不同引种黑莓品种的遗传多样性分析

【目的】开发适于黑莓Rubus spp.的EST-SSR引物,用于品种和种质的遗传多样性评价分析。【方法】基于前期获得的黑莓转录组数据,分析得到黑莓EST-SSR分子标记,筛查符合要求的SSR序列,设计合成127对较理想的EST-SSR引物进行扩增和多态性引物筛选,利用多态性好的引物用于18个引种黑莓栽培品种的遗传多样性分析。【结果】在127对引物中有125对可扩增出条带,有特异条带且大小符合预期的引物共有50对,50对引物中有45对具多态性的引物,占引物总数的36%,多数引物扩增的位点数为2~5。使用45对引物检测18个黑莓供试品种基因组DNA的多态性,共检测到191个等位基因变异,平均每个位点有4.24个等位基因,位点多态性信息含量为0.427~0.893,平均值为0.692。多态性最好的引物为Rh121,检测到8个等位基因,其次是Rh114和Rh118,均检测到7个等位基因。18份材料的遗传相似系数为0.49~0.88,表明品种间具有较丰富的遗传差异。利用UPGMA聚类,将18份种质分为3个类群,其中四倍体和多倍体黑莓品种明显归为不同类型,四倍体黑莓分为2类,相似育种产地的品种多聚在一起,推测与其品种遗传种质成分具一定相似性有关。【结论】EST-SSR标记可应用于黑莓品种种质遗传多样性分析,目前引种黑莓种质的遗传基础相对较窄。     

基于ISSR标记分析浙江省樱花种质资源的遗传多样性

为探究浙江省樱花种质资源的亲缘关系和遗传多样性,运用ISSR分子标记从100条引物中筛选出17条多态性好的引物对95份樱花种质资源进行分析。结果表明,17条引物共扩增出110条清晰条带,其中101条具有多态性,平均多态性条带比率为91.78%。95份资源间的遗传相似系数为0.38～0.90,平均0.61;遗传距离为0.10～1.38,平均0.50。根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数为0.577 5时,95份种质资源可分为四大类,分别包含了23份、42份、25份和5份材料。研究结果表明浙江省樱花种质资源具有较为丰富的遗传多样性。     

楸树优良种质资源的AFLP遗传多样性分析

为研究44份楸树种质资源的遗传多样性及亲缘关系,利用AFLP分子标记技术,对采自鲁豫地区的44份楸树优良种质进行了分析。结果表明:筛选出的8对PstI/MseI引物组合从44份楸树种质中共扩增出1087条清晰条带,其中多态性条带(NPB)1043条,多态性比率(PPB)达到95.60%。平均每对引物可扩增出135.88条带和130.38条多态性带。每个位点的平均有效等位基因数(Ne)、Nei’s平均基因多样性(H)、Shannon平均信息指数(Ⅰ)分别为1.3210、0.2003和0.3204,且8对引物组合共产生261条特异性条带,表明楸树资源间具有丰富的遗传多样性。通过计算种质间遗传相似系数和进行UPGMA聚类分析得出,各种质材料间的遗传相似性系数在0.5022~0.7919间,平均为0.6527。以遗传相似性系数0.65为界44份楸树种质可划分为5组,其中第1组包括15个山东种质和2个河南种质;第2组包括18个山东种质和3个河南种质;第3组包括3河南种质;第4组包括1个河南种质;第5组包括2个河南种质。这表明不同地理生态条件造就了各种质材料间丰富的遗传多样性,其遗传多样性以及亲缘关系与其地理分布并不完全一致。综上,AFLP标记技术能较好的揭示楸树种质资源的遗传多样性和亲缘关系,可为楸树优良种质资源的收集、鉴别及利用提供参考依据。     

构树SRAP分子标记

建立构树DNA提取方法及最佳SRAP-PCR反应体系,用SRAP分子标记研究构树种质资源的遗传多样性.结果表明:SRAP扩增的清晰条带大小在100～1 000 bp,用17对引物对21份材料扩增出439条带,其中多态性条带319条,占72.6%,Shannon信息指数(I)均值为0.227 5,物种水平的Nei基因多样性(H)均值为0.133 6,表明构树的遗传多样性不高.聚类分析结果显示与地理分布有相关性.同时发现一些特异性条带,可以转化为SCAR标记,这为构树的遗传图谱构建、遗传育种等研究提供了参考.     

适于草果遗传多样性分析的RAPD引物筛选

以云南省文山州西畴县和德宏州陇川县的12株草果优良无性系为材料,利用RAPD标记技术,选用192个RAPD随机引物,对草果进行PCR扩增,并用UPGMA法对RAPD引物扩增条带进行聚类分析,计算其遗传相似系数,以期筛选出适用于草果遗传多样性分析的RAPD有效引物。实验共筛选出21个条带清晰、多态性丰富并具有可重复性特点的有效引物。21个引物在实验选用的12份样品中共扩增出177条DNA带,其中多态性带数为119条,占扩增总带数的67.2%,每个引物平均扩增出8.4条带。结果表明,12份草果样品聚为A组和B组,其中A组又分为两个亚组,聚类结果与所选用材料的地理来源基本一致,这也说明该研究所筛选得到的21个RAPD引物适用于草果的遗传多样性分析。该研究为应用RAPD标记技术对草果进行遗传多样性分析等研究奠定了基础。     

41份木槿种质资源的AFLP遗传多样性分析

为研究木槿种质资源的遗传多样性及遗传关系,采用AFLP分子标记技术,对41份木槿种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:9对AFLP引物对41份供试种质进行选择性扩增后,共产生谱带733条,其中多态性条带699条,多态性位比率平均为95%;Nei基因多样性指数为1.1801～1.2515,平均值1.2076;Shannon信息指数为0.1863～0.2445,平均值0.2035。通过聚类分析,41份木槿种质的Dice相似性系数为0.702～0.932,并在0.87处将供试材料分为5大类。研究认为,来源相同的木槿种质并未严格聚在一起,表明供试木槿种质表现出较大的遗传差异和丰富的遗传多样性,亲缘关系与材料来源没有绝对的相关性。     

金银花ISSR分子标记及遗传多样性分析

以湖南、山东、河南的22个金银花主要栽培品种为材料,利用ISSR分子标记对22个金银花品种进行了遗传多样性分析.结果表明:从100条ISSR引物中筛选出10条能够扩增出清晰、稳定条带的引物;这10条引物对22个金银花品种基因组DNA扩增,共扩增出108条带,其中多态性条带96条,多态性条带比率为88.89%;22个金银花品种间的遗传相似性系数范围在0.41~1.00,平均遗传相似性系数为0.68.利用U PGM A进行系统聚类分析,22个供试金银花品种划分为2大类,第1类为忍冬种群,第2类为灰毡毛忍冬种群,每一大类又分为北方种群与南方种群.而且主成分分析结果支持以上的聚类分析结果.可见,利用ISSR标记可有效地分析金银花种质资源的遗传多样性,为金银花品种鉴别、分类、种质资源的有效利用提供理论依据.     

42份乌榄种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析

为了解和掌握广西乌榄的资源类型及其遗传变化规律,利用SCoT分子标记技术,对桂西南地区收集到的42份乌榄种质资源进行遗传多样性分析。筛选出14条引物对供试材料进行PCR扩增,共获得124条带(DNA位点),其中具有多态性条带74条,平均多态性比例(PPB)59.68%;经Ntedit软件计算,其遗传相似系数(GS)的范围值在0.726~0.903,平均为0.817,表明SCoT能够揭示乌榄种质间的遗传变异。UPGMA法聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.812时,可将乌榄种质资源分为A、B 2个大组,每大组又各分2个亚组,亚组内种质资源按照采样地聚集,说明乌榄的亲缘关系与地理起源有一定的相关性。总体上,橄榄种质资源遗传多样性水平相对较低。     

河南省柿种质资源的遗传多样性

【目的】对河南省柿种质资源的遗传多样性进行分析,揭示河南省柿种质资源的遗传多样性程度,分析不同资源之间的亲缘关系,并进行种质资源鉴定,判断同名异物和同物异名品种。【方法】以柿近缘种君迁子、油柿、浙江柿、美洲柿、金枣柿及柿变种野柿共计9份材料作为对照,从已发表的柿属植物 SSR 引物中,筛选出多态性较高的,对来自河南省不同地区的柿主栽品种(18份)、农家品种(55份)及野生资源(20份),共计93份资源进行遗传多样性分析。【结果】利用17对 SSR引物对102份材料进行 PCR扩增,共得到159个不同的 DNA片段(即条带),平均每对引物9.35个,范围为5～14个,扩增条带最多的引物有2对,分别来自位点 ssrDK11/DQ097479和ssrDK14/DQ097482,最少的来自位点8125/DC592401;所得到的所有条带均具有多态性;共得到508个谱带类型(即带型),平均每对引物29.88个,范围为8～53个,最多的引物对来自位点 ssrDK11/DQ097479,而最少的则来自位点5553/DC585710;特异带型总数为267个,平均每对引物15.71个,范围为2～37个,最多的依然来自位点ssrDK11/DQ097479,最少的同样是5553/DC585710;特异带型比率73.68%～25.00%;种质鉴定率1.96%～36.27%;多态性信息含量(PIC)平均为0.8397,范围是0.4667～0.9647; Shannon信息指数(I)平均为2.6586,范围为1.1121～3.5967;平均观察杂合度( Ho )为0.7774,范围是0.1471～0.9608。综合对比,ssrDK11/DQ097479、ssrDK14/DQ097482和mDp17/EF567410这3个位点遗传变异程度最高。主坐标分析与聚类分析结果基本一致：柿及其近缘种彼此之间具有明显的遗传差异;柿种下所有资源单独聚为一大类,能够与近缘种区别开;与其他近缘种相比,美洲柿与柿的亲缘关系相对较远。扩增的位点可鉴别所有供试资源,并可判断部分同名异物或同物异名品种。【结论】河南省柿种质资源遗传变异程度较大,杂合程度高,具有较高水平的遗传多样性;本研究所用方法可有效应用于柿种质资源鉴定。     

利用SRAP标记分析日本落叶松2代优树的遗传多样性

为研究日本落叶松2代优树间的遗传多样性,该文利用SRAP分子标记的方法对选择的80个样本进行了遗传多样性分析。结果表明:筛选出的8对引物共扩增出235条DNA条带,其中多态性条带223条,多态性百分率为94.89%,每对引物可扩增出20~37条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带数为29.4条。利用UPGMA法进行聚类,当相似系数为0.824时将80个日本落叶松种质材料划分为4个类群。聚类基本与子一代的亲缘关系符合,类群间遗传基础较狭窄,亲缘关系较近,为日后建立日本落叶松2代种子园的工作提供了理论依据。     

新疆野生山楂资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

为给新疆野生山楂资源的保护与利用提供理论依据和技术支持,采取新疆3种野生山楂共计63份材料,利用ISSR标记技术,对其遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,12条引物共扩增出233条带,其中多态性条带221条,多态性位点率为94.4%,平均每个引物获得19.42个扩增带。POPGENE1.32分析结果表明:3种野生山楂材料的多态性位点率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数,均为准噶尔山楂最高,阿尔泰山楂次之,红果山楂最低。3种新疆野生山楂进行两两比较,其Nei’s遗传相似度为0.862 2~0.904 4,平均值为0.890 2;遗传距离为0.100 5~0.148 3,平均值为0.1166。3种野生山楂中,准噶尔山楂存在较为丰富的遗传变异,其次是阿尔泰山楂,红果山楂的遗传变异较小。阿尔泰山楂和红果山楂的亲缘关系较近;准噶尔山楂和红果山楂间亲缘关系较远。     

97个山杏无性系的遗传多样性及SSR指纹图谱

【目的】山杏是北方半干旱地区重要的生态经济型树种,种质资源异常丰富,形态鉴定与分类难度大。利用SSR分子标记研究山杏优选无性系的遗传多样性并构建指纹图谱,以期为山杏种质鉴定提供科学依据。【方法】根据山杏简化基因组测序结果,合成600对SSR引物,利用4个山杏无性系进行引物筛选,选出155对扩增条带清晰的引物,对97个山杏优选无性系进行PCR扩增。应用引物组合法构建指纹图谱,采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。【结果】利用155对SSR引物对97个山杏无性系进行扩增,共扩增出933个等位基因,每个位点的等位基因数为3~11个,平均为6.019个;各位点的多态性信息含量(PIC)为0.476~0.885,平均值为0.681,具有较高的多态性。50个山杏无性系在59个位点上具有特异等位基因,89个无性系在131个位点上具有特异基因型。采用5对引物(L56、X47H、L79H、P40H和X47)的组合可区分全部97个无性系,构建了指纹图谱。对97个山杏无性系进行亲缘关系分析,无性系间的遗传相似系数变化范围为0.669~0.943,平均值为0.757;基于遗传相似系数进行聚类分析,将97个无性系分为5大类,第1大类和第2大类下又分为3个亚类,分类结果与无性系的来源区域有明显的相关性。【结论】从600对SSR引物中筛选出155对,其扩增位点多态性较高、重复性较好。发现89个山杏无性系具有特异基因型,其中50个既具有特异基因型也具有特异等位基因。应用引物组合法构建了基于5对SSR引物扩增位点的山杏无性系指纹图谱。供试山杏无性系遗传差异较小,亲缘关系较近。研究结果可为山杏种质鉴别提供科学依据,也为山杏的育种工作奠定基础。     

枫香优良观赏种质的遗传多样性分析

利用ISSR标记技术对12份枫香观赏种质进行遗传多样性分析,通过正交实验优化枫香的ISSR-PCR扩增体系,即在20μL体系中加入PCR反应缓冲液2μL、镁离子1.5 mmol.L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U、dNTP 0.15 mmol.L-1、引物0.4mmol.L-1、DNA模板80 ng。筛选出的19条ISSR引物共得到131条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为71.75%。12份种质的有效等位基因数是1.482,基因多样性0.3012,Shannon信息指数0.4674,表明遗传多样性水平相对较高。进一步的聚类将这些种质分成3类,其中4号样本和11号样本的遗传相似度最高。     

优良观赏枫香种质的遗传多样性分析

本研究利用ISSR分子标记技术对12个优良观赏枫香种质资源进行遗传多样性研究。从12份不同枫香单株叶片样本中提取DNA,设计适应枫香的ISSR扩增正交体系优化实验,筛选出19条ISSR引物得到127条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为74.01%。再利用ISSR分子标记技术对数据进行遗传多样性和相似度分析,发现除4号和11号样本具有较高的遗传相似度0.83外,其他样本的遗传相似度为0.61～0.79,清楚的显示其优良种质的遗传差异性,具有较高的遗传多样性。     

湿地松、加勒比松种质资源遗传多样性分析

应用SSR与SRAP分子标记技术分析22份湿地松和28份加勒比松种质资源（其中包括15份洪都拉斯加勒比松样品、9份古巴加勒比松样品、4份巴哈马加勒比松样品）的遗传多样性,结果表明,在SSR分析中,14对SSR引物产生的多态性比率为89％,平均每对引物获得多态性条带4．3条;SRAP分析中,12对SSR引物产生的多态性比率为72％,平均每对引物获得多态性条带2．8条;SSR和SRAP标记综合分析表明,参试材料遗传距离变化范围为0．075-0．633,种质资源间存在丰富的遗传多样性。     

山东省6个豆梨野生群体的遗传多样性分析

[目的]探究山东省野生豆梨种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为其种质资源收集、保存以及育种材料的选择提供理论依据.[方法]采用AFLP分子标记技术对山东省分布的6个群体61个野生豆梨单株的遗传多样性进行了分析.[结果]8对引物组合共扩增出清晰条带1344条,平均每对引物组合扩增出168条带,其中多态性条带有1340条,多...     

基于SSR荧光标记的白蜡核心种质构建

白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s 信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明：夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明:夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

柳树种质资源遗传多样性和亲缘关系的CE-AFLP分析

利用毛细管电泳-AFLP技术,采用EcoR Ⅰ+3/Mse Ⅰ+3和Pst Ⅰ+2/Mse Ⅰ+3引物组合,对从国内外搜集的37份柳树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析.11对引物共扩增出1 580条条带,多态性条带数为1 399条,多态率在80.65％ ～ 94.67％之间,表明柳树种质间的遗传多样性较高.采用NTSYS-pc 2.10e软件对37份种质进行聚类分析和主成分分析,在相似系数0.63时,37份种质分为2大类,一类是乔木柳,一类除小乔木康定柳外,其余都为灌木柳.聚类分析和主成分分析结果与传统形态分类基本一致,但筐柳组中簸箕柳P295和沙柳基因组水平上差异较大,P295与银芽柳亲缘关系较近.研究结果为柳树分子生物学分类、种质资源保存与利用及品种改良等研究提供理论依据.