基于SSR标记的黑龙江省茖葱天然种群遗传多样性分析

研究采用简单重复序列(SSR)分子标记方法,对黑龙江省24种茖葱进行遗传多样性分析,计算不同茖葱种质遗传多样性相关性数值,并通过一系列软件对上述相似性数值进行聚类分析。结果表明：黑龙江省不同茖葱种质间遗传距离较远,存在较丰富的遗传多样性。通过UPGMA软件可以将黑龙江省24份茖葱种质聚类分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅰ类群和第Ⅱ类群又各分为2个亚类群,聚类结果反映的不同种质间亲缘关系与其种植地点有一定关联。SSR聚类分析结果显示：亲缘关系近的品种有伊春五营翠北林场和伊春新春林业局北沟林场,另外,鹤北金矿林场、同江前进农场和伊春红星林业局汤北林场品种间亲缘关系较近。SSR分子标记技术揭示黑龙江省主要野生茖葱种源群体的遗传多样性,为黑龙江省茖葱种质资源的保护与高效利用提供理论基础。     

SSR分子标记与林木遗传育种

阐述了一种新兴的基于PCR的微卫星分子标记技术在林木遗传育种中的应用情况及发展趋势.由于微卫星位点多态性高、共显性、中性突变及遍布于整个基因组,因此使之广泛应用于遗传连锁图谱的构建与QTL定位、亲缘关系分析、遗传结构分析、基因流监测、基因突变以及系统发生等领域.文中指出SSR标记可以为林木遗传改良、种质资源保存、濒危物种保护、基因定位及分子克隆等许多应用研究领域提供理论依据,它将是一种近乎理想的新一代的分子标记.     

利用荧光SSR标记分析中国油橄榄品种遗传多样性

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。     

基于SSR标记构建江西杉木核心种质及其分子身份证

目的 分析江西杉木种质资源的遗传多样性,构建其核心种质;在此基础上,构建核心种质分子身份证,为江西杉木种质的进一步研究与利用提供理论依据和核心材料。 方法 以江西地区的杉木种质为材料,利用SSR标记开展遗传多样性分析,并基于等位基因数最大化原则(M策略)构建核心种质,通过遗传多样性参数及其保留比例进行核心种质评价,结合遗传多样性参数的t检验和主坐标分析(PCoA)验证和确认核心种质的代表性。基于最少标记鉴定最多种质的原则,选择高效SSR标记,构建江西杉木核心种质的SSR分子指纹图谱和分子身份证。 结果 20个SSR标记在495份种质中共检测到122个等位基因数(Na),平均Shannon’s信息指数(I)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)、平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.762、0.400、0.394和0.400,表明江西杉木种质的遗传多样性较丰富。采用M策略构建了含有52份材料的江西杉木核心种质,10.5%的核心种质保留了原种质100.0%的Na、107.4%的有效等位基因数(Ne)、115.1%的I、109.0%的H、104.1%的Ho、110.0%的He和111.2%的PIC; t检验表明以上遗传多样性参数与原种质均没有显著差异,主坐标分析(PCoA)显示核心种质在原种质的主坐标图分布均匀,说明构建的核心种质具有代表性。按多态性信息含量(PIC)值高低顺序,依次增加标记数量,结合UPGMA聚类,发现4个SSR分子标记,H97与H286、CLSSR9、CLSSR37相结合,可将52份江西杉木核心种质鉴别,据此构建了52份核心种质的SSR分子指纹图谱、分子身份证条形码和二维码。 结论 江西杉木种质资源的遗传多样性较丰富,构建的江西52份杉木核心种质具有代表性,选择上诉4个高效SSR标记可有效鉴别核心种质,并成功绘制了江西杉木核心种质的分子身份证。     

DNA分子标记在竹类植物遗传多样性研究中的应用

简述了DNA分子标记技术的种类、原理和特点,概况了分子标记在竹类植物研究中的应用现状,并综述了分子标记技术在竹类植物遗传多样性研究的应用与前景。     

利用ACGM分子标记研究10个毛竹不同栽培变种的遗传多样性

应用40对ACGM引物扩增10个毛竹不同栽培变种及其2个近缘种材料,结果有35对引物可以在至少1个材料中得到特异性PCR产物,其中27对引物在12个供试材料中表现出多态性,占引物总数的67.5%.8对引物在供试材料间没有多态性位点,进一步对无多态性位点的扩增序列研究表明,相同引物扩增出的序列间差异性很小.从拷贝数来看,在水稻中表现为单拷贝的基因,有些在竹子中表现为多拷贝的特性;有些在部分供试材料中为单拷贝,而在另一些供试材料中表现为多拷贝.聚类结果表明:在10个毛竹不同栽培变种中,绿槽毛竹和黄槽毛竹的亲缘关系最近;圣音毛竹与其他不同栽培变种的毛竹亲缘关系最远.     

明清板栗古树遗传多样性的SSR分析

正板栗(Castanea mollissima Blume)属于壳斗科(Fagaceae)栗属(Castanea Miller)植物,广泛分布于全国23个省(区、市)[1],年产量约213.2万吨,是我国的传统木本粮食树种和优势经济林树种。北京是华北品种群的主要分布区,板栗主要分布于怀柔、密云、昌平、延庆、房山等地,其中怀柔地区板栗栽培历史非常悠久,分布着丰富的古板栗资源,据专家考     

基于SRAP分子标记的小果油茶遗传多样性分析

利用SRAP分子标记,从126对引物组合中筛选出11对引物,对小果油茶全分布区的19个居群514个样品进行遗传多样性分析.结果表明:11对引物组合总共扩增出226条谱带,平均每对引物组合扩增20.55条谱带,其中多态性条带为226,占条带总数的100％.19个居群的遗传距离为0.021 6～0.164 5,显示了较近的亲缘关系.UPGMA聚类结果表明,除了福建6个居群和江西3个以外,其余地理位置相近的居群未能聚在一起.多态性比率(PPB)、Nei's基因多样度(H)及Shannon信息指数(I)变化幅度分别为84.96％ ～ 95.58％,0.321 3～0.388 7及0.473 2 ～0.567 6;从物种层次来看,PPB,H,I分别为100％,0.422 3及0.612 6,揭示小果油茶具有丰富的遗传多样性.AMOVA分子变异分析显示,在小果油茶总的遗传变异中,居群内占86.58％,而居群间仅占13.42％.     

云南核桃品种遗传多样性的RAPD和ISSR标记研究

利用RAPD和ISSR分子标记技术对11份云南核桃(Juglans silillata Dode)品种进行了遗传多样性研究。研究结果表明,筛选出的8条RAPD和8条ISSR引物分别产生86和102条扩增带,其中多态性条带分别为53和62条,分别占总数的61.63%和60.78%。用POPGENE对两种标记方法的遗传多样性进行计算,有效等位基因数分别为1.3552和1.3707,基因多样性为0.2110和0.2143,Shannon信息指数为0.318 8和0.3216。以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析结果RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.0355~0.4113和0.1423~0.4011,平均值各为0.2288和0.2338,以上数据表明分析品种具有比较丰富的遗传变异,同时也说明尽管Mantel相关性检测两种标记方法相关性较低(r=0.543 9,P<0.05),但都可以有效地揭示核桃品种的遗传多样性状况。     

柴达木盆地野生黑果枸杞的表型多样性

为给野生黑果枸杞种质资源保存及其创新利用提供理论依据,以柴达木盆地野生黑果枸杞分布区域的3个野生群体为研究对象,对其19个表型性状进行比较分析。结果表明:野生黑果枸杞表型性状除浆果性状在群体间存在显著性差异外,其它13个表型性状在群体间和群体内中均不存在显著性差异;通过聚类分析将3个野生黑果枸杞分为2类,第Ⅰ类为格尔木和德令哈,第Ⅱ类为诺木洪。     

油橄榄品种表型和SSR标记的多样性及聚类分析

[目的]利用表型性状和分子标记,对我国油橄榄品种进行鉴定和遗传多样性研究,有利于种质资源保存和利用,对了解油橄榄品种的组成结构及未来的引种和育种工作都具有重要意义。[方法]以甘肃省陇南市17个油橄榄品种为研究材料,利用表型上15个数量性状、18个质量性状和8个SSR荧光标记分别进行多样性和聚类分析。[结果]各性状在品种间存在显著差异,数量性状和质量性状的表型多样性指数分别介于1.579 2.089和0.3621.091,8个SSR位点共检测到51个等位基因变异,平均每个位点等位基因数为6.375个,利用表型性状和SSR标记可以将17个品种完全区分开。[结论]17个油橄榄品种具有较丰富的表型和遗传多样性,基于表型数量性状、质量性状和SSR标记的聚类分析结果,判别品种间遗传关系的结果有一致的,也存在一定差异。对于表型性状相似的品种,需结合SSR标记进行品种鉴定。     

锥栗主栽农家品种遗传多样性的SSR分析

为给锥栗杂交育种和遗传作图的亲本选配提供参考,应用SSR分子标记技术,分析了福建省建瓯市17个锥栗主栽农家品种的遗传多样性。结果表明:不同农家品种遗传多样性丰富,利用筛选出的12对引物组合扩增的片段大小主要在50~2 000 bp之间,共扩增出180个位点,多态位点163个,占90.56%;17个锥栗主栽农家品种的遗传相似性系数在0.509 2~0822 1之间,乌壳长芒和牛角仔(晚熟)的相似性系数最大,中尖嘴与白露仔的相似性系数最小,且在相似性系数为0.60处,大尖嘴和中尖嘴单独聚为I类,在相似性系数为0.77处,第II类又被分为A~H共8个组;SSR引物组合Cs CAT33和Cm TCR4共同构建了17个锥栗主栽农家品种的DNA指纹图谱。     

林木分子标记研究进展

分子标记技术大大促进了林木有关研究的发展,林木分子标记研究主要包括林木遗传连锁图谱构建,比较基因组研究,数量性状位点定位,标记辅助选择,系统演化及群体遗传变异和多样性等内容。迄今,已有近２０个树种构建了基因组遗传连锁图谱,少数树种还进行了基因研究。     

基于AFLP标记的薄壳山核桃种质资源遗传多样性分析

利用荧光AFLP分子标记技术,对引种到山东地区的30份薄壳山核桃品种(系)的遗传多样性和亲缘关系进行分析,旨在加深山东地区引进的薄壳山核桃品种资源遗传背景的认识,为以后山东地区薄壳山核桃的品种选育在分子层面提供理论基础.总体上,9对引物组合共扩增出1425个条带,多态性条带1381个,平均多态性比例为96.9％,其中有...     

迪庆州核桃种质资源的遗传多样性与遗传结构

利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据.结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因,平均每对引物9.5个.3个群体的观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的变化...     

中国鹅掌楸遗传多样性研究

鹅掌楸属(Liriodendron)为古老残遗双种属植物,该属植物在第三纪曾广布于北半球.由于第四纪冰川的压力,现存于中国的鹅掌楸(L.chinense)处于濒危状态,急需保护.中国鹅掌楸星散分布于长江流域以南海拔450～1 800 m的阔叶林中(方炎明,1994;郝明日等,1995),是优质速生的工业用材树种和园林绿化树种,是我国二级重点保护的濒危树种.     

基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。     

杨属遗传多样性研究进展

杨树是世界栽培面积最广的树种之一。遗传多样性是生态系统多样性和物种多样性的基础,研究杨属遗传多样性对其基因资源保护和遗传改良具有重要意义。文中归纳总结了国内外有关杨属植物遗传多样性研究进展,即从表型多样性、染色体多样性、蛋白质多样性及DNA多样性4个方面分析了杨属植物派、种、无性系的遗传多样性研究概况;并根据当前研究现状,提出我国今后杨属植物资源保护与利用的研究重点。