家蚕追寄蝇孵化酶的基因克隆与特性分析

家蚕追寄蝇寄生于家蚕幼虫引起的蝇蛆病危害蚕业生产。为从分子水平研究家蚕追寄蝇的孵化机制,以发育1.5 d的蝇卵为材料,结合RACE技术获得家蚕追寄蝇孵化酶基因的全长cDNA,命名为EsHE(GenBank登录号：ON042475)。EsHE基因cDNA全长1 507 bp,包含159 bp 5′UTR、412 bp 3′UTR和936 bp的完整ORF,编码311个氨基酸;EsHE蛋白序列含有孵化酶特征序列HELMHVLGFMHE(锌结合基序)和YDYGSVMHY(Met-转角基序);系统进化树分析显示,家蚕追寄蝇与丝光绿蝇的孵化酶亲缘关系最近。qRT-PCR检测EsHE基因在家蚕追寄蝇卵期的表达模式,发现在卵产后36 h EsHE表达量开始大幅上升,至孵化前的48 h达到最高水平;且在3龄幼虫中肠组织高水平表达。这些结果暗示EsHE与家蚕追寄蝇的胚胎发育和孵化密切相关,还可能参与幼虫期的食物消化、蛋白质代谢等生物学过程。通过以家蚕追寄蝇基因组DNA为模板扩增发现,EsHE基因含有1个内含子(2 638 bp)和2个外显子(第1外显子1 005 bp,第2外显子502 bp),基因结构...     

家蚕核糖体18S RNA基因的序列分析及分子系统学研究

为研究家蚕18S DNA基因的特点及分子进化,以家蚕丝腺为材料提取家蚕基因组DNA,通过PCR扩增、测序鳞翅目家蚕(Bombyx mori)核糖体小亚基18S RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与等翅目、直翅目、衤责翅目、鞘翅目、膜翅目、双翅目、捻翅目、弹尾目、蜉蝣目各一种昆虫的18S rDNA进行了比较。用DNAstav软件分析并进行序列比对,结果表明,昆虫18S rDNA有4段序列较为保守,以18S rDNA比对的第2保守区段构建的分子系统发育树表明鳞翅目和双翅目、膜翅目、鞘翅目进化关系最近,等翅目、直翅目、衤责翅目进化上较为接近,捻翅目昆虫与弹尾目昆虫的亲缘关系较为接近,捻翅目在分类上应是一种古老的昆虫。     

河南省柞蚕寄生蝇的种群调查及发生原因分析

河南省柞蚕区的寄生蝇主要是家蚕追寄蝇和蚕饰腹寄蝇两种,家蚕追寄蝇一年发生多代,蚕饰腹寄蝇一年发生2代。对河南省柞蚕寄生蝇的种类、形态特征、生活习性进行了调查,分析了柞蚕寄生蝇病害日趋严重的原因。     

危害柞蚕的寄生蝇种类记述

寄生蝇是柞蚕的重要天敌昆虫之一。为帮助生产上识别及防治柞蚕寄生蝇,综合已有的研究报道及最新的研究结果,从分类地位、成虫形态特征、地理分布、寄主及发生危害等方面对柞蚕饰腹寄蝇[Blepharipa tibialis(Chao)]、蚕饰腹寄蝇[Blepharipa zebina(Walker)]、家蚕追寄蝇[Exorista sorbillans(Wiedemann)]、坎坦追寄蝇(Exorista cantans Mesnil)、札幌毛瓣寄蝇(Nemoraea sapporensis Kocha)和舞毒蛾克麻蝇[Kramerea schuetzei(Kramer)]共6种危害柞蚕的寄生蝇进行系统概述,其中,舞毒蛾克麻蝇为柞蚕天敌昆虫新记录种。     

橡实象虫等25种昆虫线粒体COⅠ基因的遗传多样性及系统进化分析

橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。     

家蚕Hox基因的功能及调控研究新进展

Hox基因是重要的转录因子,是昆虫躯体模式发育中的主调控基因,并对附肢的发育有重要的作用.不同生物为适应自然环境进化出不同的躯体模式和附肢,这与Hox基因的进化存在内在的关联.家蚕(Bombyx mori)是鳞翅目的模式昆虫,其躯体模式及附肢的决定机制研究对其他鳞翅目昆虫具有重要参考意义.本文对家蚕Hox基因结构、功能和靶基因等方面的研究进展进行了综述.     

家蚕线粒体基因组EcoRⅠ2.0kb片段的克隆及序列分析

对家蚕线粒体基因组EcoRⅠ 2 .0kb片段进行了克隆和序列分析 ,结果表明该片段包含完整的丝氨酸转移RNA基因、NADH氧化还原酶亚基Ⅰ基因、细胞色素氧化酶b亚基基因的部分序列。与果蝇 (Drosophilamelanogaster)的mtDNA进行了同源性比较 ,并根据无脊椎动物线粒体基因组密码子表 ,推定氨基酸序列。     

狂蝇科昆虫线粒体COⅠ基因组研究进展

狂蝇科昆虫种类多、分布广,在畜牧业上具有重要的经济意义。近年来,线粒体基因组已成为双翅目昆虫分析系统发育研究中很重要的遗传标记,并普遍应用于双翅目昆虫各个阶段的研究中。文章就狂蝇科线粒体COⅠ基因的结构、排列、碱基组成及进化速率等进行介绍,探讨其在分子系统学研究中的应用,为狂蝇科昆虫分子信息学研究提供参考。     

危害野蚕的4种寄生蝇的DNA条形编码鉴定

危害柞蚕(Antheraea pernyi)、栗蚕(Dictyoploca japonica)等野蚕的寄生蝇种类较多,准确鉴定其种类是害虫防治的基础。对采集自不同年份(2007年和2016年)、不同地理区域(辽宁、吉林和河南)寄生柞蚕和栗蚕的50份寄生蝇蛹样品的DNA条形编码进行了研究。来自辽宁6个地区和吉林2个地区的38份柞蚕寄生蝇样品属于柞蚕饰腹寄蝇(Blepharipa tibialis),它们的DNA条形编码序列的碱基一致性达100%,表明辽宁和吉林的柞蚕饰腹寄蝇均来源于一个扩散点,而且扩散历史极短。来自河南的柞蚕寄生蝇样品HN6的DNA条形编码序列与家蚕追寄蝇(Exorista sorbillans)的序列一致性达到96%,属于家蚕追寄蝇;而另外的5份样品HN1~5的序列一致性为100%,推测属于蚕饰腹寄蝇(Blepharipa zebina)。来自辽宁的寄生栗蚕的6份寄生蝇样品DJY1~6的DNA条形编码序列完全一致,但其分类学地位有待于进一步确认。有趣的是,来自河南同一个柞蚕茧内的寄生蝇样品HN3~5和HN6分属于2种寄生蝇。上述结果表明,利用DNA条形编码技术进行危害野蚕的寄生蝇种类鉴定和种群发生监测是可行的。     

追寄蝇寄生对家蚕龄期经过的影响及其机制

家蚕追寄蝇（Exorista sorbillans Wiedemann）是危害蚕业生产的重要害虫。为深入了解家蚕追寄蝇对家蚕龄期经过的影响及其机制,本研究将5龄第1 d的家蚕用于追寄蝇寄生,记录家蚕从5龄起蚕至预蛹期第1 d的时间,并解剖和收集寄生后1 d、3 d和5 d的家蚕血清、前胸腺和脂肪体,分别检测20E(20-hydroxyecdysone)滴度、20E合成酶基因转录水平和20E下游基因转录水平。结果表明：追寄蝇寄生的家蚕从5龄起蚕至预蛹期历经10.1 d,发育时间比对照组缩短了0.7 d。同时,在追寄蝇寄生3 d和5 d后,家蚕的20E滴度与对照组相比均显著上升,且20E合成酶基因和下游响应基因的转录水平均发生改变。20E滴度的上升和下游响应基因转录水平的改变可能是引起家蚕龄期经过缩短的重要原因。     

橡实象虫及其近缘种基于线粒体DNA COⅡ基因的分子系统学研究

橡实象虫(Curculio arakawai)是危害柞树果实(橡实)和嫩芽的主要害虫。基于探索害虫的系统发育和遗传进化机制的目的,以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码的细胞色素氧化酶Ⅱ(cytochrome oxidaseⅡ,COⅡ)基因作为分子标记,对橡实象虫及10个近缘种昆虫进行分子系统学研究。序列分析表明:橡实象虫及10个近缘种的mtDNA COⅡ基因序列全长687bp(不同橡实象虫样本获得的目的基因在GenBank的登录号包括GU945544、GU945545、GU945546),共编码228个氨基酸;mtDNA COⅡ基因表现出明显的A+T含量偏向性,密码子不同位点碱基的使用也存在明显的A+T含量偏向性,mtD-NA COⅡ基因的碱基颠换数总体上高于转换数,颠换主要发生在A←→T间,转换主要发生在T←→C间。遗传变异分析表明,橡实象虫及10个近缘种的核苷酸多态性位点百分率为39.7%,氨基酸突变率为30.3%。分别采用UPGMA法、NJ法和MP法构建橡实象虫及10个近缘种间的COⅡ基因系统进化树,各物种间的拓扑关系虽然稍有差异,但系统进化关系却完全一致,即物种间分别以所在的属聚在一起,形成Curculio、Ceutorhynchus和Peritelus3个属群,其中Curculio属和Ceutorhynchus属的系统进化关系较近,二者聚在一起形成一大支,而Peritelus属单独形成一支。     

钦州湾牡蛎线粒体16 S rRNA基因片段核苷酸序列分析

对69个钦州湾牡蛎个体的线粒体DNA16S rRNA进行PCR扩增,纯化后的PCR产物测序分析,研究16S rRNA基因在白肉牡蛎和红肉牡蛎2个群体中的遗传多样性,通过DNAman比对序列并构建系统进化树。结果得到2个群体的序列长度均为434bp,共检测到16个核苷酸突变位点,包括8个转换位点和8个颠换位点。与GenBank序列比对发现,白肉牡蛎和香港牡蛎的序列基本相同,系统进化树中显示白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。证实了白肉牡蛎和红肉牡蛎是2个不同的种,它们有各自的遗传多样性,该研究为牡蛎的遗传育种提供科学依据。     

野桑蚕线粒体ND5基因及其两端侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

应用PCR技术,对中国山东青州野桑蚕mtDNA的ND5基因及其两端侧翼区域进行了克隆和序列分析。结果表明,在所测定的2．2kb左右的片段中,含有ND5基因的完整序列及Phe-tRNA(UUC)、Ser-tRNA(AGC)、Glu- tRNA(GAA)、His-tRNA(CAC)等4个tRNA基因,该片段的基因组结构与家蚕及其它地域来源野桑蚕的基因组结构基本一致,显示蚕类线粒体基因排列的保守性。ND5结构基因在不同家蚕及野桑蚕之间的比对分析表明,它们在核苷酸水平、氨基酸水平的同源性很高,相似性达96%以上。4个tRNA基因的碱基错配率较高,TψC环缺乏相对保守的T-ψ-C-Pu-A序列,各臂的碱基配对数、各环碱基数目变化较大。以ND5基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。     

Phylogenetic Analysis and Detection of Positively Selected Site on the Coding Regions of TYRP1 Gene

Tyrosinase-related protein 1 (TYRP1) is one of the tyrosinase family members, which was also the first successfully cloned pigment gene.The study aimed at exploring the selective pressure on TYRP1 gene in the process of biological evolution.The study used NCBI to download nucleotide and protein sequences of TYRP1 gene coding regions in different species, through the Clustal X to compare TYRP1 gene encoding protein sequences, using Pal2nal online tool to generate codon multiple sequence alignment, DAMBE software was used to determine the base substitution saturation for constructing phylogenetic trees, using maximum likelihood method and PAML software to analyse TYRP1 gene in different species phylogenetic relationships and selection pressure.The results showed as follows:TYRP1 gene evolution and evolutionary classification of mammals was most close, and the site specific model revealed that TYRP1 genes were mainly affected by purifying selection, and it had been subjected to positive selection in its adaptive evolution, the software found thirteen positive selection amino acid sites.The study analyzed the evolutionary pattern of the TYRP1 gene from the molecular evolutionary perspective, providing a new way for the study of the TYRP1 gene structure and function.     

酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测

酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。     

利用DNA条形编码探讨柞蚕饰腹寄蝇的分类学地位

柞蚕饰腹寄蝇(Blepharipa tibialis Chao)是柞蚕的主要寄生性害虫之一。测定了柞蚕饰腹寄蝇的线粒体细胞色素酶C亚基I(COI)基因5′端的部分片段(657bp,GenBank登录号EU433559),并利用该DNA条形编码探讨了其分类学地位。将GenBank数据库登载的寄蝇科11个属的15个代表种的序列组成数据集,基于Kimura-2-Parameter计算了序列间的遗传距离,采用邻近距离法(Neighbour-Joining)构建了系统树。Blast检索表明这段序列可以作为DNA条形编码用于柞蚕饰腹寄蝇的鉴定。柞蚕饰腹寄蝇与饰腹寄蝇属内5个种间的平均遗传距离(0.122)是饰腹寄蝇属内种间平均遗传距离(0.063)的2倍,而11个形态学属间的平均遗传距离(0.122)则与柞蚕饰腹寄蝇和这11个形态学属之间的平均遗传距离(0.124)基本一致;柞蚕饰腹寄蝇在构建的NJ树中也没有与饰腹寄蝇属的种类聚在一起。基于上述结果,建议将柞蚕饰腹寄蝇从饰腹寄蝇属划分出来,单独作为一个新的属。     

牛二酰甘油转酰基酶(DGAT1)基因的生物信息学分析

DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。