不同养殖年份鱼塘底泥细菌群落多样性及演替分析

为探究不同养殖年份的鱼塘底泥中细菌多样性及演替关系,通过构建16S rRN A基因文库,比较分析养殖1年和养殖4年池塘底泥样品细菌的群落构成,分别由养殖1年和养殖4年文库获得145和172个克隆子,香农—威纳多样性指数分别为2．37和2．22,辛普森优势度指数分别为9．36和7．58,覆盖度指数分别为100％和93．3％。 Prolixibacter （34／145）、荚硫菌属（17／145）、浮霉菌属（15／145）和脱硫微菌属（12／145）为养殖1年样品优势菌群,长绳菌属（41／172）、Prolixibacter （31／172）、黄色单胞菌属（22／172）、Cetobacterium （21／172）和噬纤维菌属（15／172）为养殖4年样品优势菌群。养殖1年和养殖4年文库细菌菌群结构在种分类水平上的相似度系数为0．6171。由此可知,养殖池塘底泥中蕴含着复杂的微生物群落体系,长期的积累促使该微生物群落发生了演替。     

斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用,深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征,并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示,斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化,冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）,与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示,冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富,冬季和春季分布较为集中,分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门,秋季特异性优势菌群分布特别分散,而夏季优势细菌类群最少,只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中,透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05）,对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

泼河水库的水质变化特征及富营养化评价

为了明确泼河水库氮磷的分布特征及其富营养化水平现状,笔者根据2012年9月至2013年9月对泼河水库的监测数据,分析了泼河水库氮磷分布特征,并应用综合营养状态指数法对研究水域富营养化现状进行了评价与分析。结果表明：（1）泼河水库氮磷分布呈夏季高、春季次之、冬季最低的特征;（2）泼河水库营养状态为中营养。     

添加芽孢杆菌对池塘中理化因子和细菌群落结构的影响分析

为研究添加芽孢杆菌对池塘水体理化因子和细菌群落结构的影响,采用高通量测序技术分析了实验组(添加芽孢杆菌池塘)与对照组(普通池塘)水体和底泥细菌群落结构,同时分析了两种池塘水体和底泥的理化指标。结果显示,8、9月实验组池塘水体中TN、NH₄⁺-N和NO₃^--N含量显著低于对照组,底泥中的NO₃^--N、NH₄⁺-N、TN和TP含量显著高于对照组。实验组池塘水体中发酵单胞菌属(Zymomonas)、玫瑰单胞菌(Roseomonas)、脱氯单胞菌(Dechloromonas)和噬几丁质菌属(Chitinophaga)细菌丰度显著高于对照组。在这些细菌群落中,脱氯单胞菌、噬几丁质菌属有去除硝酸盐的作用,发酵单胞菌属、玫瑰单胞菌具有脱氮的功能。实验组池塘水体Chao1指数和Shannon指数显著高于对照组。水体中优势细菌群落中的噬氢菌属(Hydrogenophaga)、Geothermobacter、Haliscomenob...     

白洋淀水域夏季细菌群落结构及与环境因子的关系

为了解白洋淀水域细菌多样性,于夏季采集水样进行水质和微生物群落结构分析。水质分析显示,白洋淀平均酸碱值(pH)为7.95,溶解氧(DO)为16.67 mg/L,属于偏碱性湖泊且含氧量丰富。通过Illumina NovaSeq6000高通量测序分析微生物群落结构表明:白洋淀不同采样点Chao1指数、Ace指数均较高,Shannon指数为7.151~8.443,Simpson指数为0.986~0.992,反映出白洋淀各采样点微生物群落多样性丰富、稳定性好,且细菌丰富度和多样性均以光淀(GD)最高。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是湖水的优势菌门,丰度之和能达到90%,且以变形菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,丰度为44.15%~60.18%;在属水平上烧车淀(SCD)和枣林庄(ZLZ)以多核杆属(Polynucleobacter)为第一优势菌属,其余采样点优势菌属为unidentified_Cyanobacteria。CCA(canonial correspondence analysis)分析表明,pH和DO是影响白洋淀细菌群落结构的主要环境因子。     

工厂化循环水养殖系统微生物群落结构和功能分析

为比较循环水系统中各水处理单元细菌群落组成、物种多样性和功能的差异,通过高通量测序技术分析该系统养殖池、沉淀池、蛋白分离池、生物滤池和海马齿浮床池水体中的菌群组成,并进行菌群功能预测。结果显示,与其他池相比,生物滤池和海马齿浮床池中α-变形菌纲显著减少,拟杆菌门明显增高。疣微菌门在生物滤池中的相对丰度显著高于其他池。从属的水平分析,优势菌Loktanella在沉淀池和蛋白分离池的占比是其他池的2～3倍,Rubritalea在生物滤池的占比明显高于其他池。海马齿浮床池菌群丰度和菌群多样性均最高,生物滤池菌群丰度最低。在群落组成和结构方面,生物滤池和海马齿浮床池与其他样品相似度最低。PICRUSt功能预测结果显示,该循环水系统中细菌群落占优势的功能类群主要集中在新陈代谢方面。比较各单元细菌群落功能相似性发现,沉淀池和蛋白分离池较相似,生物滤池则与海马齿浮床池类似。另外氮代谢功能基因的相对丰度在海马齿浮床池中更高。该试验结果可为构建适合于中国南方地区的循环水养殖系统提供数据支撑和技术支持。     

泼河水库叶绿素a的分布特征与环境因子的关系

本实验在2012年9月~2013年9月期间,每季节采样一次,测定泼河水库叶绿素a(chl.a)的浓度,分析泼河水库叶绿素a的分布特征及其与总氮(TN)及总磷(TP)等环境因子的相关性。结果发现,泼河水库叶绿素a浓度的季节分布由高至低为夏季春季秋季冬季;空间分布为春季和夏季河流入库口叶绿素a的浓度高于其他水域;因子相关性分析表明,春季和夏季泼河水库叶绿素a浓度与水体中总磷的浓度相关,其中夏季相关性极其显著。     

三峡库区及上游沉积物细菌群落结构及其对重金属的响应

为探究不同生境条件下细菌群落结构特征及其对沉积物重金属污染的响应，在三峡库区及上游共4个江段，采集21个表层沉积物样品，利用高通量测序技术研究其细菌群落结构和多样性，并利用冗余分析和相关性分析等方法分析重金属与细菌群落结构和多样性之间的响应关系。结果显示：研究江段沉积物细菌群落共检出65门179纲446目784科和1 926属；优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),优势菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),其相对丰度分别为42.35%～54.56%和12.65%～28.30%;细菌群落多样性表现为：库区江段>库区上游江段，但没有显著差异；重金属As、Pb、Cr和Cu含量与绿弯菌门(Chloroflexi)相对丰度呈显著正相关，与厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度呈显著负相关。     

龟鳖废水处理系统中细菌群落组成及动态变化

为了优化废水处理系统的菌群结构,提高水质净化效率,实验采用高通量测序技术对龟鳖废水处理系统的细菌群落组成进行分析,同时对细菌群落和废水水质进行相关性分析.结果显示:不同处理单元中的菌群结构存在显著差异,在门分类水平上,各处理单元的主要细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacte-roidot...     

三疣梭子蟹养殖塘表层底泥异养细菌群落比较研究

采用菌落菌体形态观察和16SrDNA序列比对的方法,对三疣梭子蟹养殖健康塘和病害塘表层底泥中的异养细菌进行了比较研究。分离得到的255株细菌可分为13个菌落类群,33个菌体亚群。对占异养细菌总数34.5%的两个优势亚群(A-NS-SpR亚群,不产芽孢的球杆状菌;B-SF-SR亚群,产芽孢的短杆状菌)的16SrDNA序列分析结果表明,A-NS-SpR亚群属于变形菌门中的2个纲3个科8个属约12个种,其中Halomonas ventosae和Donghicola eburneus两个种数量最多,占该亚群菌株的59.1%。B-SF-SR亚群属于厚壁菌门芽孢菌纲的3个科4个属约12个种,其中Bacillus decolorationis和Halobacillus trueperi两个种数量最多,占该亚群菌株总数的60.6%。从属的水平上讲,Bacillus和Halomonas是优势属。A-NS-SpR亚群在健康塘中的丰度(菌株数量)明显高于病害塘,但多样性(种属数量)差别较小,其中Rhodobacteraceae科在两个塘中的数量差别最大。与此相反,B-SF-SR亚群在健康塘和病害塘中的丰度相当,但健康塘的多样性明显...     

汾河太原段沉积物中细菌群落的分布特征

分析汾河太原段沉积物细菌群落结构,探讨细菌群落与典型环境因子的相关关系,丰富河流沉积物细菌群落资料,并为汾河太原段生态健康状况评价提供依据。于2020年10月枯水期,在汾河入城口至清徐段布设11个采样断面,采集汾河太原段表层沉积物,共采集到10份样本。采用Illumina高通量测序技术分析沉积物细菌丰度和群落结构,利用主成分分析（PCoA）、冗余分析（RDA）和相关性分析等方法探讨沉积物中细菌群落结构分布特征以及主要影响因素。结果表明,10个断面表层沉积物中5 422个细菌OTUs分属于61门140纲346目580科1 073属。细菌群落结构在断面fh6、fh7、fh8、fh9、fh10、fh11和fh4相似度较高,fh1和fh2断面相似度较高,而fh3断面与其他断面差异显著。除fh3,沉积物细菌优势菌门均为变形杆菌门（Proteobacteria）,次优势菌门为绿弯菌门（Chloroflexi）,优势菌纲为γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）。Pearson相关性分析表明,TN、OM和Pb与OTUs、Shannon指数和Simpson指数相关性显著。TN、OM和Pb...     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

巢湖水体细菌群落结构及多样性研究

研究巢湖水体细菌群落结构和多样性,为生态修复提供理论依据。在南淝河入湖口、兆河入湖口和裕溪河出湖口3个采样点采集水样,应用高通量测序技术对水体细菌的16S rRNA基因进行序列测定,应用Qiime软件调用UCLUST程序将所获得的优质序列在97%序列相似度下进行聚类,应用Mothur软件在OTUs列表中根据样品的物种丰度情况计算各样品的丰富度和多样性指数。结果表明：（1）巢湖水样具有很高的细菌多样性,不同空间区域的群落结构存在差异;在门水平上,主要细菌类群有放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和浮霉菌门（Planctomycetes）;在属水平上,主要细菌类群有hgcI clade、微胞藻属（Microcystis）、CL500-29 marine group和unclassified OPB56;3个样点均存在大量未知的菌属。（2）裕溪河出湖口总氮、总磷和COD含量较高,球衣菌属（Sphaerotilus）丰度相对较高;南淝河入湖口大量出现拟浮丝藻属（Planktothricoides）,说明此处污染仍然较严重;3个样点均检测出大量从毛单胞菌科无法鉴定到属的种类（unclassified Comamonadaceae）,指示巢湖不同空间区域的水体均受到外源污染物输入的影响。     

大渡河河口秋季浮游动物的群落结构特征

2010年9月对大渡河河口水域的主河道、左汊河道、峨嵋河、青衣江浮游动物进行调查。结果表明,浮游动物92属、165种,平均密度376.19个/L,平均生物量0.0604mg/L;不同水域浮游动物密度、生物量及群落特征的比较可见,峨嵋河>青衣江>左汊河道>主河道,各水域浮游动物种类的相似度较低。聚类分析将大渡河河口31个点聚合为大渡河主河道和左汊河道、青衣江、峨眉河3大类群;分析了水环境与浮游动物群落特征的相关性,温度是重要的影响因素。浮游动物在水域生态系统的物质循环与能量流动中占有重要地位,是水生生物的重要组成部分,也是河流生态恢复重要的评价指标之一。     

淮河流域西淝河浮游植物群落结构特征

为探究淮河流域西淝河浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系,在2016年和2017年冬季(2月)、春季(4月)、夏季(8月)和秋季(11月)对淮河流域西淝河浮游植物群落结构特征进行研究。结果显示,共鉴定出浮游植物236种(含变种和变型),隶属于8门、103属。其中,绿藻门(Chlorophyta)最多,有37属、83种,占浮游植物物种总数的35.17%;其次为硅藻门(Bacillariophyta)28属、78种,占33.05%;蓝藻门(Cyanophyta)20属、40种,占16.95%。浮游植物群落结构组成及变化显示,蓝藻门物种的细胞密度占绝对优势,其次为绿藻门,分别占总细胞密度的57.04%、17.66%。硅藻门物种的相对生物量最大,其次为绿藻门,分别占总生物量的35.69%和28.81%,且浮游植物细胞密度与生物量均在夏季达到最大值。浮游植物细胞密度为(7.24±1.13)×10~7个/L,生物量年均值为(34.08±3.20) mg/L。Shannon-Wiener多样性指数、Margalef丰富度指数和Pielou均匀度指数为3.27～4.66、2.75～6.10和0.73～0.94。Pearson相关性与RDA分析表明,影响浮游植物群落结构的主要因子有溶解氧、水温、水生植被盖度、电导率、营养盐和透明度。研究结果可为揭示淮河流域浮游植物群落结构特征提供基础理论依据。     

南美白对虾养殖环境及其肠道细菌多样性分析

为了探讨南美白对虾(Penaeus vannamei Boone)肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布,采用Illumina miseq测序平台,基于16S r RNA基因的序列测定结果,对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示,在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到206、265和270个细菌属,其中,有90个属在3个样品中均可检测到,底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为146、128和119个,表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于1%的优势菌属分别有20、17和10个;底泥、水体和虾肠道中丰度最高的细菌均为一种分类未明的细菌属,丰度分别为23.08%、37.13%和42.22%。除此之外,底泥中主要优势细菌属分别为假单胞菌属(Pseudomonas)(5.77%)、Ohtaekwangia(4.79%)和狭义的梭菌属(Clostridium)(3.88%);水体中主要优势细菌属分别为土壤杆菌属(Sediminibacterium)(6.64%)、Spartobacteria genera incertae sedis(3.95%)和GPIIa(3.20%),而虾肠道中主要优势细菌属分别为假单胞菌属(Pseudomonas)(14.57%)和不动杆菌属(Acinetobacter)(6.54%)。在底泥、水和肠道中分别检测到3、6和6个潜在致病细菌属,丰度最高的细菌属分别是假单胞菌属(5.77%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(0.77%)和假单胞菌属(14.57%)。在底泥、水和肠道中检测到的益生菌可分别分配至8、6和7个细菌属,其中有5个属在3个样品中均可检测到。聚类分析显示,养殖池塘底泥、水体和南美白对虾肠道细菌种群中丰富度位于前20的分类操作单元(OUT)在聚类树的位置存在明显不同。研究结果进一步加深了对健康南美白对虾肠道细菌种群及其与养殖环境中细菌种群互作的理解,为益生菌制剂的研发提供了新的线索。     

泾河宁夏段夏季浮游生物群落结构特征

2010年7-8月对泾河宁夏段浮游生物群落组成进行了调查。结果表明,该河段浮游植物种类有6门、81种（属）,密度为1.1万～11.6万个/L,平均密度为4.37万个/L。生物量为0.024～0.210mg/L,平均生物量为0.083mg/L。浮游动物有4门、54种（属）,密度为60～185个/L,平均密度为107.73个/L。生物量为0.02～0.66mg/L,平均生物量为0.24mg/L。浮游植物多样性指数表明,该河段水质良好,浮游生物群落结构不稳定,易受外界的干扰。     

拉萨河春季浮游生物群落结构特征研究

2015年4-5月对拉萨河浮游生物的调查结果显示:浮游植物有6门76种(属),浮游植物密度变化在4.04×10~4~16.04×10~4ind/L之间,平均密度为10.18×10~4ind/L,生物量变化在0.037~0.37 mg/L之间,平均生物量为0.13 mg/L;浮游动物4门51种(属),密度的变化范围是45.00~125.00 ind/L之间,平均密度为84.09 ind/L;生物量变化范围为0.006 8~0.063 mg/L之间,平均生物量为0.041 mg/L。该河段浮游生物组成多以冷水性种类为主;浮游生物的密度与生物量随海拔的升高呈递减趋势。     

Effects of a probiotic (Bacillus subtilis FY99‐01) on the bacterial community structure and composition of shrimp (Litopenaeus vannamei,Boone) culture water assessed by denaturing gradient gel electrophoresis and high‐throughput sequencing

In China, many commercial probiotics are added as water additives into shrimp culture ponds with no sediment. In these ponds, probiotics should have great effects on the bacterial community of culture water at different culture stages. However, the specific effects have not been clarified yet. In this study, the effects of applying the probiotic Bacillus subtilis FY99‐01 on the bacterial community of shrimp (Litopenaeus vannamei) culture water at different culture stages were determined by denaturing gradient gel electrophoresis and high‐throughput sequencing. The water quality parameters, shrimp production, survival rate and feed conversion ratio (FCR) were also analysed. The results showed that application of probiotics improved the water quality by reducing the levels of pH, nitrite and soluble reactive phosphorus, whereas there was no significant effect on shrimp production, survival rate and FCR. Application of probiotics brought no obvious effect on bacterial α diversity while had effect on bacterial β diversity. In addition, probiotics brought different effects on the bacterial community structure at different culture stages, and the effects are stronger in the early and middle phase than in the late phase. Sequencing results demonstrated that probiotics could increase the abundance of Flavobacteria, whereas decrease the abundance of α‐Proteobacteria in the late phase of culture. Besides, principle component analysis results indicated that using probiotics also could increase the abundance of beneficial microalgae (Bacillariophyta and Chlorophyta) and decrease the abundance of Vibrionaceae.     

秋季逊别拉河自然保护区浮游动物群落结构特征的初步研究

2010年9～10月,对逊别拉河自然保护区浮游动物群落结构进行了初步研究。结果表明,共鉴定出4类20种浮游动物,其中轮虫类9种,占45.0%;原生动物7种,占35.0%;桡足类3种,占15.0%;枝角类1种,占5.0%;数量均值为1132ind.L-1。原生动物数量较多,占69.4%;轮虫类次之,占30.3%;桡足类仅占0.3%;生物量均值为0.206mg·L-1。轮虫类生物量最高,0.137mg·L-1,占66.5%;桡足类0.045mg·L-1,占21.9%;原生动物仅占11.6%;优势种类为原生动物的沙壳虫Difflugia sp.、侠盗虫StrobiLidium sp.、焰毛虫Askenasia sp.;轮虫类的蒲达臂尾轮虫Brachionus budapestiensis、螺形龟甲轮虫Keratella cochlearis和桡足类的无节幼体nauplius为主。多样性指数H’、J显示逊别拉河自然保护区H’平均值为1.58,J平均值为0.81,表明保护区浮游动物的多样性比较丰富,物种分布均匀度较好,为保护鱼类的生存和繁衍提供了良好的生态环境。