物种的叶绿体基因遗传多样性较低(HT=0. 13),但其核基因的遗传多样性较高(HT=0. 82)。甘蒙柽柳居群的遗传变异主要发生在居群内,叶绿体基因(cp DNA)和核基因(nDNA)的遗传分化系数NST(cpDNA:0. 15; nDNA:0. 22)和GST(cpDNA:0. 19; nDNA:0. 24)均不显著(P0. 05),且NST小于GST,表明该物种无明显的谱系地理结构。中性检验结果 Tajima’s D和Fu’s Fs均为负值,且失配分析表明期望扩张群体的分布曲线与实际观测到的分布曲线基本吻合,期望分布曲线呈单峰,表明甘蒙柽柳居群经历过快速扩张,这可能与黄河的贯通形成有关。单倍型分布及网络结构分析结果表明,叶绿体单倍型H1、核基因单倍型R1频率最高,位于网络结构图中心位置,且分布最为广泛,可能为古老单倍型。叶绿体基因的结果显示,甘肃省永靖县、积石山县的甘蒙柽柳单倍型种类、多态性及核苷酸多样性显著高于其他地区,且具有特有单倍型(H2、H4),推测其在永靖县、积石山县附近最为古老,以此为起源中心,分别向上游(青海省)和中下游迁移,奠基者效应造成新建居群的遗传多样较低。【结论】本研究揭示了我国黄河流域主要甘蒙柽柳居群的遗传结构及其历史迁移动态。甘蒙柽柳的叶绿体基因遗传多样性水平较低,核基因的遗传多样性较高,遗传变异主要发生在居群内,无明显的谱系地理结构。该物种经历过快速扩张,其起源中心可能为甘肃省积石山县、永靖县附近,随着黄河的形成分别向黄河上游和中下游迁移,推测黄河的形成贯通是导致甘蒙柽柳居群迁移扩散的重要因素。     

海南省油茶及其他寄主植物果生刺盘孢菌群体遗传结构分析

【目的】研究海南省油茶树及其他寄主植物炭疽病菌果生刺盘孢菌群体遗传结构、群体遗传多样性及单倍型地理分布,探索海南地区不同寄主植物炭疽病菌的分子遗传变异规律。【方法】利用单孢分离法对采集自海南省南圣镇、通什镇、枫木林场和澄迈林场4个地区9种不同寄主植物的炭疽病病叶进行炭疽菌分离,并对每个菌株ITS,CAL和GAPDH 3个基因进行PCR扩增和测序,按顺序对3个基因的序列进行拼接,然后采用Gen ALEx6,Dna SP 5.0,TCS1.21和MEGA6.0软件分别对数据进行分析。【结果】分离、鉴定共获得12个病菌种群的108个果生刺盘孢菌病菌样品,可推导出18种单倍体型(haplotype),其中单倍型Haplotype11共70个菌株,为优势单倍型,在每个病菌种群中均有分布;单倍型网络结构分析表明,病原菌以单倍型Haplotype11为辐射中心,呈现出1个比较典型星状发散图,推测Haplotype11为原始单倍型;108株病菌表现出丰富的遗传多样性;AMOVA分析显示,种群间和种群内的遗传变异分别占总变异的3%和97%,变异主要存在种群内,而种群间的差异小,说明不同的寄主植物未对病菌交流造成隔离障碍;遗传分化和基因流分析发现,12个病菌种群间遗传分化小,种群间基因交流频繁;另外,油茶种群之间以及油茶与鲫鱼胆、葛根和山矾等植物种群之间的果生刺盘孢菌存在遗传重组现象;系统发育分析表明,来自同一个果生刺盘孢菌种群的单倍型未能聚在一起,而是散乱的分布在系统树中,没有显示出明显的寄主植物分布族群;核苷酸不配对分析表明病菌种群历史上并没有发生显著的种群扩张。【结论】海南省果生刺盘孢菌遗传多样性丰富,不同地区和不同寄主植物病菌种群之间存在有效基因流,揭示该病菌可以在油茶树及其他寄主植物之间迁移,这为整体考虑海南省油茶及其他寄主植物制定可持续控制油茶炭疽病策略提供重要的理论依据。     

南岭山地南方红豆杉天然林与人工干扰群体的遗传变异分析

【目的】南岭山地的南方红豆杉资源丰富,分布集中,群体类型多样,是研究不同干扰群体遗传变异的理想材料。本研究对南岭山地南方红豆杉群体的遗传变异水平进行探究,比较其天然林群体和人工干扰群体的遗传差异,揭示人类活动对植物群体遗传变异的影响,为制定南岭山地南方红豆杉遗传保护策略提供科学依据。【方法】本研究基于叶绿体基因组标记方法,利用4个非编码区序列分析南岭山地南方红豆杉的遗传变异模式,比较不同干扰程度群体(天然林和人工干扰林)的遗传变异特征及其遗传分化。【结果】在种的水平,8个南方红豆杉群体中共检测出4个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.552,核苷酸多样性(Pi)为0.000 23。基因遗传分化系数分别为NST=0.190,GST=0.158,且NST (0.190)大于GST (0.158)(P 0.01)。不同干扰程度群体遗传变异检测结果表明,天然林群体中检测到4个单倍型,包含2个私有单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.603,核苷酸多样性(Pi)为0.000 27;而人工干扰群体仅检测到2个共享单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.508,核苷酸多样性(Pi)为0.000 20。【结论】南岭山地的南方红豆杉群体存在明显的谱系地理结构,分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异主要来自群体内,遗传分化高。天然林群体的遗传多样性高于人工干扰群体,天然林和人工干扰林两组群间存在明显的遗传变异。研究结果可为南岭山地南方红豆杉资源的保护和可持续利用提供参考。     

新疆普氏野马马胃蝇蛆病主要病原体黑腹胃蝇溯源

马胃蝇蛆病在中国新疆地区马科动物中广泛流行，其中的病原体———黑腹胃蝇的感染比例最高。对该地区感染普氏野马、蒙古野驴和当地家马的黑腹胃蝇195条线粒体 COI 基因序列进行分析，得到了57个单倍型；采用邻接法(NJ)构建单倍型之间的系统发育树显示存在6个遗传分化程度较大的簇。结果表明：1)感染3种宿主的黑腹胃蝇单倍型多样性均很高，说明感染同一宿主个体的黑腹胃蝇来自多个母本；2)感染3种宿主的黑腹胃蝇遗传分化程度较低，其中感染野马和野驴的黑腹胃蝇群体基因交流最频繁，说明放归普氏野马种群每年重复感染的黑腹胃蝇主要源自同域野驴；3)当地黑腹胃蝇传播期较为滞后，其传播盛期发生在家马离开以后。     

茶籽象ATP合成酶基因在不同海拔选择压力下的遗传分化及结构变异

【目的】基于不同地区茶籽象线粒体ATP合成酶基因遗传分化及结构变异,研究环境压力尤其是海拔对茶籽象不同地理种群遗传多样性及系统发育关系的影响,探讨ATP合成酶基因在适应环境压力中碱基及氨基酸序列结构变化规律,为茶籽象防控提供理论依据。【方法】采集不同地理海拔油茶产区的茶籽象种群,设计ATP合成酶基因特异性引物,PCR扩增获取ATP基因,基于ATP基因应用相关分析软件分析碱基序列遗传多样性及系统发育关系,分析氨基酸序列结构差异及氨基酸使用频率。【结果】获得32个单倍型(NCBI: MH560360—MH560391),其中存在5个共享单倍型,包含个体数2~36不等;茶籽象各地理种群遗传多样性分化无明显规律(核酸多样性π为0.000 86 ~ 0.048 03),茶籽象种群扩张不明显(Tajima’s D < 0,P > 0.05;Fu’s Fs > 0);依据地理海拔,茶籽象种群可显著聚为低海拔和高海拔2个分支,2个分支间受到显著的环境正选择(选择系数:高海拔ω=1.65,低海拔ω=2.26,LRTP<0.001),分化明显( F st =0.374,P < 0.001);低海拔分支 ATP[STBX]8[STBZ]编码解氨基酸序列(36个保守位点)较高海拔分支(27个保守位点)更为保守,且高海拔分支酸性氨基酸使用率较高,这可能与昆虫为适应高海拔而增加蛋白稳定性、提高氧结合效率以及氧化呼吸效率有关。【结论】茶籽象种群ATP合成酶基因分化程度不高,但存在对海拔明显的适应性进化。     

基于叶绿体18S、CP12、CP15序列的西藏巨柏群体多态性遗传评价

为分析西藏巨柏群体的遗传多样性,利用3个叶绿体基因(18S、CP12、CP15)针对8个群体的67份巨柏材料的叶绿体序列进行了测序分析。结果表明:3个序列的长度分别为300 bp、396 bp、1 000 bp,共检测出单倍型(H_1-H_11) 11个,多态性位点4个,简约性信息位点4个。表明巨柏整体遗传多样性的水平较高。同时根据AMOVA分析,发现群体内的变异也较大(85. 8%),因此针对巨柏宜采用就地保护措施。本研究对巨柏遗传资源的保护与有效利用具有重要的理论意义。     

应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性

[目的]对分布于我国新疆地区欧洲山杨自然居群的遗传多样性与遗传分化进行研究。[方法]对4个欧洲山杨自然居群共72个个体的6个单拷贝核基因标记(sing-copy nuclear markers)进行扩增与测序,并计算相应的遗传多样性和遗传分化参数。[结果]表明:比对后6个基因的长度在459 bp到747 bp之间,平均多态核苷酸位点个数为14,遗传多样性指数π和θ_w分别达到了0.004 8和0.004 4,基因多样性指数为0.73,以上结果表明欧洲山杨表现出较高的遗传多样性水平。Tajima中性检验结果均不显著,表明所用6个单拷贝核基因均符合中性进化假设。AMOVA分析表明89.72%的遗传变异存在于居群内,居群间的平均遗传分化指数F_st为0.10,居群间平均基因流(Nm)为3.235。[结论]高度异交,高碱基突变率及超长距离的基因流机制能够很好的解释我国新疆地区欧洲山杨表现出的较高的遗传多样性水平与较低水平的遗传分化。     

濒危植物新疆野扁桃的遗传多样性

【目的】基于cpDNA序列,对孑遗濒危植物新疆野扁桃的遗传多样性、遗传结构和显著进化单元等进行分析,为居群的保护提供依据。【方法】基于叶绿体序列trnL-trnF和psbK-psbI,对新疆野扁桃自然分布区内的8个居群共102个个体进行序列分析;利用分子方差分析和景观遗传插值分析居群间的遗传分化;利用最大似然树和贝叶斯系统树分析单倍型间的分子系统关系。【结果】1)叶绿体序列trnL-trnF和psbK-psbI拼接后的总长度为584 bp,鉴别了14个核苷酸变异位点,共定义了9个单倍型。居群间总的遗传多样(h_T)和居群内平均遗传多样性(h_S)分别为0.755和0.487。2) AMOVA分析结果表明,65.71%的遗传变异来源于居群间。物种分布范围内存在显著的遗传结构(N_(ST)G_(ST),P0.05)。3)单倍型的最大似然树和贝叶斯系统树均表明新疆野扁桃自然分布区内9个叶绿体单倍型共聚为2支:阿勒泰和塔城地区的居群各为一支。单倍型网络图和主坐标分析结果也表明阿勒泰和塔城地区的居群各聚为一支。所有居群的遗传景观分析表明,阿勒泰地区和塔城地区的居群之间表现出明显的遗传分化。4)哈巴河孔墩林山麓居群和裕民保护区居群2拥有较高的遗传多样性,可以作为该濒危植物遗传多样性保护的重点。【结论】基于cpDNA序列,新疆野扁桃居群的遗传变异主要来源于居群间,阿勒泰地区和塔城地区的居群组间存在显著的遗传分化。阿勒泰居群组和塔城居群组可以作为2个显著进化单元,哈巴河孔墩林山麓居群和裕民保护区居群2应该作为新疆野扁桃遗传多样性保护的重点。研究结果可以为深入研究新疆野扁桃居群的分布、进化和保护提供科学依据。     

多脉铁木叶绿体基因组的序列特征和系统发育

【目的】多脉铁木是中国特有种,为浙江省珍稀濒危野生植物和极小种群保护对象。在浙江,多脉铁木的野生植株数量极其稀少,低龄个体极少,种群面临衰退。叶绿体基因组在进化过程中相对保守,可为亲缘关系分析和系统发育研究提供有用信息。本研究在组装叶绿体基因组的基础上,对序列特征进行分析,以明确多脉铁木叶绿体基因组的大小、结构和基因组成等信息;通过系统发育分析,明确其与近缘种的关系和分类地位。【方法】利用CTAB法提取多脉铁木的基因组DNA,并构建测序文库,用Hi Seq X Ten进行高通量测序,策略为双端测序;借助Novo Plasty组装叶绿体基因组;用PCR方法克隆边界序列并进行测序验证; SSR的检测采用MISA软件;利用PhyML 3. 0构建系统发育树。【结果】去除接头和低质量的序列,共得到19 869 412条clean reads。序列组装结果表明,多脉铁木叶绿体基因组的全长为159 583 bp,具一个典型的四分体结构,大单拷贝区、小单拷贝区及反向重复序列的长度分别为88 514、18 953、26 058 bp。多脉铁木叶绿体基因组中共有131个基因,其中蛋白编码基因85个、tRNA基因36个、rRNA基因8个,其中的ycf1和ycf15为假基因,它们的序列长度均短于正常基因。多脉铁木叶绿体基因组上共有58个SSR,其中单碱基重复有53个。序列比对结果表明,多脉铁木与天目铁木的相似性最高,达99. 1%,与铁木的相似性最低,为98. 7%。构建系统发育树的最佳模型为GTR+G+I,其中的AIC(赤池信息标准)和BIC(贝叶斯信息标准)分别为556 643. 629 64和556 954. 642 07。系统发育分析结果表明,12种植物在发育树上可分为两大组,桦木族的日本桤木和红桤木聚为一组,榛族的10种植物聚于另一组;多脉铁木与铁木属其他3个种聚于同一分支,支持率均为100%。【结论】在高通量测序的基础上,组装完成多脉铁木的叶绿体基因组,它与天目铁木、毛果铁木和铁木叶绿体基因组的相似性较高,在系统发育树上聚为一组。多脉铁木叶绿体基因组的组装、序列比对和系统发育分析,可为后续开展遗传结构和群体遗传多样性研究奠定基础。     

地理隔离对西南藏区山杨居群遗传结构影响的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对分布于我国西南3个藏族地区山杨9个居群130个个体进行了遗传结构分析。结果表明,筛选出的7对引物组合共检测到多态性条带(AP)99条,多态性条带百分比(PPB)为59.28%。采用POPGENE软件分析,山杨9个居群平均多态位点百分率(PPB)为33.80%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.130 9和0.213 7,较东北地区山杨具有偏低的遗传多样性。遗传分化系数Gst=0.325 5,表明遗传变异主要存在于居群内个体间。地理距离与遗传距离之间具有弱相关关系(r=0.349,P=94.5%),山脉阻隔效应是导致西南藏族地区山杨居群间遗传分化的主要因素。UPGMA聚类表明,甘孜地区4个居群与迪庆地区的维西居群具有较近的亲缘关系,迪庆地区的德钦、香格里拉居群和昌都地区2个居群的遗传相似度较高。基于西南藏族地区山杨遗传结构分析,建议实施就地保护的同时,建立山杨种质资源库,促进不同居群间的基因交流。     

基于28S rDNA基因的天牛科部分种类的分子系统发育

对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系.在获得的772 bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5％;简约信息位点136个,占全部位点的17.6％.G+C的平均含量为60.8％,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换.系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致.28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关系的分子标记.     

濒危植物半日花的遗传多样性和谱系地理结构研究

半日花是半日花科的一种半灌木或灌木,间断分布于我国内蒙古和新疆地区,由于种群数量稀少,现已被列为国家二级保护植物,开展半日花种群遗传多样性和谱系地理结构的研究对于半日花的科学保护具有重要意义。本文基于叶绿体DNA片段trnc-ycf6序列分析和AMOVA发现,半日花种群的遗传变异主要存在于居群间(93%),且居群间遗传分化很高(Gst=0.71,Fst=0.93,Nst=0.92);9个单倍型中4种为内蒙古特有,5种单倍型为新疆特有,有着显著的谱系地理学结构(NstGst)且居群间基因流较低(Nm=0.1),表明半日花种群存在地理隔离,这也是该物种现有单倍型分布格局形成的原因。单倍型最大简约树和网络状树分析,西鄂尔多斯高原可能是半日花冰期"避难所"。     

草兔种群的遗传多样性与系统进化研究

通过测定江苏滩涂草兔样本的线粒体DNA控制区部分序列,引用中国不同地理种群的草兔mtDNA D-Loop序列作为分析资料,研究了草兔种群的遗传多样性和系统进化关系。结果表明,在10条草兔线粒体DNA控制区566 bp的序列中检测到4个多态性位点,定义了3种单倍型类型。滩涂草兔种群的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.689和0.003 06,显示出相对较低的遗传多样性水平。滩涂草兔种群遗传多样性偏低可能是种群内部较强的基因流和数量急剧减少所致。由系统进化树表明,中国草兔不同地理种群并没有完全依据其地理来源形成明显的地理谱系结构,但在一定地域范围内可以作为进化显著单元的遗传独特种群。     

油桐油体蛋白基因的克隆及序列分析

油桐油体蛋白与油桐脂肪酸储藏密切相关。通过构建油桐cDNA文库和EST文库,用分子生物学手段分离克隆出两个油桐油体蛋白基因的全长cDNA序列。通过分析表明,两个油体蛋白基因的全长cDNA分别为738 bp、838 bp,各包含1个完整的CDS,分别编码137个、154个氨基酸。分别命名为VF_oleⅠ,VF_oleⅡ。通过与其它物种的19条油体蛋白氨基酸序列比对,油桐油体蛋白基因分别与麻疯树oleosin 3和麻疯树oleosin 2的相似性最高,分别为84%、82%。通过软件预测表明,油桐油体蛋白等电点分别为10.315、10.335,都存在跨膜结构域,且存在信号肽剪切位点,中部都存在一个较长的疏水区,C末端都是以α-螺旋为主。     

基于COⅠ基因的我国悬铃木方翅网蝽(半翅目:网蝽科)种群遗传多样性和遗传结构分析

【目的】研究悬铃木方翅网蝽在我国不同地理种群间的遗传多样性和遗传结构,探讨其种群在我国的入侵趋势。【方法】共测定12个悬铃木方翅网蝽地理种群中240个个体COⅠ基因的部分核苷酸序列,利用Dna SP V6.12.03等软件对方翅网蝽不同地理种群间的遗传分化程度、基因流水平、分子变异情况、种群历史动态等进行分析。【结果】悬铃木方翅网蝽12个地理种群的COⅠ核苷酸序列含有13个变异位点和9个单倍型,其中有5个共享单倍型,Hap1为祖先单倍型。方翅网蝽总种群单倍型多样性指数H_d为0.584,地理种群间H_d值在0～0.758之间。种群总固定系数F_(ST)值为0.48,各地理种群间F_(ST)值在-0.05～0.89之间,种群间基因分化程度差异较大;种群总基因流N_m值为0.55,且各地理种群间N_m值在-85.25～47.58之间,种群间基因交流程度不同。悬铃木方翅网蝽种群内个体间变异占总变异的52.19%,同时华中组群经历了方翅网蝽种群扩张事件。【结论】12个悬铃木方翅网蝽地理种群在不同组群间和地理种群间具有显著分化的遗传结构。悬铃木方翅网蝽的遗传分化主要来自种群内个体间变异,各地理种群间遗传距离与地理距离无明显的相关性,地理距离未明显阻碍地理种群间的基因交流。同时,推测在中国主要分布区内悬铃木方翅网蝽以上海为中心向全国进行扩散。     

狭口蛙属分子系统发育研究

基于线粒体基因序列(12S rRNA和16S rRNA)的联合分析,采用贝叶斯法和最大似然法分别构建了狭口蛙属9个物种的系统发育树,结果表明,(1)狭口蛙属为单系类群;(2)四川狭口蛙和多疣狭口蛙先聚为一支,后与北方狭口蛙聚为单系;(3)狭口蛙属分为印度-斯里兰卡支系,中国西南-东北支系和中国南部-东南亚支系等3个地理居群。     

麻疯树BRI1基因的鉴定及其在不同发育时期花蕾中的表达分析

[目的]研究油菜素内酯受体BRI1的同源基因(JcBRI1)在麻疯树花发育过程中的作用。[方法]利用RT-PCR技术克隆JcBRI1基因的CDS,以pET-30a(+)质粒为框架构建原核表达载体转化至大肠杆菌进行诱导表达,随后利用LC-MS/MS对表达产物进行质谱鉴定,并以氨基酸序列为基础分析JcBRI1蛋白质结构。利用荧光定量PCR分析麻疯树JcBRI1基因在雌雄花发育的关键时期的表达水平,初步确定其在麻疯树花发育过程中的表达模式。[结果]克隆获得了JcBRI1基因的CDS,长度为3 591 bp。SDS-PAGE检测结果表明:JcBRI1基因在大肠杆菌BL21(DE3)和Rosetta(DE3)中均能表达,但在低温环境的表达量更高。原核表达产物的LC-MS/MS鉴定结果表明:JcBRI1氨基酸序列与预期的一致,JcBRI1基因的表达产物为麻疯树BRI1蛋白。对JcBRI1在麻疯树花器官不同发育时期的表达水平进行检测分析,结果表明:JcBRI1基因的表达量在雌花发育的第一个时期即大孢子母细胞时期就达到了最高值,在随后几个时期持续下调;然而,其在雄花各个时期的表达量并无明显差异,表明其很有可能参与了麻疯树雌花大孢子母细胞发育过程。[结论]麻疯树JcBRI1基因为LRR-RLKs家族成员BRI1的同源基因,很有可能参与麻疯树雌花大孢子母细胞的发育过程,至于JcBRI1在麻疯树大孢子母细胞发育过程中的具体作用机制还需进一步研究。     

格氏栲天然林植物功能性状与系统发育对林窗大小的响应

为探究植物功能性状与系统发育对不同林窗大小的响应,以格氏栲天然林为研究对象,采用简单线性回归探讨格氏栲天然林的叶功能性状和功能多样性随林窗大小的变化规律,并运用Pearson相关分析研究系统发育多样性与功能多样性的相关性,结合系统发育树和功能性状树揭示物种适应策略。结果表明：格氏栲天然林的比叶面积随林冠开度的增大而极显著减小(P<0.01),叶干物质含量随林冠开度的增大而显著降低(P<0.05),叶片氮含量随林冠开度的增大而极显著降低(P<0.01),叶片厚度随林冠开度的增大显著增大,叶绿素含量和叶片磷含量随林冠开度的增大显著升高(P<0.05)。增大林冠开度,格氏栲天然林的功能均匀度、功能分歧度和功能离散度具有显著降低的趋势（P<0.05）,而功能丰富度和Rao二次熵系数无明显的变化趋势。格氏栲天然林的系统发育结构和系统发育多样性与功能多样性之间的相关性较弱,仅系统发育多样性指数与功能丰富度呈现极显著正相关（P<0.01）。格氏栲天然林的叶功能性状均未检测到显著的系统发育信号（P>0.05）,且许多亲缘关系较远的物种具有功能相似性,表现出对外...     

梅奇酵母属ITS序列分析

本文分析了梅奇酵母属Metschnikowia chrysoperlae JA30与其同属已知菌种的属内种间系统发育关系。提取M.chrysoperlae JA30的基因DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,运用邻接距离距阵法,建立梅奇酵母属共33种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,梅奇酵母属的M.chrysoperlae、M.pulcherrima、M.fructicola在ITS基因序列上的差异表现为种内变异水平,这与传统分类的结论存在分歧。     

四川一例疑似野生动物的分子鉴定

测定了一例来自四川汶川的疑似野生动物残体的细胞色素B基因（cytb）。利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的是偶蹄目洞角科山羊（Caprahircus）;联合下载四川有分布偶蹄目野生动物4科18种cytb基因序列和我国有分布山羊、高加索山羊（Capra caucasica）和亚洲山羊（Capra sibirica）进行系统发育关系重建分析,结果显示该物种对应序列与下载的山羊序列聚成一支后与高加索山羊构成姊妹关系;同时测定的汶川序列与下载的来自韩国的两条序列（基因序列号：EU259127和EU259129）为同一单倍型。结合四川有分布偶蹄目状况,认为来自汶川的疑似野生动物残体对应物种为家养动物山羊。