三种对虾病毒多重实时荧光PCR检测方法的建立

根据基因库中白斑综合征病毒（WSSV）、传染性皮下及造血器官坏死病毒（IHHNV）和桃拉综合征病毒（TSV）的基因序列,设计了WSSV 、IHHNV和TSV的三对特异性引物和三条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测WSSV 、IHHNV和TSV的三重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对WSSV 、IHHNV和TSV的检测敏感性分别达到20000、20和20000个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对WSSV 、IHHNV和TSV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这三个病毒。对保存的45份经常规PCR检测仅为WSSV 、IHHNV和TSV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中2份为WSSV和IHHNV混合感染。本研究建立的三重实时荧光PCR方法用于WSSV、IHHNV和TSV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。     

双重一步法RT-PCR同时检测兰花上的两种主要病毒

兰花栽培主要通过分株或组织培养进行无性繁殖，所以兰花病毒病具快速远距离传播和逐代加重的特点。对种苗及贸易商品(盆花及组培瓶苗)进行病毒检测是兰花病毒病防治的根本性措施。在兰花上分离到的病毒超过25种，但危害最重和分布最广的是建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)。目前兰花病毒检测通常采用血清学方法，     

多重PCR检测耐除草剂转基因作物

为建立耐除草剂转基因作物的高通量检测方法,本试验以目前生产上广泛应用的5种除草剂抗性基因dmo、pat、CP4EPSPS、bar和aad1为靶标进行多重PCR(MPCR)研究。通过引物适用性测试、反应体系中的不同引物浓度和反应程序中的退火温度测试、灵敏度和特异性验证等,建立了能同时检测5种除草剂抗性基因的MPCR检测方法。结果表明,当dmo、pat、CP4EPSPS、bar、aad1基因的检测引物终浓度分别为0.2、0.2、0.3、0.4、0.2μmol·L^-1,退火温度为63℃时5种靶标扩增效果较好,且特异性条带清晰且均一。此外,MPCR检测方法具有较好的特异性,对每种靶标的检测灵敏度均可达到0.1%。适用性测试结果显示,MPCR检测方法可对含有5种除草剂抗性基因的多种转基因作物的单个品系或多个品系混合物进行筛选检测。无假阳性和假阴性结果表明,MPCR检测方法对实际样品具有很好的适用性。本试验结果为筛选高效耐除草剂转基因作物检测技术提供了一定的理论依据。     

用复合PCR方法检测6种转基因玉米中外源DNA的特异性

利用本实验室研制的植物DNA提取试剂盒，从玉米（Zea mays）种子中提取符合PCR检测要求的DNA。根据不同转基因玉米中重组DNA的结构，分别设计引物，可对Btl1、Event176、T25、MON810、GA21和NK603等6种转基因玉米进行特异性PCR检测。在此基础上建立了针对6种转基因玉米的特异性DNA片段和玉米内参照基因（zein）的复合PCR检测方法，能同时对7对引物进行扩增，通过产物的长度差异对不同的转基因玉米进行辨别，实现了在同一个PCR反应管中同时对6种不同转基因玉米的特异性检测。     

多重连接探针扩增(MLPA)技术同时检测五种病毒的研究

现有的动物疫病诊断技术多是针对单一病原进行的,而动物疫病的流行却出现了多种病毒混合感染,现有诊断技术不能很好地满足国境口岸快速、高通量检疫的需求,动物疫病多重检测新技术的研究近来已经成为动物疫情监测、疫病控制领域关注的焦点。本研究利用多重连接探针扩增(MLPA)技术特异、敏感、高通量等技术优势,以猪流感病毒(SIV)、伪狂犬病病毒(PRV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪传染性胃肠炎(TGEV)和猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)为研究对象,分别设计了这5种病毒的MLPA探针,将这5种探针混合,建立了可以同时检测这5种病毒的MLPA扩增方法。方法特异性试验表明,针对每种病毒的探针都只能扩增出其对应的病毒模板,其余病毒模板的扩增都是阴性结果;而且,5种探针混合物都只能从单个目的病毒中扩增出单一的特异性条带,而猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的扩增均为阴性。敏感性试验结果表明,5重MLPA扩增的最低检测限可以达到单个病毒核酸3000~6000个拷贝。本研究建立的5种病毒MLPA检测方法在国内外首次实现一次采样,一次分析,检测5种猪病的目的,该技术特异性强,敏感性高,加之其多重性检测优势,有望成为未来疫病检测的新方向。     

多重PCR筛查检测进口转基因玉米

为获得进口转基因玉米筛查检测策略,并根据策略建立多重PCR方法,对15个进口转基因玉米分子特征进行分析。结果表明,将P-Ca MV 35S、T-NOS等2个基因组合作为检测策略可全部检出15个进口转基因玉米至少1次;将P-Ca MV 35S、P-ract1、T-NOS、bar、pat、PMI等6个基因组合作为检测策略,除MON810检出1次外,其他每个转化体可检出至少2次。同时,利用获得的筛查检测策略建立多重PCR体系,对2个基因组合的策略优化,结果表明适宜退火温度为58℃,适宜引物终浓度(μmol·L-1)配比为0.2∶0.2;对6个基因组合的策略优化,结果表明适宜退火温度为60℃,引物终浓度配比为0.2∶0.1∶0.1∶0.1∶0.1∶0.05。采用已知样品对多重PCR体系进行验证,图谱显示与转化体分子特征完全一致。该研究结果将为进口转基因玉米筛查检测提供参考。     

利用复合PCR方法同时检测三种转基因水稻

我国在转基因水稻研究方面处于国际领先地位,但由于研究材料扩散到商品化生产水稻中而引起的贸易纠纷时有发生。加强转基因水稻检测与监管,从源头控制转基因水稻基因扩散对于保障生物安全、促进米制品贸易有重要意义。本研究针对我国当前转基因水稻监管重点,结合已有相关检测方法标准,针对三种不同转基因水稻：抗虫水稻TT51-1、抗病水稻M12、抗除草剂水稻LLRICE62,以水稻内源基因RBE4为参照基因,建立转基因水稻四重复合PCR检测方法,可在同一反应体系中同时检测鉴定三种转基因水稻品系,检测限可达250个拷贝。利用此方法可快速地定性检测和鉴定转基因水稻TT51、M12、LL RICE62。     

实时荧光PCR检测转基因大豆外源基因的拷贝数

快捷、准确地检测转基因植物中外源基因的拷贝数,是转基因生物育种的重要研究内容,具有较大的应用前景。本研究以7个抗虫BT(Bacillus thuringiensis)和抗草甘膦EPSPS-G10转基因大豆事件为材料,以SYBR Green I为荧光染料,利用实时荧光定量PCR方法,根据PCR反应获得的Ct值与起始模板数的对数值存在线性反比关系这一原理,建立了相关性系数在0.99以上的模板定量标线。通过目的基因与内参基因——大豆肌动蛋白编码基因ACTIN的起始模板量比较,估算出各株系的目的基因拷贝数。数据显示,株系1、2、3和4的2个基因均为单拷贝,株系6的2个基因均有2个拷贝,株系5和7的2个基因的拷贝数为3。利用Southern印迹方法对材料1~4的拷贝数进行验证,结果表明,两者的检测结果基本一致,证明实时荧光PCR检测法是大豆外源基因拷贝数检测中快速有效的方法。实时荧光PCR高效快速检测基因拷贝数,对于大规模转基因株系的外源基因拷贝数检测应用具有重大意义。     

进口饲料中牛、羊源成分的PCR同时检测方法

为防止疯牛病和痒病的传入，研究提供了一种利用Chelex-100快速提取动物基因组DNA的方法，并依据牛、羊线粒体基因的同源性序列片段，设计1对通用引物，通过PCR扩增，实现了对进境饲料中牛、羊源成分的同时检测。该方法简单、快捷，在口岸检疫部门中有一定的推广价值。     

利用多重PCR反应同时筛选番茄Tm22和Mi基因

利用同-PCR反应体系,分别对番茄（Lycopersicon esculentum）抗根结线虫（root-knot nematode）的Mi基因、抗番茄花叶病毒（Tomatomosaic virus）病的Tm2^2基因紧密连锁的SCAR标记进行了同时扩增筛选,扩增的特异性片段与单引物扩增片段基本完全吻合.与Mi基因紧密连锁的SCAR1标记为共显性标记,抗感材料均产生750 bp的特异片段,纯合和杂合抗病基因型存在Taq Ⅰ酶切位点,酶切后分别产生了570和200bp以及750、570和200 bp的特异性片段,而感病基因型无酶切位点;与Tm2^2基因紧密连锁的SCAR2标记也为共显性标记,抗感材料均产生950bp的特异片段,杂合抗病基因型和感病基因型有HindⅢ酶切位点,酶切后除Moperou产生800 bp特异片断外,其余杂合抗病材料均为950、500和280 bp片段.感病材料为500和280bp,纯合抗病基因型无HindⅢ酶切位点,酶切结果仍为950 bp产物.该体系可用于在同-PCR反应体系中对2个抗病基因进行同时筛选鉴定,及苗期早期辅助选育.     

同步检测海水养殖动物5种病原菌的扩增子拯救多重PCR(Arm-PCR)方法的建立与应用

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、哈维氏弧菌(V.harveyi)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)和副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)是我国海水养殖动物5种重要的病原菌.本研究在分析了其致病因子基因的基础上,依据扩增子拯救多重PCR(Arm-PCR)的原理,设计了5套特异性的套式PCR引物,并在各内引物的5'端分别加上能被一对通用引物识别的标签序列;通过对套式PCR中影响扩增结果的引物混合物浓度、退火温度、Mg2+浓度、dNTPs浓度以及Taq DNA聚合酶浓度等5个反应参数的调整和优化,最终建立了一种能同步检测海水养殖动物5种常见病原菌的Arm-PCR方法.优化后的Arm-PCR方法第一步PCR反应体系为:10×PCR Buffer 5 μL(含20 mmol/L的Mg2+),dNTP(各2.5mmol/L)5μL,T的酶(2.5 U/μL)0.6 μL,10×Primer Mix(2 μmol/L)5 μL,DNA模板各1μL,灭菌双蒸馏水补足至50 μL,反应的退火温度为55℃.实验结果表明:对鳗弧菌、哈维氏弧菌、嗜水气单胞菌、迟缓爱德华氏菌和副溶血弧菌这5种病原菌,使用该方法可以在1支反应管内快速、同步进行检测,得到大小分别为144、190、266、315和371 bp的特异性产物,其检出灵敏度分别为1.745、1.847、16.000、28.126和369.900 pg细菌基因组DNA;该方法特异性强,与大肠杆菌(Escherichia coli)、溶藻弧菌(V.alginolyticus)、河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等其他细菌以及半滑舌鳎基因组DNA不产生交叉反应.2012年,应用该Arm-PCR方法对分离自病鱼的24个优势菌株进行了检测,确定出5株迟缓爱德华氏菌、3株嗜水气单胞菌、2株哈维氏弧菌及2株副溶血弧菌,证实该方法具有良好的可靠性和实用性.该方法不仅适用于海水养殖动物中致病性鳗弧菌、哈维氏弧菌、嗜水气单胞菌、迟缓爱德华氏菌、副溶血弧菌的快速、同步检测和病原流行情况调查,也为进一步开发相应的基因芯片检测方法打下了基础.     

甘南牦牛三种血液原虫多重PCR检测方法建立及流行病学调查

为建立一种能同时快速检测弓形虫、环形泰勒虫、新孢子虫3种甘南牦牛血液原虫的多重PCR检测方法,掌握3种血液原虫在甘南牦牛中的流行情况,本研究以弓形虫hypothetical protein基因、环形泰勒虫Tams1基因、新孢子虫Nc-p43基因为靶标设计3对特异性引物,通过优化多重PCR反应条件,建立检测3种血液原虫的多重PCR方法,并检测甘南地区629份牦牛血清样品,进行流行病学分析。结果显示,建立的牦牛3种血液原虫多重PCR检测方法,具有特异性强、敏感性高和重复性好的优点,检测弓形虫、环形泰勒虫和新孢子虫DNA的最低浓度分别为0.01、0.02、0.01 ng·μL-1;流行病学调查结果显示,弓形虫、环形泰勒虫和新孢子虫的阳性率分别为4.29%、3.66%、5.88%,并存在混合感染现象,整体混合感染率为13.68%;季节性流行病学分析显示,3种原虫单一感染率均为冬季最高、春季最低（P>0.05）,整体感染率为冬季最高、夏季最低（P>0.05）。按不同年龄分析,0～3岁牦牛3种原虫的整体感染率为27.83%,大于3岁的整体感染率27.46%(P>0.05)。分析风...     

转基因玉米多重PCR-基因芯片联用检测方法的研究

根据七种转基因玉米的重组DNA结构分别对Bt11、Bt176 、Mon810 、Mon863 、TC1507、 GA21 和NK603设计转化体特异性引物,进行多重PCR检测。在此基础上分别设计和筛选了七种转基因玉米转化体特异性oligo探针,制备转基因玉米的寡核苷酸芯片。实验表明,该探针特异性好,同常用的凝胶电泳检测方法相比,芯片杂交的灵敏度（0.01%）,优于凝胶电泳检测（0.1%）,由于采用了多重PCR技术一次可同时检测多个基因,提高了检测的准确率和效率。     

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测转基因成分的数据分析及其标准化研究

在利用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,q RT-PCR)检测转基因成分的含量时,数据分析的规范化与标准化对保证实验数据的准确性及实验室间数据的可比性具有重要意义。本研究以转基因玉米(Zea mays)NK603为研究材料,分析了分别以q RT-PCR中3次平行反应的单个Ct值和3次平行反应Ct值的平均值所绘制标准曲线的差异;分析了分别以盲样3次平行反应的Ct平均值和3次平行反应的拷贝数平均值(算术平均值或几何平均值)计算转基因成分含量的差异;并研究了结果准确性判定的方法。结果表明,标准曲线应基于单个Ct值;在计算转基因成分的含量时,Ct值应取算术平均值,拷贝数应取几何平均值;最后通过比较样品的测量结果与标准值之间的差异是否显著(UΔ>Δm,表明测量结果的平均值与样品的标准值无显著差别)来判断实验结果的可靠性。本研究为转基因产品检测中q RT-PCR实验数据处理的标准化提供了参考资料。     

洋葱腐烂病菌荧光定量PCR检测体系的建立

唐菖蒲伯克霍尔德菌洋葱致病型(Burkholderia gladioli pv.alliicola),是重要的植物病原细菌检疫性有害生物.本研究的目的是建立特异、灵敏、快速的TaqMan探针荧光定量PCR方法用于检测洋葱腐烂病菌(B.gladioli pv.alliicola).利用洋葱腐烂病菌保守基因序列设计和筛选特异性引物和TaqMan探针,优化PCR反应体系和反应条件.荧光定量PCR菌液检测灵敏度达到1.02×102 CFU/mL,DNA检测灵敏度达到1.73×10-4 ng/μL,反应时间仅需1h左右,对14种伯克氏菌属Burkholderia)参比菌种的特异性检测结果显示,洋葱腐烂病菌具有明显的扩增曲线生长,表明建立的荧光定量PCR体系具有非常高的特异性.同时对洋葱(Allium cepa)种子进行了模拟带菌检测,结果表明,建立的洋葱腐烂病菌荧光定量PCR检测体系能够检出模拟样品中的洋葱腐烂病菌,验证了检测体系的实用性.本研究建立的洋葱腐烂病菌荧光定量PCR检测体系能够有效用于洋葱腐烂病菌的鉴定,为进出口口岸和基层检验检疫部门提供了一种简便、快速、准确的洋葱腐烂病菌分子检测手段.     

实时荧光定量PCR方法检测大肠杆菌O157:H7

针对大肠杆菌(Escherichia coli )O157:H7的致病基因eae设计了特异性引物，并用荧光染料SYBR GreenⅠ 进行了实时定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）。熔解曲线显示产物特异性较强，无非目的条带和二聚体产生。并对反应程序进行了优化，确定了最佳的反应程序，最终在合适的模板浓度内得出了标准曲线。结果显示Real-time PCR 比普通PCR灵敏1 000倍。     

Simultaneous Determination of Phorate and Oxyfluorfen in Well Water Samples with High Accuracy by GC-MS After Binary Dispersive Liquid-Liquid Microextraction

The potential risk of pesticides to cause harm to humans and other organisms even at trace levels calls for sensitive and accurate analytical techniques for their simultaneous qualitative and quantitative determinations. In this study, a sensitive binary dispersive liquid-liquid microextraction (B-DLLME) strategy was developed for the simultaneous determination of phorate and oxyfluorfen by gas chromatography mass spectrometry after extraction/preconcentration from aqueous solution. An experimental design was used to optimize parameters of the B-DLLME method to obtain maximum outcome. Under the optimum conditions of B-DLLME, the limit of detection (LOD) for phorate and oxyfluorfen were found to be 0.41 μg L^?1 and 0.54 μg L^?1, respectively. The detection limits correlate to about 37 and 73 folds enhancement in detection powers when compared to direct GC-MS determination of phorate and oxyfluorfen, respectively. In order to find out the applicability of developed method to real samples, recovery tests were performed for 20 μg L^?1 of phorate and oxyfluorfen spiked in well water samples. Percent recovery values were found to be 94.5% for phorate and 101.9% for oxyfluorfen.     

基于实时荧光定量PCR技术的油气微生物勘探样品保存研究

针对一个油气藏和两个非油气藏上方的土壤剖面,围绕典型油气指示微生物甲烷氧化细菌,采用分子生态学技术比较了新鲜、自然风干和冷冻干燥3种处理下土壤中甲烷氧化细菌标靶基因pmoA的变化规律,研究了自然风干土壤能否用于油气资源微生物勘探.与新鲜土壤相比,自然风干和冷冻干燥显著降低了不同土壤剖面微生物总DNA含量,甲烷氧化细菌pmoA基因数量最多分别下降了90.7％和77.5％;然而,与非油气藏上方土壤剖面相比,自然风干和冷冻干燥处理后,油气藏上方不同土壤剖面依然检测到了大量的甲烷氧化细菌pmoA基因.本研究中,自然风干或冷冻干燥处理后的土壤适合于油气微生物勘探.     

贝类中GII型诺如病毒的微滴式数字PCR定量检测方法

采用微滴数字PCR(ddPCR)技术,建立RT-ddPCR快速定量检测GⅡ型诺如病毒的方法。反应条件的退火温度为55℃,反应体系引物探针浓度分别为1、 0.25μM。建立的GⅡ型诺如病毒RT-ddPCR方法的特异性和稳定性好;在单位体积内拷贝数20~60 000区间内呈现良好的线性关系, R2=0.997。本方法可以对单位体积拷贝数为20的样品进行稳定的定量检测,对单位体积拷贝数为6.6的样品进行稳定检测。精密度结果表明, 4组浓度的样品所得到的组内RSD值为2.86%~23.59%之间,均<25%;对23个贝类样品的检测结果与荧光PCR检测结果一致。本研究建立的GⅡ型诺如病毒的RT-ddPCR定量检测方法可用于贝类样品诺如病毒的快速定量检测。     

转植酸酶基因(phyA2)玉米定性、定量PCR检测

转植酸酶基因玉米检测是对转植酸酶基因玉米释放进行有效监管的重要前提和技术支撑。本研究根据转植酸酶基因玉米(Zeamays)外源植酸酶基因phyA2序列设计基因特异性引物,进行了定性、定量PCR检测。定性结果显示,该引物可有效检测植酸酶玉米中phyA2基因,而在其他不含植酸酶基因的材料中则检测不到相应基因,表明该引物具有很高的特异性。以玉米内标准基因玉米淀粉合酶异构体zSTSII-2基因(zSSIIb)和植酸酶基因phyA2为对象,进行SYBRGreenⅠ染料法荧光定量PCR反应,绘制2种基因扩增循环数-拷贝数标准曲线图,根据混合样品中(zSSIIb)和植酸酶基因phyA2的拷贝数计算样品中的转基因含量,并做熔解曲线分析。结果表明,zSSIIb和phyA2标准曲线相关系数分别为0.998和0.995,相关性较好,两个基因的熔解曲线均呈单峰型,表明引物特异性较强,混合玉米样品(植酸酶玉米含量分别为1%、0.5%和0.1%)中植酸酶玉米含量分别为1.1%、0.54%和0.17%,实测值与理论值接近。本研究建立了转植酸酶基因玉米定性、定量PCR检测体系,可有效地对转植酸酶基因玉米进行检测。