DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响

[目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN(Paired Numeric)法、EIIP(Electron-IoInteraction Potential)法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。     

单链环状DNA添加剂抑制基因表达序列分析Ditag聚合酶链反应引物多聚体生成

[目的]研究利用单链环状DNA抑制聚合酶链反应（PCR）副产物的作用效果。[方法]设计并合成单链环状DNA,并以具同样序列发卡状结构的单链DNA为对照组,在基因表达序列分析（SAGE）Ditag PCR反应中加入上述不同浓度的DNA,利用电泳技术检测不同结构（环状/单链）以及不同浓度单链DNA对PCR多聚体附产物的抑制作用。[结果]发卡状结构的单链DNA无法抑制PCR引物多聚体副产物的产生;而在70～150 nmol/L终浓度范围内,单链环状DNA可以抑制SAGE Ditag PCR反应中引物多聚体的生成,并且不影响SAGE不同tag间的表达丰度差异。[结论]单链环状DNA可以作为PCR反应中引物多聚体生成的有效抑制剂。     

沙漠肉苁蓉基因组DNA的提取方法比较

[目的]探索适合肉苁蓉基因组总DNA的提取方法。[方法]分别采用改良十六烷基溴化胺（CTAB）法、快速一步（ROSE）法和改良十二烷基苯磺酸钠（SDS）法提取肉苁蓉肉质茎中的基因组DNA,然后通过紫外分光光度计测定不同方法所提取DNA的纯度和浓度,并通过琼脂糖凝胶电泳检测,比较几种提取方法的效果。[结果]3种方法所提取的DNA纯度和浓度有差别,从综合的结果来看,以改良的SDS方法为好,可以比较彻底地除去酚类和糖类,可直接用于下一步的研究。[结论]改良SDS法为较适合沙漠肉苁蓉基因组DNA提取的方法。     

西川红景天nrDNA ITS序列初步研究

[目的]对西川红号天nrDNA ITS序列进行分析,并与cpDNA（叶绿体DNA）trnS-trnG序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步比较2套植物基因组的进化速率。[方法]采用改良CTAB法从硅胶干燥的西川红景天叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS区进行扩增、纯化、测序,然后与cpDNA trnS-trnG和rp120-rps 12序列进行比较。[结果]序列比对后得到长度为701bp的ITS序列,其中变异位点13处,占总序列的1.85％。在13处变异位点中,8处为碱基置换,5处为插入／缺失。（A＋T）含量为46．9％,（G＋C）含量为53．1％。核苷酸多样性为0．00427。[结论]西川红景天nrDNA ITS区域较cpDNA trnS-trnG序列和rp120-rps12序列保守,进化速率较慢。     

Chelex-100法快速提取白粉菌基因组DNA及ITS2序列的克隆

[目的]建立快速提取及克隆白粉病菌基因组DNA的方法。[方法]以豌豆白粉菌分生孢子为材料,用Chlex-100法快速提取白粉菌基因组DNA,并以此为模板对内转录间隔区Ⅱ（ITS2）序列进行了巢式PCR扩增、克隆、测序及分析。[结果]Chlex-100法可高效的提取白粉病菌基因组DNA,适用于PCR扩增及相关分析。[结论]为快速有效地对白粉病资源进行大规模分子分类鉴定奠定了基础。     

桃蚜DNA提取方法的研究

[目的]探讨不同方法提取桃蚜DNA效果。[方法]以桃蚜为试验材料,采用近年来用于提取小型昆虫DNA的方法,包括2种十二烷基硫酸钠（SDS）法、十六烷基三乙基溴化铵（CTAB）法、醋酸钾（KAc）法和2种饱和氯化钠（NaCl）法,并作了进一步的改进,对单只蚜虫进行基因组DNA的提取,用1％琼脂糖凝胶电泳和微量紫外分光光度计等检测手段比较分析所提DNA的浓度和纯度。[结果]6种方法除KAc法外,都可以提取到较高浓度的基因组DNA。其中,较适宜的方法为饱和NaCl法Ⅱ。[结论]该方法探讨了不同方法提取桃蚜DNA效果．为桃蚜基因提取提供了技术支持。     

贺兰山紫蘑菇基因组DNA提取方法研究

[目的]研究适合于贺兰山紫蘑菇（Corinarius rufo-olivaceus）基因组DNA的提取方法。[方法]通过采用改良CTAB法Ⅰ、改良CTAB法Ⅱ、SDS法、Doyle-Doyle法和KI法5种基因组DNA提取方法,分别提取贺兰山紫蘑菇的基因组DNA,用DU800核酸蛋白检测仪测定其DNA含量、浓度和纯度,并通过琼脂糖凝胶电泳进行提取结果比较。[结果]5种不同的提取方法均能提取该紫蘑菇的基因组DNA,其中KI法提取的DNA纯度、浓度和得率为最好。[结论]KI法是贺兰山紫蘑菇（C.rufo-olivaceus）DNA提取的适宜方法,该法具有简单、便捷、省时、适合基因组DNA大量提取的特点。     

一种简易有效的提取真菌DNA化学改良方法

[目的]探索适合真菌基因组DNA提取的有效方法。[方法]以酵母茵（Hansenula sp.HS07A）和青霉菌（Penicillium sp.HS07）为供试菌株,分别采用煮沸裂解法、石英砂研磨法、研磨和反复研磨冻融法和化学改良法提取其基因组DNA,比较这4种方法的提取效果。[结果]化学改良法提取基因组DNA,除去了机械破壁过程,减少了机械力对DNA造成的破坏,运用阴离子去污剂SIB提取DNA安全、价廉,能有效、完整地提取高质量的基因组DNA,凝胶电泳条带清晰、无弥散,以此基因组DNA作为目的片段的PCR扩增模板,扩增效果优于改良前的方法,并且这种方法也适合多种真菌和细菌基因组DNA的提取。[结论]化学改良法是提取真菌基因组DNA的有效方法。     

大葱的CPD染色与核型分析

[目的]研究大葱的CPD带型,为大葱的染色体识别提供标记,了解大葱染色体DNA序列的分子特征。[方法]采用去壁火焰干燥法制备大葱的根尖细胞有丝分裂染色体,用CPD（PI和DAPI组合）对大葱染色体进行染色,结合常规的染色体测量,对大葱进行核型分析。[结果]CPD染色后,大葱的所有染色体的端点区都显示了红色的CPD带;大葱的核型公式为2n=2x=16=14m＋2st（SAT）。[结论]根据CPD带,可对大葱的染色体进行更加准确的识别;大葱的所有染色体的端点区都含有GC丰富的DNA序列;CPD染色可为葱属植物的物种鉴定、系统分类与进化等方面的研究提供DNA分子方面的证据。     

根结线虫天敌真菌1号分离物(DFRKN-1)基因组DNA提取研究

[目的]研究根结线虫天敌真菌1号分离物（简称DFRKN-1）基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用SDS法、CTAB法和Ⅺ法提取DFRKN-1的基因组DNA,通过电泳和PCR扩增对DNA质量进行检测。[结果]KI法比其他2种方法提取的DNA总量明显较高,且操作简单、耗时短,是提取DFRKN-1基因纽DNA的首选方法。[结论]可为进一步深入研究DFRKN-1提供参考。     

4种高梁基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少、纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后2种方法提取的DNA降解严重、纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

4种高粱基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少,纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后两种方法提取的DNA降解严重,纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

豆象干标本基因组DNA提取方法的改进

[目的]筛选豆象干标本基因组DNA的有效提取方法。[方法]以口岸截获时间不等的豆象干标本为材料,在传统方法上加以改进,对从干标本中提取豆象基因组DNA的方法进行了研究。将其所提取的基因组DNA的纯度和浓度与CTAB法和SDS法进行了比较,并对DNA进行了完整性及PCR验证。[结果]与CTAB法和SDS法相比,豆象干标本提取方法提取的DNA OD260/OD280值均在1.7~1.9,且浓度合适。DNA完整性及PCR验证结果表明,豆象干标本提取方法比较适合后续PCR试验的开展。[结论]豆象干标本提取方法适合该研究中豆象干标本基因组DNA的提取,可推广到检验检疫工作中截获豆象的检疫鉴定中,以缩短检验检疫工作周期,提高检验检疫工作准确性。     

基于灰色系统理论的加工番茄产量预测模型研究(英文)

[目的]研究基于灰色系统理论的加工番茄产量预测模型。[方法]运用灰色系统理论研究了加工番茄产量变化趋势,建立了加工番茄产量预测的GM(1,1)灰模型,并以新疆2001～2009年新疆加工番茄产量为例,进行了实例分析。[结果]该模型有较高的预测精度和较强的泛化能力,对近期加工番茄产量的预测是可靠的。[结论]为新疆地区番茄产业的宏观调控、番茄加工及储藏等方面提供了参考。     

毛细管电泳快速检测限制性内切酶酶切产物

[目的]建立1种利用毛细管电泳快速、高效检测限制性内切酶酶切产物的方法。[方法]以甲基纤维素(MC)为筛分介质,用PBR322/BsuRⅠDNA Marker为试验对象,研究筛分介质浓度、pH值、毛细管柱温度和电场强度对毛细管电泳法分离小片段双链DNA的影响,寻求最佳电泳条件,并将此方法用于检测MspⅠ内切酶的酶切产物。[结果]MC浓度对双链小片段DNA的分离度有较大影响。随MC溶液浓度的增加,分离度呈先增后减的趋势。毛细管电泳的最佳条件为:MC浓度为2.0%,pH值为8.0,毛细管柱温度15℃,电场强度为275 V/cm。在此条件下,对MspⅠ内切酶的酶切产物进行检测,在20 min内检测到3个酶切片段。[结论]与平板凝胶电泳相比,运用毛细管电泳检测小片段限制性内切酶酶切产物更高效。     

固体化微生物处理生活污水的研究

[目的]研究固体化微生物处理生活污水的效果。[方法]利用生物活性炭（BAC）、海藻酸钙包埋微生物（IM）和包埋生物活性炭（IBAC）处理生活污水中的NH4＋-N、PO43-、CODcr,对3种方法的去除效果进行比较。[结果]海藻酸钙包埋生物活性炭（IBAC）对PO43-、CODcr、NH4＋-N的去除率均较高,最高去除率分别为88.08%、87.26%、89.25%。[结论]海藻酸钙包埋生物活性炭可以改善海藻酸钙的内部结构,避免微生物的流失,同时充分发挥活性炭的吸附能力。     

枸杞叶片DNA不同提取方法比较

[目的]为研究枸杞的遗传多样性、种质鉴定和指纹图谱的构建提供基础保证。[方法]以枸杞成熟叶片为试材,分别采用常规CTAB法、高盐CrAB法等11种方法从枸杞中提取基因组DNA,比较不同方法的提取效果。[结果]11种方法中,除5XCTAB法试验结果不理想外,其余10种均能有效地从枸杞叶片中获得DNA,所提DNA的质量和产量均无明显差异。[结论]11种方法提取的枸杞基因组DNA,能够满足RAPD分析的需要。     

DRD3基因敲除鼠饲养繁殖及基因型鉴定

[目的]对于DRD3基因敲除小鼠的饲养繁殖以及鉴定方法进行分析,为进一步研究多巴胺及其受体的功能提供动物模型.[方法]引进的DRD3基因敲除小鼠均为杂合子基因型,1雌1雄同窝进行饲养繁殖,从仔鼠中提取基因组DNA,进行PCR鉴定.[结果]成功获得的子代小鼠有敲除杂合子、野生型及敲除纯合子3种基因型.DRD3敲除杂合子基因型小鼠的饲养繁殖获得成功,亦获得较多敲除纯合子基因型小鼠.[结论]正确的饲养繁殖管理及基因型鉴定方法可从DRD3基因杂合子小鼠成功获得纯合子小鼠.     

天牛基因组DNA提取方法和标本保存方式的比较研究

[目的]为天牛的分子系统学研究奠定基础。[方法]采用不同提取方法(饱和NaCl法、CTAB法、SDS-蛋白酶K消化法)从不同保存条件下天牛标本中提取基因组DNA,进行RAPD扩增,比较不同保存条件和不同DNA提取方法对DNA提取质量的影响,探索天牛标本的最佳保存方式和最佳DNA提取方法。[结果]不同方法提取的DNA质量有明显差异。CTAB法和SDS-蛋白酶K消化法提取的DNA质量较好,条带清晰完整,无降解和RNA污染。但饱和NaCl法的提取效果较差。天牛标本的最佳保存条件为在-80℃条件下无水乙醇浸泡。CTAB法提取的天牛基因组DNA能扩增出稳定清晰的多态性片段。[结论]CTAB法提取的天牛DNA质量最好,可直接用于PCR扩增。