福建黄兔微卫星标记与生长性状的相关分析

根据兔的遗传图谱及相关报道选择了8个微卫星基因座对195只福建黄兔群体进行群体遗传学检测;计算其有效等位基因数 杂合度、多态信息含量,并通过最小二乘分析微卫星遗传标记与体重、体尺性状的相关性。结果表明选用的8个微卫星座位的杂合度在0.5904～0.7267之间,平均为0.6857。多态信息含量在0.5723～0.7222之间,平均为0.6622。许多微卫星基因型与体尺体重有较强相关。微卫星座位Sol33 209bp等位基因对1月龄体重有较强的相关效应;座位Sat12 125bp和座位Sol33 201bp等2个等位基因对3月龄体重有较强的相关效应;座位Sol33 213bp等位基因对8月龄体重有负面影响;座位Sol44 217bp、座位Sol33 209bp、以及座位Sol03 236bp等4个等位基因对体长性状有相关效应;座位Sol44 227bp、座位Sol33 209bp、座位Sol30 170bp以及座位Sol03 244bp等4个位基因对胸围性状有相关效应;座位Sol44 203bp等位基因对胸围性状有负面影响。5个微卫星基因座的基因型Sol33 （209／213)、Sat12（125)、Sol30 170、Sol03（236／244)、Sol44（203／227)对福建黄兔体尺体重存在相关性。这为进一步QTL定位提供理论依据。     

牦牛LPL基因外显子7多态性与生长性状相关性的研究

采用PCR-SSCP技术对5个牦牛品种共398头牦牛脂蛋白脂肪酶基因(LPL)外显子7进行了多态性研究,分析了该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛LPL基因外显子7存在2个等位基因3种基因型.各群体在该基因座上呈Hardy-Weinberg平衡状态.三种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,该位点多态与牦牛的体重、体高、胸围存在显著相关(P<0.05),BB型个体体重、体高、胸围显著高于AA和AB型个体.初步推断牦牛LPL基因第7外显子可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一.     

绍兴鸭微卫星DNA遗传多样性分析

采用鸭的6个高度多态且分布在不同连锁群上的微卫星标记,对原种绍兴鸭种群中48个体和青壳II系绍兴鸭种群中34个体分别进行遗传多样性分析,共检测到152个等位基因,每个微卫星座位上等位基因数介于20～30,基因频率分布在0～0.2,在两个种群中每个微卫星标记的杂合度及多态信息含量均在0.8以上。原种绍兴鸭在3个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而青壳II系绍兴鸭在2个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而且它们都在AY493314座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。研究结果表明:原种绍兴鸭与青壳II系绍兴鸭群体内均存在丰富的遗传多样性。     

‘早胜牛’微卫星基因位点遗传多样性分析

为了从分子水平上分析‘早胜牛’的遗传多样性,采用PCR技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了‘早胜牛’IDVGA46、ILSTS005、IDVGA27、TGLA44、IDVGA2、BM2113和ETH10这7个微卫星位点的多态性分布,并计算‘早胜牛’各个微卫星位点基因座的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、多态信息含量。结果显示:112头‘早胜牛’样品在7个微卫星位点上共有25个等位基因,平均等位基因数为3.5714,平均有效等位基因数为3.0004,平均期望杂合度为0.6996,平均多态信息含量为0.6526。分析结果表明‘早胜牛’群体的遗传杂合度比较高,遗传多样性丰富,所选的微卫星座位点可用于‘早胜牛’遗传多样性评估。     

南江黄羊体重性状的微卫星标记研究

通过10个微卫星位点，对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测，方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后，利用该引物对随机群体进行检测，应用线性模型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现，BM3413位点的186bp和190bp等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因，这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关，相关系数在0.5180～0.7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、MB066位点的98bp等位基因，这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著（极显著）的负相关，相关系数在-0.6539～-0.388之间。     

UCP3基因遗传多态性与中国西门塔尔牛生长

为了分析UCP3基因SNPs与中国西门塔尔牛生长及育肥性状的相关性。以118头中国西门塔尔育肥牛为研究材料,通过DNA测序和PCR-RFLP技术检测UCP3基因BglI酶切位点SNPs,并进行相关分析。UCP3-BglI酶切位点表现多态,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。与部分育肥性状的相关分析表明,该位点与饲料转化率性状和平均日增重性状表现显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体均值显著优于AB和BB基因型个体,料肉比较低,日增重较高;与部分生长性状的相关分析发现在15月龄体高、体长和胸围性状,12月龄体高性状,8月龄体长性状中UCP3-BglI多态位点差异显著,AA基因型个体表型值显著高于其他或其中一个基因型值(P<0.05);在宰后体尺性状测量性状中,UCP3-BglI多态位点对胴体长、胴体胸深和后腿宽和背膘厚性状影响显著。其中AA和AB基因型个体胴体长、胴体胸深和背膘厚性状的表型值显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在后腿宽性状中,AB个体表型值显著高于AA和BB个体（P<0.05）。初步认为,AA基因型与优良的生长育肥性状显著相关,对A等位基因的选择有利于优良性状的改良。     

两种标记方法对短枝木麻黄(Casuarina equisetifolia)无性系遗传多样性评价的差异分析

为了探究形态标记和分子标记对短枝木麻黄无性系遗传多样性评价的差异性,本研究分别利用形态标记和分子标记两种方法对109个短枝木麻黄无性系单株进行遗传多样性差异的比较分析。结果表明:12个形态性状的多样性指数(H’)范围在0.347~2.053之间,其中各质量性状差异较大,短枝木麻黄无性系的表型相似度较高。基于形态性状和分子标记的聚类分析结果,分别可将参试的109个短枝木麻黄无性系单株分别聚为13类和22类,而分子标记的聚类结果更为精确。12对EST-SSR标记引物共检测到等位基因50个,平均每个位点3.42个;无性系样本的观测杂合度Ho和期望杂合度He平均为0.867和0.641;群体的平均Shannon多样性信息指数为1.099,分子标记分析表明华南沿海地区短枝木麻黄无性系人工林遗传多样性较低。研究发现两种方法对短枝木麻黄无性系的遗传多样性评估结果的一致性较低,表明华南沿海林木形态性状标记易受环境影响,遗传多样性评价方法应以分子标记法为主。     

大龙虎泡野生日本沼虾遗传多样性分析

为了深入了解本地日本沼虾的遗传特性,为育种选育提供理论支撑,利用微卫星分子标记技术,对大龙虎泡日本沼虾进行遗传多样性比较分析。结果显示,12个微卫星位点均属于高多态性位点(PIC>0.5);太湖2号养殖群体的等位基因数为4～11,有效等位基因为3.686 4～7.480 5,观测杂合度为0.318 2～0.833 3,期望杂合度为0.744 9～0.884 8;各位点的多态性为0.691 9～0.851 7,属于高遗传多样性的群体。大龙虎泡野生群体等位基因数为1～2,有效等位基因为1.00 0 0～2.000 0,观测杂合度为0.000 0～1.000 0,期望杂合度为0.000 0～0.517 2,各位点的多态性为0.000 0～0.375 0,属于遗传多样性较低的群体。2个群体均有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,大龙虎泡野生群体另出现3个位点无法进行Hardy-Weinberg平衡检验。太湖2号养殖群体的7个位点表现出来的是杂合子缺失,大龙虎泡野生群体的7个表现的是杂合子过剩。分子方差分析显示,有36.15%(P<0.01)的遗传变异来源于群体间,而6...     

杂交粳稻亲本产量性状优异配合力的标记基因型筛选

提高杂交粳稻竞争优势的关键是改良其恢复系产量性状的配合力。为使之更富成效,选用115个SSR引物扩增6个粳稻BT型不育系和12个恢复系的标记基因型,并按NCII遗传设计配制72个F1组合,分析18个亲本的单株日产量、单株有效穗数、每穗总粒数、每穗实粒数、千粒重5个性状的配合力,结合亲本SSR分子标记数据和性状配合力数据筛选了5个性状优异配合力的标记基因型。结果发现20个SSR标记基因型与亲本产量及其构成性状配合力显著相关。其中8个与亲本单个性状配合力相关;6个同时与亲本2个性状配合力相关;4个同时与亲本3个性状配合力相关;2个同时与亲本4个性状配合力相关。同时与多个性状配合力相关的标记基因型,对各性状的作用方向有正有负。RM152-165/170是单株日产量和单株有效穗数优异配合力效应最大的标记基因型,可使F1的相应性状值增加20.6%和12.7%。优异配合力的标记基因型可直接用于粳稻恢复系配合力的分子标记辅助改良。     

虾夷扇贝家系群体遗传结构及其微卫星标记与经济性状相关性的分析研究

为了有效利用微卫星技术分析虾夷扇贝的群体遗传结构并筛选与虾夷扇贝生长相关的标记。采用19个多态性微卫星分子标记对虾夷扇贝一个家系群体进行了遗传多样性分析。结果显示：19个微卫星位点共获得60个等位基因,每个位点的等位基因数(Na)为2~4个,等位基因片段大小为113~312 bp,平均等位基因数为3.26个,平均有效等位基因数(Ne)为3.0175个,观测杂合度(Ho)平均值为0.2952,期望杂合度(He)的平均值为0.6352,平均多态信息含量(PIC)值为0.5671。经卡方Hardy-Weinberg检验(P<0.01)显示多于半数的位点都发生了偏离。运用SPSS 16.0对微卫星标记与虾夷扇贝生长性状的相关性进行分析,结果表明：DQ679223与壳宽显著相关,EF056526与体重、壳长、壳高、壳宽显著相关,DQ221720与体重、壳高、壳宽显著相关,FJ262409与体重显著相关。研究结果表明：虾夷扇贝的群体遗传多样性水平较高,有较高的遗传改良潜力,可以利用筛选的与虾夷扇贝生长相关的标记进行辅助育种,提高育种效率。     

虾夷扇贝不同壳色间的遗传结构及微卫星标记与生长性状相关分析

摘要：实验材料系2007年3月大连海洋大学农业部海洋水产增养殖学重点开放实验室培育的虾夷扇贝“象牙白”家系和普通褐色虾夷扇贝家系,并与大连獐子岛海区养成的F2代9月龄个体各60枚。用22个具较高多态性的虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星引物对其进行SSR扩增并分析。结果显示,普通褐、白贝在不同多态位点的期望杂合度(He)分别为0.3326-0.7927和0.3608-0.7534;等位基因数(Na)分别为1-6和2-6;有效等位基因数(Ne)分别为1.4922-4.6753和1-3.9539,PIC平均值分别为0.5729和0.5596,上述指标表明普通褐、白贝的遗传多样性水平较高且没有显著差异。实验中发现座位8在普通褐贝大部分个体中能获得特异条带A,但在白贝所有个体中均未见,推断特异条带A为白贝特异阴性条带。对22个微卫星标记与虾夷扇贝生长性状相关性进行了方差分析和多重比较,结果表明,座位HLJX 109、HLJX 178和HLJX 139与体重呈显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)相关,座位8、HLJX 191和HLJX 139与壳长和壳高呈显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)相关。本文分析了微卫星分子标记与虾夷扇贝壳色和生长性状的相关性,为虾夷扇贝的相关性状进一步QTL定位提供参考数据,并为虾夷扇贝的养殖和选育提供理论指导。     

福建黄兔的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。     

叉斑狗母鱼形态性状的相关性及通径分析

为了研究叉斑狗母鱼(Synodus macrops)各形态性状的相关性及对体重的影响,随机选取叉斑狗母鱼150尾,测定体长(X₁)、体宽(X₂)、体高(X₃)、头长(X₄)和体重(Y)共5个性状。通过相关分析和通径分析方法对所测数据进行分析。结果表明：叉斑狗母鱼4个性状与体重的相关关系达到极显著水平(P< 0.01);体长、体宽和体高对体重的通径系数达到了极显著的水平,它们是影响体重的主要指标,其中体长对体重的直接作用最大,其次为体高、体宽;头长通过间接作用影响体重;决定系数分析结果与通径分析结果基本一致。剔除对体重直接作用不显著的性状,建立体长(X₁)、体宽(X₂)、体高(X₃)对体重的多元回归方程：Y=-50.198+0.299X₁+0.695X₂+1.238X₃(R²=0.930)。     

利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星

为揭示波纹巴非蛤种质遗传特性、开发种质库,利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了其基因组微卫星标记的分离与筛选研究。基因组DNA经限制性内切酶Mse I 酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15或(AAG)7探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15或(AAG)7和载体引物进行PCR筛选,测序得到含有微卫星DNA的序列,根据序列设计和合成微卫星引物,进行引物适用性分析,并分析了湛江群体的遗传结构。结果表明,8对微卫星引物在湛江群体共检测到108个等位基因,每个位点等位基因数为5~19,期望杂合度为0.666~0.926,观测杂合度为0.400~0.882,4个位点(Pun4,Pun5,Pun6,Pun7)显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.00625);PIC介于0.62~0.92,所有位点均属于高度多态位点(PIC>0.5)。说明FIASCO技术适合于波纹巴非蛤微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的8个微卫星位点能用于波纹巴非蛤遗传多样性分析及野生群体与养殖群体的群体结构分析。     

马氏珠母贝选系F4遗传结构和亲缘关系建分析

为了有效避免因近交引起性状退化,本实验利用微卫星标记分析了选系F4的遗传结构,并估计了其有效亲本的数量。2010年9月,从快速生长系F3选择亲本进行子代繁殖,雌雄亲本数量分别为42和38个,人工解剖授精,按照常规技术进行幼体培育和海区养殖。2011年6月,从选系F4随机选取90个个体,利用45对微卫星引物进行遗传结构分析和有效亲本数量的推断。结果表明：45个微卫星位点共检测到186个等位基因,每个位点的等位基因数在2~9之间,平均每个位点有4.13个等位基因。平均观察杂合度为0.543;平均期望杂合度为0.542;平均Shannon多样性指数为1.012;平均PIC值为0.491。根据基因频率的似然率算法成功的推断出该群体含有30个全同胞家系,用于繁殖选系F4有效亲本数量为60个,有75%的亲本参与了繁殖。世代之间近交系数增量△F=0.83%,F4代群体的近交系数F=3.27%。本研究结果表明：（1）该选系F4具有较高的遗传变异;（2）利用微卫星标记能有效推算选系的有效亲本数量,同时为构建继代群体提供技术支持。     

团头鲂形态性状对体重的影响效果分析

实验选取240尾团头鲂（Megalobrama amblycephala）,对全长、体高、体重、体长、头高 、头长、头宽、尾柄长、尾柄高、背区前长、吻长、眼后头长、背鳍基长、臀鳍基长、腹鳍前长、臀鳍前长、鼻间距和眼径等18个形态性状进行了测量。运用相关分析、多元回归分析和通径分析的方法对17个形态性状对体重的影响。相关分析结果表明,团头鲂的大部分形态性状与体重间的相关系数均达到极显著水平（P < 0.01）。通过多元回归分析发现,只有全长(P1)、体高(P2)、尾柄高(P3)、背前区长(P4)、吻长(P5)、背鳍基长(P6)、臀鳍基长(P7)、臀鳍前长(P8)、鼻间距(P9)和眼径(P10)对体重的回归系数达到显著水平（P < 0.05）,构建的方程为：y = ﹣1 226.370 + 14.749P1 + 46.953P2 + 29.983P3 + 10.082P4﹣52.755P5 + 27.823P6 + 21.749P7 + 10.444P8﹣29.445P9 + 53.868P10。剔除回归系数不显著的形态性状后,通径分析结果表明,体高和全长均直接作用于体重,二者对体重的通径系数分别为0.326和0.272,可以作为预测团头鲂体重的主要形态性状。通过对团头鲂的全长、体高和体重间的回归分析发现,体重与全长和体高之间都为等速生长。     

利用微卫星标记分析五个家兔品种的遗传变异

本文选用10个微卫星标记分析了我国5个引进家兔品种的DNA多态性。通过计算有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度,分析了各品种内的遗传变异。结果表明：在五个品种中,新西兰兔有效等位基因数最多,为6.5455;加利福尼亚兔有效等位基因数最少,为3.000。比利时兔平均多态信息含量和平均杂合度最大,分别为0.5704和0.8233,加利福尼亚兔平均多态信息含量和平均杂合度最小,分别为0.4997和0.5897。     

用SSR标记分析豫综5号和金皇后综合种的遗传变异

利用40对SSR标记引物分析了豫综5号和金皇后综合种的遗传变异.结果表明:40对引物在两群体中都扩增出115个多态位点;累加40对引物扩增的基因型种类,豫综5号196种,金皇后194种;豫综5号的平均遗传距离为0.383 4,金皇后综合种为0.339 7;豫综5号的平均观察杂合度是0.382 6,平均期望杂合度是0.474 7;金皇后综合种的平均观察杂合度是0.329 2,平均期望杂合度是0.414 3.从以上结果来看,豫综5号的遗传变异较丰富.     

甘蓝型油菜抗根肿病KASP标记开发和利用

为了准确高效的筛选抗根肿病材料,提高甘蓝型油菜根肿病抗性育种效率。通过对甘蓝型油菜抗病亲本的Crr1基因与感病亲本中相应的同源基因LOC103834349进行测序,寻找SNP位点,针对第1 486-1 487上的非同义突变位点,开发了一套精准检测抗感根肿病基因型的竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR,KASP)标记。利用该KASP标记对来自42个F_2群体的771个单株进行分型检测,其中315个单株含有纯合感病基因型GG,322个单株含有纯合抗病基因型AA,134个单株含有杂合等位基因型GA。其中对编号为2033的F_2群体中125株材料的KASP分型情况进行χ~2检测,其中纯合抗病基因型AA 30株,纯合感病基因型GG 33株,杂合基因型GA 62株,经χ~2检测,抗病材料与感病材料符合3∶1理论值,抗病纯合基因型、抗病杂合基因型与感病纯合基因型的比值符合1∶2∶1理论值,说明该抗病位点为显性单基因抗病位点。结合田间表型检测鉴定,AA分型和杂合的GA分型单株田间检测均为抗病表型,GG分型均为感病表型,KASP分型结果与田间鉴定结果一致。比对结果说明该KASP标记对根肿病抗、感植株进行正确分型,表明基于Crr1基因和LOC103834349的SNP位点开发的KASP标记可以准确高效的应用于油菜抗根肿病材料的分子标记辅助选择育种。     

水稻香米基因标记的开发与应用

稻米的香味是稻米食味品质的重要指标,而香味是受隐性核基因控制,杂合基因型不表现出香味,因此在香米育种中需要寻找一种快速、简便、准确的香味基因检测方法。本实验分别设计了水稻香米基因fgr的2个等位基因的基因标记（InDel-E2、InDel-E7）,利用这两个标记对20个香米和2个非香稻品种（品系）,以及2个香米／非香米组合的F1进行快速检测。结果显示,InDel—E2能检测到11个香米品种（品系）,InDel-E7可检测其余9个香米品种（品系）,且2个标记都能检测杂合基因型,说明本研究中的20个香米品种（品系）受2个香米基因控制。供试材料的分子检测结果与香米的基因型完全相符,因此本研究开发的2对标记可应用于香米育种的基因标记辅助选择和新香米基因的筛选。