拉萨裸裂尻鱼的食性

分析了2008年8月至2009年9月在雅鲁藏布江逐季采集的149尾拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi younghusbandi)肠道内含物,对其食性和食物选择性进行了研究.结果表明,拉萨裸裂尻鱼的摄食方式为刮食型,属于杂食性鱼类.全年摄食,但繁殖期间的亲鱼停止摄食.食物组成依照相对...     

1株拉萨裸裂尻鱼源致病性中间气单胞菌的分离鉴定

为查明引起拉萨裸裂尻鱼患病的病原菌,自濒临死亡的病鱼肝脏中分离到1株优势菌LS-01,经回归感染试验确定为致病菌.结合革兰氏染色、生理生化试验和分子生物学方法进行综合鉴定,同时探究菌株LS-01的耐药性.试验结果显示,菌株LS-01为革兰氏阴性菌,基于16S rRNA和gyrB基因构建的系统发育树与中间气单胞菌聚为一支...     

中国南海斑节对虾5个地理群体线粒体18S rRNA基因序列比较分析

摘要：本文对中国南海海域5个斑节对虾野生群体（三亚群体（SY）、深圳群体（SZ）、阳江群体（YJ）、湛江群体（ZJ）、北海群体（BH））100个样品的 16SrRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用Clustal_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性（π）依次分别为0.00435,0.00586,0.01050,0.01081,0.01168。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性（H）依次分别为0.6895, 0.5211, 0.5737, 0.6000, 0.7211。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析,结果表明5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明：三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。以上结果表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体：一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。     

利用16S rRNA和COI基因序列对三疣梭子蟹不同群体遗传特征的比较分析

采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的3种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的两种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。     

饲料中添加氯化胆碱对拉萨裸裂尻鱼生长性能的影响

拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi),又叫杨氏裸裂尻鱼、土鱼,隶属于鲤形目(Cypriniformes),鲤科(Cyprinidae),裂腹鱼亚科(Schizothoracinae),裸裂尻鱼属(Schizopygopsis),自然分布于雅鲁藏布江中上游干支流水体中,为我国特有的高原性鱼类,也是西藏主要经济鱼类之一,但由于其生长慢、性成熟晚、繁殖力低等特点,资源一但遭到破坏.     

基于CO I和16S rRNA基因序列分析与比较中国沿海7个脊尾白虾群体的遗传多样性

脊尾白虾(Exopalaemoncarinicauda)作为我国沿海特有经济虾类之一,具有繁殖能力强、环境适应能力强、生长周期快等生物学优点。为探究我国沿海脊尾白虾不同地理群体的遗传变异状况,采用PCR产物纯化测序方法,分别测定了两个空间序列,包括小尺度序列(浙北、浙中、浙南)和大尺度序列[渤海、黄海、东海(浙江)、东海(福建)及南海],共7个野生群体总计210个脊尾白虾样品的CO I和16S rRNA基因序列。获得了长度为515 bp的CO I基因序列,其A+T含量为58.65%;获得了长度为520bp的16SrRNA基因序列,其A+T含量为62.02%。COI与16S rRNA基因序列分析结果一致,黄海群体的遗传多样性最高,南海群体的遗传多样性最低。AMOVA结果分析也一致,群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异。两个基因序列分析的不同在于:CO I基因序列分析共检测到有63个变异位点,单倍型多样性(Hd)为0.353～0.809,核苷酸多样性Pi为0.00140～0.00497; 16S rRNA基因序列分析共检测到有41个变异位点,单倍型多样性(Hd)为0.265～0.801,核...     

饲料蛋白质水平对拉萨裸裂尻鱼幼鱼肌肉氨基酸及蛋白质代谢的影响

本实验旨在探索饲料蛋白质水平对拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi Regan)幼鱼肌肉氨基酸及蛋白质代谢的影响。选用初始体重为(22.42±0.56) g 的拉萨裸裂尻鱼 540 尾,随机分成 6 组,每组 3 个重复,每个重复30 尾鱼,分别投喂蛋白质水平为 20%、25%、30%、35%、40%、45%的实验饲料,养殖时间为 60 d。结果表明:随着饲料蛋白水平的增加,拉萨裸裂尻鱼氮摄入量(NI)和绝对氮摄入量(ANI)均呈逐渐升高的变化趋势。氮沉积(ND)、蛋白质效率(PER)、净蛋白质利用率(NPU)均呈先升高后降低的变化趋势。肌肉总必需氨基酸(TEAA)、总呈味氨基酸(TFAA)、总非必须氨基酸(TNEAA)、总氨基酸(TAA)随饲料蛋白的升高呈先升高后趋于稳定的变化趋势。饲料蛋白水平超过 30%后,血氨(ammonia)、尿素氮(urea)、白蛋白(ALB)显著升高。总蛋白(TP)在饲料蛋白低于 35%时呈逐渐升高的变化趋势。拉萨裸裂尻鱼肝脏谷丙转氨酶 ALT、谷草转氨酶 AST 均呈先升高后趋于稳定的变化趋势,血清 ALT呈先降低后升高的变化趋势,血清 AST在饲料蛋白含量高于 35%后显著升高。综合考虑饲料蛋白利用率、血液总蛋白含量、肝脏及血清转氨酶活性,建议拉萨裸裂尻鱼饲料蛋白含量为 30%~35%。     

鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系

为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析.结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2％、C 24.5％、A 30.0％、G 23.3％;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009 ～0.125,种间遗传距离为0.000 ～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类.结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式.同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析.     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

珍珠贝基于16S rRNA基因序列的亲缘关系研究

利用PCR技术分别扩增合浦珠母贝（Pinctada fucata）、长耳珠母贝（P.chemnitzi）和企鹅珍珠贝（Pteria penguin）的16S rRNA基因片段,PCR产物直接测序,删去引物及部分端部序列后,得到439bp可供分析的核苷酸片段,用MEGA3．1软件分析了核苷酸差异。结果表明,合浦珠母贝种内个体间序列完全相同,长耳珠母贝种内个体间有2个颠换（Transversion）突变位点,而企鹅珍珠贝种内个体间有1个转换（Transision）突变位点,5个颠换（Transversion）突变位点。与GenBank数据库中其他9种珍珠贝的序列进行比较,得到464个同源比对位点,包括51个插入／缺失位点和231个变异位点（173个简约信息位点和53个单突变子）。合浦珠母贝与长耳珠母贝的同源性为83．2％,合浦珠母贝、长耳珠母贝与企鹅珍珠贝的同源性分别为55．4％和59％。NJ系统进化树表明合浦珠母贝和长耳珠母贝与珠母贝属的种类聚在一起,而企鹅珍珠贝与珍珠贝属的种类聚在一起,与形态学分类一致。     

基于16S rRNA高通量测序评价患病草鱼体表及肝脏细菌多样性

草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失.利用16 S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性.试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样...     

基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究

本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。     

中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析

对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)100个样品的16S rRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序.用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5, 0.521 1, 0.573 7, 0.600 0, 0.721 1.对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著.对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异.对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远.实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体.     

中国沿海鳓不同地理群体 16S rRNA基因的遗传变异分析

为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。     

基于16S rRNA和Cyt b基因序列探讨2种梅童鱼的遗传分化

比较分析了棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）和黑鳃梅童鱼（C.niveatus）的16SrRNA和Cytb基因片段序列差异及遗传分化程度。在长度为526bp的16SrRNA和379bp的Cytb基因片段的核苷酸序列中,2种间共检测到44处核苷酸替代。分析结果表明,2个基因片段的鸟嘌呤（G）含量较低,在Cytb蛋白质编码基因第三密码子位点上表现尤为明显。基于16SrRNA和Cytb基因片段分析结果显示,2种间平均遗传距离分别为0．012和0．111。构建的系统树显示2种梅童鱼在这2个基因片段上存在显著的遗传分化。根据Cytb基因2％／百万年的进化速率推断,棘头梅童鱼与黑鳃梅童鱼的分化时间约为550万年,发生于上新世（Pliocene）早期。     

基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育

比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝（Perna viridis）和条纹隔贻贝（Septifer virgatus）为外群,基于距离法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、贝叶斯演绎法（BI）及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝（M.galloprovincialis）,盖勒贻贝（M.trossulus）,厚壳贻贝（M.coruscus）,加州贻贝（M.californianus）]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。     

COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的应用

针对裂腹鱼种类繁多、种间形态学差异不明显的特点,利用分子标记对高原裂腹鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。对采集的60尾高原裂腹鱼进行了COⅠ和16S rRNA基因的部分序列测定,并通过GenBank数据库进行鱼种鉴定;运用邻接法（NJ）构建系统发育树,对实验鱼进行群系划分;通过DNASP软件分析比较实验鱼COⅠ和16S rRNA基因的序列变异;依据MEGA 6.0的Kimura-2-parameter模型计算实验鱼的种内遗传距离和种间遗传距离,并对COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的适用性进行探讨。结果表明,采集的样本包含3属、5种裂腹鱼,分别为尖裸鲤属的尖裸鲤（Oxygymnocypris stewartii）、裸鲤属的软刺裸鲤（Gymnocypris dobula）、裂腹鱼属的拉萨裂腹鱼（Schizothorax waltoni）、巨须裂腹鱼（Schizothorax macropogon）和异齿裂腹鱼（Schizothorax oconnori）。在COⅠ基因构建的系统发育树中,5种高原裂腹鱼均形成独立的一支,而16S rRNA基因不能准确地对裂腹鱼属的3个鱼种实现区分。研究显示,5种高原裂腹鱼COⅠ基因核苷酸的变异水平（Pi）和单倍型多样性指数（Hd）均高于16S rRNA基因;COⅠ基因计算得到实验鱼种间遗传距离和种内遗传距离平均值分别为0.025和0.002,种内和种间的最大遗传差异约为13倍;16S rRNA基因得出结果为0.026和0.005,而种内和种间的最大遗传差异约为6倍。综合COⅠ和16S rRNA基因能有效鉴定高原裂腹鱼物种,而在单个基因的选择上,COⅠ基因具有更高的适用性。     

3种青蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scylla serrata(Forskal)、S．oceanica(Dana)和S．tranquebarica(Fabricius)的线粒体12S rRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示：S．serrata、S．oceanica及S．tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本鲟和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到的三个明显的分枝分别对应于上述3种青蟹,S．oceanica与S．tranquebarica两种间的亲缘关系较近。研究结果支持3种青蟹为不同物种的观点,建议对其进行分别的渔业管理。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。