桑黄菌株S-1形态学观察及ITS系统发育分析

通过对桑黄菌株S-1的形态学观察及分子鉴定,确定其生物学地位。方法:采用插片培养及显微观察法对实验菌株的生长特征及子实体形态进行初步的形态学鉴定,同时采用现代分子生物学手段对其r DNA ITS区段进行克隆测序和序列特征分析,并与Gen Bank中的BLAST软件搜索同源序列进行比对,并构建系统发育树,对桑黄菌株进行分子鉴定。结果:在初步的形态学观察基础上,依据ITS序列分析结果,将实验所用菌种鉴定为桑黄核心种类纤孔菌属真菌(Inonotus linteus)。结论:明确了桑黄菌株S-1的分类地位,对下一步应用研究及其活性成分的研究提供了重要的科学依据。     

利用nrDNAITS探讨雄性不育“YX-1”与宁夏枸杞的亲缘关系

采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.利用nrDNA ITS(核核糖体DNA基因内转录间隔区)序列,探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"与其它7份宁夏枸杞材料的亲缘关系.结果表明:首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其它7份枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559～633 bp,平均为612 bp,初步从基于ITS序列得出的NJ聚类图可以判断枸杞雄性不育"YX-1"在DNA水平与其他7个枸杞品种存在差异,其与四倍体88024亲缘关系较近.基于nrDNA ITS区序列分析可作为探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"亲缘关系的一种新方法.     

一种山东地栽香菇病害病原菌的分离及鉴定

从山东肥城采集到香菇病害样品,分离得到病原菌分离物FC,提取其基因组总DNA,利用真菌通用引物ITS1/ITS4扩增其r DNA ITS区域序列并进行测序。将获得的序列进行同源性比对和构建系统进化树,发现FC分离物与Gen Bank中8个米根霉(R.oryzae)分离物同源性最高,为98.27%,结合形态学特征,证明该分离物为米根霉(R.oryzae)。     

牡丹泛素延伸蛋白基因ubiquitin的克隆及其作为内参基因的研究

以牡丹品种‘洛阳红’(Paeonia suffruticosa‘Luoyanghong’)为试验材料,采用RT-PCR方法获得一个牡丹泛素延伸蛋白基因Psubiquitin(PsU BI),其c DNA开放阅读框(ORF)长度为447 bp,编码148个氨基酸,Gen Bank登录号为KP742952。序列比对发现,该基因与其他23种植物泛素延伸蛋白核苷酸序列的相似性均在81%以上,氨基酸序列的相似性达96%。进化分析表明,牡丹泛素延伸蛋白与棉花泛素延伸蛋白的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果显示,在牡丹不同组织器官中,相对于其他5个常用看家基因(GAPDH、GAPDH1、tubulin、tubulin2、18S r RNA),ubiquitin的PCR扩增曲线的CT值最为恒定,尤其是在不同花器官中的CT值完全一致。进一步分析发现该基因在牡丹的根、茎、叶片、花、雄蕊和心皮组织中均恒定表达,特别是花器官中的表达量几乎完全一致。以ubiquitin作为内参基因探讨控制花器官发育的基因Ps AG的表达情况,结果显示PsA G的表达模式与其作用位点相吻合,ubiquitin更适宜作为牡丹花器官研究的内参基因。     

槜李的分子鉴定及其亲缘关系分析

【目的】对槜李进行分子鉴定并对其亲缘关系进行研究。【方法】采用植物DNA条形码标准序列ITS、mat K及rbc L对包括槜李在内的22个李品种(或品系)进行PCR扩增、序列比对及进化树分析。【结果】通过序列比对发现,ITS序列存在84个变异位点,其中3个位点为槜李的特异性变异位点,分别位于165 bp、182 bp及195 bp,另外有8个位点为槜李早、中、晚熟品种变异位点;mat K序列存在6个变异位点,rbc L序列无变异位点,mat K及rbc L序列均不存在槜李的特异性变异位点。相对于mat K及rbc L序列,ITS序列存在较多变异位点,进化速率快,更适宜用来进行槜李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列的进化树分析表明,嘉兴‘槜李’和福建‘芙蓉李’及美国‘恐龙蛋’亲缘关系较近。【结论】研究获得了槜李的分子鉴定方法及其亲缘关系,对于槜李的种质资源保护具有重要意义。     

ITS序列在橄榄地方品种资源鉴定中的应用

利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1、5.8S和ITS2)。结果表明,橄榄ITS区序列总长度629~634bp,长度变异仅为5bp。其中ITS1区为232~237bp,ITS2区为234~239bp,5.8SDNA均为165bp,且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少,仅有17个变异位点,占总碱基数的5.93%,简约信息位点7个,占总碱基数1.51%,单一信息位点10个,占总碱基数的2.16%,并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此,利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点,为部分品种(系)的鉴定依据,但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有橄榄品种资源。     

黄河故道地区葡萄根结线虫rDNA—ITS—PCR研究

用PCR方法扩增来自黄河故道地区不同区域葡萄根结线虫群体的ITS片段，并进行克隆和序列分析。结果表明，来自6个不同采集点的供试线虫属于同一种群，获得的ITS序列长度为766 bp，与已知南方根结线虫ITS区编码序列一致性达到99．74％；聚类结果显示，与南方根结线虫亲缘关系最近。结合形态鉴定结果，初步确定黄河古道地区葡...     

基于ITS序列的胭脂萝卜亲缘关系分析

以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。     

山东地区茄子感染番茄褪绿病毒的分子鉴定

为明确山东地区番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,To CV)侵染茄子的情况,采用RT-PCR分子检测鉴定疑似感染To CV的茄子叶片样品及发病茄子植株上的烟粉虱(Bemisia tabaci)体内To CV的带毒情况。结果表明:10份茄子叶片样品中有6份扩增得到约463 bp的特异条带,经测序与Gen Bank中To CV序列相似性达到99.0%以上,To CV检出率为60%;系统进化分析显示,山东寿光地区To CV茄子分离物cp-1与北京番茄分离物BJ亲缘关系最近。温室内发病茄子植株上的烟粉虱体内携带To CV,带毒率为70%。     

油茶炭疽病病原菌的分离与鉴定

油茶炭疽病是油茶生长过程中产生的一种极具破坏性的真菌性病害。为有效开展该病害的防治工作,降低其危害,本研究对海南文昌发病的油茶植株的病原菌进行了分离纯化。通过对其培养特性、形态特征的观察及r DNA的转录间隔区(ITS)序列测定,与Gen Bank中同源性较高的菌株进行序列对比,最后将菌株7-2确定为胶孢炭疽菌。     

石榴种质资源ITS序列分析

以13个石榴品种的嫩叶为试材提取DNA,进行ITS-PCR扩增。对扩增产物的测序结果构建进化树进行亲缘关系分析。结果表明,13个品种的ITS区段长度在619~704bp之间,转换和颠换比值0.75。系统发育树表明13个石榴品种资源聚为三类,与传统分类学相互支持。ITS序列分析与传统形态分类学相结合的手段为今后石榴的研究、鉴定、分类提供新的思路。     

草本药用植物猪殃殃白粉菌分子生物学鉴定

以河南商丘地区草本药用植物猪殃殃白粉菌为试材,采用分子系统学方法研究了其形态学、致病性鉴定、分子生物学鉴定及其系统进化关系,以期为白粉病的防治提供理论依据。结果表明:猪殃殃白粉菌着生于叶的两面及茎上,随着病原菌的发展,蔓延至覆盖整个叶子表面。显微分析结果表明,病原菌分生孢子梗直立,(100~260)μm×(10~12)μm,产生2~3个未成熟的分生孢子。足细胞(28~65)μm×(9~11)μm,紧邻着2~3个短细胞。分生孢子桶-柱形,(22~42)μm×(15~20)μm。对其核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增,测序获得632 bp序列,Gen Bank登陆号为KX396590。经MEGA 5.0软件分析,其与奥隆特高氏白粉菌Golovinomyces orontii ITS序列AB430813序列聚为一枝,而来自其它属种白粉菌的5条ITS序列亲缘关系较远。河南商丘地区的猪殃殃白粉菌为奥隆特高氏白粉菌G.orontii。     

佩兰白粉病的病原菌鉴定

以发病的佩兰叶片为试材,采用形态学、致病性、分子系统学鉴定方法对该地区的佩兰白粉病病原菌进行研究,以期探明河南商丘地区的佩兰白粉病病原菌的系统进化关系,为其防治提供理论依据。结果表明:该白粉菌分生孢子透明,圆形或椭圆形,有明显的纤维体,大小为(18~27)μm×(15~22)μm,分生孢子梗直立、圆柱形、简单无分枝,大小为(112~180)μm×(9~12)μm,分生孢子形成在分生孢子梗上,串生,4~6个。没有观察到病原菌的子囊壳。病原菌接种叶片与自然状态发病叶片的病症相似,均为不定形的污白色斑。对核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序获得565 bp的目的片段(Gen Bank登录号:JX546297),在Gen Bank上进行比对分析,与Podosphaera fusca序列同源性为100%,初步鉴定该病原菌为棕丝单囊白粉菌(Podosphaera fusca)。     

烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析

为明确山西省晋中市侵染番茄的病毒种类,采用双链RNA(double-stranded RNA,ds RNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病番茄进行分子鉴定。序列测定及分析发现,具有花叶、卷曲症状的番茄为烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)所侵染。进一步克隆TMV番茄分离物(TMV-SXFQ)的全基因组序列,得到TMV-SXFQ(Gen Bank登录号为JX993906)全长为6 394 bp,含4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。序列比对分析表明,TMV-SXFQ与烟草花叶病毒属其他分离物的同源性为86.3%~99.6%;系统进化分析表明,TMV-SXFQ与韩国分离物IM聚为一簇、亲缘关系最近。     

杭州野生桑黄与引进桑黄亲缘关系和生物学特性研究

对采集于杭州地区的3个野生桑黄菌株与引进的4个桑黄菌株,进行生物学特性研究。结果表明,除桑5引进菌株和桑6引进菌株亲缘关系具有较近亲缘关系外,其它菌株间的亲缘关系较远。所有菌株最适生长温度为30~35℃;最适合氮源为蛋白胨或硝酸钾。野生桑黄最适碳源为葡萄糖,适宜生长的p H为8;引进桑黄菌株最适碳源为蔗糖,适宜生长的p H为6。     

不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

贵州威宁红花油茶的叶绿体基因组特征分析

对威宁红花油茶(Camelliaweiningensis)的叶片高通量测序数据进行叶绿体全基因组的组装和注释分析。其叶绿体全基因组长为156 490 bp,包含典型的四分体结构,序列已登录Gen Bank(MK820035)。叶绿体全基因组比较分析表明,与其他山茶属物种一样,其结构与基因排序均保守,但在基因组的反向重复区边界处表现出明显区别。简单重复序列(SSR)分析表明,全基因组仅包含51个单核苷酸重复的SSR,且仅为A/T重复类型。系统发育分析表明,威宁红花油茶与腾冲红花油茶亲缘关系最近,但其所处分支包含的4个山茶属物种的分组与传统分类不一致。     

四川省松茸系统发育及挥发性成分分析

运用分子生物学方法结合气相色谱与质谱联用技术分析西南地区不同产地松茸资源,为其系统分类提供依据。采集了四川省理塘县、马尔康县和小金县的松茸子实体,对其进行了ITS序列多样性研究。应用特异引物进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序。从Gen Bank数据库中下载已知的松茸序列,并与实验样品的序列进行BLAST比对,利用MEGA5.0和Clustalx1.83软件采用NJ法构建进化树。用石油醚蒸馏萃取松茸挥发油,并使用气相色谱-质谱联用分析挥发组分。试验采集的理塘县松茸样品与小金县松茸样品具有较高的同源性,高达97.90%;试验室采集的马尔康县松茸样品与小金和理塘的松茸差异性最大,亲缘关系较远;且马尔康县松茸样品的ITS1和ITS2区均存在较多的碱基突变现象。挥发组分主要是酯类,且小金县松茸样品挥发油中的组分种类明显较其它两个地方松茸多。     

龙眼属rDNA的ITS序列分析

为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618～646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227～235 bp和227～247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。     

茶树NADPH氧化酶基因的克隆、亚细胞定位与表达分析

以茶树(Camellia sinensis)‘迎霜’为试验材料,采用同源克隆的方法,利用RACE和RT-PCR技术获得茶树NADPH氧化酶基因Cs RBOHA的c DNA全长(Gen Bank登录号:KJ782632)。该基因全长3 157 bp,开放阅读框2 769 bp,编码922个氨基酸。生物信息学分析显示,该基因编码的蛋白分子量为103.33 k D,理论等电点为9.28;C端序列较保守,N端序列保守性较低,与烟草和蓖麻的相似性达79%,进化关系最近;蛋白结构具有典型的家族特征。该蛋白分布于细胞质膜上,与预测结果一致。实时荧光定量PCR结果显示,该基因的表达存在组织特异性,并且在低温(4℃)、高盐(200 mmol·L-1 Na Cl)、ABA(200 mg·L-1)和干旱(10%PEG 6000)条件下出现不同程度的上调。